腺病毒介导的p16和p53的联合应用对胆管癌细胞QBC939的生长抑制作用

为研究p16和p53基因的联合应用对胆管癌细胞的作用,将重组体腺病毒p16、p53、p16联合p53转移到人胆管癌细胞QBC939,对p16、p53基因的表达,细胞的生长抑制及机制进行了分析。RT－PCR显示在胆管癌QBC939细胞系中p16呈低表达,p53不表达,重组体腺病毒能介导p16和p53等外源基因在胆管癌QBC939细胞系中高效表达,两者联合应用能明显抑制QBC939细胞的生长和集落形成。流式细胞计数证实其能诱导,QBC939细胞发生明显半调并导致其发生G1期阻滞,本研究显示p16及p53基因通过诱导肿瘤细胞凋亡及G1期阻滞在肿瘤的基因治疗方面发挥作用,两者联合应用具有协同作用。     

基于GEO数据库的IgA肾病基因的筛选和生物信息学分析

目的 通过生物信息学分析鉴定IgA肾病的生物标志物,旨在阐明IgA肾病疾病进展的可能分子机制.方法 从GEO数据库下载包含IgA肾病患者和健康对照的微阵列数据集GSE104948、GSE93798和GSE37460数据集,并使用limma R包进行分析,以获得差异表达基因.然后进行GO分析和KEGG通路富集分析,运用S...     

Myeloid-derived suppressor cell (MDSC) key genes analysis in rat anti-CD28-induced immune tolerance kidney transplantation

BackgroundIn the field of transplantation, inducing immune tolerance in recipients is of great importance. Blocking co-stimulatory molecule using anti-CD28 antibody could induce tolerance in a rat kidney transplantation model. Myeloid-derived suppressor cells (MDSCs) reveals strong immune suppressive abilities in kidney transplantation. Here we analyzed key genes of MDSCs leading to transplant tolerance in this model.MethodsMicroarray data of rat gene expression profiles under accession number {"type":"entrez-geo","attrs":{"text":"GSE28545","term_id":"28545"}}GSE28545 in the Gene Expression Omnibus (GEO) database were analyzed. Running the LIMMA package in R language, the differentially expressed genes (DEGs) were found. Enrichment analysis of the DEGs was conducted in the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) database to explore gene ontology (GO) annotation and their Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathways. Their protein-protein interactions (PPIs) were provided by STRING database and was visualized in Cytoscape. Hub genes were carried out by CytoHubba.ResultsThree hundred and thirty-eight DEGs were exported, including 27 upregulated and 311 downregulated genes. The functions and KEGG pathways of the DEGs were assessed and the PPI network was constructed based on the string interactions of the DEGs. The network was visualized in Cytoscape; the entire PPI network consisted of 192 nodes and 469 edges. Zap70, Cdc42, Stat1, Stat4, Ccl5 and Cxcr3 were among the hub genes.ConclusionsThese key genes, corresponding proteins and their functions may provide valuable background for both basic and clinical research and could be the direction of future studies in immune tolerance, especially those examining immunocyte-induced tolerance.     

Female urinary incontinence: a cross-sectional study from a Thai rural area

The aims of this study were to investigate the prevalence and associated factors of female urinary incontinence in a Thai rural area and to investigate the impact of female urinary incontinence on quality of life. A population-based cross-sectional survey was performed from September 2003 to February 2004. A total of 1,126 women completed the questionnaires. The overall prevalence of urinary incontinence was 36.50%, i.e. stress urinary incontinence (33.60%), urge urinary incontinence (11.00%) and mixed urinary incontinence (8.07%). Urinary incontinence adversely affected quality of life; the mixed urinary incontinence group reported significantly greater impairment than the stress and urge urinary incontinence groups. Advancing age, labouring occupation, postmenopausal status, years since menopause, medical diseases, childbirth and vaginal delivery were associated with this problem.     

与川崎病发病及冠状动脉损伤相关的易感基因

川崎病(KD)是婴幼儿时期的急性血管炎,已成为发达国家儿童获得性心脏病最常见的原因,可导致冠状动脉病变而出现心肌缺血﹑梗死甚至死亡。尽管近50多年的研究,然而其病因和发病机制尚不完全清楚。目前关于KD的研究多集中于遗传易感性和免疫发病机理。好发于亚裔人群和一级亲属患病率高表明遗传因素与KD的易感性有关。本文概述了与川崎病发病及冠状动脉损伤相关基因的最新研究进展。     

