本体论及其在生物医学领域的应用

互联网中分布着许多独立开发、结构各异的生物学数据库系统。如何实现不同数据源的整合，方便生物学家检索利用这些数据，挖掘海量数据中潜在的知识，是目前生物信息学领域的研究热点之一。起源于哲学的本体论（ontology）作为一种能够在语义和知识层次上描述信息系统的概念模型建模工具，在生物信息学领域受到广泛的关注，被认为是一种具有潜力的，能够促进数据整合研究的指导理论和方法。本文对Ontology的定义、构造Ontology的方法、常用的生物医学本体构造工具进行系统的介绍，并对当前生物医学领域中重要的本体及其应用前景进行分析。     

癫痫大数据:临床和研究考虑——来自国际抗癫痫联盟癫痫大数据工作组的报告

癫痫是一种具有不同病因、表型和基因型特征的异质性疾病.因此,癫痫的临床和研究方面也是多种多样的,从流行病学到分子,其范围涵盖了临床试验和结果、基因和药物发现、影像学、脑电图、病理学、癫痫外科手术和数字技术等许多领域.当前,癫痫数据以TB和PB的形式收集,突破了其能力的极限.现代计算技术在机器和深度学习方面的优势和进步已...     

基于网络药理学分析三七治疗肝细胞癌的作用机制

目的:预测三七主要活性成分治疗肝细胞癌的作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选三七的主要活性成分,并利用SEA数据库预测上述成分的潜在作用靶点;从人类基因组注释(Genecards)数据库获得肝细胞癌相关靶点;利用Venn软件对两者取交集获得三七治疗肝细胞癌的作用靶点。使用Cytoscape3.7.1软件构建有效成分-靶点网络。应用R语言软件包clusterProfiler对上述靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)与代谢通路(metabolic pathway,KEGG)富集分析。结合BioGrid、InWeb_IM、OmniPath数据库构建靶点蛋白相互作用(target protein interaction,PPI),由Cytoscape软件进行可视化并进行网络拓扑分析以获得核心靶点。利用SYBYL-X2软件对核心靶点和对应活性成分进行分子对接验证结合强度。结果:共获得槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、人参皂苷rh2等7个主要活性成分,可作用于肝细胞癌相关的32个靶点;这些靶点显著富集于核受体活性、转录因子活性,直接配体调节序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、癌症中的蛋白多糖、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等多个GO和KEGG条目。结论:三七治疗肝细胞癌作用体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,为三七有效成分的筛选及深入研究提供一定科学依据。     

mRNA差异显示技术对环境诱发系统性红斑狼疮基因表达谱改变的研究

目的 比较环境因素诱发系统性红斑狼疮患者(SLE)与健康人外周血单个核细胞基因表达水平的差异.方法 选择5例无家族发病案例的SLE患者与5例健康人外周血单个核细胞,提取总RNA进行扩增、Cy3染色后,与Agilcnt 4X44K人全基因组芯片杂交,筛选差异表达基因进行基因实体(GO)分析和信息通路(pathway)分析.以qRT-PCR验证芯片结果.结果 5例SLE患者共同有2435个相对于健康人的差异基因表达(判断值=2.0).GO分析结果表明,生物过程中差异表达基因占32.08%(512/1596),其他比例较高的有细胞过程、生物调控、细胞代谢等;分子功能中差异表达基因占34.09%(544/1596),其较高比例依次为结合、催化活性、传感活性和转录调节活性;细胞组分方面差异表达基因33.83%(540/1596),主要涉及细胞与细胞部分两方面,其次为细胞器.Pathway分析显示免疫系统信号及B细胞受体通道中各有12个基因的表达发生了差异性改变,而T细胞受体、表皮生长因子受体1、IL-12介导的信号等通道均有10个基因表达明显差异.分析发现SLE患者在炎性反应与自身免疫相关基因方面有45个基因发生明显改变,其中11个上调,34个下调;细胞外基质和黏附分子方面有5个相关基因改变其中5个上调,1个下凋.qRT-PCR结果与芯片结果比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 5例无家族发病案例的SLE患者与健康人外周血单个核细胞基因表达水平存在明显的差异.     

