基因组序列分析HLA新等位基因B*3818内含子和外显子同时突变

目的 分析HLA新等位基因B*3818的基因组序列.方法 克隆测序方法 对PCRSBT中发现的1个未知HLA-B等位基因的基因组序列进行双向全长测序,并采用微量淋巴细胞毒方法 鉴定该等位基因编码分子的抗原特异性,通过群体调查和家系分析了解该等位基因的群体分布频率和单倍型组成情况.结果 新等位基因HLA-B*3818(序列注册号为FJ561482)与B*380201在第4外显子和第5内含子同时存在1个核苷酸的差异.第4外显子的第660位碱基由C变为A,导致第196个密码子由GAC变为GAA,相应氨基酸由天门冬氨酸变为谷氨酸,与IMGT/HLA中的HLA-B等位基因的序列进行对比,该突变为新的单核苷酸多态性位点.第5内含子的第2133位碱基由A变为C,除此之外,B*3818的内含子序列与B*380101、B*380201和B*3814相同.该新HLA等位基因的血清学特异性为B38,其在中国汉族人群中的分布频率小于0.000 5,家系调查结果 表明携带该新等位基因的单倍型为A*030101-CW*010201-B*3818-DRB1-1312-DQB1*060101.结论 新等位基因HLA-B*3818的内含子和外显子同时存在变异,研究新等位基因的基因组序列可为HLA基因相关研究和应用提供更多的序列信息.     

Ⅳ型胶原α5链基因突变致奥尔波特综合征两家系遗传学分析

目的: 分析奥尔波特（Alport）综合征的遗传学特征。方法: 对原因不明的反复尿检异常的2名先证者进行基于高通量测序技术的全外显子组测序,通过基因突变的致病性、孟德尔遗传规律和临床表型的综合分析,筛选出致病的基因突变,最后通过Sanger测序在家系成员中验证基因突变。结果: 两个家系中分别鉴定出COL4A5基因上的2个杂合性剪接位点突变：c.2147-2A > T（IVS27）和c.646-2A > G（IVS11）（NM_033380）,且这2个杂合突变分别与2个家系的患病成员呈现共分离关联。结论: Alport综合征主要通过女性直系患者遗传,临床上可以通过有效的遗传咨询进行产前诊断。     

重庆地区开角型青光眼患者及其亲属和正常人群中小梁网糖皮质激素诱导反应蛋白基因突变的研究

目的 研究开角型青光眼患者及其亲属和正常人群中小梁网糖皮质激素诱导反应蛋白(TIGR)基因突变的情况。方法 (1)应用聚合酶链反应(PCR)方法,对15例开角型青光眼患者及其10例一级亲属和20例正常对照者的TIGR基因的3个外显子、部分内含子及部分启动子(7对引物)的各个片段进行扩增,应用单链空间构象多态(SSCP)分析法,筛选可能存在突变的PCR产物。(2)将筛选出的PCR产物交上海基康公司测序。(3)对突变片段行生物信息学分析。结果 (1)在重庆地区15例原发性开角型青光眼患者中,共发现TGR基因突变者5例,其中青少年型青光眼4例;在10例青光眼患者亲属中发现TIGR基因突变者2例;正常对照者20例中未发现TIGR基因突变。(2)PCR产物测序共发现4个序列改变,其中编码区2个,非编码区2个。编码区的2个突变位点(Ser55Thl、Asp247Stop)及第二内含子区bp35c→t的突变,均未见文献报道;而在启动子区域bp-83c→t的突变有文献报道为1个多态位点。(3)生物信息学分析结果显示编码区的突变可导致氨基酸序列、蛋白质的二级结构及等电点、抗原结合位点等发生改变。结论 TIGR基因突变与青少年开角型青光眼的发生密切相关,由此可推测青光眼患者的亲属发病率较正常人高。TIGR基因突变可引起TIGR蛋白结构及理化特性的变化,这些改变可能是引发开角型青光眼的危险因素之一。     