TNF-a-1 031，-238，-308基因多态性与卵巢早衰的关系

目的 探讨肿瘤坏死因子(TNF)-a基因中-238,-1 031,-308位点多态性与卵巢早衰的关系. 方法 选择200例卵巢早衰妇女和200例对照者作为研究对象,抽取外周血白细胞中的DNA,应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性技术分析TNF-a基因中-238G/A、-1 031T/C、-308G/A位点多态性,采用卡方检验对不同基因型之间的差异进行比较. 结果 卵巢早衰组和对照组中TNF-a-238位点和TNF-a-1 031位点的等位基因频率和基因型频率差别无统计学意义(P＞0.05).卵巢早衰组中TNF-a-308位点的G/G基因型频率高于对照组(90％ vs 82.5％,P＜0.05),且2组间等位基因频率差别有统计学意义(P＜0.05). 结论 TNF-a基因中-308位点的单核苷酸多态性可能与卵巢早衰的发生存在相关性.     

基于TCGA数据初步探查肝内胆管癌预后相关基因

目的 分析tCGA数据库中肝内胆管癌（ICC）高通量测序数据,寻找其预后相关基因,构建风险模型,并研究其在ICC组织中表达及作用通路。方法 下载tCGA数据库中33例ICC组织和8例癌旁组织中的RNA-seq表达矩阵数据和患者临床资料信息,利用edgeR软件包进行基因差异表达分析,通过单因素Cox回归分析筛选出预后相关差异基因,对差异基因绘制生存曲线,筛选出具有临床意义的基因,经多因素Cox回归分析并构建风险模型,通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析了解预后相关基因的作用通路。结果 通过edgeR分析后得到6 617个差异基因（筛选标准为|log2 Fold Change|＞1,P＜0.05）,其中高表达组4 094个,低表达组2 523个。通过功能富集发现,这些基因主要集中在化学物致癌作用、药物代谢-细胞色素P450系统、细胞色素P450对异生物质的代谢影响以及视黄醇代谢通路。经单因素Cox回归、R软件“survival”包生存曲线分析显示,UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT五个基因对ICC患者预后存在显著性影响。通过多因素Cox回归分析,CST1、PEMT、PROS1构建的风险模型对ICC患者预后具有判断作用。结论 UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT基因可能成为ICC预后判断指标,为后续临床试验提供数据支持。     

冠状动脉粥样硬化性心脏病患者心外膜脂肪组织的生物信息学研究

背景 心血管疾病（CVD）是常见病和多发病,患病率和死亡率呈快速上升趋势。动脉粥样硬化（AS是缺血性CVD的病理基础,研究表明心外膜脂肪组织（EAT）通过分泌外泌体（EXO）和生物活性物质促进AS进展,但其作用机制仍需进一步研究。目的 通过生物信息学方法挖掘冠状动脉粥样硬化性心脏病（CAD）患者EAT中的关键基因,探讨免疫细胞浸润情况,联合CAD患者EXO间差异表达基因（DEGs）推测EAT来源EXO间DEGs并进行验证,从细胞及分子水平上探讨EAT在CAD疾病过程中的作用机制。方法 从基因表达综合数据库（GEO）中下载关于EAT的数据集GSE64554、GSE120774,根据临床信息将EAT的测序数据分为CAD组和健康对照组,使用R语言及相关软件包进行生物信息学分析。首先使用R语言筛选CAD组与健康对照组EAT间DEGs,并进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,评估所选基因的生物学功能及可能参与其调控的转录因子。构建GSE64554数据集中EAT的加权基因共表达网络（WGCNA）,获取同CAD表型相关的基因模块,将所获EAT间DEGs与模...     

膝关节OA关键基因及软骨组织免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的基于生物信息学筛选膝关节骨关节炎(OA)的关键基因、信号通路,并分析软骨组织免疫细胞浸润情况。 方法从GEO数据库中下载来自正常人和OA患者的基因数据集,进行差异表达基因筛选,基因本体论、京都基因和基因组百科全书分析,构建蛋白互作网络,并对软骨相关数据集进行免疫细胞浸润分析。 结果筛选出与OA相关的12个关键基因及86条关键信号通路。免疫浸润结果显示,OA软骨组织与正常软骨比较,其活化CD8T记忆细胞、CD56⁺NK细胞、髓系来源抑制性细胞、1型辅助型T细胞4种免疫细胞含量差异有统计学意义(P＜0.05)。 结论筛选出12个关键基因和4种免疫细胞,其可能参与了OA的进展。     

miRNA与热应激的关系及检测方法进展

热应激是机体长期暴露在热环境中无法充分将体内的热散出而导致机体温度失衡的一种状态。随着miRNA检测技术的进步,许多学者发现,热应激会导致miRNA的表达量发生变化。miRNA可以通过结合其靶基因,抑制miRNA靶基因的表达,从而在调控机体生命活动和抗热应激中发挥重要作用。