应用PFGE分析广州稻叶型霍乱弧菌的同源性

目的分析广州40株稻叶型霍乱弧菌的毒力基因和PFGE特征,探讨菌株的同源性和广州稻叶型霍乱弧菌流行的特点。方法应用PCR方法检测稻叶型菌株的4种毒力基因,采用限制性内切酶NotI对菌株进行PFGE分型,使用BioNumerics Version4.0软件（复选Dice相关系数和UPGMA方法）对菌株进行聚类和同源分析。结果绝大多数水型稻叶霍乱疫情相关菌株为genotypeA型菌,而绝大多数环境分离稻叶型霍乱弧菌为genotypeB型和C型菌。40株霍乱菌株分布于18种pulsotype,水型霍乱疫情相关菌株的pulsotype极为相近（相似性系数98%以上）,而环境分离的稻叶型霍乱弧菌呈现明显的pulsotype多样性。结论是否携带ctxA基因是稻叶型霍乱弧菌人源分离株与环境分离株的主要区别之一,绝大多数环境分离的稻叶型霍乱弧菌与人源分离株的同源性较低,但仍需加强对不同来源菌株的同源性分析和溯源追踪。     

新疆昌吉部分地区动物感染恙虫病东方体调查

目的了解新疆昌吉部分地区野生动物自然感染恙虫病东方体（Ot）的情况。方法采用多种方法捕鼠类,提取DNA,应用巢式PCR检测Ot-Sta56基因;阳性核苷酸序列片段测序,通过美国国家生物技术信息中心网站对基因序列进行BLAST比较分析。结果共捕获鼠432只、鸟类53只,仅在木垒县的鼠类、鸟类脾样本中检测到阳性片段,感染率分别为5.3%、11.1%;其他县市未检测到阳性。DNA序列分析表明,鼠类、鸟类阳性标本中扩增产物的核苷酸序列相同,碱基长度均为442bp。BLAST表明目的基因与Karp型的碱基序列同源性最高（98.5%）,应属于Karp型。结论新疆昌吉地区木垒县啮齿类及鸟类动物中可能存在Ot感染。     

Expression,Purification,Characteristics and Homology Modeling of the HMGS from Streptococcus pneumoniae

Objective To understand the molecular basis for a potential reaction mechanism and develop novel antibiotics with homology modeling for 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A （HMG-CoA） synthase （HMGS）. Methods The genetic engineering technology and the composer module of SYBYL7.0 program were used, while the HMGS three-dimensional structure was analyzed by homology modeling. Results The mvaS gene was cloned from Streptococcus pneumoniae and overexpressed in Escherichia coli from a pET28 vector. The expressed enzyme （about 46 kDa） was purified by affinity chromatography with a specific activity of 3.24 μmol/min/mg. Optimal conditions were pH 9.75 and 10 mmol/L MgCl2 at 37 ℃ The Vmax and Km were 4.69 μmol/min/mg and 213 μmol/L respectively. The 3D model of S.pneumoniae HMGS was established based on structure template of HMGS of Enterococcus faecalis. Conelusion The structure of HMGS will facilitate the structure-based design of alternative drugs to cholesterol-lowering therapies or to novel antibiotics to the Gram-positive cocci, whereas the recombinant HMGS will prove useful for drug development against a different enzyme in the mevalonate pathway.     

水通道蛋白AQP4研究进展

水通道蛋白（Aquapofins,AQPs）是一个同源、四聚体结构的水通道蛋白家族,主要功能是运输水分,另外AQP3、AQP7和AQP9等水通道蛋白属于水甘油膜孔蛋白质,还可运输甘油和各类小的极性分子。脑组织中的水通道蛋白主要为水通道蛋白4（aquapofin-4,AQP4）,是1994年Jung等利用水通道蛋白家族的同源性克隆分离出来的,在中枢神经系统分布最为丰富,可能是脑脊液重吸收、渗透压调节,脑水肿形成等生理、病理过程的分子生物学基础。因此,研究AQP4可为脑水肿及水代谢疾病提供分子水平的理论依据,同时为临床治疗脑水肿及水代谢疾病提供一种新途径。     

鲍氏不动杆菌耐药性及同源性分析

目的 调查自住院患者分离的鲍氏不动杆菌(ABA)的耐药性及其同源性,为临床治疗及预防提供依据.方法 110株鲍氏不动杆菌的鉴定和药敏试验采用VITEK2-compact全自动微生物系统,采用REP-PCR进行同源性分析.结果 110株菌株表现出多药耐药,仅对阿米卡星敏感率高,为91.3%,对头孢他啶、环丙沙星、亚胺培南等抗菌药物均显示出高水平耐药,分别为100.00%、97.83%、91.30%;REP-PCR提示部分菌株表现出100.00%同源.结论 调查的鲍氏不动杆菌为多药耐药株(MDR-ABA),同一克隆株可在不同患者之间传播.     

多药耐药鲍氏不动杆菌基因同源性分析及流行病学调查

目的 了解重症监护病房(ICU)流行的多药耐药鲍氏不动杆菌(MDR-AB)耐药谱特征及其同源性,为临床防治提供依据.方法 MDR-AB分离自2007年5月,4株系住ICU肺部感染患者的痰标本,4株系病房物体表面;按<全国检验技术操作规程>要求操作,用全自动微生物分析仪进行细菌鉴定及药敏试验;用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对8株鲍氏不动杆菌进行基因分型,明确其是否为同一菌株的克隆.结果 4株痰标本的鲍氏不动杆菌对包括碳青酶烯类在内的多种抗菌药物耐药,经DNA分型同为A型,另4株物体表面的鲍氏不动杆菌经DNA分型亦同为A型,8株有高度同源性,证实为同一克隆株.结论 鲍氏不动杆菌为多药耐药株,同一克隆株在不同感染个体间的相互传播导致了ICU内感染的流行;1号株可能是交叉感染的源头,医护人员标准预防未到位,尤其是手卫生问题是可能的传播途径.     

