应用基因芯片诊断宫颈石蜡组织样本中人乳头状瘤病毒感染及其临床意义

目的探讨应用基因芯片检测宫颈石蜡组织标本中人乳头状瘤病毒（HPV）感染的可能性及其临床意义。方法收集解放军总医院诊断为宫颈鳞状上皮病变的石蜡组织标本40例,其中宫颈浸润性鳞癌18例,宫颈上皮内瘤变（CIN）Ⅲ12例,CINⅠ4例,CINⅡ6例。从组织中提取DNA后采用基因芯片检测23种常见HPV基因亚型,即PCR扩增后产物在基因芯片上进行杂交。同时选用10例经基因芯片检测16型和18型基因阳性的宫颈鳞癌的石蜡组织切片做原位杂交。基因芯片检测结果与部分原位杂交结果进行比较并分析。结果基因芯片检测的18例宫颈鳞癌HPV高危亚型均为阳性（100％）,其中1例为混合阳性;12例CINⅢ中11例为高危亚型阳性（91．7％）,1例阴性;6例CINⅡ的宫颈病变中高危型5例阳性,低危型1例阳性;4例CINⅠ中有2例低危型阳性、2例阴性;宫颈鳞癌和CINⅢ组与CINⅠ和Ⅱ组比较,差异有统计学意义（U=80．0,P〈0．01）。10例宫颈鳞癌基因芯片HPV16型和18型阳性组织中,原位杂交同型探针6例检测显示阳性。结论HPV基因芯片技术可用于检测多种亚型,特异性强,敏感性高,对HPV感染亚型的鉴别及宫颈癌的预防和治疗具有重要意义。     

Sequence Specificity of Alternating Hydroyprolyl/phosphono Peptide Nucleic Acids against Zebrafish Embryo mRNAs

Morpholino phosphorodiamidate (MO) DNA mimics display excellent water solubility and hybridization properties toward DNA and RNA, and have been utilized in the model vertebrate zebrafish (Danio rerio) for genome-wide, sequence-based, reverse genetic screens during embryonic development. Peptide nucleic acids (PNAs) exhibit excellent mismatch discrimination, nuclease resistance, and protease resistance, but low solubility. Negatively charged DNA mimics composed of alternating residues of trans-4-hydroxy-L-proline peptide nucleic acid monomers and phosphono peptide nucleic acid monomers (HypNA-pPNA) combine all of the positive features of both MOs and PNAs. Thus, we evaluated PNA oligomers and HypNA-pPNA oligomers as an alternative to MOs for oligonucleotide inhibition of gene expression in zebrafish embryos. We observed that HypNA-pPNA 18-mers displayed comparable potency to MO 25-mers as knockdown agents against chordin, notail and uroD, with greater mismatch stringency. Furthermore, we observed that a specific HypNA-pPNA 18-mer elicited the dharma (bozozok)^-/- phenotype in zebrafish embryos, which MO 25-mers do not. These observations validate HypNA-pPNAs as an alternative to MO oligomers for reverse genetic studies. The stronger hybridization and greater specificity of HypNA-pPNAs enable knockdown of mRNAs unaffected by MO oligomers.     

直肠腺瘤和直肠癌中 microRNA 表达谱差异

目的对直肠癌miRNA表达谱进行初步研究,以期发现在直肠癌发生过程中与直肠腺瘤miRNA的差异表达谱,并预测可能受其调控的靶基因。方法选择2011年1～3月于解放军第306医院肠镜检查的直肠癌及直肠腺瘤进行检测,筛选直肠癌、直肠腺瘤组织差异表达的miRNA,并运用生物信息软件分析其靶基因。结果通过miRNAs芯片检测,发现直肠腺癌与直肠腺瘤相比,上调的miRNA 34种,下调8种。预测ZFHX4可能为miR-375的靶基因,预测SMAD2等可能为miR-18a的靶基因。结论与直肠腺瘤相比,直肠腺癌有其特异的miRNA表达谱,miRNA在直肠癌的发生中可能起到重要作用。     

