hBcl-2和hVEGF165双基因共表达重组腺病毒载体的构建及鉴定

目的构建hBcl-2和hVEGF165双基因共表达的重组腺病毒载体,为后续基因转染和动物实验提供实验基础。方法通过RT-PCR从A549细胞中分别获得hBcl-2和hVEGF165基因片段,并克隆到pMD-19T载体。将目的基因hBcl-2、IRES元件和hVEGF165依次定向克隆到腺病毒穿梭载体质粒pAd-Track-CMV上。线性化重组穿梭质粒后通过电穿孔转化含有腺病毒骨架质粒pAd-easy-1的感受态大肠杆菌BJ5183构建重组腺病毒载体质粒。脂质体转染线性化的重组腺病毒载体质粒于HEK293细胞以包装制备重组腺病毒。重组腺病毒经PCR鉴定之后进一步扩增、纯化。通过荧光计数确定病毒感染滴度。结果克隆的hBcl-2和hVEGF165基因测序正确,酶切重组穿梭载体质粒和腺病毒载体质粒得到特异酶切产物,重组腺病毒载体质粒转染HEK293细胞3 d后观察到GFP的表达,重组腺病毒的PCR得到hBcl-2和hVEGF165基因的PCR产物,滴度测定为5×109pfu/mL。结论成功构建制备了高滴度的hBcl-2和hVEGF165双基因共表达的重组腺病毒载体,为联合基因治疗心肌梗死的研究提供实验基础。     

酒精性肝炎自噬关键基因的筛选及生物信息学分析

目的 筛选酒精性肝炎（AH）的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。 方法  采用基因表达综合数据库（GEO）中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）获取关键基因。对筛选的关键基因进行基因本体（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）功能富集分析,蛋白质相互作用（PPI）分析,免疫浸润分析,构建信使RNA（mRNA）-微小RNA（miRNA）网络,进行酒精性肝病不同分期的自噬相关关键基因的表达差异分析,并进一步通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（RT-qPCR）在AH患者和小鼠肝脏组织中验证。 结果  本研究筛选得到了11个与AH自噬相关的基因（EEF1A2、CFTR、SOX4、TREM2、CTHRC1、HSPB8、TUBB3、PRKAA2、RNASE1、MTCL1、HGF）,均为上调基因。在AH患者和小鼠肝脏组织中,SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2在AH组中的相对表达量均高于对照组。 结论  SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2可能是AH潜在的生物标志物和治疗靶点。     

Transcription and DNA Methylation Patterns of Blood-Derived CD8+ T Cells Are Associated With Age and Inflammatory Bowel Disease But Do Not Predict Prognosis

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基于加权基因共表达网络分析非动脉炎性前部缺血性视神经病变的关键基因

目的:挖掘非动脉炎性前部缺血性视神经病变的关键基因,为研究非动脉炎性前部缺血性视神经病变的发病机制提供生物信息学支持。方法:从GEO数据库中下载大鼠GSE43671芯片数据集,使用R语言WGCNA包对基因进行分析并筛选出与临床表型相关度高的模块基因,使用ClusterProfiler包对特异性模块进行基因本体论分析(GO)及京都基因与基因组百科全书分析(KEGG),用Cytoscape软件筛选模块内关键基因并构建关键基因-miRNA互作网络。结果:采用WGCNA方法从GSE43671数据集中识别出22个模块,其中蓝色模块相关性系数最高。GO富集分析结果显示,模块内基因主要表现在上皮管形态发生等生物过程上,受体复合体等细胞成分上,眼晶状体结构组成等分子功能上。KEGG结果显示,模块内基因主要与神经活性配体-受体互作信号通路、人乳头瘤病毒信号通路、MAPK信号通路、PI3K/Akt信号通路等信号通路有关。通过PPI网络和Cytoscape软件筛选得到的排名前10的关键基因为Psmb9、Psma7、Map3k14、Psme1、Nfkb1、Rela、Psma5、Relb、Psmb4、Nfkb2...     

