新蚤属9种新蚤核糖体DNA ITS2序列变化

本研究分析了新蚤属 9个种 (Neopsyllabidentatiformis,N abagaitui,N mana ,N pleskei,N siboi,N teratura ,N hongyangensis ,N specialis和N paranoma)的核糖体DNAITS2的序列变化 ,其中二齿新蚤包括两个地理种群。结果表明 ,该序列在所研究的种内相对稳定 ,在种间 ,除N abagaitui,N specialis和N paranoma间有较多的变异外 ,其他种间的变异较少甚至没有。种间的碱基替换率为 0～ 2 78%。根据碱基替换速率推算的新蚤属两次分化时间分别为 3 5～ 10百万年和 1百万年以后。结合分子和形态特征 ,可以认为N hongyangensis是N bidentatiformis的姐妹种。根据该序列得到的系统发育关系树和根据线粒体DNA16sRNA基因所得的系统发育关系树基本一致。而N siboi则出现了线粒体基因组和核基因组进化的不一致性 ,说明该种的起源值得进一步研究     

川楝内生真菌的遗传及PKS、NRPS基因的多样性

目的 探明川楝Melia toosendan内生真菌遗传、聚酮合成酶基因（PKS）、非核糖体多肽合成酶基因（NRPS）多样性,为寻找合成生物活性物质的潜在菌株奠定基础。方法 对分离自药用植物川楝的39株内生真菌进行形态学鉴定,并通过PCR技术扩增其ITS序列、PKS基因和NRPS基因,测序后进行BLAST比较和系统发育分析。结果 39株菌株的表型鉴定和系统发育显示,川楝内生真菌分属于青霉属、曲霉属、木霉属等25个属,其中曲霉属（17.9%）、青霉属（15.4%）为川楝内生真菌的优势真菌类群;共得到12个PKS基因和6个NRPS基因,其中NRPS基因都为青霉属。结论 川楝内生真菌具有非常丰富的遗传多样性和较强合成生物活性物质的潜在能力,对青霉属和曲霉属内生真菌可以进行深入研究。     

全球柯萨奇病毒A组6型VP1区进化与正向选择位点分析

目的基于柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6, CV-A6)VP1编码区寻找与其流行强度增加有关的关键氨基酸位点。方法对GenBank数据库中全部CV-A6 VP1编码区核苷酸序列进行筛选, 获得其中的1 533条序列进行比对。使用RAxML软件构建最大似然树。使用Shannon Entropy在线分析工具计算序列的氨基酸置换熵值, 并用Datamonkey在线分析平台通过MEME, SLAC和FUBAR三种方法来分析正向选择位点。结果目前全球流行的CV-A6以D3基因亚型为主。在VP1编码区存在三个高度可变的氨基酸位点, 分别是VP1-5、VP1-30、VP1-137。三种方法均发现VP1-5、VP1-90、VP1-137三个位点在流行中受到过正向选择的作用。结论应继续加强对D3基因亚型CV-A6的监测, D3基因亚型的CV-A6在位于DE环中的VP1-137高度可变且受到了正向选择的作用, 需要加以重视, 并通过进一步研究来确定它与D3亚型广泛流行的关系。     

一株脓毒血症患者血液分离的罕见螺原体鉴定和生物学特性分析

目的对一株自脓毒血症患者血液中分离的罕见螺原体DGKH1进行菌种鉴定和生物学特性分析。方法对DGKH1进行常规细菌培养、染色与形态学观察、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析, 以及基因组测序和基因组相关指数分析, 从而确定其分类学地位;参考人型副支原体和解脲脲原体进行药敏试验。结果分离株DGKH1可以在哥伦比亚血平板、巧克力平板和嗜血巧克力平板上微弱生长, 在含有四环素(4 μg/ml)、多西环素(1 μg/ml)、米诺环素(1 μg/ml)、交沙霉素(2 μg/ml)、罗红霉素(1 μg/ml)、克拉霉素(1 μg/ml)和特利霉素(1 μg/ml)的支原体液体培养基中不生长。在商品化的支原体固体培养基上, DGKH1可形成\"油煎蛋样菌落\", 与人型副支原体相类似。采用常规革兰染色, DGKH1不着色;以磷酸盐缓冲液为基质进行透射电镜观察, 其菌体呈螺旋形。16S rRNA基因测序显示, 分离株与中华绒螯蟹螺原体CCTCC M 207170T相似性最高(99.85%), 但尿素分解试验阳性, 与已知螺原体属菌种存在差异。全基因组系统发育分析显示, 该菌株与中华绒螯蟹...     

