社区相关性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的同源性及PVL毒素研究

目的了解社区相关性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)的同源性及产生杀白细胞(PVL)毒素情况,为防控CA-MRSA感染提供依据。方法收集2007年1月-2008年9月间分离的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌共5株,采用PCR方法检测PVL基因,同时应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行同源性分析。结果 5株CA-MRSA PVL毒素检测有3株SCC-mecⅣ型菌株阳性;PFGE结果3株SCCmecⅣ型克隆株为同一型,另2株分别为其不同亚型,具有较高同源性。结论流行传播的CA-MRSA PVL基因的携带率较高,且具有高度同源性,应引起密切关注,并做好防控工作。     

广西早期梅毒患者梅毒螺旋体基因分型研究

目的 了解广西部分市梅毒螺旋体(Tp)的基因分型状况.方法 从2012年1月至2016年7月在广西性病门诊收集疑似早期梅毒患者300例,采集皮损处组织液,用镀银染色法检测梅毒螺旋体,同时采用PCR扩增Tp polA基因,进行早期梅毒的诊断.对早期梅毒确诊病例进行Tp的arp基因60个碱基对重复序列的数目、tprⅡ基因MseⅠ酶切后限制性片段长度多态性的型别和tp0548基因序列的型别进行鉴别,依据结果进行综合分析以判断梅毒基因型.结果 共确诊早期梅毒患者215例,其中梅毒PCR检测出210例阳性,检出率97.7%,镀银染色法检测出105例阳性,检出率48.8%,PCR法阳性率显著高于镀银染色法(χ2=103.01,P<0.05).在PCR阳性标本中,共190例可进行三基因完全分型,总计分出17个基因型别,14d/f有86例(45.3%),具有绝对的流行优势,其他亚型依次为15d/f(13.7%、26/190)、16d/f(11.6%、22/190)、17d/f(7.4%、14/190)、13d/f(6.8%、13/190)、10d/f(4.2%、8/190)、18d/f(1.6%、3/190)、16a/f(1.6%、3/190)、5d/f(1.1%、2/190)、7d/f(1.1%、2/190)、12d/f(1.1%、2/190)、16d/e(1.1%、2/190)、14a/f(1.1%、2/190)、9h/c(1.1%、2/190)、15l/f(0.5%、1/190)、25a/e(0.5%、1/190)、15i/f(0.5%、1/190).结论 广西早期梅毒患者的梅毒螺旋体基因型别具有多样性,其中以14d/f型为优势型.     

成人跖疣人乳头瘤病毒分型及与临床特征的关系

目的 检测成人跖疣乳头瘤病毒(HPV)型别,并探讨HPV分型与临床特征的关系.方法 采用PCR扩增、基因测序和TA克隆技术检测221例跖疣患者疣体的HPV型,记录患者的年龄、病程、症状和疣体数.结果 221例标本中,HPV阳性率为97％(215/221).单一HPV型占96％(206/215),HPV 27、2、57和7(Alpha属)分别占44.7％ (92/206)、12.1％(25/206)、7.3％(15/206)和0.5％(1/206);HPV 65(Gamma属)占0.5％(1/206);HPV 1、63(Mu属)占33.5％ (69/206)和1.5％ (3/206).HPV 27、2和57三型感染者之间年龄、病程、疣体个数、疼痛发生率和性别比较,差异均无统计学意义.与HPV 27感染者相比,HPV 1感染者与年龄≤30岁、病程≤1年、疣体数≤2个和疼痛高发生率相关.结论 HPV 27、2、57和1是感染成人跖疣患者的主要HPV型.HPV型与患者的临床特征间存在相关性.     

