EST技术及其在基因全长cDAN克隆上的应用策略

随着人类基因组计划的顺利进行，EST技术被广泛应用基因识别、绘制基因表达图普、寻找新基因等研究领域。利用人类基因组研究不断产生的，从ESTs即cDNA的部分序列入手，通过同源筛选，获得基因部分乃至全长cDNA序列，避免或减轻了构建与筛选cDNA库等繁锁的实验室工作。本从原理、应用有其在科学研究上产生的影响等方面对EST技术进行了概述。     

正常人体学综合课程的构建

我校在完成教育部世行贷款21世纪初高等教育教学改革项目(NO：1292813032)：高等医学基础综合课程的实践研究课题中，提出了“以系统整合的学科群代替传统的以学科为中心的课程体系，加强人教育，强调终身学习的医学教育模式”。这种模式将传统的以学科为主的医学基础课程整合为9个系统模块，其中3个新增模块属于前沿生命科学，分别为神经生物学、现代发育生物学、生物信息学及计算基础医学。     

幽门螺杆菌基因hp0231和hp0410的克隆表达及生物信息学分析

目的获取幽门螺杆菌hp0231和hp0410基因的序列,预测其编码蛋白HP0231和HP0410作为候选疫苗的可行性,在大肠杆菌表达系统中表达hp0231和hp0410。方法提取幽门螺杆菌标准株NCTC11639的基因组DNA,按照GenBank中幽门螺杆菌标准株22695的序列设计引物PCR,扩增hp0231和hp0410基因,克隆入pMD18-T载体中测序,进行生物信息学分析。将hp0231和hp0410克隆入表达载体pGEX-4T-1中,诱导表达,SDS-PAGE电泳鉴定。结果生物信息学分析表明HP0231和HP0410均为外膜蛋白,具良好的抗原性,并且与其他生物的同源性较低,其作为Hp疫苗不易产生交叉反应以及自身免疫性反应,构建的重组菌可高水平表达可溶性重组蛋白。结论HP0231和HP0410是有良好应用前景的Hp候选疫苗。     

人CD226基因SNP和启动子序列分析

目的 研究人CD226（PTA1）启动子及其5‘上游调控序列。方法 应用计算机软件预测启动子序列，并分析人CD226基因5‘上游调控序列以及通过RT－PCR的方法研究开放读框中的单核苷酸多态性。结果 CD226基因在－375bp处和－130bp处可能有两个启动子，含有AP－1，Ets-1,Spl,P300,PU.1,PEA3等转录因子结合序列，在编码胞浆区的序列中存在一个单核苷酸多态性位点。结论 CD226基因表达受到多种转录因子和5‘端上游调控序列的调控。     

在药学专业课程中设置生物信息学的重要性

药学专业主要培养能够从事药物分析、临床药学、药物研究与开发、药物制剂生产与管理、医药营销等方面的高级科技人才。根据这一培养目标 ,纵观现代生物学及信息技术的发展 ,笔者认为应设置生物信息学这一新兴课程 ,以满足该专业学生对不断增长的生物学信息的获取与处理能力。生物信息学 (Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ)是在生命科学的研究中 ,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一 ,同时也是 2 1世纪自然科学的核心领域之一。生物信息学兴盛得益于人类基因组计划 ,但并不局…     

当归香豆酸-3-羟化酶基因ASC3H的克隆及表达模式与阿魏酸含量相关性分析

目的：对当归中香豆酸-3-羟化酶基因（C3H）全长进行克隆,进行生物信息学与基因表达模式分析,结合当归根不同组织部位阿魏酸的含量,推测ASC3H基因功能。方法：基于前期转录组测序结果,通过实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）克隆全长cDNA序列,运用生物信息学方法分析该序列特征,并利用Real-time PCR和高效液相色谱法（HPLC）分别测定当归不同组织中ASC3H基因表达量及阿魏酸含量。结果：克隆获得当归ASC3H全长基因（登录号MN2550298）,开放阅读框（ORF）长度为1 530 bp,编码509个氨基酸,理论相对分子质量为57.86 kDa,等电点8.36,为不含信号肽的亲水性不稳定蛋白,定位于叶绿体中,有跨膜区,具有多个磷酸化位点,含有细胞色素P450的保守结构域CGYDWPKGYGPIINVW＿P450(383～399 aa);多重氨基酸序列比对分析结果显示ASC3H与其他植物的C3H基因具有较高相似性,并与同科植物大阿米芹的同源性最高;Real-time PCR结果显示ASC3H基因在当归不同组织的表达量不同;HPLC结果表明阿魏酸成分在当归根...     