六淫理论研究述评

"六淫"是中医病因学的核心内容,在对其相关理论的研究中,随着西方科学理论和思维方法的普及,以及中西结合思潮的盛行,研究者愈加热衷于用微观分析的方法对"六淫"相关理论进行解说和阐释。例如基于气象学的参考数据对"六气"、"六淫"进行客观定量化限定,从气象学、病因学、病理学、证候学等诸方面论述"六淫"的本质,另外还有关于构建外感热病病因多维体系框架的设想,以及针对"六淫"邪气各自致病性特点进行不同的生物造模研究等。然而,"六淫"理论的产生是与传统的气、阴阳、五行的理论及取象比类的思维方法密切相关的。其理论的研究,须立足于中医学本体论——气一元论,运用传统的意象思维方法才能对其实质内涵予以准确诠释。     

中西医结合逻辑和现实可能性的哲学分析(上)

从哲学层面阐述中西医结合的逻辑和现实可能性。认为产生不同理论体系的根本原因在于不同的划分世界的标准和方式,一个理论体系正式被接受常以建立属于自身的本体论语言体系为标志;采用直观的集合观念对中西医结合的逻辑可能性进行分析,发现不可能现实地产生属于中西医结合自身的本体论语言体系;中西医结合医学的身份问题,取决于采用何种衡量标准;基于相关理论考察,分析影响中医学、中西医结合医学未来发展的主要因素。     

《内经》理论研究突破点之再思考

基于对《内经》理论特色的分析,结合近年来对传统文化的认知及迟华基教授对于《内经》发展突破点的思考,提出《内经》研究的突破点在于:第一,本体论的还原;第二,思维方法的明确与回归;第三,《内经》中一气运行生成万物生成论模式的发掘与填充;第四,立足《内经》的气本体论,揭示经典中的"气""阴阳""五行""六气"等概念的实质内涵及相互关系;第五,若能完整真实地揭示《内经》理论内涵,而后便应考虑将《内经》理论与现今科学的最新研究成果相融合,使其不失本意,且能更好为现代科学所认知。     

上海市居民健康档案数据利用基础框架构建研究

本文在分析了基于经验的区域卫生领域数据利用需求发现方式局限性的基础上,根据上海市健康信息网的实际,提出了基于多维模型的"健康档案数据综合利用基础框架",并初步论证了其合理性。数据综合利用框架的提出有利于梳理以往的应用,并能指导新需求及应用模式的发现。该框架的构建是一项前瞻性的工作,为促进区域卫生信息化的创新发展提供了有益的探索。     

关于建构新感性

本文集中阐述新感性的建构问题。人的感性是历史地生成的，它具有本体论、认识论、价值论的多重意义； 建构新感性的途径主要是创造美的实践， 特别是艺术美创造的实践和审美教育的实践； 建构新感性的意义还在于它密切关涉人的本质，吻合人的全面发展的原则     

Cystic liver metastasis of gastric cancer： report and analysis of two cases

Cystic liver metastasis, which lacks specific clinical manifestations and standardized treatment, rarely occurs after radical gastrectomy. This study presented two gastric cancer cases with cystic liver metastasis treated in Wuxi People＇s Hospital from September 2008 to November 2012. The two female patients were 66 and 65 years old, respectively. Poorly differentiated ulcerated adenocarcinoma classified as stage III B [Tumor, Node, and Metastasis Classification （T4aN2MQ）] and clinical manifestations of abdominal distension and ascites were detected in both patients. Cyst fluids were subjected to cy- tological analysis. Results confirmed the presence of liver metastasis of gastric cancer. The two patients benefited from local intracavitary chemotherapy or systemic intravenous chemotherapy.