Comparison of ascertainment-bias correction schemes for pedigrees ascertained through multiple probands

Assessing the genetic causation of a disease, which is of prime importance in medical genetics, is usually done by analysing pedigree data. When gathering such data, it is often more practical to adopt a non-random sampling strategy. However, unless suitable corrections for non-random sampling are made at the time of data analysis, inferences may be grossly affected. For pedigree data ascertained through multiple probands, various correction schemes have been suggested, although the efficiencies of these schemes are unknown. This paper compares such schemes, using Monte Carlo simulation techniques, under a simple genetic model, for pedigrees of fixed sizes and structures and for probands of two types of relationship--parent-offspring, and a pair of siblings. It is found that gene frequencies are grossly overestimated and the penetrance value of heterozygotes slightly underestimated whether or not any correction for non-random sampling of pedigrees is made. Knowledge of the population value of the gene frequency improves the estimate of the penetrance parameter.     

一个急性淋巴瘤细胞白血病家系的遗传学研究

 目的 研究一个急性淋巴细胞白血病（ALL）家系。方法 应用遗传学和血液学方法，对其连续3代成员进行了3次骨髓检查并行随访观察。结果 此家系连续3代成员有家族性血小板功能异常，应用V-erbB引物进行PCR检测，发现此两个不同类型白血病家系中白血病和白血病前患者骨髓细胞基因组内存在内源性V-erbB亚基因及其缺失突变，表明髓系和淋系白血病存在共同的致病基因异常。结论 白血病可能是一种多基因遗传疾病，其致病基因是内源性V-erbB，ALL发病机制与肿瘤相似。     

先天性软骨发育不全的产前快速基因诊断

目的 探讨先天性软骨发育不全(ACH)的产前快速基因诊断方法.方法 选择2007年5～11月南京大学医学院附属鼓楼医院妇产科产前诊断中心收治的3个ACH家系:其中家系1为年龄6个月的ACH患儿;家系2为妊娠18周的孕妇,待采集胎儿羊水细胞进行产前诊断;家系3为孕39周经超声诊断为ACH的胎儿,待采集脐带血进行诊断.同时采用限制性内切酶(Sfc Ⅰ和MspⅠ)酶切、变性高效液相色谱(DHPLC)分析及序列分析3种检测方法,对外周静脉血或脐血中的成纤维细胞生长因子受体3(FGFR3)基因进行突变检测.结果 (1)DHPLC分析:家系1患者的色谱分析结果为异源双链杂合峰,家系2患者和胎儿的结果均为异源双峰,家系3胎儿的结果为异源双峰,正常对照的结果为同源单峰.(2)FGFR3基因10号外显子PCR产物酶切前的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果:家系1患者、家系2患者及胎儿的PCR产物经Sfc Ⅰ酶切后除有247 bp条带外,还产生162和85 bp两个酶切产物条带,但不能被Msp Ⅰ酶切,且只有247 bp 1条产物条带.家系3胎儿PCR产物不能被Sfc Ⅰ酶切,但经Msp Ⅰ酶切后可出现162和85 bp两个产物条带.正常对照PCR产物均不能被SfcⅠ和Msp Ⅰ酶切.(3)PCR产物测序结果:家系1患者PCR产物经测序发现FGFR3基因1138G→A杂合子突变,家系2患者及胎儿也均为FGFR3基因1138 G→A杂合子突变,家系3胎儿为FGFR3基因1138 G→C杂合子突变,正常对照在FGFR3基因1138位点为G纯合子.家系2胎儿以上各项检测结果均与家系2患者相同,是遗传母亲致病突变基因的结果.结论 DHPLC和限制性内切酶酶切分析均能准确检测致病突变的FGFR3基因,但DHPLC技术操作方便快捷、准确,而且敏感性更高,可在临床上推广用于ACH的产前快速基因诊断.     

2个第1、2腮弓综合征家系的vrk1基因突变检测

目的:探讨vrk1基因在2个第1、2腮弓综合征家系中的作用。方法:收集2个第1、2腮弓综合征家系6例(患者3例,表型正常者3例)的血样,抽提基因组DNA,然后对vrk1基因编码蛋白质的外显子2~13进行PCR扩增,测序分析PCR产物。结果:山东家系先证者vrk1基因的外显子6第156碱基出现A改变为G,经查询未发现编码的蛋白质改变,为单核苷酸多态位点(SNP),目前此SNP尚未有相关文献报道。北京家系未见SNP改变。结论:排除vrk1基因在2个第1、2腮弓综合征家系中的作用。     

