早发性帕金森病Parkin基因突变研究

目的：研究早发性帕金森病患者Parkin基因的突变情况，并分析Parkin基因突变对其功能的影响。方法：以40例早发性帕金森病患者和100例正常人为研究对象，提取基因组DNA，扩增Parkin基因的7对外显子，并用单链构象多态性（SSCP）的方法分析Parkin基因的缺失突变和点突变情况。结果：2例患者外显子4缺失．1例患者外显子2缺失，1例患者外显子7发乍G951C突变。正常人中未发现外显子缺失和点突变。结论：Parkin基因突变是早发性帕金森病患者发病原因之一。     

中国人原发无精症雄激素受体基因研究

目的:明确雄激素受体基因与原发无精症之间关系。方法:运用聚合酶链反应技术,对实验组30例原发无精症和对照组10例正常健康已生育的男性进行雄激素受体基因外显子3和外显子4缺失检测分析。结果:实验组检出1例外显子4缺失病人,外显子3缺失在实验组和对照组均未检出。结论:外显子4缺失通过影响结合了类固醇激素的雄激素受体核移位而影响精子的发生,而对男性表型的表达无影响,雄激素受体基因外显子4缺失是男性无精症的病因之一。     

脂蛋白脂肪酶基因突变的研究

目的：筛查国人脂蛋白脂肪酶(LPL)基因的突变，并探讨其与高甘油三酯血症的关系。方法：对高甘油三酯血症组(48例)和正常甘油三酯对照组(121例)的各扩增片段进行分析，电泳图谱异常者进行PCR产物测序。对于频率较高的多态性位点，引入限制性核酸内切酶位点利用PCR-RFLP进行鉴定。结果：在高甘油三酯血症人群中，检出2例内含子3受位剪接点上游6bp的C→T转换的突变杂合子，1例外显子5Pm^207→Leu突变杂合子，在全部样品中检出1例Ser^447→stop突变纯合子，50例Ser^447→stop杂合子。结论：天津地区人群中存在着LPL基因突变，除Ser^447→stop外，内含子3和外显子5的突变多与高甘油三酯血症相关，可能是高甘油三酯血症的遗传易感因子。     

中国人原发无精症雄激素受体基因研究

目的明确雄激素受体基因与原发无精症之间关系.方法运用聚合酶链反应技术,对实验组30例原发无精症和对照组10例正常健康已生育的男性进行雄激素受体基因外显子3和外显子4缺失检测分析.结果实验组检出1例外显子4缺失病人,外显子3缺失在实验组和对照组均未检出.结论外显子4缺失通过影响结合了类固醇激素的雄激素受体核移位而影响精子的发生,而对男性表型的表达无影响,雄激素受体基因外显子4缺失是男性无精症的病因之一.     

PIK3CD基因突变致PI3K-δ过度活化综合征1例报告并文献复习

目的了解PI3K-δ过度活化综合征的临床特征及致病基因。方法回顾分析1例PI3K-δ过度活化综合征患儿的临床资料。结果患儿,男,3岁10个月,反复呼吸道感染,肝脾肿大,发育落后。提取患儿及父母外周血DNA,通过全外显子组测序及Sanger验证,证实患儿PIK3CD基因存在错义变异c.3061GA(E1021K),先证者父母PIK3CD基因均未发现上述变异,为新生变异。该突变使PIK3CD基因发生功能获得性突变,导致编码的p110δ活性增强,PI3K-PIP3-AKT-mTOR信号通路过度激活,诱导细胞分化增殖,致疾病发生,为致病性突变。结论 PI 3 K-δ过度活化综合征为罕见的常染色体显性遗传免疫缺陷病,基因检测可协助诊断。     

美国二代测序技术临床应用的共识声明、实践资源、技术标准和指南的概述

二代测序(next generation sequencing,NGS)的临床应用主要包括检测基因变异的全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)和胎儿染色体非整倍体的无创产前筛查(non-invasive prenatal screening,NIPS)。本文回顾和概述了美国医学遗传与基因...     

