黄背草与2种菅属植物叶绿体基因组特征比较及系统发育分析

目的 以黄背草Themeda japonica为试验材料,比较分析其与阿拉伯黄背草T. triandra、中华菅T. quadrivalvis2种同属植物的叶绿体基因组特征及其与近缘物种的系统发育关系。方法 采用Illumina HiSeq高通量测序平台首次对黄背草叶绿体基因组进行测序,使用SPAdes和CpGAVAS2分别对其进行组装和注释,并用Codon W、DnaSP和MISA等对其与2种同属植物进行一系列比较基因组分析,利用最大似然法（maximum likelihood,ML）构建系统进化树。结果 3个叶绿体基因组全长为138 735～138 961 bp,具有典型的四分体结构,共注释出129个基因;黄背草与其同属的2个物种相比,反向重复区（inverted repeats,IR）收缩了2132 bp,大单拷贝区（large single copy region,LSC）扩张了约4000 bp,而小单拷贝区（small single copy region,SSC）变化不大。密码子偏好性分析显示,3个叶绿体基因组相对丰度最大和最小的密码子都相同,同义密码子相对使用丰度略有不同...     

Intestinal and pharyngeal microbiota in early neonates: an analysis based on high-throughput sequencing北大核心CSCD

目的 初步探讨早期新生儿肠道和咽部微生物群的分布特点及相关性。 方法 选取上海市浦东新区妇幼保健院2021年9月—2022年1月出生的混合喂养的足月健康新生儿为研究对象。采用16S rRNA基因测序技术分析新生儿出生当天及出生后5~7 d的粪便和咽拭子样本,分析比较早期新生儿肠道和咽部微生物群的组成及功能差异。 结果 多样性分析表明,早期新生儿咽部微生物群的多样性高于肠道,但差异无统计学意义（P>0.05）。门水平上,出生当天肠道变形菌门相对丰度高于咽部（P<0.05）;出生后5~7 d肠道放线菌门和变形菌门相对丰度高于咽部、厚壁菌门相对丰度低于咽部（P<0.05）。属水平上,出生当天肠道和咽部的优势菌属组成差异无统计学意义（P>0.05）;出生后5~7 d肠道和咽部的链球菌属、葡萄球菌属、罗氏菌属、双歧杆菌属及埃希菌-志贺菌属等共生菌差异有统计学意义（P<0.05）。直系同源序列聚类数据库分析显示,咽部菌群更多地集中在染色质结构和动力学及细胞骨架上,而肠道菌群在RNA加工修饰、能量生成和转换、氨基酸转运代谢、碳水化合物转运代谢、辅酶转运和代谢等方面表现丰富（P<0.05）。京都基因和基因组百科全书分析显示,与咽部菌群相比,肠道菌群对细胞运动、细胞进程和信号转导、内分泌系统、排泄系统、免疫系统、代谢性疾病、神经系统和转录功能参数的预测程度更高（P<0.05）。 结论 新生儿出生时肠道和咽部的微生物群组成及多样性无显著差异,随着出生时间的推移,两个生态位的微生物群组成开始出现分化,并逐渐显现出各自不同的功能。     

伴BCOR/BCORL1突变的髓系肿瘤共突变基因表达谱及实验室特征分析

目的 探讨BCOR/BCORL1突变的髓系肿瘤患者的共突变基因表达谱，分析其病理参数及临床意义。方法 回顾性分析2017年1月至2021年8月在上海交通大学附属第一人民医院确诊的47例BCOR/BCORL1突变的髓系肿瘤患者。运用二代测序技术分析患者的基因共突变表达谱，采用两独立样本秩和检验分析BCOR/BCORL1突变患者病理参数之间的差异。通过Kaplan-Meier分析突变位置和治疗方法对患者无病生存（DFS）时间和总生存（OS）时间的影响。结果 急性髓系白血病（AML）患者以点突变为主（51.1%）,骨髓增生异常综合征（MDS）和MDS/骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者以移码突变、错义突变和无义突变为主（19.1%）,二者分布差异具有统计学意义（χ²=7.458,P=0.006）。伴代谢酶组突变患者白细胞计数（Z=-3.500,P=0.018）、血小板计数（Z=82.500,P=0.027）、血浆纤维蛋白原（Fib）含量（Z=-0.935,P=0.008）和凝血酶时间（Z=0.800,P=0.027）与野生型患者相比差异均有统计学意义；伴甲基化组突变患者血浆F...     

