基于线粒体COI基因分析广州市15个白纹伊蚊种群的遗传多样性

目的 探讨广州市白纹伊蚊不同地理种群的遗传多样性、遗传分化和系统发育关系。方法 本实验于2020年9月至2020年11月期间,采集广州市11个行政区的共计15个白纹伊蚊种群。单只蚊虫提取基因组DNA,通过PCR法扩增COI基因序列并测序,获得的序列在GenBank上经过BLAST比对。BioEdit 7.2软件观察序列峰图。MEGA X软件对齐序列,分析碱基组成,构建系统发育树(NJ法)。DNAsp 6.12软件分析位点多态性,单倍型及其多样性,进行错配分布分析。Arlequin 3.5软件进行分子变异分析、进行中性检验。DAMBE 7.2软件分析序列的系统发育信号。 PopART 1.7软件构建单倍型网络图(Median joining法)。结果 广州市15个白纹伊蚊种群共获得642条序列,其长度为603 bp。A碱基加T碱基平均含量是67.5%,符合线粒体DNA的AT偏向性。单倍型分析共检出45种单倍型,其中单倍型1为优势单倍型。中性检验表明广州市部分种群不符合中性理论,但大部分种群都经历过种群扩张,而错配分布却表明仅有少部分种群经历过种群扩张。Mantel检验表明15个白纹伊蚊种群不存在地理隔离现象。种群遗传分化显示各种群间交流较频繁,且种群间的遗传分化很低,差异更多来自于个体间。结论 广州市的白纹伊蚊种群间基因交流较频繁,遗传分化小,遗传多样性偏低。这可能使不同地理种群的白纹伊蚊具有相似的媒介能力。     

4种病原菌特异基因片段阳性蜱的16S rRNA基因克隆文库分析

Objective To develop the method of 16S rRNA gene clone library for tick bacterial flora analysis, and to analyze the detection effective of pathogens in tick and capacity of bacterial flora diversity. Methods Primers were designed according to the specific gene of Borrelia burgdorferi, Bartonella henselae, Anaplasma phagocytophilum, Ehrlichia chaffeensis and templates were choosen by positive PCR result to amplify the DNA extracted from the ticks. One set of primers targeting 16S rRNA gene conserved region were chosen to amplify certain fragments, DNA extraction, PCR reaction, cloning and sequencing. Nucleotide sequences were compared with GenBank database. Calculated Coverage values of clone library and Shannon-Wiener diversity index. Results Sixteen defined genus-or species-bacteria were detected in 103 valid sequences. Eight species were edge type (Clone No. > 5). Three kinds of pathogens were identified (Borrelia burgdorferi, Bartonella henselae and Rickettsia sp). Three kinds of pathogens were not edge type(Clone No. < 5). Coverage value was 96.11%, and Shannon-Wiener index was 2.40. Analysis results of cloning sequence showed that tick-parasitic bacteria mainly were α and γ deformation mycetes which accounted for 56.25% (9/16). Conclusions The 16S rRNA gene sequences technology could make relative quantitative of bacterial flora, and detect many kinds of pathogens in tick. It's a good method for detection of pathogens and bacterial flora analysis.     

抗菌药最新知见（一）

1、MRSA与VRSA甲氧青霉素敏感性金葡球菌(MSSA)一旦产生葡萄球菌盒染色体(SCC)mec，即变为MRSA。自1990年以来，具有极其多样性遗传学背景的金葡球菌以Ⅳ及Ⅴ型SCCmec而变化为MRSA，现已有Ⅰ～Ⅴ之5型和Ⅱb、Ⅲrev、Ⅳb、Ⅳc与Ⅳd之5个亚型(Ito2004)。如今，此已     

4种病原菌特异基因片段阳性蜱的16S rRNA基因克隆文库分析

Objective To develop the method of 16S rRNA gene clone library for tick bacterial flora analysis, and to analyze the detection effective of pathogens in tick and capacity of bacterial flora diversity. Methods Primers were designed according to the specific gene of Borrelia burgdorferi, Bartonella henselae, Anaplasma phagocytophilum, Ehrlichia chaffeensis and templates were choosen by positive PCR result to amplify the DNA extracted from the ticks. One set of primers targeting 16S rRNA gene conserved region were chosen to amplify certain fragments, DNA extraction, PCR reaction, cloning and sequencing. Nucleotide sequences were compared with GenBank database. Calculated Coverage values of clone library and Shannon-Wiener diversity index. Results Sixteen defined genus-or species-bacteria were detected in 103 valid sequences. Eight species were edge type (Clone No. > 5). Three kinds of pathogens were identified (Borrelia burgdorferi, Bartonella henselae and Rickettsia sp). Three kinds of pathogens were not edge type(Clone No. < 5). Coverage value was 96.11%, and Shannon-Wiener index was 2.40. Analysis results of cloning sequence showed that tick-parasitic bacteria mainly were α and γ deformation mycetes which accounted for 56.25% (9/16). Conclusions The 16S rRNA gene sequences technology could make relative quantitative of bacterial flora, and detect many kinds of pathogens in tick. It's a good method for detection of pathogens and bacterial flora analysis.     