全外显子组测序分析中预处理方法和变异识别方法的比较

目的：比较全外显子组数据分析中不同的预处理方法和变异过滤方法对变异识别的影响。方法：利用２例全外显子组测序数据,从使用不同的预处理方法（FASTX-Toolkit、Trimmomatic及未做预处理）、修饰后不成对读长（single-end reads,SE）取舍策略以及变异过滤方法[Hard过滤和变异质量得分重新校正（variant quality score recalibration,VQSR）]3个方面,通过数据覆盖深度（depth of coverage,DP）、识别变异的数目、转换/颠换比值和基因型一致性等特征,比较他们对全外显子组变异识别结果的影响。结果：Trimmomatic预处理后的读长测序ＤP与未预处理的原始数据接近,但明显高于FASTX-Toolkit预处理方法。当DP≥10×且基因型质量分数（genotype quality score,GQ）≥20时,经Trimmomatic预处理后识别到的单核苷酸变异（single nucleotide variant,SNV）数量比FASTX-Toolkit多,与未预处理组接近。当包含SE时,FASTX-Toolkit组多识别出的SNV数量高于（28%）Trimmomatic组（5%）。当样本量较少时,在所有实验组中Hard过滤方法滤掉的SNV要少于VQSR。结论：Trimmo－matic修饰（过滤）原始序列更温和,而FASTX-Toolkit可能过度过滤了原始数据。保留SE有利于下游变异识别。Hard过滤相较于VQSR表现出了更高的容忍度。     

散发型甲状腺髓样癌RET基因第11外显子序列分析

目的 分析散发型甲状腺髓样癌RET基因第11外显子碱基序列,明确RET基因突变与散发型甲状腺髓样癌的关系。方法 提取17例散发型甲状腺髓样癌基因组DNA,PCR扩增RET基因第11外显子,PCR产物经纯化后直接测序。结果 分析测序图发现1例病例在该基因第15165位碱基处C→A突变,导致丝氨酸^691→赖氨酸错意突变。结论 散发型甲状腺髓样癌RET基因第11外显子基因突变率较低;散发型甲状腺髓样癌致病的关键基因可能位于该基因的其他外显子或其他基因上。     

应用全外显子组测序发现1例肺型BHD综合征家系FLCN基因c.1579＿1580insA位点变异

目的 应用全外显子组测序对1例遗传性肺囊肿家系进行遗传基因研究。方法 遴选出2018年8月—2021年8月我科临床上发现的具有家族聚集现象的肺囊肿家系,对家系成员进行全外显子组测序确定候选基因,并通过生物信息分析、遗传变异解读及Sanger测序验证分析该基因的致病性。结果 共纳入1例肺囊肿家系,在家系先证者检出FLCN基因c.1579＿1580insA位点变异,对其阳性家系成员采用Sanger测序验证,同样检出相同基因变异,经生物信息学分析及ACMG指南致病性评级显示检出变异可分类为致病性的基因变异。结论 该家系肺囊肿的病因为FLCN基因c.1579＿1580insA位点变异;应用全外显子组测序能够快速发现罕见遗传疾病的致病基因,建议临床上若出现不明原因肺囊肿,应进行全外显子组测序检测以明确是否存在遗传因素,从而进一步辅助临床诊断,研究为后期肺囊肿的临床诊疗指南的制定提供了借鉴内容。     

肿瘤突变负荷位点检测准确性评价

目的 使用肿瘤突变负荷国家参考品中高置信SNP/Indel位点标准集的参考品,评价肿瘤突变负荷检测试剂盒的位点检测准确性.方法 采用TMB检测试剂盒(可逆末端终止测序法)检测肿瘤突变负荷检测国家参考品中高置信SNP/Indel位点标准集的参考品.首先将DNA片段化处理,进行末端修复、接头连接和文库扩增等步骤后构建文库;...