日本血吸虫虫卵毛蚴中带信号序列基因的全长cDNA序列分析

目的 对带有信号序列的日本血吸虫虫卵毛蚴基因的全长cDNA序列进行分析。方法 根据日本血吸虫虫卵毛蚴中带信号序列的cDNA片段序列设计合成基因特异性引物。以虫卵的第一链全长cDNA为模板，采用套式PCR，快速扩增带信号序列的虫卵毛蚴cDNA的5’、3’末端片段，将特异性扩增片段进行TA克隆与序列分析。将每个带信号序列的虫卵毛蚴cDNA片段序列与其5’、3’末端片段序列进行比对和拼接，构建每个带信号序列的虫卵毛蚴基因的完整全长cDNA序列，对部分带信号序列虫卵毛蚴基因的信号序列所对应的基因组序列结构进行分析。结果 本研究分析了30个带有信号序列的cDNA片段，其中16个片段的5’、3’末端cDNA序列被成功扩增，并测定了它们的DNA序列，通过序列比对和拼接，获得了该16个虫卵毛蚴基因的全长cDNA序列。对开放阅读框演绎的氨基酸序列进行分析，发现基因SjP4001与SjP1531的信号肽序列完全相同，而基因SjP3742和SjP1183的信号肽氨基酸序列甚为相似，从而进一步证明不同的基因可拥有相同或相似的信号肽。基因组序列分析表明，基因SjP1183的信号肽基因序列与成熟肽基因序列通过交替拼接（alternative splicing）方式进行拼接；而基因SjP4001、SjP1531、SjP3742的信号肽基因序列与成熟肽基因序列之间可能是通过转移拼接的方式进行拼接。结论 确定了16个带有信号序列的虫卵毛蚴基因的全长cDNA序列，虫卵毛蚴基因可通过交替拼接方式或转移拼接方式获得信号肽序列。     

新广谱大肠杆菌噬菌体IME11的分离及鉴定

目的 分离广谱大肠杆菌噬菌体并对其进行种属的鉴定。方法 以不同种临床致病性大肠杆菌为指示菌,从未经处理的污水样品中分离噬菌体;采用蛋白酶K/SDS的方法提取噬菌体基因组,制备重组载体,将阳性重组质粒进行测序;将测序结果进行BLAST,推测该噬菌体种属分类位置。结果 分别以大肠杆菌E1 ～ E17共17种细菌作为指示菌,成功分离出一种广谱噬菌体,可裂解31株临床分离致病性大肠杆菌中的13株,并将其命名为IME11;由噬菌体基因组限制性酶切片段分析表明其遗传物质为dsDNA;将噬菌体IME11基因组的2个随机片段测序结果进行BLAST,推测其属于N4-like噬菌体属。结论 分离出了一种广谱噬菌体,在分类学上属于N4-like噬菌体属。     

肿瘤抑制基因DBC2与乳腺癌的研究进展

乳腺癌缺失基因2(deleted in breast cancer,DBC2)属于一种抑癌基因,定位于人类染色体8p21,全长20.5Kbp,又名Rhobtb2(rho-related BTB domain-containing 2),即Ras同源蛋白相关的包含两个BTB结构域的基因2。2002年由Hamaguchi等[1]应用表象差异分析法分离得到。DBC2肿瘤抑制基因是目前与90﹪的散发性,非家族性乳腺癌相关的少数基因     

刚地弓形虫磷酸甘油酸变位酶2基因片段克隆、表达及抗原性分析

目的克隆、表达刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)磷酸甘油酸变位酶2(TgPGAM2)基因片段,并分析其抗原性。方法提取弓形虫RH株速殖子总RNA,逆转录合成cDNA。PCR扩增TgPGAM2基因。扩增产物经双酶切后连接入pET30a(+)载体,重组质粒转化大肠埃希菌(E.coli)DH5α,阳性菌落经PCR和双酶切鉴定,并测序。将测序正确的重组质粒pET30a(+)-TgPGAM2转化至E.coli BL21并加入异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达,十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)结合考马斯亮蓝染色检测表达产物。以兔抗弓形虫血清为一抗,蛋白质印迹(Western blotting)分析重组蛋白的抗原性。结果PCR扩增产物约为750 bp。菌落PCR、双酶切和测序结果显示,重组质粒pET30a(+)-TgPGAM2构建成功。SDS-PAGE结果显示,经IPTG诱导获得相对分子质量(Mr)约30 000的可溶性重组蛋白。Western blotting分析证实其能被兔抗弓形虫血清识别。结论刚地弓形虫RH株TgPGAM2基因片段可在原核表达系统中表达,且该可溶性重组蛋白具有抗原性。     

