海盐弗朗西斯菌的系统发育与毒力基因分析

目的研究海盐弗朗西斯菌(Francisella salimarina)的系统发育和毒力基因分布情况。方法纳入GenBank数据库中的相关基因组数据, 对海盐弗朗西斯菌及邻近菌种进行系统发育分析, 分析16S rRNA基因、rpoB基因、mdh基因等单个基因与核心基因组系统发育的一致性, 基于毒力因子数据库和抗生素耐药基因数据库注释并分析毒力基因及耐药基因。以蜃楼弗朗西斯菌(Francisella philomiragia) ATCC 25015T为参考, 采用大蜡螟幼虫感染试验评估海盐弗朗西斯菌的毒力。结果海盐弗朗西斯菌在系统发育上与蜃楼弗朗西斯菌亲缘关系最为相近。系统发育树比较发现, mdh基因系统发育树与核心基因组系统发育树高度相似。而单基因系统发育分析显示, 基于16S rRNA基因和mdh基因序列分析均能鉴别海盐弗朗西斯菌及邻近菌种, 但mdh基因具有更强的区分能力。8株海盐弗朗西斯菌共检出多种毒力基因, 主要与分泌系统、黏附、免疫调节、运动和应激生存相关。此外, 8株菌均检测到β-内酰胺类耐药基因blaFPH。该菌在大蜡螟幼虫感染试验中表现出较高的致死能力, 与蜃楼弗朗西斯菌...     

2014-2019年山东省潍坊市流行的肠道病毒A组71型的VP1区基因特征分析

目的 了解2014—2019年山东省潍坊市流行的肠道病毒A组71型（EV71）VP1区基因遗传特征、进化关系及VP1区密码子所处的选择性压力。方法 随机选取2014—2019年潍坊市EV71感染手足口病患者的阳性标本，经人横纹肌肉瘤细胞分离培养后提取病毒总RNA，采用反转录聚合酶链式反应对VP1区基因扩增后进行序列测定，并分析与EV71各基因型代表株的核苷酸及氨基酸的同源性，构建2008年以来我国不同省份EV71及本地EV71 VP1区系统进化树。通过Datamonkey在线服务器采用单似然祖先计数（SLAC）及固定效应可能性模型（FEL）方法对C4a亚型VP1区密码子进行选择性压力分析。结果 共获得的41株本地EV71毒株，均与C4a基因亚型的同源性最高，核苷酸同源性为94.9%～98.2%，氨基酸同源性为98.3%～99.6%。系统进化树显示本地EV71毒株均属C4a基因亚型，形成2个明显的支系，每一分支中既有成簇毒株也有散在分布毒株，并与多地毒株亲缘关系较近。采用SLAC和FEL分别鉴定出136和190个密码子为负向选择性压力位点，不存在正向选择性压力位点。结论 2014—201...     

南京地区成人上呼吸道感染患者鼻病毒分子流行病学特征分析

目的分析南京地区成人上呼吸道感染(upper respiratory tract infection, URTI)患者人鼻病毒(human rhinovirus, HRV)的感染特征及流行特征。方法收集2021年10月—2022年9月南京地区成人上呼吸道感染患者的流行病学资料, 采集临床标本使用荧光定量逆转录聚合酶链反应开展14种常见呼吸道病毒的检测;对HRV阳性标本VP4/VP2编码区基因扩增测序并做进化分析。结果共收集399份上呼吸道感染患者的咽拭子样本, 呼吸道病毒的总体阳性检出率为28.07%(112/399), 其中HRV的检出率最高, 达到9.52%(38/399);38株HRV阳性标本中37株成功测序, 共鉴定为3种基因型, 分别为13株HRV-A、14株HRV-B、10株HRV-C, 涉及25种血清型;其中3种HRV的基因型呈现交替流行或共流行。结论 HRV是2021年10月—2022年9月南京地区成人上呼吸道感染者的主要病原体, 且HRV-A、B、C三种基因型共流行或交替流行。     

云南省部分地区HIV/HCV共感染患者NS5B基因遗传进化及C316 N耐药位点分析北大核心CSCD

云南省流行的HCV基因亚型较多，HIV与HCV具有相同的传播途径，共感染率高[1]，两种病毒共感染加重患者肝损伤，病死率升高[2-3]，治疗难度增大。目前治疗HCV主要采用直接抗病毒药物(direct-actingantiviralagents,DAAs)疗法，但耐药位点(resistance-associated substitutions,RASs)的存在导致抗病毒治疗效果降低，甚至治疗失败[4]。     

卵叶远志叶绿体基因组序列特征与系统发育分析

目的 解析卵叶远志Polygala sibirica叶绿体因组的序列特征和系统发育关系。方法 利用CTAB法提取卵叶远志叶片基因组DNA，通过IlluminaHi Seq平台测序，再用Get Cellelle组装叶绿体基因组，通过MEGA11构建邻接法（neighbor-joining,NJ法）系统发育树。结果 卵叶远志的叶绿体基因组全长165192bp,GC含量为36.70%，共编码124个基因，其中包含8个rRNA基因、42个tRNA基因和74个蛋白编码基因；相对同义密码子使用度显示，67.29%的密码子的使用度>1，密码子偏好A、T结尾；共检测到287个简单重复序列（simple sequence repeats,SSR），其中以单核苷酸重复次数最多，占80.61%，单核苷酸主要由A和T组成，这表明在碱基形成过程中A和T被频繁使用；边界分析显示，9种远志属植物叶绿体基因组边界较为稳定，卵叶远志、香港远志P. hongkongensis、远志P. tenuifolia、瓜子金P. japonica和合叶草P. subopposite基因结构存在相似性；变异分析显示，9种远志属...     