中国Y连锁遗传性聋DFNY1家系POU3F4基因突变的检测

目的进行Y连锁遗传性聋(Y—linked hereditary heating impairment)家系的候选基因——POU3F4基因的突变分析。方法在POU3F4基因的全部编码序列设计5对引物进行聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)扩增反应。应用PCR-单链构像多态性(single-strand conformation polymorphism SSCP)方法对DFNY1家系中的43名成员进行突变检测及鉴定。结果POU3F4基因的5对引物均有较好的扩增效果，PCR—SSCF，的多态性分析显示所有家系成员在POU3F4基因中均未检测到多态及突变。结论本研究通过对一个位于X染色体与Y染色体存在同源交换区域的耳聋基因POU3F4基因的检测排除了该基因易位到Y染色体导致DFNY1家系耳聋的可能性，说明中国Y连锁遗传性聋家系的致病基因更多可能是位于Y染色体上的基因突变所致。     

Association of Severe Microcephaly, Short Palpebral Fissures, Micrognathia, Growth Retardation and Early Death: A New Syndrome

Four siblings presenting a combination of severe microcephaly, short and laterally downward slanting palpebral fissures, hypertelorism, micrognathia, and growth retardation are reported. The proband had congenital heart disease complicating these characteristic symptoms. The parents were not consanguineous. The karyotypes of the proband and parents were normal. The faces of three brothers of the proband were very much like that of the proband, but tvjo of them had cleft palates. Although it was confirmed that one of the three brothers did not have congenital heart disease, its presence in the other two could not be ascertained. All three older brothers died within one month after birth.     

视网膜母细胞瘤的遗传学研究

本文对７３个家系，８２例患者作了家系分析和细胞遗传学研究。７３个家系系中，有家族史者６个，患者１３例，占１５．８５％，ＲＢ的发病年龄主要在０－６岁，高发年龄０－３岁，占８４．１５％，双眼患者在０－３岁发病，高发年龄为１岁以前，占５６．２５％；单眼患者高发年龄０－４岁占９５．４５％。本文３２例患者中２例有１３ｑ１４－、占６．２５％。在高分辨染色体分析时，家族及双眼散发性ＲＢ畸变率为１２．６７％，单眼散发的为５．３１％，正常对照为２．７８％，经统计学处理，差异显著，表明家族及双眼散发性ＲＢ的染色体不稳定性增高。可作为检测肿瘤易感人群的指标之一。     

2型糖尿病家系肝细胞核因子1β基因1968A/G的多态性

糖尿病组中肝细胞核因子1β基因的G等位基因携带者的空腹C肽、△I10／△G30均明显低于AA基因型纯合子。一级亲属组中G等位基因携带者的空腹及餐后3h血糖，空腹、餐后2h及3h胰岛素明显高于AA基因型纯合子。     

第二代测序技术在一中国先天性白内障家系致病基因检测中的应用

背景 某些遗传性疾病具有高度遗传异质性,因此传统的Sanger测序技术已经不能满足医学研究及临床工作的需求.第二代测序(NGS)技术由于具有费用低及检测速度快的优点而得到广泛应用,但在先天性眼病突变基因的检测中的应用效果有待验证.目的 探讨NGS技术对先天性白内障患者进行致病基因诊断和产前诊断的可行性.方法 于2013年1月收集来自河南省洛阳市的一汉族先天性白内障家系,抽取家系中3例患者(Ⅱ2、Ⅲ3、Ⅲ4)和3名表型正常者(Ⅱ3、Ⅲ1、Ⅲ2)的外周血各2 ml,EDTA抗凝,在河南省医学遗传研究所应用NGS技术对先证者进行基因突变位点检测,并采用Sanger测序技术对NGS结果进行验证,然后用Sanger测序技术对该家系其他成员的外周血样本进行突变位点的序列分析,根据确定的致病突变位点对先证者的胎儿进行产前诊断.本研究遵循赫尔辛基宣言,检测方案经河南省人民医院医学伦理委员会批准,所有研究对象均签署知情同意书.结果 该家系4代14位成员中共5例患者,其中男2例,女3例,分布于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ代中,其他家系成员表型正常,符合常染色体显性遗传方式.NGS检测发现先证者Ⅲ3CRYBB1基因第6外显子上存在c.682T＞C(p.S228P)杂合突变,Sanger法验证了该点突变.Sanger法检测发现家系中患者均存在CRYBB1基因c.682 T＞C突变,而家系中表型正常者CRYBB1基因的c.682位点基因型为T/T野生型.产前诊断结果显示胎儿(Ⅳ1)CRYBB1基因c.682位点基因型为T/T野生型.结论 NGS可用于先天性白内障基因突变的快速检测,该家系致病性基因为CRYBB1基因c.682T＞C突变,应用NGS技术结合一代测序技术成功对先证者进行了产前诊断.