华东地区猪基因4型戊肝病毒的季节变化及与人同源性的分析

目的 戊型肝炎病毒的人兽共患特征被认可,本研究检测华东地区猪群在不同季节中基因4型戊肝病毒(HEV)的感染情况,了解猪病毒株之间以及与人病毒株的同源性关系.方法2007年9月-2008年6月在华东地区浙江、安徽和江苏的3家屠宰场中共采集猪胆汁标本1200份,应用巢式RT-PCR方法检测HEV RNA,对阳性标本测序并结合同一地区人HEV序列进行同源性分析.结果猪胆汁标本中HEV RNA总检出率为4.5%,各季节猪群的检出率为9-10月平均检出率6%,12-1月4.33%,3-4月4.33%,5-6月3.33%,各地区的平均检出率为江苏6%、安徽5%、浙江2.5%.不同地区猪与猪、猪与人基因4型HEV病毒株的同源性都较高(猪株之间核苷酸序列约为80%～100%,氨基酸序列约为96%～100%;猪与人株之间核苷酸序列约为76%～99%,氨基酸序列约为95%～100%).部分猪HEV与人HEV构成独立的同源性分支,进化起源关系密切.结论 基因4型HEV在华东地区猪群中常年广泛流行,且可能拥有共同的进化与传播起源.猪群携带HEV可能会对人群戊肝的流行趋势产生影响.     

MALDI-TOF MS在耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌同源性分析的应用研究

摘要：目的 探究基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)分析耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae, CRKP)同源性在临 床中的应用价值。方法 收取某院2018年9月-2020年10月临床分离的肺炎克雷伯菌非重复菌株295株,经耐药表型筛选出 CRKP;利用MALDI-TOF MS采集CRKP的质谱图,分别运用SARAMIS软件中的相似性分型和identical masses分型进行同源性 分析;以脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)为参考标准,将CRKP分为高度、中度、低度同源性3组,评价 MALDI-TOF MS在分析CRKP同源性分析中的应用价值。结果 经耐药表型筛选出55株CRKP;3组同源性分析显示：高度同 源组中,应用SARAMIS软件自带的identical mass分型和相似性分型分析,大多identical mass集中分布(60%~80%),相似性＞ 80%,与PFGE结果较为一致;中度同源组中,identical mass＞70%,相似性＞85%,显示菌株间高度集中,跟PFGE结果存在较 大的差异;低度同源组中,identical mass＜70%,相似性＜80%,与PFGE结果类似,能较好体现菌株间的差别。结论 MALDITOF MS自带的SARAMIS软件目前仅在高度同源和低度同源菌株中,可作为分析同源性的初筛方式。     

青海省1999年脊髓灰质炎Ⅰ型野毒株的分子病毒学分析

自中国脊髓灰质炎 (脊灰 )监测网络建立以来 ,有报告的脊灰暴发和流行主要由脊灰Ⅰ型野病毒引起。 1993年在新疆维吾尔自治区分离到 1株Ⅲ型野病毒 ,但未发现Ⅱ型野病毒。此外 ,1995年、1996年在云南省发现 2例Ⅰ型〔1〕、2例Ⅲ型境外输入野毒病例〔2〕。 1994年 10月以来我国本土未发现脊灰野病毒。但是 ,1999年 10月从青海省循化撒拉族自治县分离到 2株脊灰Ⅰ型野病毒 ,1株来自 1位 16月龄的病例 ,另 1株来自该病例的接触者。应用基因测序法对该毒株做了VP1片段序列的测定 ,并与疫苗株SabinⅠ型参考株、国内曾经流行的脊灰Ⅰ型野病毒代表株、我国周边国家部分脊灰Ⅰ型野毒株的序列作了基因同源性比较 ,并由计算机用NeighborJoining和BootstrapTest方法分析处理 ,构建出它们之间的关系树 ,初步揭示了该毒株很可能是由境外传入我国     

湖北省2016-2021年麻疹病毒流行株基因型特征

目的 分析湖北省麻疹病毒流行株基因型特征。方法 收集湖北省2016-2021年麻疹监测病例咽拭子标本，进行麻疹病毒核酸检测、分离培养、N基因C末端基因扩增，构建分离株与基因库(GenBank)中麻疹病毒基因型参考株的系统进化树，分析核苷酸同源性和基因型别。结果 从湖北省2016-2021年麻疹监测病例中共获得335株麻疹病毒流行株，其中H1基因型327株(2016-2018年)、B3基因型5株(2019年)、疫苗株A基因型3株(2016年和2021年)。H1基因型麻疹病毒分离株之间的核苷酸同源性为98.40%-98.90%,与H1基因型参考株的核苷酸同源性为97.30%-97.80%;B3基因型麻疹病毒分离株之间的核苷酸同源性为99.30%-100%,与B3基因型参考株的核苷酸同源性为97.10%-97.60%。结论 2016-2018年湖北省麻疹病毒优势流行株仍为中国本土H1基因型，2019年首次发现B3基因型，2021年仅检测到疫苗株A基因型。需继续加强麻疹病毒基因型监测，及时发现和阻断输入性麻疹传播。