微小RNA-3651在食管癌组织的表达及其与肿瘤侵袭迁移的关系

目的:探讨微小RNA-3651(miR-3651)与食管癌侵袭进展的关系及分子机制。方法:应用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库检索食管癌相关的miRNA。实时定量聚合酶链反应(Real-time PCR)法检测30例临床新鲜食管癌组织、癌旁正常食管黏膜miR-3651表达;同时检测食管癌细胞株Eca-109、TE-10...     

脓毒症相关性急性肝损伤的流行病学特点及致病因素分析

目的通过收集脓毒症患者继发急性肝损伤的流行病学资料, 分析其流行病学特点和高危因素并根据测序结果探讨脓毒症急性肝损伤的致病因素。方法选取2018年1月1日至2019年12月31日就诊于空军军医大学学第一附属医院急诊科288例脓毒症患者, 根据是否发生急性肝损伤分为脓毒症肝损伤组(44例)和脓毒症无肝损伤组(244例), 对比分析两组患者入科时的一般资料、血液学指标、病情严重程度等指标的差异, 用Logistic回归分析脓毒症相关性肝损伤的高危因素。并选取8例脓毒症肝损伤患者、4例脓毒症非肝损伤患者, 提取外周血单个核细胞组织核糖核酸(Ribonucleic Acid, RNA), 采用RNA-seq进行检测, 并对差异基因进行筛选并分析。结果与脓毒症无肝损伤组相比, 肝损伤组患者罹患高血压更少(11.4%vs. 30.3%)、慢性肾功能不全相对更多(40.9%vs. 12.1%);因肾脏疾病入住急诊科的比例更多(43.2%vs. 24.6%)、入院时贯序器官衰竭评分(SOFA)、急性生理学与慢性健康状况评分Ⅱ(APACHEⅡ)评分更高[SOFA(分)(9.86±3.59 )vs. (5...     

核仁纺锤体相关蛋白1在子宫内膜癌组织中的表达及其临床意义

目的 探讨核仁纺锤体相关蛋白1(NUSAP1)在子宫内膜癌组织中的表达及与临床病理之间的关系.方法 通过TCGA数据库,分析NUSAP1 mRNA在子宫内膜癌组织与正常子宫内膜组织中、配对的癌和癌旁组织中的表达情况;通过GEPIA数据库,进一步分析NUSAP1 mRNA在子宫内膜癌与正常子宫内膜组织中的表达情况;免疫组...     

亚洲带绦虫成虫延伸因子-1基因的克隆和分析

目的分析和预测亚洲带绦虫成虫延伸因子-1（elongation factor 1,EF-1）基因及其编码的蛋白的结构和功能。方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心（NCBI,http：∥www.ncbi.nlm.nih.gov/）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY,http：∥ca.expasy.org/）中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,从亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别延伸因子-1的全长编码基因并预测其蛋白的结构和功能。结果该基因是全长基因,长度988bp,编码区为67～868,编码269个氨基酸,无跨膜区;与GenBank中细粒棘球绦虫同源基因的一致性达87%,相似性达91%;预测三个主要的抗原表位位于135～140,126～131,157～162。结论应用生物信息方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出EF-1基因。     

基于生物信息学探讨IFIH1和SAMD9L在胶质母细胞瘤抗肿瘤免疫中的作用

目的 通过生物信息学数据库筛选及分析,并结合临床验证,探讨胶质母细胞瘤(GBM)的基因表达变化及其可能的作用机制.方法 在GEO数据库检索GBM基因数据集,通过GEO2R在线工具处理,将各数据集的基因进行韦恩图分析,筛选出差异基因(DEGs).利用String网站构建DEGs蛋白互作(PPI)网络图,并进行功能富集分析...     