我国细粒棘球蚴新疆分离株AgB亚基基因克隆及序列分析

目的 对我国细粒棘球蚴新疆分离株AgB亚基基因进行克隆、测序,对序列进行遗传变异性分析.方法 根据参考文献设计特异性引物,从新疆源细粒棘球蚴(Echinococcus granulosus,Eg)原头节中提取总RNA,通过RT-PCR扩增目的基因片段并克隆入TA载体中测序.用Bioedit分析软件和Blastn和clusterW2等在线分析系统对序列进行分析.结果 从细粒棘球蚴中克隆获得AgB抗原的3个亚单位基因,经测序确定为正确的目的序列;序列比对分析表明,3个亚单位基因的核苷酸序列一致性为43％ ～ 60％,氨基酸序列一致性为30％ ～ 42％.结论 EgAgB的亚单位基因变异性较大.     

铁皮石斛F-box蛋白基因DoSKP2A的克隆与表达分析

目的克隆珍稀濒危兰科药用铁皮石斛F-box蛋白基因即S期激酶相关蛋白(S phase kinase-associated protein)基因DoSKP2A,并进行生物信息学和表达特征分析。方法采用RACE技术获基因全长;利用生物信息软件预测基因编码蛋白的理化性质、结构域和亚细胞定位等分子特性;用DNASTAR 7.0和MEGA 7.0分别进行氨基酸多序列比对和进化树构建;借助定量PCR检测基因表达模式。结果克隆到DoSKP2A(GenBank注册号KU160472),c DNA全长1 507 bp,开放阅读框(ORF)长1 101 bp,编码蛋白含366个氨基酸,相对分子质量39 590,等电点7.9。DoSKP2A蛋白不含跨膜域和信号肽,包含F-box核心结构域(26～88)、亮氨酸重复序列LRR(202～226)和多个保守基序;Do SKP2A与植物SKP2As蛋白一致性为64.6%～72.4%,所在分支隶属于SKP2As分子进化的单子叶植物分支,与小兰屿蝴蝶兰SKP2A亲缘关系近;DoSKP2A基因转录本在石斛3种器官中为组成型表达,根中相对表达量较高,为叶中的6.16倍,茎中次之,叶中表达量很低。结论获得一个全新的铁皮石斛F-box蛋白基因DoSKP2A全长、生物信息及其表达特征,为研究其在铁皮石斛生长发育、信号传导和抗逆境胁迫的分子机制提供基础。     

不同品种灰毡毛忍冬ACS3基因克隆、表达及生物信息学分析

目的分别克隆灰毡毛忍冬野生型与湘蕾型ACS3基因,并进行生物信息学和表达模式分析。方法筛选灰毡毛忍冬转录组数据库中与ACS蛋白同源性较高的Unigene序列,设计引物,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及RACE技术对该Unigene进行全长克隆;用生物信息学软件分析蛋白的理化性质、结构域和同源性等特性;借助qRT-PCR检测1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶(ACS3)基因在不同品种、不同花期灰毡毛忍冬中表达模式。结果从灰毡毛忍冬野生品种及湘蕾品种中分别克隆得Lm-ACS3(GenBank:MH724196)及Lm-XL-ACS3(GenBank:MH724197),开放阅读框长度均为1452bp,编码483个氨基酸,包含保守的Aminotran_1_2结构域,与其他植物的ACC合酶具较高相似度;qRT-PCR结果显示,野生型ACS3基因不同花期间表达差异显著,从花期3开始呈整体明显上升趋势,湘蕾型中花期间表达差异相对较小。结论分别克隆得到灰毡毛忍冬野生型和湘蕾型ACS3基因,该基因在2品种中具不同表达模式;推测ACS3基因或为导致灰毡毛忍冬不同品种间差异表型的可能功能基因之一,为进一步验证该基因在调控蕾期长短及花表型的生物学功能提供实验基础。     