滇西南山地农耕区蚤类物种多样性空间分布特征与鼠疫关系

为调查和分析云南西南部山地农耕区蚤类物种多样性空间分布格局、特征及其与人间鼠疫的关系,本文以云南西南部家鼠鼠疫疫源地中的耿马、临沧、陇川、龙陵、盈江、梁河、腾冲和云龙8县市为调查研究的空间范围,对各县市多个乡镇农耕区进行小型兽类及寄生蚤类的调查取样,所获蚤类数据进行群落组织水平的测定和统计学处理,就当地蚤类物种多样性空间分布格局与人间鼠疫之间的关系进行分析和探讨.结果 显示,(1)共捕获小型兽类2890只,隶属于7科19属35种;共采集宿主寄生蚤类2840只,隶属于6科16属27种.其中,印鼠客蚤(44.26％)和缓慢细蚤(20.39％)为数量上的优势种,偏远古蚤(8.56％)、长形病蚤(7.71％)和泸水栉眼蚤(6.76％)3蚤种数量相对较多,为当地的优势种,而其余的蚤种数量都相对较少;(2)蚤类水平分布和海拔分布的聚类分析结果显示均可聚为3类,它们整体反映了各调查样区或取样地点的地理位置、海拔高度和气候环境条件对农耕区蚤类群落和物种的组成、分布具有重要影响;(3)蚤类的Cody指数(β-多样性)沿海拔梯度的增加呈先逐步降低,后再升高的趋势,Sorenson指数随海拔增高呈先升高后降低的单峰分布格局,它们整体反映了滇西南山地农耕区蚤类群落和物种的组成与区系分布在2000～2500 m较高海拔的区域间发生了较大的变化;(4)蚤类的物种丰富度(γ-多样性)沿海拔梯度带变化规律总体呈现了随海拔升高呈先增高后降低的偏单峰分布格局,最大峰值出现在海拔1500～2000 m间,即在云南3类不同气候温层农耕区中,以中暖层气候农耕区蚤类物种丰富度最高;(5)蚤类的物种多样性指数(α-多样性)以腾冲市最高(1.9178),其他依次为梁河(1.6425)、云龙(1.6391)、陇川(1.5071)、龙陵(1.4948)、盈江(1.4778)、临沧(0.9402),而最低为耿马(0.2753);(6)蚤类的物种多样性、丰富度、均匀度、生态优势度和总蚤指数与人间鼠疫病例构成比之间的相关分析结果显示:物种多样性、均匀度与人间鼠疫均呈显著负相关,而生态优势度与人间鼠疫呈显著正相关;但总蚤指数与物种多样性、均匀度、生态优势度、物种丰富度和病例构成比均不相关.结果 表明,在蚤类物种多样性、均匀度高而生态优势度较低的区域,人间鼠疫发生率较低或未发生鼠疫,反之,人间鼠疫的发生率则较高;(7)优势种印鼠客蚤物种多度及其空间分布特征与人间鼠疫的发生与否和流行强度之间都具有重要关系.结果 表明滇西南家鼠鼠疫疫源地农耕区蚤类物种多样性和优势种印鼠客蚤物种多度的空间分布格局和特征与当地人间鼠疫的发生与否、流行强度都存在重要的关系.     