p73基因在卵巢上皮性肿瘤中的表达及甲基化研究

目的 探讨卵巢上皮性肿瘤中p73蛋白的表达和基因启动子的甲基化情况,并观察其与临床病理学特征的关系.方法 制备包括68例卵巢癌、37例卵巢交界性肿瘤和21例卵巢良性肿瘤的组织芯片,用免疫组织化学EnVision法检测上述组织中p73蛋白表达情况,用亚硫酸氧盐修饰后测序法检测13例新鲜卵巢癌组织及5例新鲜卵巢交界性肿瘤组织的p73基因启动子甲基化情况.结果 92.6％ (63/68)的卵巢癌表达p73,p73蛋白总体表达率均值为32％(p73表达率指p73阳性细胞数所占的百分比),其中浆液性癌( 26/26)的表达率均值为40％,高于其他组织类型的癌(P=0.006).按照卵巢癌发病模式区分,Ⅱ型卵巢癌p73表达率均值(40％)高于Ⅰ型卵巢癌(24％),P=0.010.卵巢癌中p73的表达与临床分期及组织学分级无相关性(均P＞0.05).卵巢交界性肿瘤组(30/37)和良性肿瘤组(12/21)p73的总体表达率均值分别为16％和15％,该两组肿瘤中浆液性肿瘤表达率均值均高于黏液性肿瘤(P-0.003,P=0.026).卵巢癌组的p73阳性表达率均值明显高于交界性肿瘤组和良性肿瘤组(均P ＜0.05),交界性肿瘤组与良性肿瘤组比较差异无统计学意义(P＞0.05).浆液性肿瘤( 49/53)中,卵巢癌组(26/26) p73阳性表达率均值明显高于交界性肿瘤组(12/14)和良性肿瘤组(11/13;P =0.024和P=0.002),而卵巢交界性肿瘤组和良性肿瘤组比较差异无统计学意义(P=0.428).黏液性肿瘤(15/27)中,卵巢癌组(6/7)p73阳性表达率均值高于良性肿瘤组( 1/8;p=0.032),而卵巢癌组与卵巢交界性肿瘤组(8/12)、交界性肿瘤组与良性肿瘤组比较,差异均无统计学意义(P=0.234和P=0.201).p73启动子的甲基化结果显示,13例卵巢癌有8例发生甲基化,但每例样本甲基化频率有所不同,总体甲基化频率均值为8.0％.5例交界性肿瘤有2例发生甲基化,总体甲基化频率均值为9.0％,两组比较差异无统计学意义(P＞0.05).卵巢癌组p73甲基化额率与组织类型、发病模式、组织学分级及临床分期均无相关性(均P＞0.05).结论 卵巢上皮性肿瘤多数表达p73,卵巢癌p73的表达率均值明显高于交界性肿瘤和良性肿瘤,浆液性肿瘤高于其他组织类型;p73蛋白表达率与p73基因甲基化程度不存在简单线性相关关系.     

应用基因芯片技术检测人脐带血CD34+细胞体外扩增的巨核细胞基因表达

目的 研究人脐带血CD34+细胞体外扩增巨核细胞的基因表达,从分子水平探讨巨核细胞的表达机制.方法 采用密度梯度离心法和免疫磁珠分选系统获取人脐带血CD34+细胞.100 ng/ml TPO诱导培养12 d后,应用抗CD+41单克隆抗体免疫磁珠法分选巨核细胞.应用基因芯片技术检测巨核细胞、非巨核细胞和meg-01细胞株...     

129株非结核分枝杆菌采用两种分子检测技术行菌种鉴定的结果分析

目的 分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌 (NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16S rRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法 用芯片法和基因测序进行北京地区3个单位129株NTM临床分离株的菌种鉴定,实验操作者之间采用双盲法,对两种鉴定方法的结果进行比较和评价。结果 129株NTM菌株中,有107株进行分枝杆菌基因测序,其中59株为胞内分枝杆菌(55.1%);29株为堪萨斯分枝杆菌(27.1%);5株为龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌(4.7%);3株为鸟分枝杆菌(2.8%);2株为偶发分枝杆菌(1.9%);2株为戈登分枝杆菌(1.9%);1株为蟾蜍分枝杆菌(0.9%);1株为草分枝杆菌(0.9%);1株为瘰疬分枝杆菌(0.9%);4株为其他NTM(3.7%)。有116株进行芯片法分枝杆菌菌种鉴定,且有96株同时进行芯片法和基因测序法检测,两种方法进行菌种鉴定的符合率为88.5%(85/96)。基因测序发现有3株外来菌株,分别为明尼苏达分枝杆菌、熊本分枝杆菌、提门分枝杆菌(M.temen)。结论 北京3家机构NTM菌种以胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌和龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌为主。用芯片法和基因测序对NTM临床分离株进行菌种鉴定的一致率较高。     

基因芯片筛查子宫内膜容受性相关基因的应用

胚胎的顺利着床有赖于子宫内膜对其具有良好的容受能力.深入了解子宫内膜容受性的变化,对确定胚胎移植的时机和提高胚胎种植率具有极其重要的意义.新近发展的基因芯片技术可同时检测同一细胞或组织的大量基因,为研究正常或异常内膜的基因变化及其复杂的内在联系提供了高效的途径.综述基因芯片技术在内膜容受性候选基因的筛查、控制性卵巢刺激...     

利用基因芯片研究六味地黄丸对老年大鼠基因表达的影响

目的:利用基因芯片研究六味地黄丸对老年大鼠基因表达的影响。方法:将40只20月龄SD雄性大鼠分成不用药与用六味地黄丸两组,用药5周后,通过检测相关生化指标,确定用药组与对照组之间具显著差异。提取20只4月龄SD雄性大鼠脾脏mRNA,平均分成两组,分别与老年用药组脾脏mRNA和老年对照组脾脏mRNA配对进行逆转录和芯片杂交实验,获得老年对照组和老年用药组分别和青年组相比,相关基因表达水平的差异,通过比较两组数据,评价六味地黄丸对与衰老相关的基因表达的调节作用。结果:芯片结果显示老年对照组与青年组相比有13个基因表达显著下调,1个基因表达显著上调。而在老年用药组中,14个相关基因的表达水平没有明显变化;而另有2序列与青年组相比表达显著上调。结论:通过基因芯片技术,发现16个基因的表达水平可受六味地黄丸用药的影响。通过深入研究对我们深入理解六味地黄丸抗衰老的分子机制可能有帮助。