O:3和O:9小肠结肠炎耶尔森菌主要毒力基因分布调查

目的了解我国常见致病性血清型毒力基因的分布情况。方法参照国外发展成熟的聚合酶链反应(PCR)技术进行毒力基因检测。结果实验证实在我国分离到的主要流行血清型O：3和O：9小肠结肠炎耶尔森菌毒力基因分布特征为：ail^ 、ystA^ 、ystB^-、yadA^ 、virF^ 占562％；ail^ 、ystA^ 、ystB^-、yadA^-、virF^-占25．6％；其他型占18.2％。结论通过实验证实在我国引起感染暴发和流行的血清型O：3和O：9小肠结肠炎耶尔森菌毒力基因的分布主要为：ail^ 、ystA^ 、yadA^ 、ystB^-、virF^ 型，很少部分的ail^ 、ystA^ 、ystB^-、yadA^-、virF^-根据以前的资料被认为是毒力质粒丢失的结果，其他型很有可能是非致病的菌株。     

四川省2005年霍乱分子流行病学特征

目的：分析四川省2005年霍乱弧菌分子特征,以及霍乱暴发疫情分离的菌株与菌株之间,疫情分离的菌株与海、水产品监测分离的霍乱弧菌之间的遗传相关性,查找霍乱传染来源,为预测疫情和制定防治措施提供依据.方法：利用聚合酶链反应（PCR）检测O139群霍乱弧菌特异性编码脂多糖基因（LPS）和霍乱毒力基因（ctxAB）;脉冲场凝胶电泳对菌株进行分子分型,所得结果以BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析.结果：所试16株霍乱弧菌14株LPS阳性,为O139群霍乱弧菌;另2株为O1群稻叶型霍乱弧菌.2株稻叶型霍乱弧菌和1株O139群霍乱弧菌ctxAB阴性,其余13株菌均具有ctxAB,为产毒株.对16株菌以NotⅠ酶切后PFGE可分为5个型别.O139群霍乱弧菌优势流行株与从甲鱼分离的O139群霍乱弧菌PFGE型别一致,且同为产毒株.结论：甲鱼等海、水产品被O139群霍乱弧菌污染情况严重,甲鱼中分离的O139群霍乱弧菌与霍乱疫情分离菌株之间高度同源,被污染的甲鱼可能是本年度食源性霍乱暴发的主要传染来源之一,海、水产品的监测是近期霍乱防控的重点.     

沙门菌常规检测方法分段控制技术在网络实验室构建中基础作用的评估

目的评估沙门菌常规检测方法分段控制技术在网络实验室建设中的基础性作用。方法建立经过关键点技术控制评价的沙门菌检测方法,评估上海市参加世界卫生组织一全球沙门菌监测项目(WHO-GSS)、中美新发和再发传染病项目(GFN)网络实验室的实施,培训云南省玉溪市疾病预防控制中心腹泻标本沙门菌常规检测能力,收集2006-2012年省级GSS-GFN监测点年度沙门菌监测阳性率。结果基于分段控制技术设计的沙门菌分离、鉴定和种属鉴定、血清分群方法,能同时满足网络实验室对伤寒、非伤寒沙门菌检测敏感性需求;上海市网络实验室建设从2006年的5个公共卫生实验室和8个临床实验室发展到2011年的9和22个,伤寒、非伤寒沙门菌临床分离菌株从2006年的196株增加到2011年1442株;2012年云南省玉溪市临床腹泻病例沙门菌阳性率为2.4%;除上海外还有3个省级监测点将亚硒酸盐磺绿增菌液(SBG)作为沙门菌选择性增菌液,以上海市沙门菌监测基线最稳定。结论常规沙门菌检测分段优化的方法是构建区域网络实验室的基础,由此可上升为具有精确表型鉴定和分子分型能力的国家网络实验室。     

基于蛋白质组学技术的新型冠状病毒感染诊断研究进展

2020年,新型冠状病毒(SARS-CoV-2)席卷全球,对全球人民的生命健康造成重大危害并给全球公共卫生系统带来巨大负担.到目前为止,核酸检测是新型冠状病毒肺炎诊断的主要方法和标准,同时其他技术方法也竞相开展,蛋白质组学技术即为其一.该技术在疾病机制研究、诊断方法开发、病原鉴定等领域已广泛应用,在SARS-CoV-2...     