睡眠和昼夜节律基因及其累积效应与阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征的相关性

目的 评估睡眠和昼夜节律基因多态性及其联合作用与阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(OSAHS)的相关性。方法 利用公共数据库和已有文献收集与睡眠和昼夜节律相关基因,采用生物信息学分析方法探讨候选基因参与OSAHS的潜在机制,并在新疆维吾尔自治区人民医院选取的50例重度OSAHS和50例非OSAHS患者中进行目标区域二代测序,筛选出OSAHS的易感位点,建立加权遗传风险评分(GRS),分析GRS与OSAHS的关联,探讨GRS与传统因素的交互作用对OSAHS的预测能力。结果 本研究共纳入44个候选基因,进行生物信息学分析表明44个候选基因参与了睡眠与昼夜节律相关生物学过程和信号通路;对不同遗传模型下的变异进行logistic回归分析,调整了潜在的混杂因素后得到KSR2、NPAS2、OXTR、GHRL等4个基因与OSAHS仍有明显的相关性,对上述4个基因的6个位点(KSR2-rs2592290,rs1992750,rs66837180,NPAS2-rs2278727,OXTR-rs3806675,GHRL-rs10490816)进行GRS,结果显示,高GRS组人群比低GRS组人群有更高的OSA...     

泛素特异性蛋白酶USP18在肺腺癌中的表达及其影响研究

目的 拟探讨泛素特异性蛋白酶USP18在肺腺癌中的表达及其对人肺腺癌细胞A549增殖、迁移能力的影响.方法 基于癌症数据库TCGA-LUAD中的转录组数据,分析USP18在肺腺癌中的表达量;通过基因富集分析,探索USP18在肺腺癌发生发展中的功能.利用人肺腺癌A549细胞过表达USP18蛋白,生长曲线、克隆形成以及划痕...     

非酒精性脂肪性肝病及动脉粥样硬化的基因串扰综合分析

目的]使用生物信息学的方法寻找非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和动脉粥样硬化(As)的共同转录特征,通过两种疾病的基因串扰分析,挖掘NAFLD相关As新的潜在机制和关键靶点,并进一步在动物组织和人血清样本中验证关键靶点的表达水平。 [方法]GEO数据库下载NAFLD(数据集GSE89632)和As(数据集GSE43292)的基因表达谱,进行差异基因分析和加权基因共表达网络分析,筛选两种疾病的共享基因。通过String数据库、蛋白质互作分析和R软件等工具对共享基因进行富集分析。利用Cytoscape软件计算、外部数据集(GSE100927)验证及机器学习方法(LASSO回归)筛选出核心基因。最后,通过构建高脂饮食非酒精脂肪肝和As小鼠模型以及收集NAFLD合并冠心病患者的外周血清,验证重要的核心基因。 [结果]识别出两种疾病的75个共享基因,发现共享基因的主要富集通路,包括细胞因子-细胞因子受体相互作用、IL-17信号通路、脂质和As、NF-κB信号通路等。综合多种生物信息学方法,最终筛选出2个重要的核心基因(MMP-9和CCL3)。动物实验验证结果表明,高脂饮食组小鼠肝脏和主动脉窦组织的MMP-9和CCL3含量都明显升高,高脂饮食组小鼠肝脏组织的MMP-9和CCL3含量分别为对照组的2.43倍(P＜0.001)和1.35倍(P＜0.01),高脂饮食组小鼠主动脉窦组织的MMP-9和CCL3含量分别为对照组的2.10倍(P＜0.001)和1.58倍(P＜0.01)。人血清样本验证结果表明,NAFLD合并冠心病患者血清中的MMP-9和CCL3含量分别为单纯冠心病患者的1.21倍(P＜0.01)和1.29倍(P＜0.01)。 [结论]本研究基于生物信息学分析发现MMP-9和CCL3可能是NAFLD相关As中发挥关键作用的核心基因,为研究NAFLD相关As提供一定的靶点参考。     

人STN1蛋白结构、功能的生物信息学分析

目的 基于生物信息学分析人STN1蛋白的结构、功能.方法 从Uniprot数据库中获取人STN1蛋白氨基酸序列,使用ProtParam在线工具分析其理化性质,DNAMAN软件分析其亲/疏水性,通过Genecar网站查看其在细胞中的分布.分别通过PSIPRED网站、PDB数据库、Uniprot网站和NCBI Conser...     

基于基因芯片的儿童皮肌炎生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法,探究与儿童皮肌炎相关的差异基因,进一步阐明儿童皮肌炎的发病机制.方法 选取基因表达汇编数据库的基因表达芯片数据(GSE11083),利用R语言筛选差异基因.使用Metascape在线工具进行GO功能和KEGG通路富集分析,同时利用String数据库和Cytoscape软件进行蛋白相互作用网络分...