下咽癌中差异表达的蛋白激酶及其抑制剂的生物信息学筛选

目的 筛选下咽癌中差异表达的激酶基因及其选择性抑制剂,为下咽癌的分子靶向治疗提供新的参考。 方法 利用GEO数据库和SAM软件筛选下咽癌中差异表达的激酶基因,体外培养人下咽癌FaDu细胞系。为验证GEO数据库中芯片结果的准确性,利用实时定量聚合酶链反应(Real-time PCR)检测差异表达激酶在FaDu细胞中的表达量,通过KEGG数据库获得激酶调控的通路,利用激酶抑制剂数据库和文献挖掘筛选获得在下咽癌FaDu细胞系中差异表达激酶的选择性抑制剂。 结果 (1)在GEO数据库的下咽癌基因组表达谱中,共筛选出3个高表达的激酶基因,分别为PKC-β、CDK6和CDC42(差异倍数≥2.0且P<0.05);(2)Real-time PCR结果显示在人下咽癌FaDu细胞中这3个上调激酶基因也出现高表达(P<0.05),证明全基因组的结果准确;(3)KEGG通路分析的结果显示3个高表达激酶调控复杂的通路网络;(4)激酶抑制剂的筛选结果显示共有5个激酶抑制剂调控PKC-β, 4个激酶抑制剂调控CDK6,3个激酶抑制剂调控CDC42。文献挖掘的结果显示在这12个激酶抑制剂中,有4个在癌症方面的研究较少,文献<10篇。 结论 下咽癌中共有3个激酶PKC-β、CDK6和CDC42发生高表达,并发挥促癌作用。它们的激酶抑制剂可能有潜在的抗癌作用,为下咽癌的分子治疗提供新的切入点。