两株临床分离的金黄杆菌的鉴定和系统发育分析

目的对临床痰液和中段尿标本分离的SQ219和SQ220进行生物学特性、系统进化和临床意义分析。方法观察菌株的培养特性及生理生化特征;用VITEK2全自动微生物鉴定和药敏分析仪及MALDI-TOF质谱仪鉴定细菌;利用相关软件对细菌16S rRNA和核心基因组作系统发育分析及基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析。结果 SQ219和SQ220为革兰阴性杆菌, 专性需氧, 触酶和氧化酶阳性, 无动力;在30℃、pH7和不含NaCl的培养基中生长最佳;SQ220可在血平板上产生黄色素但SQ219不产生;SQ219和SQ220对氨曲南、阿米卡星、妥布霉素、黏菌素耐药, 与金黄杆菌属药敏表型一致。SQ219和SQ220总长分别为5.08 Mb和4.80 Mb, G+C含量分别为36.72%和36.36%, 均预测到β-内酰胺类耐药基因(blaCGA)。16S rRNA系统发育分析表明SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014T相似性最高, 分别为98.93%和98.36%;核心基因组进化分析显示SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014T的进化关系最近。然而, 两株菌与啤酒神...     

速生薄口螨成螨的形态观察和系统进化分析

目的了解速生薄口螨成螨扫描电镜下形态特征,并探讨该物种与粉螨中其他螨种之间的亲缘关系。方法从纯培养的速生薄口螨中分离出成螨,使用扫描电子显微镜观察其外部形态。提取该螨的DNA, PCR扩增细胞色素氧化酶亚基1 (cox1)基因和内转录间隔区（ITS）并测序,与GenBank上8种粉螨的ITS序列和cox1序列进行比对,采用最大似然法构建系统进化树。结果 扫描电镜下可见速生薄口螨的腹面表皮内突较发达,足Ⅰ表皮内突愈合成胸板,足Ⅱ表皮内突伸达中央,未连接;腹面有2对几丁质环,雄螨位于足Ⅱ～Ⅳ基节之间;雌螨前对几丁质环位于足Ⅱ～Ⅲ之间,后对几丁质环位于足Ⅳ基节水平;雄螨可见生殖褶、叶状瓣及阳茎等结构。PCR扩增和测序结果显示,cox1序列长539 bp, ITS基因片段序列长1 633 bp,与预期一致。ITS序列比对结果显示,速生薄口螨与热带无爪螨（GenBank登录号为KC215362）序列相似性最高为90.41%,与其他粉螨序列相似性为83.33%～89.73%。cox1序列比对结果显示,速生薄口螨与害嗜鳞螨（GenBank登录号为MT075728）序列相似性最高,为83.55%,与其...     

基于PacBio测序的对叶百部叶绿体基因组结构及系统发育分析

目的：获得对叶百部Stemona tuberosa高质量叶绿体基因组信息,明确其结构、序列特征,同时确定对叶百部的系统发育地位。方法：采用Illumina NovaSeq 6000和PacBio RSⅡ平台对对叶百部分别进行建库测序,利用生物信息软件将2个测序平台的数据进行混合组装和碱基校正,最终获得高质量叶绿体基因组,随后对其序列特征、重复序列、基因多样性和系统发育进行分析。结果：对叶百部叶绿体基因组大小为154 379 bp,叶绿体基因组结构为典型环状四段式,1对27 074 bp的反向重复区（IR）,1个大小为17 924 bp的小单拷贝区（SSC）和1个82 307 bp的大单拷贝区（LSC）,平均鸟嘌呤和肥嘧啶所占的比率（GC）含量为37.86%;共注释得到121个基因,包括30个tRNA基因,4个rRNA基因和87蛋白编码基因,其中6个tRNA基因和12个蛋白质编码基因中存在内含子;对叶百部叶绿体基因组中共发现49个长重复序列和59个单核苷酸简单重复序列（SSR）;4个百部属的叶绿体基因组比较分析表明ycf1和ndhF基因具有高度多样性;基于叶绿体基因组构建的系统发育树与对...     

