大型方舱医院临床数据库建设和应用

构建大型方舱医院数据库体系,汇总新型冠状病毒（新冠）疫情流行期间的专病研究的全链路数据,为疫情期间管控政策的决策、多维度数据挖掘、疾病因果推断及研究结果的可重复性提供底层数据支撑。使用病案登记系统和搜索引擎大数据的挖掘,将来自于搜索引擎的互联网数据和病案登记系统数据进行对比融合;采用多终端自动化信息收集、结构化数据的录入和存储,针对各组数据上报的需求和课题组的研究方向相对独立,增加转运数据、健康设施数据、COVID-19科研动态监测数据和新冠状病毒国家科技资源服务系统;建立指标数据规范,构建符合新型冠状病毒临床研究数据库。构建大型方舱收治人群的全链路数据库,可用于方舱的运行管理页面保障,为患者中心、随访管理、人群探索、数据洞察、科研项目管理提供数据支持和今后数据安全的参考蓝图,也可用于指导不同新冠毒株的流行特点,为解决当前公共医疗卫生领域难题提供新的方法。     

标准牙冠和桥体数据库的建立

目的：开发口腔修复CAD／CAM系统中标准牙冠和桥体数据库原型系统,帮助口腔医生快速获得牙冠设计的数据模板,为高效地设计牙冠模型作准备。方法：首先,利用AtosⅡ激光测量设备,采集28颗标准冠/桥石膏模型（1：1）的三维数据;然后,采用细分曲面逼近的方法重构标准冠/桥的数据模型;最后,设计标准彤桥数据库的多层数据存储和管理结构,采用VC＋4-6、0和Hoops图形库开发了标准冠／桥数据库系统原型。结果：标准冠／桥体数据库原型系统的构建符合设计要求,能够作为后续牙冠设计的数据模板。结论：所建立的标准冠／桥数据库高效、精确、可靠,可用于开发国产口腔修复CAD／CAM系统。     

数字化口腔内窥镜的设计与实现

以梯度折射率透镜（自聚焦透镜）为摄像镜头，通过光电转换，结合数字信号处理和数据库技术．设计并实现了数字化口腔内窥镜。临床应用表明，所研制的自聚焦口腔内窥镜不仅操作简单、成像清晰且便于对患者的各种信息进行管理、查询，有望成为牙科医生必备的一种新诊疗设备。     

基于生物信息学筛选女性肺腺癌核心基因及其特征分析

目的：利用生物信息学方法对女性肺腺癌肿瘤组织及正常组织的差异表达基因进行筛选及分析,筛选出女性肺腺癌发生发展的关键基因,并为后续研究提供候选基因。方法：从GEO数据库中下载肺腺癌基因芯片数据集GSE19804、GSE40791、GSE31210、GSE7670、GSE10072、GSE32863、GSE75037,利用在线工具GEO2R筛选出数据集中正常女性肺组织和女性肺腺癌组织的差异表达基因（DEGs）,然后利用DAVID数据库对DEGs进行GO和KEGG富集分析,接着利用STRING和Cytoscape软件构建蛋白互相网络（PPI）并筛选出Hub基因,并利用oncomine、UALCAN数据库进行验证,最后使用Kaplan-Meier plotter数据库对筛选出的Hub基因进行生存分析。结果：在7个数据集中共筛选出276个DEGs,其中69个上调,207个下调。共筛选出CDC20、CENPF、KIAA0101、TOP2A、ASPM、TYMS、MCM4、NUSAP1、MELK、UBE2C等10个Hub基因,Kaplan-Meier生存分析显示除ASPM外,其余9个均与女性肺腺癌的总...     

基于高通量测序数据挖掘探讨小鼠射血分数保留心力衰竭的发病机制

目的 对小鼠射血分数保留心力衰竭(HFpEF)转录组高通量测序数据进行生物信息学分析,探讨其发病机制。方法 使用R语言对基因表达综合数据库(GEO)来源的HFpEF转录谱数据进行差异表达分析,STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并利用cytoHubba软件鉴定核心基因。采用R语言进行差异表达基因(DEGs)和核心基因的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用比较毒理基因组学数据库(CTD)分析核心基因与心力衰竭风险之间的关系。结果 HFpEF小鼠左心室组织中337个基因存在差异表达。DEGs主要参与细胞外结构和基质的构成、损伤应答和愈合、胶原纤维构成、血液凝固和纤连蛋白结合等多个GO子集。KEGG分析提示DEGs参与细胞外基质-受体相互作用、黏着斑、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、血小板活化、糖尿病并发症中的晚期糖化终产物(AGEs)及其受体(RAGE)、缺氧诱导因子1(HIF-1)等信号通路中。构建PPI网络后共鉴定出30个核心基因,即Fn1、Mki67、Mmp9、Col1a1、Ctgf、Col1a2、Col3...     

