ALK融合基因阳性肺腺癌患者耐药核心基因鉴定及药物靶点分析

目的 探讨ALK融合基因阳性肺腺癌患者原发灶及转移灶基因表达谱的差异,从而探索转移灶耐药机制及相应的药物靶点分析.方法 GEO数据库中选取GSE125864,根据肿瘤组织取材部位不同分为原发灶组和转移灶组.首先,比较两组患者之间显著差异基因的表达,并分析这些显著差异基因在生物学功能和富集信号通路等方面的不同;其次,对显...     

骨关节炎的潜在生物标志物筛选及关键基因验证

目的本研究旨在通过生物信息学分析确定骨关节炎滑膜组织中的关键生物标志物。方法从GEO数据库中下载GSE12021、GSE55235和GSE55457,通过Bioconductor的LIMMA包鉴定差异表达的基因(DEGs),并进行功能富集分析。使用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),用Cytoscape进行模块分析,筛选出关键基因,并在芯片数据集中验证表达情况。结果分析基因芯片GSE12021和GSE55235骨关节炎和正常对照组之间滑膜组织差异表达的基因并取交集,获得18个表达上调基因,43个表达下调基因;GO与KEGG分析发现差异基因富集在维生素C代谢、白介6信号通路等多个骨关节炎发生发展的重要通路;通过构建PPI网络筛选出了包括促进软骨细胞破坏、调节炎症、调节软骨稳态、调控软骨基质代谢的十个关键基因,在三个表达谱数据中验证了关键基因的表达。结论骨性关节炎与正常对照之间的关键基因分析可为理解骨性关节炎的发生发展和开辟新的基因治疗手段提供新的见解。     

健康人肝组织麦胚凝集素亲和型糖蛋白表达谱分析

目的分析健康人肝组织麦胚凝集素(wheatgermagglutinin,WGA)亲和型糖蛋白表达谱。方法从30例健康人肝组织混合样本的总蛋白中用WGA凝集素亲和层析分离纯化糖蛋白,再利用双向电泳结合SYPRO Ruby荧光染色进一步分离WGA亲和型糖蛋白。目的蛋白质点经质谱鉴定后对其进行生物信息学分析及功能分类。结果初步建立WGA亲和型糖蛋白的双向电泳图谱,图谱均点数为(650±50)个,质谱鉴定并去冗余共获116个蛋白。经生物信息学分析104个蛋白具有不同程度的N糖基化位点,最后按Gene Ontology的分类原则进行功能分类。结论凝集素亲和层析结合双向电泳荧光染色、质谱鉴定是一种高通量的检测方法,WGA亲和型糖蛋白表达谱的初步构建为后续研究奠定了基础。     

金黄色葡萄球菌感染所致骨量丢失的分子机制研究

目的:探讨金黄色葡萄球菌感染所致骨量丢失的分子机制。方法:将30只雄性8周龄C57BL/6小鼠随机分为3组（ n=10）：对照组、感染组及感染+JAK抑制剂（JAKi）组。造模2周后于股骨和胫骨处取材。通过Micro-CT重建并分析骨小梁体积分数(BV/TV)、骨小梁数量(Tb.N)、骨小梁厚度(Tb.Th...     

奥氮平连续处理后大鼠中缝背核组织差异表达蛋白的生物信息学分析

目的 分析奥氮平连续处理的大鼠中缝背核蛋白的差异表达,探究奥氮平使用早期导致代谢障碍可能的中枢5-HT机制。方法 将40只SD大鼠随机分配到奥氮平组[灌胃奥氮平1.2 mg/(kg·d）]和对照组（灌胃等量0.9%氯化钠溶液）,两组各分配10只雌性大鼠、10只雄性大鼠。给药1次/d,连续28 d。最后一次给药1 h后处理大鼠,并取大脑中缝背核样本。利用绝对和相对定量同位素标记技术联合液相色谱-串联质谱技术对大鼠中缝背核组织进行蛋白质组学分析,进一步对差异表达蛋白进行GO、KEGG通路、COG、蛋白互作网络分析。另将24只大鼠随机分为4组：2个奥氮平组和2个对照组（6只/组）,类似方法得到大鼠中缝背核样本,根据蛋白质组学数据选择目标基因的表达进行qRT-PCR和Western blot验证。结果 筛选出奥氮平组与对照组大鼠中缝背核差异表达蛋白有72种上调、142种下调。GO注释分析显示,涉及奥氮平的差异表达蛋白参与细胞过程、生物调节、代谢过程、应激反应、多细胞生物过程以及结合、催化活性、分子功能调节、转录调节活性等分子功能。KEGG富集分析显示,涉及奥氮平的差异表达蛋白主要参与流体剪切应...     