SCN1A基因Exons7-21C〉T多态位点与全面性癫痫伴热性惊厥附加症相关性研究

目的研究SCN1A基因Exon7-21C〉T多态位点在全面性癫痫伴热性惊厥附加症患者中的分布。方法中国汉族人中收集155例全面性癫痫伴热性惊厥附加症患者和135例正常人标本,采用聚合酶链反应-变性高效液相色谱法检测SCN1A基因的第7编码外显子及与mRNA剪接有关的内含子进行筛查,对发现异常洗脱峰者进行测序并应用SPSS11.5分析结果。结果 135例正常人中,SCN1A Exon7-21C〉TCC、CT、TT基因型频率分别为：0.474、0.444、0.082,C、T等位基因频率分别为：0.696、0.304。155例全面性癫痫伴热性惊厥附加症患者中,SCN1AExon7-21C〉TCC、CT、TT基因型频率分别为：0.490、0.439、0.071,C、T等位基因频率分别为：0.710、0.290。实验组的基因型频率和等位基因频率与正常对照组比较,差异无统计学意义（P〉0.05）。结论 SCN1A基因单核苷酸多态位点Exon7-21C〉T与全面性癫痫伴热性惊厥附加症无相关性。     

胃癌组织中PTEN基因突变的研究

目的:研究抑癌基因PTEN突变高发区外显子5穴exon5雪和外显子8穴exon8雪在胃癌组织中的突变频率,探讨其突变与胃癌病理组织学分级和临床病理分期的关系。方法:应用聚合酶链反应鄄单链构像多态性分析(PCR鄄SSCP)方法检测胃癌组织和相应癌旁正常组织中PTEN基因的突变,并对突变样本的PCR产物进行测序分析。结果:42例胃癌组织中检测到PTEN基因突变3例,其中exon5突变1例,exon8突变2例,突变率为7.14%(3/42);42例相应癌旁正常组织未检测到突变,二者差异无统计学意义(P>0.05)。对42例胃癌进行组织学分级,低分化腺癌突变率为12.00%(3/25),中、高分化腺癌突变率为0(0/17),二者差异无统计学意义(P>0.05)。对42例胃癌临床病理分期,Ⅰ、Ⅱ期突变率为5.88%(1/17)熏Ⅲ、Ⅳ期突变率为8.00%(2/25),二者差异无统计学意义(P>0.05)。结论:胃癌组织中存在PTEN基因突变;主要发生在低分化腺癌中;而PTEN基因突变与胃癌病理组织学分级和临床病理分期之间无明显相关性。     

Ⅳ型胶原α5链基因突变致奥尔波特综合征两家系遗传学分析

目的分析奥尔波特（Alport）综合征的遗传学特征。方法对原因不明的反复尿检异常的2名先证者进行基于高通量测序技术的全外显子组测序，通过基因突变的致病性、孟德尔遗传规律和临床表型的综合分析，筛选出致病的基因突变，最后通过Sanger测序在家系成员中验证基因突变。结果两个家系中分别鉴定出 COL4A5基因上的2个杂合性剪接位点突变：c.2147-2A > T（IVS27）和c.646-2A > G（IVS11）（{"type":"entrez-nucleotide","attrs":{"text":"NM_033380","term_id":"1677501183","term_text":"NM_033380"}}NM_033380），且这2个杂合突变分别与2个家系的患病成员呈现共分离关联。 结论Alport综合征主要通过女性直系患者遗传，临床上可以通过有效的遗传咨询进行产前诊断。     