药用菊花中绿原酸合成途径关键酶基因的克隆及表达分析

目的探究淹水胁迫对杭菊绿原酸合成途径中的关键酶香豆酰基喹酸酯3’-单加氧酶(C3’H)和莽草酸羟基肉桂酰基转移酶(HCT)基因的表达和活性成分的影响。方法使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法基于杭菊转录组数据库克隆HCT和C3’H基因各2个,其中C3’H酶的2个基因CmC3’H1、CmC3’H2,HCT酶的2个基因CmHCT1、CmHCT2,并进行生物信息学分析;同时在杭菊花芽分化期进行淹水胁迫,以β-actin为内参基因,使用qRT-PCR检测以上4个基因的相对表达量;然后使用HPLC法测定杭菊这4个基因的下游产物及其他指标成分含量。结果通过研究获得了4条基因的完整开放阅读框,并且预测其氨基酸序列的相对分子质量和理论等电点(pI),同时构建蛋白质三级结构模型。qRT-PCR结果显示在花芽分化期对杭菊进行持续3 d的淹水处理会导致以上4个基因在不同生长时期内的表达显著变化。HPLC结果显示淹水处理后的杭菊C3’H和HCT所催化形成的下游产物绿原酸含量显著高于对照组,同时发现其他2种指标成分木犀草苷和3,5-O-二咖啡酰基奎宁酸含量也显著高于对照组。结论杭菊在淹水胁迫下可以通过调节4种基因的表达来调控下游产物的合成,从而对淹水胁迫做出应答,而且花芽分化期进行淹水胁迫可以显著增强杭菊活性成分的积累。     

山茱萸萜类甲羟戊酸合成途径关键酶CoHMGS基因的克隆与分析

目的克隆得到山茱萸Cornusofficinalis萜类合成途径的关键酶CoHMGS基因的cDNA序列,并进行相应的生物信息学分析,为深入研究CoHMGS基因的功能奠定基础。方法以山茱萸转录组筛选出的c102453_g2序列为参考序列设计特异引物,以山茱萸叶片总RNA,通过RT-PCR扩增获得CoHMGS基因序列,序列纯化回收后连接到pTOPO-T载体上,转化至大肠杆菌DH10B,选取阳性克隆测序。利用生物信息学软件预测CoHMGS基因及其编码蛋白质的功能。结果克隆得到长度为1645 bp的CoHMGS序列,包含1413 bp的完整开放阅读框,编码470个氨基酸。蛋白整体带负电荷,为不稳定亲水性蛋白,定位于细胞质内,不含跨膜结构。结论首次克隆得到山茱萸CoHMGS基因,对其编码蛋白质进行了初步的分析和预测,为深入揭示CoHMGS基因在山茱萸萜类物质合成途径中的功能奠定了基础。     

丹参晚期胚胎富集蛋白基因的克隆及表达模式分析

目的克隆丹参晚期胚胎富集蛋白(late embryogenesis abundant protein,LEA)基因,并进行生物信息学和表达模式分析。方法对丹参转录组数据库进行BLAST同源性比对,发现一条新的与LEA基因家族同源性较高的序列,命名为Sm LEA2,Gen Bank登录号为HQ676610。进一步利用PCR和RT-PCR技术从丹参g DNA以及c DNA水平克隆得到了Sm LEA2基因全长。采用软件分析蛋白质结构性质和系统进化关系。利用实时荧光定量PCR的方法对不同部位、不同发育时期以及不同处理丹参的Sm LEA2表达量进行检测。结果获得Sm LEA2 g DNA长1 961 bp,由1个外显子和1个内含子组成,并且内含子位于ATG的上游;开放阅读框长为960 bp,共编码319个氨基酸。生物信息学分析显示,Sm LEA2是存在于细胞质中的亲水蛋白,无跨膜结构域和信号肽,其相对分子质量为35 340,等电点为4.77。该基因在丹参的根、茎、叶中均有表达,并且在茎中的表达量最高。随着花的成熟和种子的发育,该基因表达量逐渐升高,并且该基因的表达受茉莉酸甲酯(Me JA)以及脱落酸(ABA)的诱导作用影响。结论克隆得到的丹参Sm LEA2可能参与种子发育过程,并在丹参防御反应中发挥作用。