基于生物信息学筛选分析脓毒症预后相关核心基因

目的 基于生物信息学分析影响脓毒症预后的潜在核心基因。方法 利用基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)筛选到脓毒症患者的基因表达数据集GSE54514和GSE65682,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和维恩分析筛选与脓毒症预后相关的关键基因,采用Metascape数据库、RcisTarget包和CIBERSORT算法进行基因功能富集分析、转录因子富集分析及免疫浸润分析。选取数据集GSE5772进行验证,筛选与脓毒症预后相关的核心基因并使用Kaplan-Meier法进行生存分析。结果 对数据集GSE54514、GSE65682分别进行WGCNA分析,筛选出与脓毒症预后相关性最高的“绿色”和“棕色”模块,并对两个模块的基因取交集,维恩分析得到20个关键基因。这些关键基因主要富集在细胞形态调节、单核细胞迁移等通路上。转录因子富集分析显示转录因子ZNF148可能是基因集的主要调控因子之一。进一步通过数据集GSE5772验证,发现基因FGD3、MBP、MSN、RNF130和SETD1B在脓毒症患者中明显低表达(P＜0.05)。免疫浸润分析表明这5个核心基因均与免疫细胞含量密切相关,其中只有FGD3、MSN和RNF130的表达与脓毒症患者的生存率相关(P＜0.05)。结论 基于生物信息学分析筛选到与脓毒症预后相关的5个核心基因,这些基因与免疫细胞密切相关,其中基因FGD3、MSN和RNF130可能是脓毒症预后的重要预测因子。     

基于网络药理学的葛根降糖机制研究

目的 基于网络药理学方法研究葛根发挥降糖作用的主要活性成分、作用靶点,分析和寻找葛根发挥药效作用的通路,了解其多靶点多通路协同作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获得葛根相关靶点,通过蛋白质相互作用数据库平台及基因功能分析平台获得相关通路及功能注释信息并分析,通过蛋白质网络分析软件构建蛋白质相互作用网络及“化合物-靶点-信号通路-功能”网络进一步确定其多靶点特性,通过分子复合体检测插件,结合其功能和通路对蛋白质相互作用网络进行聚类,获得不同的模块及每个模块的关键基因。通过分子对接对葛根成分小分子及其作用靶点的结合进行验证。结果 筛选到芒柄花黄素、谷甾醇、3′-甲氧基大豆苷元及大豆苷元-4′,7-二葡萄糖苷四种成分。获得3个主要靶点为CYP17A1、NR3C1和HTR2C。结论 通过对靶点功能、通路以及蛋白质相互作用网络的综合分析,共获得3个靶点模块,通过分析其降糖中可能的作用机制及研究现状,能够为葛根的高效利用提供一定的基础。     

基于生物信息学筛选与宫颈癌免疫相关的分子标志物

目的 基于生物信息学方法筛选与宫颈癌免疫相关的分子标志物。方法 从基因表达汇编(GEO数据库获取24例正常宫颈组织和28例宫颈癌组织数据。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取306例宫颈癌组织和3例正常宫颈组织数据。通过R软件ESTIMATE算法对数据集进行免疫、基质评分,分析评分与宫颈癌预后的关系。根据免疫评分筛选出差异表达基因(DEGs),并通过韦恩图显示其上调、下调情况,取两数据库所得交集。对关键基因进行GO富集分析、KEGG通路分析和基因集富集分析(GSEA)。构建蛋白质互作(PPI)网络。应用GEPIA2和UALCAN在线网站分析关键基因的表达水平并验证其与患者生存预后的关联性。结果基于TCGA数据库数据分析,高免疫评分组患者的生存情况优于低免疫评分组(log-rank检验：χ²=4.400,P=0.035)。基于TCGA数据库数据,根据免疫评分高低进行筛选,共获得了1 063个DEGs,其中包括640个上调基因和423个下调基因。基于GEO数据库数据共筛选出1 903个DEGs,包括了1 698个上调基因和205个下调基因。取两者交集最终得到7个下调...     

Chinese 1基因型弓形虫棒状体蛋白 ROP16的基因克隆表达及生物信息学分析

目的：构建弓形虫Chinese 1基因型TgCtWh3（以后均简称Wh3）株棒状体蛋白（ rhoptry protein ,ROPs）16的原核和真核重组表达质粒及其3D结构。方法参照ROP16序列分别设计引物,采用PCR从弓形虫Chinese 1基因型Wh3株基因组DNA中扩增出编码ROP16的基因片段,克隆至pMD18-T载体;经PCR及测序分析鉴定;阳性克隆的质粒分别亚克隆至原核表达载体pET-28a和真核表达载体pEGFP-C2,分别转化大肠杆菌BL21和DH5α,PCR和酶切鉴定转化菌落插入的序列;将构建的原核表达菌株经IPTG诱导,SDS-PAGE和免疫印迹分析融合蛋白的表达;将构建的真核重组质粒经脂质体转染293T细胞,观察其在细胞中表达;采用生物信息学方法分析构建了蛋白的3 D结构。结果各组均PCR扩增出约2．1 kb ROP16基因的特异片段,序列检测结果均正确;分别亚克隆到原核表达载体pET-28a和真核表达载体pEGFP-C2中,成功构建了Chinese 1基因型弓形虫棒状体蛋白ROP16的原核表达质粒和真核表达质粒;原核表达质粒在大肠杆菌中表达了ROP16的融合蛋白;真核表达质粒在293T细胞中成功表达,成功构建出ROP16基因的3D结构图。结论以pET-28a和pEGFP-C2为载体,分别成功构建并表达了ROP16的原核和真核重组质粒,并构建出其3D结构图。     

一条脑胶质瘤相关的全长基因的生物信息学分析

目的报道一条脑胶质瘤相关的全长新基因的生物信息学分析及其研究的结果。方法对507E08克隆子进行了测序,生物信息学分析和Northern blot分析。结果507E08基因为全长基因,长度为2002bp,共编码203个氨基酸,命名为人核糖体蛋白L14．22。经Northern blot证实507E08基因在人正常脑组织中低表达,而在人脑胶质瘤中高表达。结论生物信息学是一种有效分析未知基因的工具。507E08基因可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因。