Ⅰ型神经纤维瘤一家系的基因检测及产前诊断

目的: 对一个Ⅰ型神经纤维瘤家系进行遗传学病因分析及产前诊断。方法: 应用目标捕获高通量测序和Sanger测序技术,对一个散发的Ⅰ型神经纤维瘤家系进行基因突变分析。提取先证者及其父母外周血淋巴细胞RNA,行RT-PCR及扩增产物测序分析。明确突变致病性后,抽取羊水标本对胎儿行产前基因诊断。结果: 先证者NF1基因存在c.1260+4A>T杂合剪接突变,为新发突变。RNA剪接分析提示先证者NF1基因发生转录时,11号外显子3'端发生相邻内含子区13个碱基的插入,理论上可导致蛋白编码提前终止,产生截短蛋白,影响蛋白功能。产前基因检测结果显示胎儿未携带该突变。结论: NF1：c.1260+4A>T杂合剪接突变是该Ⅰ型神经纤维瘤患者的致病原因,本研究结果为该家系遗传咨询和产前诊断提供了理论依据。     

结节性硬化症TSC1基因编码外显子全长的突变检测与分析

目的研究结节性硬化症(TSC)TSC1基因所有编码外显子的基因突变特征和多态现象。方法采用聚合酶链反应单链构象多态(PCR SSCP)技术结合DNA测序对来源于21个家系的23例TSC患者、22名父母及60名健康对照进行TSC1基因编码外显子全长的基因突变和多态的检测。结果共检测出10种异常的SSCP带型,经DNA测序后证实为4种突变和6种多态,突变包括2种移码突变(352insA和2332insT)、1种剪接突变(729 1G→T)、1种无义突变Tyr761Ter(2504C→A),其中2332insT, 729 1G→T及Tyr761Ter为新型突变。以上突变均见于散发型患者,突变频率为4 /15。6种多态包括4种单核苷酸多态(347A→C, 1186T→C, 1556A→G, 1947T→C), 1种内含子区多态(2218 71delAG)及1种3′UTR区多态(3716 36T→C),其中3种为新多态。结论本组结果对研究我国TSC1基因突变特征提供了重要资料,未发现TSC1基因突变热区,且TSC1基因突变多见于散发型患者,提示中西方TSC1基因突变可能存在差异。     

人ODCmRNA反义抑制敏感位点的筛选

目的：为建立有效的肿瘤治疗方法，筛查ODCmRNA最佳反义抑制位点。方法：采用RT—PCR的方法从肝癌细胞中扩增出鸟氨酸脱羧酶（ODC），外显子2、外显子3、外显子6—10、外显子11—12 4段基因片段。通过TA克隆反向连接到pcDNA3．1上，酶切测序并鉴定插入方向。脂质体法转染重组载体及空载体到肝癌MMC7721细胞中，采用Western—blot法检测各载体对ODC蛋白表达的抑制作用，采用四唑磕比色试验验证并比较各载体对MMC7721细胞增殖活性的影响。结果：外显子2、外显子3、外显子6—103个位点的ODC反义RNA表达载体转染细胞后，细胞内ODC蛋白表达量明显降低，细胞增殖活性受到明显抑制，抑制率分别为59％、62％、64％。结论：ODC外显子2、外显子3、外显子6—10是较好的反义抑制敏感位点。     

应用荧光半定量聚合酶链反应方法检测常染色体隐性遗传早发性帕金森综合征parkin基因外显子重排突变分析

目的探讨常染色体隐性遗传早发性帕金森综合征（autosomal recessive early-onset parkinsonism ,AREP）基因外显子重排突变情况。方法应用荧光半定量聚合酶链反应（PCR）方法对18个AREP家系进行parkin基因外显子重排突变分析。结果9个AREP家系含有parkin基因外显子重排突变，其中2个家系为外显子4纯合缺失，2个家系为外显子4杂合缺失，2个家系为外显子2杂合缺失，1家系为外显子3杂合缺失，1家系为外显子1杂合缺失，此外，1家系为外显子3和外显子4的复合杂合缺失。未见parkin基因外显子重复突变。结论我国AREP患者存在parkin基因外显子重排突变；parkin基因外显子重排突变可能是我国AREP患者的主要致病因素。