基于iTRAQ多重标记串联质谱技术系统性筛选乳腺癌患者血清蛋白表达的差异分析

目的:观察串联质谱技术在乳腺癌血清蛋白表达中的差异。方法:选取2020年2月－2021年2月黑龙江省牡丹江医学院附属二院收治的乳腺癌新辅助化疗患者20例作为研究组,包含10例化疗有效患者及10例化疗无效患者,同时选取8名健康者作为对照组。采集所有患者的肘静脉血,分别采用高通量miRNA、iTRAQ表达谱测序技术,从“组学”的角度对乳腺癌新辅助化疗不同疗效患者miRNA差异表达谱、外周血单个核细胞蛋白组进行研究。随后,先进行Pathway通路分析,该过程在蛋白质层面进行,然后找出sRNA的成熟体序列,在此过程中严格根据miRbase18数据库。将已知的cDNA序列整理为一行,对得到的sRNA对应靶基因进行预测,Pathway分析靶基因,最后将同一Pathway通路中的sRNA靶基因及蛋白质寻找出来。结果:研究组和对照组共筛选出19个差异表达蛋白,选取其中具有较大表达差异的肝细胞生长因子(HGF)进行验证。iTRAQ标记图谱显示,研究组和对照组的血清HGF表达水平比较,差异有统计学意义(P<0.05)。研究组Ⅰ期、Ⅱ期、Ⅲ期患者的血清HGF表达水平逐渐升高(P<0.05),均高于对照组(均P<0.05),符合i TRAQ标记图谱鉴定结果。结论:串联质谱技术用于筛选发现乳腺癌细胞HGF表达水平升高具有显著效果,可有效指导临床诊治乳腺癌的工作,将有效参考提供给靶向治疗药物的开发。     

乳腺癌新辅助化疗前后肿瘤相关巨噬细胞相关基因变化的生物信息学分析

背景与目的 乳腺癌是全球女性发病率最高的恶性肿瘤,化疗是乳腺癌最重要的治疗方式之一,最近的研究表明,化疗可能通过增强肿瘤微环境中的抗肿瘤免疫力来发挥抗肿瘤效应。因此,本研究通过生物信息学分析明确乳腺癌患者新辅助化疗（NAC）前后肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及相关基因的变化,评估NAC对乳腺癌患者免疫影响。方法 GEO数据库输入“Breast Cancer”,“TAMs”,“Chemotherapy”进行检索,选择人乳腺癌组织的GSE134600数据集进行分析。通过R包（limma函数）筛选乳腺癌患者NAC前后组织样本中差异表达基因（DEGs）。对所有DEGs进行GO功能富集和KEGG通路分析。通过Cytoscape软件对DEGs进行蛋白互作网络可视化,并筛选关键核心基因,通过cBioPortal对10个关键基因进行突变分析。使用R包（CIBERSORT）对GSE134600数据中的免疫细胞分布及相关性进行评估。结果 鉴定出751个乳腺癌NAC前后DEGs（409个上调基因和342个下调基因）。通过GO富集分析DEGs的生物过程（BP）、细胞组分（CC）和分子功能（MF）。在BP中主要富集在I型干扰素（IFN-I）信号通路/病毒应答与防御和病毒生命周期方面;在CC中主要富集在细胞膜的外在成分和细胞膜的细胞质侧方面;在MF中主要富集在细胞因子受体结合、双链RNA结合和脂肽结合方面。KEGG通路富集分析中,DEGs主要富集在甲型H1N1流感、麻疹、丙型肝炎、冠状病毒病COVID-19、NF-κB信号通路、EBV病毒感染、NOD样受体信号通路和阿米巴病信号通路。通过CytoHubba插件筛选出乳腺癌NAC前后TAMs相互作用程度最高的前10个关键基因：IFIT1、ISG15、MX1、MX2、IRF7、RSAD2、IFIT3、IFI35、IFI6、IFITM1。多组学分析发现IFIT1、MX1和MX2主要发生缺失突变,IFIT1主要发生基因深度删除,而MX1和MX2主要发生基因扩增。NAC后乳腺癌组织中M0巨噬细胞、CD8⁺T细胞及M2巨噬细胞含量减少,M0巨噬细胞与记忆性B细胞成正相关（r=0.64）,与未活化的CD4⁺记忆性T细胞呈负相关（r=-0.66）。结论 所发现的乳腺癌患者NAC前后TAMs相关的DEGs与干扰素信号通路密切相关,提示干扰素信号通路在NAC可能通过改变TAMs而发挥重要作用。同时NAC前后M0巨噬细胞发生明显改变,提示化疗可能通过改变M0巨噬细胞分布及免疫功能调节对肿瘤的免疫应答。     