基于铁死亡基因结肠癌分子预后模型的建立与分析

目的 分析结肠癌中铁死亡相关基因,构建基于铁死亡基因结肠癌分子预后模型。方法 在癌症基因图谱数据库中下载结肠癌转录组测序数据和患者临床信息。采用R 4.1.0软件获取结肠癌患者相应铁死亡相关基因的表达数据并进行差异基因分析。使用功能富集分析差异基因参与的生物学作用和功能。结合患者生存资料,采用COX回归分析筛选出与患者预后相关的基因,构建风险评分方程。根据风险评分将结肠癌患者分为高、低风险组。利用受试者工作特征曲线评价预后模型的灵敏度和特异度。结果 与正常组织比较,结肠癌组织中共有72个失调表达的铁死亡相关基因。差异基因主要参与了铁死亡及肿瘤相关信号通路。DRD4、TFAP2C、ENPP2、CAV1 4个铁死亡相关基因与患者预后相关(P<0.05),可用于风险预后模型的构建。与低风险组比较,高风险组患者总体生存率较差,差异有统计学意义(P<0.05)。基于铁死亡基因结肠癌分子预后模型预测患者1、3、5年生存率的曲线下面积分别为0.714、0.750、0.759,具有较好的灵敏度和特异度。结论 基于铁死亡基因结肠癌分子预后模型成功构建,可较好地预测结肠癌患者的预后。     

搜索引擎技术在急诊知识库中的研究与应用

为探索搜索引擎技术在急诊医学科局域网知识数据库中的运用,对急诊工作中文件类、文献类、书籍类等各种数据和急诊医学专业知识进行分类整理,依托于急诊工作区局域网的数据库,统一梳理、分级管理急诊知识库目录和内容,将相关非结构化文档扫描、上传、格式转换、利用智能分词技术建立索引,形成索引库,且将所有文档均转换为PDF格式,可在线进行预览。通过搜索引擎技术完成了非结构化文档数据的快速查找,实现跨区域知识共享,提高了工作效率且便于文档的长久保存。自2020年初搜索引擎技术在急诊医学科上线使用后,已覆盖急诊科所有区域,并逐步将急诊相关的科研成果材料、论文全部上传完成,不定期更新。到目前为止,知识数据库运行良好,工作人员对数据库和搜索引擎技术满意度高,相关资料100%实现了电子化管理。利用搜索引擎技术,实现对急诊相关文档和知识的快速检索,可更好地指导临床工作,便于对患者实施精准救治,最终提高救治效率。     

脊柱外科手术患者临床数据库系统应用体会

南京鼓楼医院脊柱外科于2002年建立并开始应用脊柱外科手术患者临床数据库系统.文章回顾总结脊柱外科手术患者临床数据库系统的应用体会,供参考.     

基于TCGA数据库建立胆管癌自噬相关基因预后预测模型及其应用

目的 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库构建胆管癌自噬相关基因(ARGs)预后预测模型.方法 通过人类自噬数据库和分子特征数据库获得531个胆管癌ARGs.从TCGA数据库中选择CHOL队列的转录组和临床数据进行下载,包含胆管癌组织36例、正常胆管组织9例.采用Perl软件将原始测序数据进行合并,提取所有ARGs的表...     

基于基因芯片的儿童皮肌炎生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法,探究与儿童皮肌炎相关的差异基因,进一步阐明儿童皮肌炎的发病机制.方法 选取基因表达汇编数据库的基因表达芯片数据(GSE11083),利用R语言筛选差异基因.使用Metascape在线工具进行GO功能和KEGG通路富集分析,同时利用String数据库和Cytoscape软件进行蛋白相互作用网络分...