预测蛋白质相互作用位点的计算方法研究(一)

许多重要的细胞过程如信号转导、转运、细胞运动以及多数调节机制均由蛋白-蛋白之间的相可作用介导，蛋白质之间的相互作用在物理上是通过在两个相互作用蛋白之间形成接触面的短残基序列来实现。识别蛋白-蛋白相互作用位点，以及检测相互作用氨基酸残基之间的特异性与强度特异性，是一个具有重要应用前景的课题，它的应用范围从理性的药物设计到代谢和信号转导网络的分析。虽然有不少准确度不断提高的实验技术和计算方法来检测蛋白质之间的相互作用，但很少有方法能够精确地指出参与蛋白质相互作用的特定残基及其位置，而这些信息是将相互作用数据直接应用于药物开发所必需的。随着生物信息学和计算生物学的发展，通过研究已知蛋白-蛋白相互作用位点的这些不同特征．出现了一些利用序列与结构信息顶测蛋白-蛋白相互作用位点的计算方法。本文简要介绍了近年来在顶测蛋白-蛋白的相互作用位点方面取得一定进展的计算方法，包括基于基因组信息的计算方法、基于蛋白质初级序列的计算方法以及基于蛋白复合物结构信息的计算方法。虽然这些方法在过去儿年里取得了显著的进展，但是大多数在这方面的研究仍处于起步阶段．而现在数据库的不足和实验技术的缺陷对计算预测方法的进一步发展和公平性评价也存在着较大的影响，要提高蛋白-蛋白相巨作用位点预测的鲁棒性与可靠性，仍要有很多的工作要做。（发表在这里的是第一部分）     

磁场对微循环的影响

为了探讨磁场对微循环的作用，利用直径０．７ｃｍ、表面磁感强度０．３Ｔ的磁片及磁感强度０．１Ｔ、转速２５００ｒ／ｍｉｎ的旋磁机分别作用于受试者左手无名指３０ｍｉｎ，并记录作用前后微循环改变。结果表明，动、静磁场均可使微血管清晰度、血流速及管径有明显改变，而对管袢数与红细胞聚集没有影响。这一结果提示，微血管扩张、血流速加快是磁场改善微循环的基础。     

信号转导和转录激活因子6基因多态性与湖北汉族人变应性哮喘的相关性研究

目的　探讨信号转导和转录激活因子 (STAT) 6基因 3′非翻译区G2 96 4A位点多态性和第一外显子GT串联重复序列遗传多态性与湖北汉族人变应性哮喘易感性的关系。方法　用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性 (PCR RFLP)技术检测STAT6基因G2 96 4A位点多态性 ;用聚合酶链反应 短串联重复多态性 (PCR STR)技术对STAT6基因第一外显子微卫星进行分型 ,并将PCR产物克隆及测序鉴定 ;采用病例 对照法研究了 1 35例变应性哮喘患者和 1 0 9例对照。结果　 ( 1 )湖北地区汉族人群STAT6基因G2 96 4A位点基因型以GA型最为常见 ;哮喘组与对照组STAT6基因G2 96 4A位点的等位基因频率和基因型频率GG、GA、AA之间差异无统计学意义 (P >0 .0 5)。 ( 2 )STAT6基因第一外显子微卫星多态性共检出GT串联重复次数为 1 3、1 4、1 5、1 6的 4种等位基因 ;第一外显子微卫星的多态性检测出 1 3/1 4基因型在哮喘患者组和正常对照组相比差异具有统计学意义(P =0 .0 0 1 4 )。 ( 3)STAT6基因第一外显子GT二核苷酸串联重复序列多态性中 1 3 GT重复等位基因与 2 96 4A变异体之间存在连锁不平衡 (P =0 .0 0 0 0 2 1 8)。结论　STAT6基因 3′非翻译区G2 96 4A位点多态性与湖北汉族人哮喘易感性无明显相关性 ;第一外显子GT二核苷酸串联重     

脉动流低溶血叶轮血泵

采用特殊设计的扭曲叶轮,研制成脉动流叶轮血泵,当叶轮转速周期性改变时,产生出符合生理要求的脉动血流。由于血细胞的速度变化达极小,泵内紊流切应力也达极小,所以血泵达最佳的溶血性能。血泵输出的平均流量和压力,由输入电机的方波电压的平均值决定,与脉动频率基本无关。为了达到40mmHg的压力脉动又不产生返流,需要40％的收缩期和5V的电压脉动。脉动流叶轮血泵同时在收缩期排血和充盈,跟隔膜血泵不一样。在实验室作溶血比较时,脉动流叶轮泵的溶血约为自制隔膜泵的1/6和丹麦产Polystan脉动泵的1/13;动物试验中,脉动流叶轮泵工作20小时,试验动物体内血细胞计数,血色素和红细胞容积均下降得不明显,血浆游离血红蛋白保持在50mg％以下。     

