利用基因芯片技术分析空肠弯曲菌的遗传特征

目的 为分析我国弯曲菌遗传特征,本研究根据已发表多株弯曲菌的全基因组测序特征及比对结果自行设计基因芯片,利用芯片对我国不同宿主来源菌株进行遗传特异性分析。方法 根据前期基因组水平比对分析的结果,利用Combimatrix tilingCustomArrayTM 90K芯片,设计DNA芯片。芯片包含已测序菌株 ICDCCJ07001、269.97、NCTC11168、81-176、81-116和RM1221共3384个CDS的探针序列,以及空肠弯曲菌耐药及致病性相关2个质粒共80个CDS的探针序列,与脂寡糖的合成相关基因簇16种共219个CDS的探针序列、荚膜多糖合成相关基因簇7种共160个CDS的所有序列。对我国不同宿主来源27株分离菌株提取DNA,利用芯片进行杂交,获得杂交信息并分析不同菌株CDS分布特征分析及聚类特点。结果 中国菌株的主要变异区域主要存在于与脂寡糖、荚膜多糖合成相关的基因簇、鞭毛修饰相关的基因簇、DNA限制/修饰相关的基因簇以及空肠弯曲菌Mu样噬菌体基因簇。基因组水平不同来源菌株CDS分布的聚类结果没有发现显著的宿主归因特点,但GBS相关菌株脂寡糖合成相关基因组成具有共性特征。结论 通过验证以及与过去研究的比较,本次研究中的基因芯片技术结果准确可信,本研究所用基因芯片在分析空肠弯曲菌基因多态性方面具有很好的优势,可用于弯曲菌遗传特征和重要毒力因子的分析和检测。     

2005年山东胜利油区腹泻病原谱分析

[目的]初步了解山东东营胜利油田地区重点人群腹泻病原谱,获取该油区重点人群腹泻病流行病学数据,为临床用药和疾病监测提供参考依据。[方法]收集该油区腹泻粪便标本,提取标本中的细菌DNA,用基因芯片技术进行检测。芯片检测结果以PCR方法进行验证。用SPSS对腹泻感染率进行地区、年龄、性别因素分析。[结果]腹泻致病菌阳性24份,总阳性率为70．58％。检出腹泻致病菌8种,其中肠产毒性大肠杆菌（ETEC）阳性5份,阳性率14．70％;小肠结肠炎耶氏杆菌阳性4份,阳性率11．76％;空肠弯曲菌阳性4份,阳性率11．76％。各因素的统计学分析均无显著性差异。[结论]胜利油区腹泻病原谱分布较广,基地和外围感染率无显著差异。     

肠道常见病原菌检测基因芯片的制备与评价

目的建立并评价快速准确地检测肠道致病菌的基因芯片检测方法。方法在基因芯片制备基础上，通过对靶基因的扩增、杂交和对杂交结果的分析，对常见肠道致病菌的检测和鉴定效果进行评价。结果应用包含38种特异性探针的基因芯片，对涉及沙门菌、志贺菌、霍乱弧菌、致泻性大肠埃希菌、空肠弯曲菌、小肠结肠炎耶尔森菌、副溶血弧菌和单核细胞李斯特菌等8个菌属的16株致病菌进行检测，均得到特异性杂交图谱。结论制备的基因芯片能够同时检测多种重要的肠道致病菌，为肠道致病菌感染的快速诊断提供了准确、快速、灵敏的方法。     

中国幽门螺杆菌基因组多样性与种群结构分析

目的 了解中国幽门螺杆菌（Helicobacter pylori,HP）基因组特征及种群结构。方法 利用中国不同地域不同疾病分离的10株HP的基因组序列,并整合公共数据库中其他地域的HP基因组数据,通过比较基因组和生物信息学方法分析中国HP的基因组与种群结构特征。结果 中国HP核心基因为1 203个。菌株特异基因为19～32个,这些基因可能与中国HP在不同地域、不同疾病宿主中的适应性进化有关。基因组变异较大区域主要集中在编码限制修饰系统的基因和编码四型分泌系统的基因。基于核心基因组单核苷酸多态性（SNP）的种群分析确定中国菌株均属于hpEastAsia群,hspEAsia亚群,且不同地域菌株具有地域聚集性特点。在3株中国HP基因组序列中发现了前噬菌体序列,携带噬菌体组装所需的必要元件。结论 基于核心基因组SNP分析中国菌株均属于hpEastAsia群,hspEAsia亚群,且具有地域聚集性。为深入挖掘中国不同地域不同疾病相关HP的遗传特征及研究噬菌体在HP进化与致病中的作用奠定了基础。     