人冠状病毒HKU1 N和S蛋白基因序列及进化分析

目的了解人冠状病毒HCoV-HKU1在我国福州急性重症下呼吸道感染患儿中的感染情况以及病毒N基因和S基因的系统进化特征。方法通过RT-PCR法对2007年11月至2015年1月因呼吸道感染住进医院儿科重症监护病房的266例小儿鼻咽抽取物标本进行4种人冠状病毒的检测和人冠状病毒HCoV-HKU1的确认检测,测序并BLAST比对分析8份人冠状病毒阳性产物。结果在266例标本中检出2例HCoV-HKU1感染阳性病例,检出率为0.75%(2/266)。这两例患儿一例诊断为支气管炎、一例诊断为急性重症肺炎。通过检测都发现混合感染了人副流感病毒3型(HPIV-3)。对这两株病毒FZ90和FZ96的N和S蛋白基因进行序列测定、拼接和系统进化分析;结果表明这2株HCoV-HKU1都属于HKU1基因型A。结论人冠状病毒HCoV-HKU1可能是儿童下呼吸道感染中较为重要的一种病原,混合感染导致儿童病情加重。     

A Chinese family with Axenfeld-Rieger syndrome: report of the clinical and genetic findings

AIM: To describe a Chinese family affected by a severe form of Axenfeld-Rieger syndrome (ARS) and characterize the molecular defect in PITX2 in the family. METHODS: Patients presented with typical ARS from a Chinese family were investigated. We performed genome-wide linkage scan and exome sequencing to identify the pathogenic mutations. Candidate mutations were verified for co-segregation in the whole pedigree using Sanger sequencing. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) and Western blotting were performed to verify the expression of the pathogenic gene. RESULTS: Genome-wide linkage and exome sequencing analyses showed PITX2 as the disease candidate gene. A>G substitution at position -11 of 3’ss of exon 5 (IVS5-11A>G) that co-segregated with the disease phenotype was discovered in the family. The PITX2 messenger ribonucleic acid and protein levels were about 50% lower in patients with ARS than in unaffected family members in the family. CONCLUSION: Our findings implicate the first intronic mutation of the PITX2 gene in the pathogenesis of a severe form of ARS in a Chinese family. This study highlights the importance of a systematic search for intronic mutation in ARS cases for which no mutations in the exons of PITX2 have been found.     

1株高毒力型肺炎克雷伯菌临床分离株毒力及耐药性分析

目的　对1株临床分离的高毒力型肺炎克雷伯菌菌株进行毒力基因及耐药基因分析,为临床复杂肺炎克雷伯菌感染的诊断及抗生素使用提供参考。方法　首先使用PCR方法对该菌株进行血清学分型、毒力基因和耐药基因检测,然后利用二代和三代高通量测序平台对该菌株进行全基因组测序和序列拼接,应用生物信息学方法全面分析该菌株毒力基因及耐药基因。结果　该菌株血清型为K1型,采用PCR方法发现该菌株携带wabG、uge、kfuBC、aerobactin、rmpA、magA和 fimH 7个毒力基因及超广谱β-内酰胺酶耐药基因（基因型为SHV型）。高通量测序进一步发现该菌株的基因组还携带clbB、iroC和rffG 3个毒力基因。结论　该肺炎克雷伯菌临床分离株血清型为K1,除了携带喹诺酮类和β-内酰胺类耐药基因外,还含有多种毒力基因,增加了治疗难度。全面分析感染菌株携带的毒力基因和耐药基因,有针对性地选择抗生素,可提高抗感染治疗的效率,减少并发症的发生。     

靶向测序诊断黑棘皮病1家系

【摘要】 报道临床症状不典型的家族性黑棘皮病1家系。先证者女,4岁,自1周岁时,颈部、腹部出现黑色斑片,近年来逐渐扩大至唇周、躯干前部。腹部皮肤全反式共聚焦显微镜检查可见乳头环下延扭曲及沟壑结构,乳头环内可见中高折光颗粒结构。先证者父亲及祖母既往有类似病史,但随着年龄增长色素沉着自发性消退,仅有局部皮纹增粗。采集先证者及父母、祖母外周血,对先证者外周血DNA行Panel靶向测序,结果显示,先证者存在FGFR3基因14号外显子c.1949A>C（p.Lys650Thr）错义突变,Sanger测序验证证实先证者及其父亲和祖母均存在此突变。诊断：家族性黑棘皮病。     

locStra: Fast analysis of regional/global stratification in whole‐genome sequencing studies

locStra is an ‐package for the analysis of regional and global population stratification in whole‐genome sequencing (WGS) studies, where regional stratification refers to the substructure defined by the loci in a particular region on the genome. Population substructure can be assessed based on the genetic covariance matrix, the genomic relationship matrix, and the unweighted/weighted genetic Jaccard similarity matrix. Using a sliding window approach, the regional similarity matrices are compared with the global ones, based on user‐defined window sizes and metrics, for example, the correlation between regional and global eigenvectors. An algorithm for the specification of the window size is provided. As the implementation fully exploits sparse matrix algebra and is written in C++, the analysis is highly efficient. Even on single cores, for realistic study sizes (several thousand subjects, several million rare variants per subject), the runtime for the genome‐wide computation of all regional similarity matrices does typically not exceed one hour, enabling an unprecedented investigation of regional stratification across the entire genome. The package is applied to three WGS studies, illustrating the varying patterns of regional substructure across the genome and its beneficial effects on association testing.