富亮氨酸α2糖蛋白1在乳腺癌中的表达及其功能的生物信息学分析

背景与目的 富亮氨酸α2糖蛋白1（LRG1）是富亮氨酸重复序列（LRR）家族蛋白成员,近些年研究显示LRG1在恶性肿瘤的发生、上皮间质转化、侵袭转移、异常血管生成、预后预测中发挥重要作用。然而LRG1在乳腺癌中的表达、预后、功能和潜在机制方面尚待阐明。本研究旨在通过生物信息学方法系统分析LRG1在乳腺癌中的表达及意义。方法 使用TCGA、Breast Cancer Gene-Expression Miner、UALCAN、Kaplan-Meier Plotter、GeneMANIA、DAVID等多个数据库对LRG1在乳腺癌中的表达与临床病理特征关系、预后价值、相互蛋白作用网络及功能富集进行综合分析。结果 TCGA数据库分析显示,LRG1 mRNA在乳腺浸润癌中的表达量明显高于正常组织（23.461 vs. 8.357,P<0.001）。在不同分子亚型中,luminal型乳腺癌中LRG1 mRNA表达量为37.462（9.930~74.197）,高于HER-2阳性型乳腺癌和三阴性乳腺癌（TNBC）（均P<0.01）;I、II、III期乳腺癌中LRG1 mRNA的表达水平均高于正常乳腺组织（均P<0.05）。Breast Cancer Gene-Expression Miner数据库分析显示,雌激素受体（ER）和（或）孕激素受体（PR）阳性乳腺癌中LRG1 mRNA的表达水平高于ER和（或）PR阴性乳腺癌,HER-2阴性乳腺癌中LRG1 mRNA表达高于HER-2阳性型乳腺癌（均P<0.05）;淋巴结阳性乳腺癌LRG1 mRNA表达量高于淋巴结阴性乳腺癌（P<0.000 1）。用GEPIA在线平台对TCGA数据库中乳腺癌数据进行生存分析发现,LRG1高表达患者总生存率（OS）及无复发生存率（RFS）均低于低表达患者,但差异无统计学意义（HR=0.81,P=0.200;HR=0.70,P=0.064）;用Kaplan-Meier plotter对TCGA中乳腺癌数据进行生存分析发现,LRG1的表达与luminal A型、luminal B型、HER-2阳性型乳腺癌的OS无明显关系（均P>0.05）,但在basal-like亚型中,LRG1低表达患者OS明显优于LRG1高表达患者（HR=3.12,95% CI=1.54~6.29,P<0.001）。使用GeneMANIA数据库进行分析,共筛选出20个与LRG1相互作用蛋白质,GO富集分析显示,LRG1及与其共表达相关的20个蛋白富集于细胞胞外区,外泌体,血液微粒,受体复合物等结构中,参与细胞的血管生成调控、上皮间充质的转化、缺氧反应等相关生物学过程。结论 LRG1在乳腺癌组织中表达上调,并可预测部分不良乳腺癌亚型的预后,LRG1可能为乳腺癌治疗提供新的靶点。     