云南香格里拉山地自然风景区蚤类多样性的研究

蚤类是传播多种自然疫源性疾病的重要媒介昆虫,人类在自然风景区户外活动时存在被其叮咬而感染虫媒传染病的风险。为了解云南香格里拉县主要山地自然风景区蚤类的多样性状况,2005年秋,我们选择了虎跳峡、哈巴雪山、白水台、千湖山和红山5个不同海拔高度的自然风景区为调查研究的空间范围,应用夹线法捕小型兽类并收集其体表寄生蚤类进行调查取样,对蚤类多样性、群落相似性和蚤类与宿主关系进行了测度和比较研究。结果显示：（1）共捕获蚤类633只,隶属4科19属34种,其中发现云南省1新纪录属及种（喜马狭蚤Stenoponiahimalayana）,当地新纪录蚤类10种（亚种）,显示当地山地自然风景区内蚤种丰富;（2）红山和千湖山景区蚤种丰富度较高（各18种）和物种多样性也较高（分别为2．50和2．18）,而虎跳峡景区捕获的蚤类丰富度（8种）和物种多样性指数（1．79）最低,蚤类物种丰富度和Shannon—Wienor指数均随着景区海拔的升高呈递增趋势;（3）综合分析Jaccard指数和聚类分析的结果,5个风景区被划为虎跳峡-哈巴雪山-白水台、千湖山-红山两个类型,相对植被和水湿条件而言,人为干扰或是导致这一结果更重要的原因;（4）5个自然风景区蚤类群落与宿主群落丰富度的Spearman秩相关系数为0．24,Shannon—Wiener指数的Spearman秩相关系数为0．60,显示5个景区的蚤类多样性与宿主多样性无相关。     

加系SPF大白猪和长白猪群体遗传学分析

【摘要】目的 研究中国农业科学院哈尔滨兽医研究所从加拿大引进的SPF大白猪和长白猪的遗传学背景。方法 试验采用19对微卫星引物对该群体进行群体遗传学分析。结果 19个位点在大白猪群中检测到84个等位基因,长白猪群中检测到89个等位基因。大白猪的平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.5271和0.5877;长白猪的平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.5652和0.6066。由于S0155,S0143,S0178,Sw857和Sw936位点内等位基因大小和含量差异显著（P>0.01）可作为大白猪和长白猪品种鉴定的候选位点。F-统计和迁移率分析结果表明,群体内的分化较小,遗传结构稳定。结论 此次引进加系SPF纯种大白猪和长白猪的遗传结构与国内部分纯种大白猪和长白猪相比更为稳定,可作为实验动物模型应用于动物医学和科学研究。     

孤独症谱系障碍儿童肠道菌群多样性与Treg-Th17的相关性研究

目的 调查分析孤独症谱系障碍(atism spectrum disorder,ASD)儿童肠道菌群多样性情况,探究其与Treg-Th17的相关性。 方法 选择2016年10月—2019年4月金华市中心医院49例孤独症谱系障碍患儿纳入研究(ASD组),另选50例健康体检儿童为健康对照组。测定外周静脉血单个核细胞(PBMC)内Treg、Th17含量及Treg/Th17比值,经ELISA检测血清TGF-β1、IL-17指标,观察肠道菌群多样性与Treg-Th17相关性。 结果 ASD组肠道内双歧杆菌、大肠埃希菌基因拷贝数及B/E值低于健康对照组(均P<0.05);ASD组PBMC内Treg细胞数量、Treg/Th17值低于健康对照组,但PBMC内Th17细胞数量高于健康对照组(均P<0.05);ASD组血浆IL-17[(311.28±29.83)ng/L]高于健康对照组[(104.96±17.51)ng/L],血浆TGF-β1水平[(28.33±8.14)ng/L]低于健康对照组[(101.84±12.76)ng/L,t=42.070、34.095,均P<0.05]。经Pearson相关性分析发现,肠道B/E值和Treg、Th17及Treg/Th17值呈正相关(r=0.522、0.416、0.323,均P<0.05)。 结论 孤独症谱系障碍患儿的肠黏膜屏障功能紊乱,主要表现为免疫屏障作用减弱、肠道微生态失衡,且肠道菌群介导性耐受异常,贯穿于孤独症谱系障碍病理过程。      

PCR-DGGE检测早期儿童龋治疗前后口腔菌群多样性的初步研究

目的:应用PCR-变性梯度凝胶电泳技术(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术检测早期儿童龋治疗前后唾液中微生物多样性的变化。方法:选取北京大学燕东幼儿园22名3～5岁儿童进行口腔检查,在龋齿治疗前和治疗后2周分别取样,采用PCR-DGGE技术检测受试儿童唾液样本,分析治疗前后唾液微生物多样性的变化。结果:治疗前唾液样本DGGE条带数为23±2.9,治疗后唾液样本DGGE条带数为28±4.1,差异有显著性(P<0.01);在同一时期内各唾液样本DGGE图谱的相似性高于不同时期样本之间。结论:PCR-DGGE技术可用于与龋病相关细菌的生物多样性的研究以及监测微生物群落组成的动态变化。