安徽岳西野生茅苍术叶绿体全基因组测序及系统发育研究

基于高通量测序技术获得安徽岳西产野生茅苍术Atractylodes lancea叶绿体全基因组序列，进行叶绿体全基因组结构及特征分析，为研究茅苍术的物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护奠定了基础。使用改良的CTAB方法提取茅苍术的DNA;采用高通量测序技术进行测序，利用metaSPAdes进行组装，利用CPGAVAS2进行注释；利用生物信息学方法对茅苍术叶绿体基因组进行重复单元分析、IR边界分析、密码子偏性分析和系统发育树分析。获得茅苍术叶绿体全基因组的全长为153 178 bp,包含1个84 226 bp的大单拷贝区(large single copy, LSC)和1个18 658 bp的小单拷贝区(small single copy, SSC),它们被2个25 147 bp的反向重复序列(inverted repeat sequence, IRs)隔开。茅苍术叶绿体基因组的GC量为37.7%,可编码注释124个基因，包含87个蛋白质编码基因、29个tRNA基因和8个rRNA基因。其具有26 287个密码子，可编码20种氨基酸。系统进化分析表明，苍术属的植物聚为一个分支结构，其中茅苍术...     

尾花细辛与花叶细辛叶绿体基因组比较及系统发育分析

本研究通过Illumina高通量测序技术对细辛属药用植物尾花细辛(Asarum caudigerum Hance)和花叶细辛(A. cardiophyllum Franchet)进行了叶绿体基因组测序,利用生物信息学分析方法进行组装、注释和结构特征分析,并与已发表的12个马兜铃科植物叶绿体基因组进行了系统发育分析。结果显示,尾花细辛和花叶细辛叶绿体基因组全长为186 215～186 985 bp,大单拷贝区(LSC)长度为89 445～90 169 bp,两个反向互补重复区(IRs)长48 387～48 408 bp。两者叶绿体基因组中的GC含量为37.4%～37.5%,共注释到144个基因,包括98个蛋白编码基因(PCGs), 38个tRNA基因和8个rRNA基因。此外,在细辛属叶绿体基因组中检测到复杂的基因组重排现象;同时,对序列的离散型进行可视化评估表明,非编码区变异水平高于编码区。系统发育结果显示,尾花细辛与长毛细辛聚为一支,花叶细辛、汉城细辛、A. misandrum和A. maculatum则聚为一支,且这两支互为姊妹关系。本研究为细辛属物种分子鉴定、系统发育及分子植物育种...     

福建省福州市食源性疾病暴发事件副溶血弧菌基因组遗传特征分析

目的 获得福建省福州市四起暴发事件分离的副溶血弧菌序列分布特点，并分析不同菌株间遗传关系。方法 对19株副溶血弧菌进行全基因组序列测定，使用相应的生物信息学软件对测序数据进行基因组装和基因预测，借助相关数据库获得不同菌株的多位点序列分型、耐药基因和毒力基因情况，采取最大似然法构建系统发育树。结果 19株副溶血弧菌依据7个管家基因分型，得到4种序列型（ST），其中ST3为优势型，1株菌暂定为未知型。全部菌株均携带β-内酰胺类和四环素类抗生素耐药基因，同时携带影响宿主细胞致病力的重要毒力基因。2种喹诺酮类耐药基因和trh毒力基因仅在F265菌株中检出。全基因组系统发育树进化分析结果显示，暴发菌株被分成3个进化分支，E2019、E2020-1和E2020-2的菌株主要集中在lineage B进化分支，E2018的菌株均在lineage C进化分支。结论 四起暴发事件由ST3克隆复合体主导，并伴随其他ST型别菌株的影响。同起暴发事件分离菌株具有遗传多样性，菌株测序数据为暴发事件溯源提供技术支持。     

流感嗜血杆菌多位点序列分型及同源性分析

目的?了解流感嗜血杆菌耐药率变化及多位点序列分型，进行同源性分析，减少医院感染和多重耐药菌株的发生。方法?收集解放军总医院第六医学中心2015—2022年临床分离的108株流感嗜血杆菌，使用K-B法进行药物敏感性试验；采用多位点序列分析进行序列分型（sequence typing, ST）；采用MEGA 7.0软件的Neighbor-Joining法和Phyloviz 8.0软件的goeBURST算法构建系统发育树和最小生成树分析菌株同源性。结果?近几年流感嗜血杆菌对氨苄西林、复方新诺明耐药率＞60%；108株菌中，5株未能与数据库匹配，103株菌有20种ST型别，主要为ST-487（58株，占53.70%）和ST-147（19株，占17.59%）；系统发育树分为2组，除ST-834和ST-1242 2种型别分布在Ⅱ组外，其余型别在Ⅰ组；最小发育树提示2大分支ST-487和ST-147都与ST-103有相关性。结论?院内分离的流感嗜血杆菌多数菌株存在亲缘进化关系；多重耐药的流感嗜血杆菌在我院不同科室相继检出，提示编码耐药基因的质粒在病区间传播。