冠状动脉粥样硬化性心脏病心绞痛患者血浆标记物特征

目的：总结近10年来国内外学者对冠状动脉粥样硬化性心脏病（冠心病）心绞痛血浆标记物的研究成果，探讨血浆标记物在冠心病心绞痛发生、发展过程中的变化规律，以及在心绞痛诊断、危险度分层及预后判断中的意义，为临床早期诊断和早期干预提供依据。资料来源：应用计算机检索Medline1990—01／2005-12关于冠心病血浆标记物的文章。检索词“Angina pectoris，biology marr，并限定文章的语种类为En小sh。同时利用计算机检索清华全文期刊数据库1995—01／2005-12的相关文章，限定文章语言种类为中文，检索词“心绞痛，生物学标记”。资料选择：对资料进行初审查，选择血栓素B2与6酮前列腺素F1α、纤维蛋白原、组织型纤溶酶原激活物和纤溶酶原激活剂抑制物、D-二聚体、CD62P与CD63、内皮素与降钙素相关肽、C反应蛋白、白细胞介素6和白细胞介素8等血浆标记物相关的文献。排除综述类文献和重复性研究文献。资料提炼：共收集到相关文献141篇，34篇符合上述标准。其中血栓素B2与6酮前列腺素F1α相关文献1篇，纤维蛋白原相关文献3篇，组织型纤溶酶原激活物和纤溶酶原激活剂抑制物相关文献5篇，D-二聚体相关文献5篇，CD62P与CD63相关文献3篇，内皮素与降钙素相关肽相关文献3篇，C反应蛋白相关文献6篇，白细胞介素6和白细胞介素8相关文献8篇。资料综合：研究表明，心绞痛发作期间，血栓素B2及血栓素B2／6酮前列腺素F1α比值显著升高，降钙素相关肽浓度则显著下降；不稳定性心绞痛患者血D-二聚体、CD62P，CD63、内皮素、组织型纤溶酶原激活物和纤溶酶原激活剂抑制物、白细胞介素6、白细胞介素8等含量显著升高，且与病情严重程度明显相关；不稳定性心绞痛患者的血纤维蛋白原、D-二聚体、组织型纤溶酶原激活物、白细胞介素6、白细胞介素8、C反应蛋白水平持续升高，常提示今后发生心脏事件的危险性增加。结论：上述血浆标记物对于反映冠心病病理变化、诊断急性冠脉综合征以及判断冠心病心绞痛预后等方面有不同程度的价值，对于指导该病的早期诊断和早期干预有着重要的意义。     

脉冲电磁场对脊髓损伤后骨质疏松的影响

脉冲电磁场(pulsed electromagnetic fields，PEMFs)生物学效应的研究被视为生物物理领域中的重点项目，越来越多的研究表明PEMFs对骨形成及骨代谢具有潜在的作用，因而建议开发、使用PEMFs治疗骨质疏松(osteoporosis，OP)及其它骨病。OP是脊髓损伤(spinal cord injury，SCI)后主要并发症之一．SCI后OP目前尚无有效的治疗方法。本文对SCI后OP的特点、PEMFs对OP的作用及可能机制、现存问题等进行了综述，以探讨PEMFs对SCI后OP的作用。     

CXCR4及其配体SDF-1与造血系统肿瘤

近年来研究表明，基质细胞衍生因子(SDF-1)及其受体CXCR4在造血系统肿瘤细胞生长、粘附、迁移和浸润等病理过程中发挥关键作用。本文就该趋化因子及其受体在造血系统肿瘤中的表达及其相关作用进行综述。     

荧光蛋白标记的促红细胞生长素融合蛋白的设计和预测

目的：探讨pTRE顺式作用元件调控，EGFP标记hEPO(hEPO-EGFP)融合蛋白设计的合理性。方法：应用Gene Construction Kit2．5、www．expasy．com网站提供的分析方案，分析重组体的开放读框以及融合蛋白的柔性．并作蛋白质二级结构模拟。结果：重组体的转录受pTRE顺式作用元件调控，Linker所在部位柔性高，融合蛋白表达后，二级结构预测Linker不改变蛋白结构，完全符合作者设计EGFP标记hEPO融合蛋白的初衷。结论：重组蛋白设计合理，融合蛋白有很大可能保留了hEPO和EGFP的理化特性，为进一步的实践操作提供了可靠的理论基础。     

小鼠主动脉平滑肌细胞及肌源性泡沫细胞与格列本脲共孵育的反应

目的:观察磺酰脲类药物格列本脲对平滑肌细胞及肌源性泡沫细胞内酰基辅酶A:胆固醇酰基转移酶1(ACAT1)酶活性的影响.方法:实验于2003-06/2005--07在华中科技大学同济医学院实验中心完成.①用组织贴块法培养小鼠主动脉平滑肌细胞,采用两步超速离心法制备低密度脂蛋白后,运用CuCl2氧化法制备氧化低密度脂蛋白,采用100 mg/L的氧化低密度脂蛋白作用于平滑肌细胞72 h.建立泡沫细胞模型.②在平滑肌细胞和泡沫细胞分别加入格列本脲,使终浓度为200μmol/L,孵育24 h,用放射性同位素标记法检测ACAT1酶活性.结果: ①平滑肌细胞转变为泡沫细胞后,ACAT1酶活性上升(P<0.05).②平滑肌细胞被格列本脲干预后,ACAT1酶活性无明显变化(P>0.05);肌源性泡沫细胞加入格列本脲后,ACAT1酶活性下降(P<0.05)结论:格列本脲能抑制肌源性泡沫细胞内ACAT1的酶活性,抑制平滑肌细胞向泡沫细胞的转化,有可能成为防止动脉粥样硬化的有效药物.