A组链球菌基因组学研究进展

A组链球菌是重要的人类致病菌之一,常可引起多种感染。为从分子水平上深入认识A组链球菌相关疾病的发病机制,近些年已有多个分离自不同疾病表型的菌株完成了全序列测定,基因组水平的对A组链球菌表型与基因型的关联研究也日益深入。本文综述了自第一个A组链球菌测序以来近十年内其基因组学研究进展。     

幽门螺杆菌中国菌株插入序列IS607的分布

目的分析来源于不同人群,不同临床诊断结果的幽门螺杆菌中国菌株插入因子IS607的分布。方法采用特异引物聚合酶链式反应(PCR)检测IS607特异DNA序列。并对IS607的分布进行统计分析。结果中国菌株IS607的阳性率为24%(25/105),不同人群IS607的分布没有显著差异。不同临床诊断结果分离菌株IS607的分布没有显著差异。结论幽门螺杆菌IS607的分布与菌株分离来源的人群分布及临床症状没有显著关系。     

北京市朝阳区2011年儿童A组溶血性链球菌超抗原基因的分子流行病学研究北大核心CSCD

目的描述2011年北京市朝阳区儿童A组溶血性链球菌（GAS）的超抗原分子流行病学特征,分析超抗原基因与emm型别和GAS相关疾病的关系。方法从猩红热、咽炎及扁桃体炎患儿的咽拭子分离培养获得71株GAS,应用PCR法检测这些GAS是否携带8类超抗原基因（speA、spel、$sa、speC、speJ、speG、spell和SMEZ）;PCR扩增emm基因片段并测序,进行emm型别鉴定;分析超抗原基因、emm型别和GAS所致疾病之间的相互关系,应用,检验进行显著性分析。结果71株GAS的超抗原基因检出率从高到低分别为speC（100．0％）、SMEZ（100．0％）、s50（97．2％）、speG（95．8％）、speH（80．3％）、spel（80．3％）、speA（15．5％）和speJ（12．7％）;71株GAS中检出emml2．0型菌株62株、emml．0型7株、emm22．0型1株、emm75．0型1株;spel和渺H基因与speA和speJ基因在emml2．0型与emml．0型菌株中的分布差异有统计学意义（P均〈0．05）;spel和spetf基因在猩红热患儿和咽炎扁桃体炎患儿中的分布差异有统计学意义（P均〈0．05）;未发现emm型别在不同的疾病中的分布有差异。结论北京市朝阳区儿童携带的GAS超抗原基因的检出率与地域有一定关系;不同emm型别的GAS对超抗原基因的携带有一定的选择性,尤其是针对噬菌体携带的超抗原基因;较emm型别,超抗原基因能更好地建立菌株与疾病之间的关系。     

68株急性肾小球肾炎暴发相关A组链球菌耐药性分析

目的对贵州两县急性肾小球肾炎暴发相关A组链球菌（group A streptococcus，GAS）进行抗生素耐药性分析，探讨耐药监测在GAS疫情处理与控制中的作用。方法采用E—test法测定GAS对8种抗生素（氨苄青霉素、头孢曲松、万古霉素、红霉素、四环素、左氧氟沙星、氯霉素、克林霉素）的敏感性。结果68株GAS对红霉素和四环素的耐药率分别为88．2％和97．1％。不同人群、不同学校来源菌株对抗生素的敏感性无统计学差异（P〉0．05）。结论健康携带者与患者分离菌株间抗生素耐药性的一致性提示对自然人携带GAS的耐药监测对疾病控制与疫情处理的重要性；当地治疗GAS感染不宜使用红霉素，青霉素仍为治疗GAS感染的首选药物，对青霉素过敏者可选头孢菌素类抗生素替代。     

波利特、达克普隆和Nexium对幽门螺杆菌的体外抑菌效果比较

目的：观察、比较质子泵抑制剂(PPI)波利特(雷贝拉唑肠溶衣片)、达克普隆(兰索拉唑胶囊)和Nexium对幽门螺杆菌(Hp)的抑制作用,初步解释近期临床流行病学资料所显示的不同PPI用于Hp根除治疗所表现的明显效果差异现象。方法：使用Hp国际标准株NCTC11637、NCTC11639和国内分离菌株CAPMN62,应用平板掺入法测定三种PPI对Hp的体外抑菌作用。结果：波利特在体外对Hp具有明显的抑制作用(MIC99为2．25mg／L),其次为达克普隆(MIC99为42.5mg／L),而Nexium抑菌作用不明显(MIC99为360mg／L)。结论：不同PPI对Hp的直接抑菌作用存在明显差异,其作用除本身化学结构的差异因素外,制剂中的其他复合成分的影响也不容忽视;亟待对体外抑菌效果与用于Hp感染治疗效果的相关性进行分析,以便更好地指导临床用药和相关幽门螺杆菌病的防治。