鸡柔嫩艾美耳球虫cDNA文库构建与表达序列标签分析

为系统分析鸡球虫敏感虫株和抗药虫株不同发育阶段的基因表达情况,利用柔嫩艾美耳球虫敏感株和抗马杜霉素株(由敏感株诱导)的未孢子化卵囊、孢子化卵囊、子孢子和裂殖子为材料构建了一个混合cDNA文库,并用该文库获得了2806条3'端高质量的表达序列标签(ESTs)。通过生物信息学分析:EST序列拼接出1424个假定独立转录本(TUTs),冗余度为49.3%。从cDNA文库中筛选出大量的低丰度表达基因,约占TUT总数的91.5%,且功能未知基因约占TUT总数的83.6%。在功能注释基因中,编码MIC2蛋白、BT1家族蛋白和核糖体蛋白等入侵和发育相关的基因高丰度表达。     

伤寒减毒活疫苗Ty21a免疫前后小鼠肠细胞差异表达的基因

以基因表达谱芯片对Ty2 1a免疫前后小鼠肠细胞 (包括肠粘膜上皮细胞和肠上皮间淋巴细胞 )基因表达的差异性进行研究比较。将 490条经抑制消减杂交法筛选出的与小鼠Ty2 1a免疫相关的cDNA制备成表达谱芯片 ;利用免疫前后小鼠肠细胞的mRNA通过逆转录方法 ,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种组织的cDNA上 ,制备成cDNA探针 ,并与表达谱芯片进行杂交及扫描 ,单点重复 2次实验 ,通过计算机数据处理判定基因是否在上述两种细胞群中有表达差异。筛选出差异表达基因共 98条 ,其中 92条为表达上调基因 ,6条为表达降低基因。提示 ,基因表达谱芯片技术是高通量进行基因表达模式研究的方法 ,可同时定量研究大量的基因表达水平 ,从而鉴定可能参与免疫的基因。     

A second group of hepatitis C viruses

cDNA clone 11–7 was isolated by immunoscreening a cDNA library that was prepared from a pooled plasma of non-A non-B hepatitis (NANBH) patients using expression vector gt 11. This cDNA corresponds to known nucleotide positions 3983–4745 of the genome of hepatitis C virus (HCV). This clone was used as a probe for screening the HCV-related cDNAs in a cDNA library similarly prepared by using gt 10. As a result, six more cDNA clones were isolated and analyzed for their nucleotide sequences. The results strongly suggested that there are at least two groups of HCV, group I and group II. According to our classification, the prototype HCV and clone 11–7 belong to group I HCV, and their nucleotide and deduced amino acid sequences were diverged from those of group II HCV. Genetic variation observed in the nucleotide and the amino acid sequences between the two groups resembles that in the NS3 region of the genome between Japanese encephalitis virus and West Nile fever virus. Polypeptides produced inEscherichia coli carrying a clone 11–7 or a group II cDNA clone E reacted with antibodies in the blood of 12 or 4 out of 14 individual chronic NANBH patients, respectively. Our data clearly indicate the existence of a second group of HCV.     

从卵巢癌cDNA文库中筛选新的肿瘤标志物

采用SEREX法筛选了自行构建的中国人卵巢癌cDNA表达文库 ,得到 2 7个阳性克隆 ,其中 3个为全长cDNA。序列分析和同源性比对结果表明所获得的 2 7个克隆分属于分化抗原、细胞结构蛋白及功能未知三类。选择其中一个全长cDNAMY OVA 13(该基因编码的蛋白是MAD2 ) ,利用基因工程方法克隆、表达和纯化得到目的蛋白 ,采用点杂交方法检测了MY OVA 13目的蛋白与正常人和肿瘤患者中的血清学反应。MY OVA 13抗体只在肿瘤组中检测到 (5 / 74 ) ,在正常组中均为阴性 ;间接ELISA测定结果显示 ,MY OVA 13抗体的水平在肿瘤组中均高于正常组 ,其中肝癌和前列腺癌组与正常组相比 ,在统计学上有显著差异 ,P值分别 <0 0 1和 <0 0 5。我们的初步结果表明MY OVA 13及其抗体具有一定的肿瘤特异性 ,有可能作为肿瘤诊断的标志物     