子宫颈细胞学检查未见异常的HR-HPV亚型感染妇女的CIN2,3风险分析

目的:探讨子宫颈细胞学检查未见异常的HPV高危亚型感染者的管理模式。方法:收集2010年1月至2012年12月在北京大学第一医院妇产科门诊同时行宫颈细胞学检查及HPV DNA分型检测的妇女的资料,分析初次检出细胞学未见异常者的HPV高危亚型16、18、31、33感染者,其检出CIN2及以上病变的风险以及与感染亚型的相关性。结果:993例细胞学检查未见异常但HPV16、18、31、33型阳性者中,共检出CIN1 76例(7.7%),CIN2 50例(50/993,5.0%),CIN3 27例(27/993,2.7%);其中HPV16(+)感染者532例(532/993,53.6%),检出CIN2 34例(34/532,6.4%),CIN3 21例(21/532,3.9%);HPV18(+)HPV16(-)感染者142例(142/993,14.3%),检出CIN2 2例(2/142,1.4%),CIN3 1例(1/142,0.7%);HPV31(+)HPV16\18(-)感染者137例(137/993,13.8%),检出CIN2 9例(9/137,6.6%),CIN3 2例(2/137,1.5%);HPV33(+)HPV16\18(-)感染者182例(182/993,18.3%),检出CIN2 5例(5/182,2.7%),CIN3 3例(3/182,1.6%)。按是否检出CIN2+进行Logistic回归分析,发现HPV16型感染与CIN2+有相关性[OR值=2.353(95%CI 1.004~5.516),P=0.049]。结论:对筛查中初次检出宫颈细胞学未见异常,但HPV高危亚型感染者应予以重视,对于HPV16、18型感染者建议立即行阴道镜检查。     

女性高危型人乳头瘤病毒感染者配偶病毒感染状况及危险因素

目的:分析高危型人乳头瘤病毒(HPV)感染者配偶的病毒感染状况并调查其危险因素。方法:对146例妻子确定为高危型HPV阳性的已婚男性进行阴茎头和尿道口上皮细胞高危型HPV型别检测,并通过问卷调查收集感染者配偶的人口学信息,分析发生病毒感染的可能危险因素。结果:146例男性共检出高危型HPV感染64例,感染率为43.84%,优势型别为HPV16、18、58、52型。多个性伴侣(≥2)、性生活前后不经常清洗外阴、包皮过长或包茎、患包皮阴茎头炎是感染者配偶高危型HPV感染的危险因素(P<0.05或P<0.01)。结论:女性高危型HPV感染者的配偶也是高危型HPV感染的高危人群,男性在性活动中洁身自好、保持良好的性行为方式和尽早治疗包皮过长、包茎、包皮阴茎头炎可能有利于减少病毒在配偶之间的相互传播。     

鼠疫耶尔森氏菌荧光标记扩增片段长度多态性分型方法

目的 建立荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)技术平台，探讨鼠疫菌基因分型。方法 用5种核酸限制性内切酶消化鼠疫菌基因组DNA，选择最佳内切酶组合，酶切片段经接头连接后，用荧光素标记的5条EcoRⅠ引物和9条MseⅠ引物组成的引物配对扩增，选择最佳引物组合，进行系列PCR条件的优化。扩增产物经ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer(遗传分析仪)检测，GeneScan等软件进行分析。结果 成功建立FAFLP技术平台。结论 FAFLP具有快速、简便、廉价、分辨率高、重复性好和污染少的优点，可用于鼠疫菌的基因分型分析。     

Isolation and genetic analysis of pure cells from forensic biological mixtures: The precision of a digital approach

Latest genotyping technologies allow to achieve a reliable genetic profile for the offender identification even from extremely minute biological evidence. The ultimate challenge occurs when genetic profiles need to be retrieved from a mixture, which is composed of biological material from two or more individuals. In this case, DNA profiling will often result in a complex genetic profile, which is then subject matter for statistical analysis.In principle, when more individuals contribute to a mixture with different biological fluids, their single genetic profiles can be obtained by separating the distinct cell types (e.g. epithelial cells, blood cells, sperm), prior to genotyping.Different approaches have been investigated for this purpose, such as fluorescent-activated cell sorting (FACS) or laser capture microdissection (LCM), but currently none of these methods can guarantee the complete separation of different type of cells present in a mixture.In other fields of application, such as oncology, DEPArray™ technology, an image-based, microfluidic digital sorter, has been widely proven to enable the separation of pure cells, with single-cell precision.This study investigates the applicability of DEPArray™ technology to forensic samples analysis, focusing on the resolution of the forensic mixture problem.For the first time, we report here the development of an application-specific DEPArray™ workflow enabling the detection and recovery of pure homogeneous cell pools from simulated blood/saliva and semen/saliva mixtures, providing full genetic match with genetic profiles of corresponding donors. In addition, we assess the performance of standard forensic methods for DNA quantitation and genotyping on low-count, DEPArray™-isolated cells, showing that pure, almost complete profiles can be obtained from as few as ten haploid cells. Finally, we explore the applicability in real casework samples, demonstrating that the described approach provides complete separation of cells with outstanding precision.In all examined cases, DEPArray™ technology proves to be a groundbreaking technology for the resolution of forensic biological mixtures, through the precise isolation of pure cells for an incontrovertible attribution of the obtained genetic profiles.     