餐饮从业人员耐喹诺酮类药物大肠埃希菌基因突变研究

目的调查和分析餐饮从业人员体检人群分离的大肠埃希菌gyrA、gyrB、parC、parE基因的突变特征。方法用加入4μg/mL环丙沙星营养琼脂平板筛选耐环丙沙星大肠埃希菌耐药菌株,PCR方法扩增其gyrA、gyrB、parC、parE基因,琼脂稀释法测定环丙沙星的最小抑菌浓度(MIC)值。结果共分离到112株环丙沙星耐药大肠埃希菌,所有菌株的MIC值都介于16～512μg/mL之间。gyrA检测到3种突变类型:112株都出现Ser83→Leu替代,103株发生Asp87→Asn替代,7株菌出现Asp87→Tyr替代。gyrB检测到2种突变类型:6株菌出现Ser343→Phe替代,9株菌出现Ser492→Asn替代。parC共检测到7种突变类型:112株菌都发生Ser80→Ile代替,12株大肠埃希菌发生Glu84→Val代替,5株菌发生了Ala56→Thr替代,各有1株菌发生Glu84→Gly和Glu84→Lys代替,另外各有1株发生Ala108→Thr和Val144→Gly替代。parE基因共检测到2种突变类型:有2株菌发生了Leu445→His代替,49株菌发生Ser458→Ala代替。其中gyrA Ser83→Leu、Asp87→Asn、Asp87→Tyr替代和parC Ser80→Ile、Glu84→Val、Glu84→Gly、Glu84→Lys代替,为gyrA和parC喹诺酮耐药决定区(QRDR)突变引起的氨基酸替代类型。所有菌株都有2个及以上氨基酸位点的突变,都是高耐药菌株。环丙沙星的MIC值32μg/mL以上的耐药菌株都发生了3个以上位点的突变。Spearman相关系数显示,gyrB492、parE458的突变与环丙沙星的MIC值成正相关,差异有统计学意义(r=0.226 9,P=0.016 1;r=0.273 7,P=0.003 5)。结论餐饮从业人员耐喹诺酮药物的大肠杆菌gyrA、gyrB、parC、parE基因具有多种氨基酸替代类型,gyrB492、parE458的突变与环丙沙星的MIC值呈正相关。     

2015-2016年全国和高发省份伤寒、副伤寒流行病学分析

目的 分析2015-2016年伤寒、副伤寒法定报告病例数,了解全国及高发省份流行病学特点和变化趋势,为防控措施和策略的制定提供依据。方法 采用描述性流行病学方法对网络直报系统中2015-2016年伤寒、副伤寒报告病例数进行分析。结果 2015-2016年全国共报告伤寒、副伤寒病例22 536例,死亡2例,年平均发病率为0.83/10万,较2014年的伤寒、副伤寒发病率下降18.63%。监测点共对14 465份血样标本进行培养,分离出菌株289株,阳性分离率为2.00%,伤寒与副伤寒之比为1.21:1。病例均以农民和民工为主,其次为散居儿童和在校学生,伤寒、副伤寒发病率均以0~4岁组儿童最高（分别为1.70/10万和0.80/10万）。贵州、云南、广西、广东、浙江、湖南和新疆为疫情高发省份,非监测点病例数上升。结论 2015-2016年全国伤寒、副伤寒发病水平处于相对较低的状态,<10岁儿童是防控重点人群,伤寒菌成为优势菌型,应加强非监测点疫情监测。     

血流感染O139群霍乱弧菌的耐药性及基因组特征分析

目的分析1株从菌血症患者血液中分离到的O139群霍乱弧菌产毒株的耐药性及基因组特征。方法使用肉汤稀释法和全自动药敏分析仪测定菌株的抗生素敏感性, 使用二代基因测序和纳米孔测序获得菌株的完整基因组序列, 使用BLAST在线比对与CARD、Resfinder、ISfinder、VFDB等数据库进行比对分析, 明确菌株携带的耐药基因、插入序列和毒力基因等, 使用MEGA 5.1软件构建基于核心基因组单核苷酸多态性的遗传系统发生树。结果霍乱弧菌SH400为O139群产霍乱毒素的菌株, 携带了多个毒力相关基因和4个毒力岛。该菌株对链霉素、四环素、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶耐药并携带了相应的耐药基因。该菌株携带了大小为172 914 bp并且含有10种耐药基因的IncA/C型质粒。结合基因组进化关系发现, 菌株间携带耐药基因和耐药质粒的情况呈现出一定聚集性。菌株SH400的传统ST型为ST69, cgMLST型为与cgST-252高度相似的新型别。结论该株O139群霍乱弧菌携带ctxAB毒力基因、多种耐药基因和IncA/C型质粒, 且存在多重耐药岛。     

基于CRISPR/Cas蛋白的副溶血弧菌检测方法的研究

目的利用规律间隔性成簇短回文重复序列（CRISPR）免疫原理及Cas12a酶的特点构建一种快速检测副溶血弧菌（VP）的方法,实现对病原菌准确快速的检测和识别。方法本研究通过制备纯化Cas12a蛋白,筛选构建VP的gRNA,建立CRISPR-VP荧光检测系统,根据最终荧光扩增曲线判定CRISPR-VP检测方法的有效性。结果在CRISPR-VP检测方法中只在VP的序列存在时才会产生明显的荧光信号。结论本实验初步建立了基于CRISPR/Cas蛋白的VP的检测方法,为后续简易检测试剂的研制提供理论依据。     

伤寒、副伤寒的全球流行概况及其预防控制

伤寒(Typhoid Fever)是由肠伤寒沙门菌(Salmonella typhi)引起的以发热为主要表现的全身性疾病。副伤寒(Paratyphoid Fever)通常由副伤寒甲、乙、丙沙门菌(S.parathphi A,B and C)引起,临床症