肝癌细胞微细胞介导染色体转移方法学的建立与探讨

目的建立肝癌细胞微细胞介导染色体转移方法，为肝癌转移抑制基因的染色体功能定位建立技术平台。方法人单染色体供体细胞通过微核化、出核、融合步骤将随机标记有耐药neo基因的正常人8号染色体导入到大鼠肝癌高转移细胞系C5F中，对微细胞杂交克隆进行药物筛选和单细胞克隆，并填序列标签位点-PCR和全染色体涂染荧光原位杂交方法验证人染色体转移的结果。结果获得具有G418和HAT双重抗性的微细胞杂交细胞，通过单细胞分离克隆方法获得15个具有双重抗性的微细胞杂交克隆，序列标签位点-PCR结果发现导入染色体的随机片段丢失，全染色体涂染荧光原位杂交结果发现导入的人8号染色体与大鼠染色体发生了稳定的重组。结论成功建立微细胞介导的染色体转移技术，为肝癌转移抑制基因的染色体功能定位奠定了技术基础。     

脑益嗪对实验性血栓形成的影响

脑益嗪是—钙拮抗剂。本实验用颈动—静脉血流旁路术和改良的chandler氏体外血栓法研宄了脑益嗪的抗血栓作用。结果表明:脑益嗪对两种方法形成的血栓均有明显的抑制作用,二种方法的结果基本一致。因此,本文提示脑益嗪除直接扩张血管外,尚有很强的抗血栓作用,其效价强度优于阿斯匹林。     

强直性脊柱炎患者血浆HLA-B27阴性结果的分析

强直性脊柱炎(Ankylosing spondylitis,简称AS)是脊椎及其附属组织的自身免疫性疾病,常可累及多器官和致畸.HLA-B27是HLA-B位点上的一个重要的等位基因,早在20多年前,人们就已发现HLA-B27抗原的表达与强直性脊柱炎密切相关[1～3],而且这种相关是迄今已知的HLA与疾病的关联中是最强和最典型的,可达90%以上.由于二者的强相关性,HLA-B27的检测已成为临床诊断和鉴别诊断AS的重要辅助手段,很多医院也已开展此项目的检查.我院已开展此项目近6年,现将6年来到我院检查且确诊的强直性脊柱炎患者的HLA-B27结果分析如下.     

浙江畲族DYS287、DYS440位点的多态性研究

目的　研究浙江畲族人群中DYS2 87和DYS44 0位点的多态性。方法　采用聚合酶链反应扩增DYS2 87和DYS44 0 ,PCR产物用 2 %的琼脂糖电泳分析 10 0名畲族个体的基因型。结果　 10 0名个体DYS2 87位点全部是YAP-;没有发现YAP ;10名为DYS44 0 3 ,占总人群数的 10 % ,其余 90名是DYS44 0 4。结论　浙江畲族人群DYS2 87和DYS44 0多态性与属于汉藏语系的其它民族之间存在着明显的不同 ,因此这两个基因位点对研究人类的进化是一种稳定的、重要的遗传标记。     

人工肌肉及其在直接心脏辅助装置中的应用前景

人工心脏是目前解决心脏移植供心来源不足的一种有效途径.而新型的、有效的致动器的研究开发及应用,在人工心脏技术发展中处于至关重要的地位.本文介绍了近年新发展的致动器:人工肌肉,阐述了它的分类和原理,并将其在直接心脏辅助装置应用中所必需的几种特性参数进行了分析比较,对它在目前所存在的问题和前景作了探讨.     

CTLA-4在重症肌无力患者中的表达及其多态性导致的无效转录研究

目的 探讨重症肌无力(MG)患者细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4(CTLA-4)的表达状况及由CTLA-4基因启动区多态性导致的不同遗传易感性机制。方法 ELISA法测定MG患者血清中sCTLA-4的水平；限制性片段长度多态性分析用于检测启动区-1772、-1661位点的多态性；转录因子NF-1和c／EBPβ结合位点通过染色质免疫沉淀实验(CHIP)得以验证。结果 MG患者血清sCTLA-4的表达水平与等位基因的突变相关，携带T→C^1772突变基因的患者可表达高水平的sCTLA-4。TC^1772基因型的频率在MG患者尤其是胸腺瘤亚组明显高于对照组，而G^-1661等位基因和GG^-1661基因型的频率在MG患者则显著降低。当-1772位点的等位基因是T而非C时，存在转录因子NF-1结合位点；同样，当-1661位点的等位基因是G而非A时，存在转录因子c／EBPβ结合位点，刀豆蛋白A(Con A)、植物血凝素(PHA)能促进NF-1和c／EBPβ的这种位点特异性转录活性。结论 MG患者CTLA-4表达异常，启动区C／T^1772和A／G^-1661多态性可导致无效转录，T→C^1772的突变能影响基因的剪接，干扰蛋白的表达和功能，阻止了负性调节信号的传递而致发病。