丙型肝炎病毒逆向点杂交基因分型方法的建立及初步应用

目的 利用逆向点杂交技术建立丙型肝炎病毒(HCV)基因分型新方法。方法在HCV5’端非编码区(5’UTR)设计引物与分型探针，将活性氨基标记的分型探针依次固定在尼龙膜上，制成HCV基因分型逆向点杂交检测膜条。分离纯化血清中的HCV RNA，经逆转录反应和生物素标记引物聚合酶链反应(PCR)巢式扩增后，将扩增产物与检测膜条杂交，过氧化物酶和四甲基联苯胺显色，判断基因分型结果。最后，通过与基因测序结果比较确定新方法的有效性。从佛山地区丙型肝炎患者中随机抽取60份经荧光定量PCR方法对HCV RNA进行过定量分析的血清，用新建方法进行HCV基因分型检测。结果新建HCV逆向点杂交基因分型方法可对所有60份HCV RNA拷贝数在10。～10。／ml之间的抽检血清进行基因分型，发现1b型50例，占83．3％；1a型2例，占3．3％；2a型2例，占3．3％；1a、1b混合型5例，占8．0％；1b、2a混合型1例，占1．7％；未发现2b、3a和3b型。新方法基因分型结果与测序分型结果一致。结论PCR一逆向点杂交技术可以准确有效和简便经济地进行HCV基因分型．适用于临床检测与流行病学研究。在佛山地区人群中感染的HCV以1b型为主。     

广州地区革兰阴性杆菌CTX-M和OXA型广谱β-内酰胺酶基因分型研究

目的调查广州地区临床分离的革兰阴性杆菌中CTX-M型超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)和OXA型广谱β-内酰胺酶(beta-lactamase,Bla)的主要基因型别及其流行情况.方法按照NCCLS 2001年标准筛选广州地区临床分离菌株的ESBLs表型;用聚合酶链反应(PCR)扩增法和DNA测序法进行ESBLs基因序列分析.结果PCR扩增结果显示,CTX-M1、CTX-M2、CTX-M9群和OXA的总阳性率在本地区临床分离的临床检测ESBLs阳性的革兰阴性杆菌中分别为9.96%、0、35.5%和1.6%,同时检出≥两种ESBLs基因的菌株数64株,阳性率为5.9%;序列分析进一步证实了CTX-M型ESBLs的具体型别,包括CTX-M-3、CTX-M-22、CTX-M-9、CTX-M-14、CTX-M-17、CTX-M-18、CTX-M-21、CTX-M-24、TOHO-2和TOHO-3,其比例分别为3.23%、3.7%、4.99%、3.32%、2.21%、3.69%、2.95%、4.43%、1.85%和1.48%;其中以CTX-M-9和CTX-M-24阳性率较高;在本地区只检出1种OXA型Bla-OXA-2/PSE-2(1.38%,15/1084);另外,还检出了8株无法具体归类的CTX-M-9型ESBLs,占0.74%;CTX-M型基因主要分布于大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中,分别占42.8%和36.3%,而OXA基因则主要分布于铜绿假单胞菌中,占80%.结论本地区CTX-M类ESBLs也较为常见,其中尤以CTX-M-9和CTX-M-24为主,暂无CTX-M2群ESBLs,可能存在1种或多种新的CTX-M型ESBLs.     

快速盐析法提取DNA在HLA基因分型中的应用

采用快速盐析方法提取人类有核细胞ＤＳＡ，并在临床肾移植的ＨＬＡ基因配型中应用。通过对２１０份不同组织来源的样本与标准酚氯仿法同步对比研究显示：快速盐析法提取模板ＤＮＡ，无污染和有害作用；操作简单、快速，总耗时１１０分钟；方法稳定可靠，无一例失败；所获ＤＮＡ质量好，纯度高，达到酚氯仿法所获ＤＮＡ的水平；用于临床肾移植基因型均获成功，与酚氯仿法结果完全相同。证实该法提取的ＤＮＡ适用于临床器官移植基因水