Detection of SARS-CoV-2 B.1.351 (Beta) Variant through Wastewater Surveillance before Case Detection in a Community,Oregon, USA

Genomic surveillance has emerged as a critical monitoring tool during the SARS-CoV-2 pandemic. Wastewater surveillance has the potential to identify and track SARS-CoV-2 variants in the community, including emerging variants. We demonstrate the novel use of multilocus sequence typing to identify SARS-CoV-2 variants in wastewater. Using this technique, we observed the emergence of the B.1.351 (Beta) variant in Linn County, Oregon, USA, in wastewater 12 days before this variant was identified in individual clinical specimens. During the study period, we identified 42 B.1.351 clinical specimens that clustered into 3 phylogenetic clades. Eighteen of the 19 clinical specimens and all wastewater B.1.351 specimens from Linn County clustered into clade 1. Our results provide further evidence of the reliability of wastewater surveillance to report localized SARS-CoV-2 sequence information.     

陕西省布鲁氏菌菌株多位点序列分析研究

目的 对陕西省分离的77株布鲁氏菌菌株进行遗传多态性分析,了解其遗传特征及进化关系.方法 应用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)技术,测定77株陕西省地区布鲁氏菌分离株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列,确定各菌株序列型(STs),运用BioNum...     

2013-2016年山东省食品中单核细胞增生李斯特菌的血清型、耐药性及分子分型分析

目的  了解分离于2013-2016年山东省食品中单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes, LM)的主要血清型、耐药谱和分子分型特点。 方法  采用微量肉汤稀释法测定LM抗生素敏感性, 使用玻片凝集法和PCR方法确定其血清型, 利用脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis, PFGE)和多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)进行分子分型。 结果  191株LM对8种抗生素总体基本敏感, 四环素耐药率最高(15/191, 7.85%), 8种抗生素耐药性连续监测4年无差异(P=1.000);血清型1/2a占38.82%(66/170), 1/2b占18.82%(32/170), 1/2c占42.36%(72/170); SDSRZXDZ016、S2014L031和SDSRZX030带型共占33.78%, 呈明显聚集性, 为优势带型; 优势ST型为ST9、ST8和ST121, 占81.18%(69/85), 临床常见ST3, ST7和ST87占8.23%(7/85), 未发现新ST型。 结论  2013-2016年分离于山东省的食源性LM菌株对所测定的大多数抗生素敏感, 但已经发现耐四环素和红霉素菌株; 优势血清型为1/2c和1/2a, 未发现易引起李斯特菌病暴发的4b血清型; SDSRZXDZ016、S2014L031和SDSRZX030为山东省2013-2016年PFGE优势带型; 主要ST型为ST8、ST9和ST121, 临床常见的ST3、ST7和ST87型均从食品中分离到, 应予以重视。     

ST37型艰难梭菌分子流行病学研究

目的 应用全基因组分析方法对艰难梭菌感染可能的暴发流行进行识别和调查，为艰难梭菌感染防控提供可靠的分子流行病学基础。方法 对8株ST37型艰难梭菌进行第二代高通量测序，并完成序列的拼接和注释。通过对其核心基因组进行SNP分析，根据SNP数量以及相关临床资料分析有无院内暴发流行。同时将Genbank中公布了全基因组序列的艰难梭菌，进行MLST分析，对其分析结果为ST37的菌株与本研究中的8株菌株进行SNP分析比较，了解这8株菌的可能来源。结果 以最早收集的菌株WCHCD770作为参照，其他7株菌株的SNP值，最大为59，最小为38，提示它们并不是近期发生的传播事件。而这8株菌两两相互进行SNP计算，其中WCHCD1577、WCHCD1641仅为10，提示它们可能来源于一个克隆，可能存在院内传播。通过分析比较这8株菌与Genbank中的其他ST37型艰难梭菌发现，它们的致病决定区(PaLoc)序列完全相同，证实了ST37型艰难梭菌的PaLoc在世界范围克隆传播，同时对它们的SNP比较分析，发现WCHCD1577、WCHCD1641、WCHCD1216、WCHCD109、WCHCD159与2...