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目的 为了了解水分子在尼古丁与α4β2烟碱乙酰胆碱受体(nAChR)结合过程中的作用机制以及其在构象稳定中的作用,本研究对尼古丁与α4β2 nAChR的结合进行了分子动力学(MD)模拟。方法 对与激动剂尼古丁结合的α4β2 nAChR体系运行500 ns的全原子分子动力学模拟。结果 模型表明,关键的水分子存在于α4(+)β2(-)的结合部位,形成氢键连接尼古丁的吡啶N、β2 L121的骨架NH原子和N109的羧基氧原子。还发现与尼古丁结合的α4β2 nAChR中,C环开放程度在不同亚基之间有明显的差异,结论 桥接水分子通过形成3个氢键连接尼古丁与受体蛋白,在尼古丁与α4β2受体的结合中起重要作用。 相似文献
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目的 通过对比三种分子对接软件(MOE、LeDock、AutoDock …Vina)针对c-Met蛋白的虚拟筛选的准确性,选取准确性比较高的软件针对EGFR蛋白展开虚拟筛选,获得打分较高的候选化合物。方法采用虚拟筛选的方法,利用c-Met信号蛋白抑制剂作为评价体系,对MOE,AutoDock Vina,LeDock三种对接软件进行了对接结果比较,以此来评价各个软件之间的对接准确性。在此基础上,选择准确性高的软件对EGFR突变靶标开展小分子抑制剂的虚拟筛选,筛选出评价和作用良好的小分子化合物。结果与结论 对比结果显示MOE和LeDock软件的对接准确度和操作简易度要高于AutoDock Vina软件,并通过筛选,得到了评价良好的小分子化合物。 相似文献
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糖类物质作为细胞组成中最为重要的物质之一,是蛋白质、脂肪代谢的必要物质,也是是人体必需的营养元素之一。但人们对糖类化物质在生物体内的功能作用的研究却很滞后,这主要是因为糖类物质种类烦多、结构较为复杂且具有多种异构体,存在微观的不均一性。通常情况下,单糖和寡糖仅在基团-CHOH的构型排列上会有所不同,通过常规的方法对其分离鉴定比较困难,为此,常采用衍生化的方法处理,将糖类物质组分转变成为带有发色基团的分子,然后再进行紫外检测和荧光检测。糖类物质在海洋生物中广泛存在,衍生化方法是对海洋生物中糖类物质进行分析的重要手段。 相似文献
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MCL-1(myeloid cell leukemia-1)蛋白是BCL-2(B-cell lymphoma-2)蛋白家族中重要的抗凋亡蛋白成员之一,在多种肿瘤细胞中过表达。Mcl-1蛋白的过表达不仅与肿瘤的发生发展密切相关,还会导致肿瘤细胞对化疗药物产生耐药性,因此以Mcl-1为靶点的小分子抑制剂是未来抗肿瘤药物研发的重点。本文对2012-2017年间发表的Mcl-1小分子抑制剂进行了综述,主要介绍小分子抑制剂的化学结构和生物活性,旨在为Mcl-1小分子抑制剂的深入研究以及更多海洋来源的新型Mcl-1小分子抑制剂的开发提供参考。 相似文献
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目的 建立一种快速高效的反向寻靶的计算机模拟方法,用来预测具有抗肿瘤活性的海洋化合物潜在抗肿瘤靶点。方法 本实验主要是利用生物信息学手段,通过寻找与肿瘤相关的调控蛋白和抗肿瘤的靶标蛋白,构建出一个小规模的抗肿瘤蛋白数据库,建立一种比较准确的计算机反向寻靶的方法,并通过已知实验数据证实该方法的可靠性。结果 借助计算机软件模拟分子与靶蛋白的对接,发展了一种基于结构的反向寻靶的计算机模拟方法。结论 已知结果显示该方法能准确、快速且廉价的预测配体小分子与靶标蛋白的结合情况,从而加速了天然海洋小分子化合物抗肿瘤靶点的寻找。 相似文献
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目的半乳糖糖胺-过渡金属配合物的合成及其水解酶活性的研究。方法以半乳糖为原料,经三(2-氨乙基)胺连接修饰后再分别与过渡金属Cu(II)、Ni(II)反应合成两个配合物。以对硝基苯酚吡啶甲酸酯(PNPP)为水解模拟酶模型,研究了在两个不同pH值下所合成糖胺-过渡金属配合物的水解活性。结果通过元素分析、金属含量测定、光谱分析及摩尔电导等表征手段,确定了两个配合物化学结构为[C24H48N4O15CuCl]Cl·3H2O]和[C24H48N4O15Ni·2H2O]Cl2·H2O],而且两个配合物的水解速率远大于自发水解的速率。结论三角双锥构型的Cu(II)配合物和具有八面体构型的Ni(II)配合物都具有较好的金属水解酶活性。 相似文献