参薯种质遗传多样性的ISSR分析

目的:研究参薯亲缘关系和遗传多样性.方法:收集20个样品并对其原植物进行鉴定,样品进行ISSR分析,NTSYS-pc计算遗传相似系数,UPGMA方法聚类.结果:20个样品被鉴定为参薯、褐苞薯蓣、山薯.参薯与褐苞薯蓣、山薯存在明细的遗传差异,且其种内差异十分显著,遗传相似性系数为0.672 9～0.990 7.UPGMA聚类显示参薯种内16个样品可划分为4组,对照样品原植物表型特征,可见断面颜色及块茎支根数是评价参薯种质亲缘关系的重要依据.结论:参薯种内遗传多样性水平高,研究为山药区分提供了分子生物学依据,也为参薯新品种选育奠定了基础.     

川产贝母种质资源遗传多样性的ISSR分析

目的:为阐明川产贝母资源间亲缘关系提供更多证据.方法:利用ISSR分子标记技术对川产10个种1变种共19份材料进行分析,采用NTSYS软件计算材料间相似系数,并用UPGMA法构建了系统树.结果:从35个ISSR引物中共筛选出11个多态性明显、反应稳定的引物,在19份供试材料DNA中共扩增出179条谱带,其中多态性条带163条,占86.8%.材料间ISSR标记遗传相似性系数(GS)在0.569～0.855.聚类分析结果显示,所有供试材料均可区分开,并聚为4组.第1组包括川贝母、甘肃贝母、长腺贝母和短丝贝母,第Ⅱ组由暗紫贝母和浓蜜贝母组成,槽鳞贝母、浙贝母、瓦布贝母和梭砂贝母聚为第Ⅲ组,湖北贝母单独为第Ⅳ组.试验结果还表明,来源于同一地区的多数川产贝母材料可分别聚在一起.结论:ISSR标记适用于川产贝母资源的遗传多样性研究,但药典收载的川贝母药材的4种基原植物种间及其与其他川产贝母属各物种间尚不能仅通过采用ISSR标记技术进行分子鉴定.此外,ISSR聚类结果同川产贝母资源的地理分布有一定关系.     

利用SRAP和ISSR标记分析川党参的 遗传多样性

目的:川党参Codonopsis tangshen的遗传多样性研究.方法:对18个不同来源地的川党参种质进行SRAP(sequence-related amplified polymorphism),ISSR (inter simple sequence repeat)分析.利用TREECONW软件分析遗传相似系数,UPGMA方法构建亲缘关系系统图.结果:29条SRAP引物组合共得到329条扩增条带,其中有266条呈现多态性,占80.85%,平均遗传相似系数为0.712 1.21条ISSR引物共得到223条扩增条带,其中有166条呈现多态性,占74.44%,平均遗传相似系数为0.778 1.2种标记均表明川党参具有较高的遗传多样性.聚类结果显示川党参种质亲缘关系与地理分布相关性不显著.2种标记系统得到了相似但并不完全相同的聚类图,2种标记方法间存在显著相关性(r=0.802,P＜0.01).结论:川党参种质的遗传多样性水平较高.SRAP与ISSR标记均适用于川党参种质的遗传多样性分析.     

贵州思南黄牛线粒体DNA D-loop区全序列多态性分析

为了解贵州思南黄牛的遗传多样性及遗传背景,我们测定了21个个体线粒体DNA D-loop区序列。检测到8种单倍型,4种为普通牛血统的单倍型,4种为瘤牛血统的单倍型,表明思南黄牛同时受普通牛和瘤牛的影响。这对于思南黄牛的保种及持续利用有着重要的理论指导意义。     

基于高通量测序的鼠类肠道细菌群落多样性分析

目的 探明鼠类肠道细菌群落组成和多样性.方法 分离鼠类完整肠道并提取总DNA,利用Oxford Nanopore Technologies公司(MK1C)的纳米孔单分子测序技术对其肠道细菌16S rRNA的全区序列进行测序,统计肠道细菌的操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数量,...     

新疆驴盲肠细菌多样性分析

为探索新疆驴耐粗饲的根本原因,本试验选取新疆驴6头,以16s rRNA文库法,对新疆驴盲肠细菌进行了系统的分类和鉴定.研究结果表明,新疆驴盲肠细菌资源丰富,共获得Verrucomicrobiae,Spirochaetales,Gammaproteobacteria,Deltaproteobacteria,Bacteroidetes,Bacilli,Negativicutes,Erysipelotrichia 以及Clostridia共9个纲的细菌.其中厚壁菌门的Clostridia为新疆驴盲肠优势细菌(约占盲肠细菌总量的83％).对梭状芽胞杆菌纲进一步分类发现,其所有克隆全部归属于梭菌目(Clostridiales),其中,Ruminococcaceae与Lachnospiraceae分别为梭菌目的两大优势菌科.上述结果说明,厚壁菌门的Ruminococcaceae与Lachnospiraceae的细菌是新疆驴盲肠内的优势菌群,在新疆驴耐粗饲方面可能起重要作用.     