防治病毒性肺炎中连花清瘟胶囊重要靶点DPP4的生物信息学分析

目的 通过生物信息学的方法对DPP4基因与蛋白进行系统的分析,为DPP4在病毒侵入宿主细胞和连花清瘟胶囊等药物防治等方面的研究打下生物信息学基础。方法 首先分析DPP4蛋白的亲疏水性、信号肽结构、跨膜结构等基本性质,再通过SOPMA、SWISS-MODEL、STRING、MEGA-X等软件分析蛋白质的结构、相互作用关系、进化关系等高级属性进行分析,并通过其性质和属性分析DPP4在病毒侵入和药物治疗原理方面的作用。结果 DPP4是一个亲水性非经典分泌蛋白,具有一个跨膜结构,并在小肠中表达较为丰富,在细胞中主要分布在内质网。DPP4的翻译后修饰位点较多,三级结构呈较为特殊的哑铃形,蛋白主要涉及糖代谢调控、炎性反应以及病毒侵入宿主细胞等生物过程。人类DPP4蛋白与啮齿类动物DPP4蛋白的亲缘性较差。结论 连花清瘟胶囊对DPP4具有明确的靶向作用,并且DPP4蛋白与病毒侵入人体密切相关,因此其对病毒性肺炎的防治效果是可靠且明确的。     

人自噬基因APG5及一个新亚型APG5β的克隆

目的克隆APG5基因并在真核细胞中进行表达,从分子水平研究自噬与凋亡之间的关系。方法应用PCR技术,从人胚脑cDNA文库和B细胞cDNA文库中钓取APG5基因,连接到pEGFP-C1载体,测序确定核苷酸序列并进行生物信息学分析。利用脂质体lipofectin将带有目的基因的载体转入人肝细胞株和Hela细胞株。在共聚焦激光显微镜下观察融合蛋白表达。结果成功地钓取APG5及一个新亚型APG5β基因片段,两者连入pEGFP-C1载体并在Hela细胞株中获得表达。在共聚焦激光显微镜下观察到两者在凋亡细胞中表达。在凋亡诱导刺激下,随着凋亡的提前出现,融合蛋白表达的时间也提前。结论成功克隆APG5/APG5β基因,首次证实并报道一个新亚型APG5β,并在GenBank核酸序列数据库中登录(AF293841)。对两者功能进行了初步研究,为进一步研究自噬与凋亡之间的关系和可变性剪切的调节机制提供了有益的线索。     

当归抽薹开花过程中赤霉素代谢水平及其关键酶基因克隆与表达分析

目的 对当归Angelica sinensis 16个赤霉素（gibberellins,GAs）进行含量测定、GAs代谢酶基因筛选并进行生物信息学分析、关键基因克隆及表达验证,以期为调控当归抽薹开花提供理论依据。方法 利用HPLC-MS/MS对不同材料中GAs含量进行测定与分析,基于当归全长转录组筛选直接参与GAs代谢酶基因,利用在线工具进行生物信息学分析,并对关键酶基因GA2ox6和GA20ox1表达水平进行q RT-PCR检测。结果 在所测定的16个GAs中,8个GAs含量在早薹植株中高于非早薹植株,13个GAs含量随植株发育时期延长逐渐增加。当归全长转录组中含有9个直接参与GAs代谢的酶基因,可分为6个亚家族,共含有6个保守基序,亚细胞定位于细胞质。GA2ox6和GA20ox1基因克隆片段由于插入序列与全长转录组测序片段存在长度差异。GA2ox6基因在抽薹植株、随种苗春化作用和植株发育时期延长呈现低表达,而在冷冻规避春化作用种苗中呈现高表达,GA20ox1基因则相反;GA2ox6和GA20ox1基因在叶和茎中相对于根均呈现高表达。结论 当归含有9个直接参与GAs代谢的酶基因,各成...     

激素性股骨头坏死血管新生相关基因的鉴定及其靶向中药成分筛选验证

目的 基于生物信息学分析筛选激素性股骨头坏死（steroid induced osteonecrosis of femoral head,SONFH）中涉及血管生成相关的基因,进一步探讨其作用机制并筛选靶向中药活性成分。方法 通过Perl语言和R软件处理GEO数据,获得SONFH的关键差异基因,使用David工具进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析。然后使用STRING平台和Cytoscape软件分析蛋白互作关系,用MCODE和CytoHubba插件识别重要基因簇模块和核心基因,并进一步验证。使用CTD数据库搜索靶向核心基因的中药活性成分并用autodock vina软件进行分子对接,以及探索核心基因与SONFH的相互作用。利用激素诱导人股骨头骨微血管内皮细胞（bone microvascular endothelial cells,BMECs）,通过CCK-8、细胞划痕实验和Transwell实验观察白藜芦醇对细胞增殖及迁移的影响,通过Western ...