未折叠蛋白应答在强直性脊柱炎发病机制中的意义探讨

目的:通过研究强直性脊柱炎(AS)病人的外周血单个核细胞(PBMC)关节液单个核细胞(SFMC)的基因谱,了解有无支持UPR假说的转录物以及那些细胞参与未折叠蛋白应答(UPR),UPR在AS病人的变化及其在关节炎发病机制中的作用和意义。方法:AS病人的PBMCSFMC基因表达谱通过含1176基因的cDNA微阵列扫描得到,结果中比较AS与健康自愿者和RA病人有差异表达的基因C2、C3、C8、LMP2、LMP7和BiP(UPR的标志物)再以RTPCR验证。结果:AS患者的SFMC中的BiP表达显著高于RA患者SFMC组(RTPCR的均数和标准差为86.4±111.3和18.5±13.0,两者比较,P=0.044),AS和RA患者SFMC组的C2分别为91.6±36.7和18.5±3.6(两者比较,P<0.037),而且AS患者的SFMC中BiP和UPR相关的蛋白酶体C2的增高水平密切相关(相关系数r=0.9)。另外,研究还发现,AS患者SFMC过度表达BiP的细胞是单核巨噬细胞。结论:内质网UPR确实发生在AS患者SFMC中的巨噬细胞。结果显示UPR应答在AS病人关节炎症的初期和延续中起重要的作用。     

高效分离人白细胞介素—2CDNA克隆的新技术

白细胞介素—2是免疫应答过程中由T细胞释放的一种淋巴因子,具有较广泛的生物学作用。本文报告采用负向选择增富法处理人外周血淋巴细胞cDNA文库,用一种新型非放射标记技术制成地高辛素-dUTP-鼠白细胞介素-2cDNA片段探针,从中筛选到2个阳性克隆,使阳性率提高33倍。经限制性内切酶谱分析,所获克隆与公布的人白细胞介素-2cDNA顺序相符。该cDNA转染CoS-7细胞后表达的重组人白细胞介素-2可维持小鼠白细胞介素-2依赖株FI-2生长。     

cDNA基因芯片数据分析软件的研发进展

数据分析与挖掘是基因芯片研究的关键和难点,而软件是数据分析方法实现的主要手段。我们从以下几个方面对cDNA基因芯片分析软件进行了综述。首先介绍了芯片数据的获取及分析的软件,然后概述了不同统计软件在芯片数据分析中的应用,并详细介绍几种常用的芯片数据分析软件,最后简述了基因网络分析及数据挖掘方面的软件。     

Recombinant fish parvalbumins: Candidates for diagnosis and treatment of fish allergy

Fish and fish products represent one of the most important causes of IgE-mediated food hypersensitivity. In sensitized individuals contact with and consumption of fish can lead to severe health problems, ranging from urticaria and dermatitis to angiedema, diarrhoea, asthma and, at worst, systemic anaphylactic reactions and death. Parvalbumin, a small calcium-binding protein present in the muscles of vertebrates, was identified as the major fish allergen. We describe the isolation and characterization of cDNA clones coding for carp parvalbumin by IgE immunoscreening of a carp muscle expression library. These clones will be the basis for the production of recombinant carp parvalbumin, a useful tool for in vitro and in vivo diagnosis of fish allergy.     

中国庚型肝炎病毒河南株非结构基因（NS）3区cDNA的克隆 …

目的 为了研究中国庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）非结构（ＮＳ３）区基因结构特征。方法 利用逆转录－半巢式－聚合酶链反应从河南１份ＨＧＶ ＲＮＡ阳性血清获得覆盖ＨＢＶ ＮＳ３全长ｃＤＮＡ的４个片段，并克隆到ｐｃＤＮＡⅡ载体中，采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧末端终止法测定全部ｃＤＮＡ序列。结果 发现克隆到的包括ＨＢＶ ＮＳ３区在内的ｃＤＮＡ序列和度为２１３７个核苷酸，编码７１１个氨基酸。与国内外已测定的５株全序列的相