基于高通量测序中江丹参“发汗”过程中优势微生物群落与主要药效成分相关性研究

目的 探究中江丹参Salvia miltiorrhiza“发汗”过程中主要微生物群落及变化特征,以及优势微生物群落与主要药效成分之间的关系,以科学阐释传统“发汗”加工方式对中江丹参品质的影响。方法 采用高通量测序技术对“发汗”过程中江丹参的微生物多样性进行研究,结合化学品质分析,将优势微生物群落丰度与“发汗”丹参主要药效成分含量相关联,以期进一步判定“发汗”过程中影响中江丹参药材品质的主要微生物群落。结果 21个中江丹参“发汗”样品共检出221个真菌菌属,677个细菌菌属。“发汗”过程中始终存在的优势真菌有小戴卫霉属Davidiella、轮枝菌属Verticillium;优势细菌有绿菌门未归类菌属Chloroplast＿unclassified和根瘤菌属未归类菌属Mitochondria＿unclassified 2个未归类菌属,已知细菌有节细菌属Arthrobacter、链霉菌属Streptomyces等。同时,相关性研究表明,真菌小戴卫霉属与样品中紫草酸含量呈显著负相关;子囊菌门未归类霉属Ascomycota＿unclassified与丹参酮ⅡA含量呈显著正相关。细菌绿菌门未归类菌...     

毛花猕猴桃可培养内生真菌菌群结构、多样性及生物活性分析

目的 探讨毛花猕猴桃Actinidia eriantha可培养内生真菌的菌群结构、多样性、分布规律及其活性,为内生真菌资源利用提供依据。方法 对毛花猕猴桃3个部位（根、茎、叶）内生真菌进行分离、纯化与ITS分子鉴定,分析其菌群结构、多样性与分布规律;采用拟南芥共培养、病原菌平板对峙的方法,对内生真菌进行促生与病原菌拮抗活性筛选。结果 共分离得到2 446株内生真菌,分为156个形态型,ITS分子鉴定为49个分类单位,归属于真菌界3门5纲10目14科18属,其中子囊菌门真菌数量最多,占比94.89%;根、茎、叶共有菌30种,其中Trichoderma spirale是根的特有种,Bionectria ochroleuca是茎的特有种;Shannon-Wiener（H’）以茎多样性指数最高,Simpson指数（D）以叶多样性指数最高;筛选得到显著促拟南芥生长活性的内生真菌AE16,鉴定为Clonostachys sp.,其共生拟南芥鲜质量增长率为（37.13±10.35）%;具有显著抑菌活性的内生真菌11株（木霉属10株,白僵菌属1株）,其中AE175（Trichodermasp.）抑制效果最好,相对抑菌率为（87.59±9.36）%。结论 畲药毛花猕猴桃内生真菌资源丰富,筛选得到的活性菌株为毛花猕猴桃内生真菌资源开发和利用提供依据。     

贵州省鼠伤寒沙门菌单相变异株的CRISPR基因型和遗传多样性研究北大核心CSCD

目的了解贵州省鼠伤寒沙门菌单相变异株规律的成簇间隔短回文重复序列(CRISPR)的基因型及遗传多样性,为贵州省沙门菌病的预防控制提供依据。方法对分离自2013—2018年贵州省7个市(州)的71株疑似鼠伤寒沙门菌单相变异株进行系统生化鉴定及血清分型,结合双重PCR法确定疑似菌株为鼠伤寒沙门菌单相变异株。提取鼠伤寒沙门菌单相变异株的DNA作为模板,进行CRISPR1和CRISPR2的PCR扩增,将阳性扩增产物进一步测序,获得菌株的CRISPR1和CRISPR2间隔序列,根据间隔序列的组成,确定CRISPR基因型,并使用Bionumerics软件对菌株进行遗传多样性分析。结果71株疑似鼠伤寒沙门菌单相变异菌株经系统生化鉴定、血清分型及双重PCR法鉴定为鼠伤寒沙门菌单相变异株,经CRISPR1和CRISPR2两个位点的PCR扩增和产物测序,71株菌共检测到163个间隔序列,其中CRISPR1有102个,CRISPR2有61个。联合CRISPR1和CRISPR2两个位点的间隔序列进行分析,发现71株菌被分为33个CRISPR基因型(TSTs),其中TST11和TST1为贵州省的优势基因型,分别占总菌株数的25.35%和12.68%。71株菌经Bionumerics软件聚类分析后被分为A、B、C、D 4个簇,A簇包含的菌株最多,B簇包含的基因型最多,不同来源的3株参考株独立成簇,D簇包含7个TSTs基因型。结论贵州省鼠伤寒沙门菌单相变异株具有优势的CRISPR基因型和遗传多样性的特点,可能有其他的感染来源。     

广藿香间作生姜与豇豆对其根际微生物群落多样性的影响

目的：揭示广藿香间作生姜与豇豆对其根际土壤微生物群落结构和多样性的影响。方法：采用Illumina HiSeq高通量测序技术,对3种种植模式(广藿香单作、广藿香-生姜间作、广藿香-豇豆间作)的广藿香根际土壤的细菌16S rRNA基因和真菌ITS区片段进行测序,研究根际土壤细菌和真菌群落结构的变化,并结合土壤理化性质,分析环境因子与群落结构的关系。结果：间作豇豆的广藿香根际土壤中绿弯菌门Chloroflexi、浮霉菌门Planctomycetes和厚壁菌门Firmicutes的相对丰度显著高于单作广藿香土壤,而放线菌门Actinobacteria和酸杆菌门Acidobacteria相对丰度则显著降低;间作生姜广藿香根际土壤中担子菌门Basidiomycota显著高于单作广藿香土壤。Beta多样性分析显示,间作生姜和豇豆后广藿香根际土壤微生物群落结构与单作存在明显差异。冗余分析(RDA)显示,土壤电导率、碱解氮、有机质对土壤微生物群落结构的影响强度最大。广藿香间作豇豆后通过改变土壤中电导率、碱解氮、有机质进而增加根际有益微生物的相对丰度,并影响了广藿香根际群落结构。结论：广藿香间作豇豆在改...