黄背草与2种菅属植物叶绿体基因组特征比较及系统发育分析

目的 以黄背草Themeda japonica为试验材料,比较分析其与阿拉伯黄背草T. triandra、中华菅T. quadrivalvis2种同属植物的叶绿体基因组特征及其与近缘物种的系统发育关系。方法 采用Illumina HiSeq高通量测序平台首次对黄背草叶绿体基因组进行测序,使用SPAdes和CpGAVAS2分别对其进行组装和注释,并用Codon W、DnaSP和MISA等对其与2种同属植物进行一系列比较基因组分析,利用最大似然法（maximum likelihood,ML）构建系统进化树。结果 3个叶绿体基因组全长为138 735～138 961 bp,具有典型的四分体结构,共注释出129个基因;黄背草与其同属的2个物种相比,反向重复区（inverted repeats,IR）收缩了2132 bp,大单拷贝区（large single copy region,LSC）扩张了约4000 bp,而小单拷贝区（small single copy region,SSC）变化不大。密码子偏好性分析显示,3个叶绿体基因组相对丰度最大和最小的密码子都相同,同义密码子相对使用丰度略有不同...     

桔梗叶绿体比较基因组学分析及系统发育研究

目的 以桔梗Platycodon grandiflorus为材料,分析其叶绿体基因组特征,探究不同地区桔梗叶绿体基因组的差异及桔梗科其他物种的系统发育关系。方法 利用Illumina NovaSeq测序平台对桔梗叶绿体全基因组进行测序,完成其组装、注释和特征分析,采用生物信息学方法对不同地区桔梗进行比较基因组分析和系统发育分析。结果 桔梗叶绿体基因组全长172 770 bp,呈现典型的环状四分体结构,总GC含量为38.10%,注释到139个基因,其中蛋白质编码基因95个,核糖体RNA 8个和转运RNA 36个。经序列分析鉴定出139个SSR位点,大部分重复由A和T组成。该叶绿体基因组密码子偏好性A/U大于G/C。边界分析表明,不同地区桔梗的JLA边界区域存在差异。对比不同地区桔梗叶绿体基因组序列发现21个变异区间,包括ycf1、psbC、rps18和rpoB等编码区以及rpl32-trnL、trnS-psbZ和trnN-ycf1等非编码区。基于最大似然法（maximum likelihood method,ML）对桔梗及其他17种桔梗科植物进行系统发育分析,发现桔梗科物种形成一个单系群,各属物种聚为一束,支持率达100%。结论 桔梗科物种聚为一支与传统相符合,不同地区桔梗叶绿体基因组序列存在显著差异,为后期开展分子鉴定及群体遗传学研究提供提供科学依据。     

濒危紫皮石斛叶绿体基因组结构及系统发育分析

目的 解析紫皮石斛Dendrobium devonianum叶绿体基因组特征,并探讨石斛属系统发育关系。方法 采用Illumina技术对紫皮石斛进行测序,对其叶绿体基因组进行组装、注释和分析,并基于共有编码基因序列构建系统发育树。结果 紫皮石斛叶绿体基因大小为146 493 bp,总GC含量为37.4%;其大单拷贝区、小单拷贝区长度分别为84 932、13 036 bp,反向互补重复区为24 263 bp;共编码118个基因,包括72个蛋白质编码基因,38个tRNA基因和8个rRNA基因。密码子偏好分析表明,亮氨酸是紫皮石斛叶绿体基因组中使用频次最高的氨基酸。系统发育分析表明,紫皮石斛未形成单系,与兜唇石斛D.aphyllum构成姊妹关系;瘦轴组的重唇石斛D.hercoglossum和钩状石斛D.aduncum与石斛组其他物种聚为一支。结论 紫皮石斛叶绿体基因组呈典型四分体结构,其与兜唇石斛亲缘关系最近;瘦轴组的重唇石斛和钩状石斛与石斛组亲缘关系更近,并入石斛组更合理。