Co-expression of mouse and rat haemoglobins in interspecific hybrids of mouse and rat erythroleukemia cells

A modified technique for cell fusion with lysolecithin-lipid emulsions was used to generate hybrid erythroleukemia cell lines from Friend leukemia mouse cells (FLC) and chemically transformed rat erythroleukemia cells. Chromosome analysis of the hybrid cells showed the presence of both parental genomes even after long culture periods. The hybrids were still able to undergo erythroid differentiation after dimethylsulphoxide (DMSO) stimulation. Analysis of the globin chains from the DMSO-stimulated cells showed that both the rat and the mouse erythroid phenotypes were expressed. This demonstrates the compatibility of the regulatory genetic elements for the control of erythroid differentiation in cell hybrids of erythroleukemic populations from different species.     

加权基因共表达网络挖掘并验证调控前列腺癌转移的枢纽基因

目的 通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）挖掘并验证前列腺癌转移的关键枢纽基因。方法 对前列腺癌全基因组芯片GSE6919进行主成分分析（PCA）,通过R语言分析差异表达基因（DEGs）;利用WGCNA构建基因共表达网络并筛选关键基因;在 TCGA 公共数据中分析基因表达量及其与患者预后的关系;设计和验证针对转移相关的关键基因HNRNPA2B1的小分子干扰片段,通过MTT、流式细胞术、克隆形成、Transwell等实验验证其对前列腺癌细胞系生长、凋亡、克隆形成、迁移和侵袭的影响。结果 PCA分析显示癌转移组和原位及癌旁组明显分开聚类,基因表达差异显著。WGCNA分析得到与癌转移组密切相关的模块,与干细胞分化、氨基酸代谢及免疫反应密切相关。进一步筛选得到与前列腺癌发生相关的（BDH1、PAK4、EXTL3）和转移相关的（NKTR、CTBP2、HNRNPA2B1）6个枢纽基因,在TCGA数据库中有表达差异,且与患者的总生存期相关。Western blotting结果显示HNRNPA2B1小分子干扰成功;干扰片段转染PC3及LNCap细胞,MTT实验结果显示沉默HNRNPA2B1可抑制前列腺癌细胞的生长,流式细胞术结果显示沉默HNRNPA2B1可诱导细胞凋亡,克隆形成实验显示沉默HNRNPA2B1可抑制其克隆形成,Transwell实验显示沉默HNRNPA2B1显著抑制前列腺癌细胞的迁移和侵袭（P<0.05）。结论 发现前列腺癌发生相关的BDH1、PAK4、EXTL3和转移相关的NKTR、CTBP2、HNRNPA2B1 6个枢纽基因,为前列腺癌调控机制的研究提供了新思路。     

基于加权基因共表达网络识别糖尿病视网膜病变与免疫相关的关键基因

目的:通过生物信息学的方法探究糖尿病视网膜病变(DR)中免疫相关的关键基因以及免疫细胞的浸润情况。方法:2022-09/10从GEO数据库获取基因芯片数据集,采用“limma”R包获得差异表达基因(DEGs),并进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,基于CIBERSORT算法分析免疫细胞浸润情况。通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与免疫相关基因模块中的DEGs,利用STRING在线数据库及Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,利用MCODE以及cytoHubba插件进一步并筛选出关键基因。结果:共筛选出上调差异基因1 426个,下调差异基因206个。原始B细胞、血浆细胞、记忆型CD4⁺T细胞、调节性T细胞(Tregs)、M0型巨噬细胞、M1型巨噬细胞以及中性粒细胞7种免疫细胞显著高表达(P<0.05);NK cells activated这种免疫细胞低表达(P<0.05)。WGCNA分析后,与免疫最相关模块中差异基因820个,构建PPI网络后利用插件筛选出10个关键基因,利用各差异基因在PPI中的相关性程度进一步筛选出2个关键基因为DL...