香鳞毛蕨4CL基因密码子使用特性及表达预测分析

目的研究蕨类植物中4CL基因的表达与分析,为蕨类植物次级代谢产物的积累和调控奠定理论基础。方法运用CHIPS、CUSP和Codon W在线程序对自主克隆的香鳞毛蕨4CL基因(Df4CL)序列进行分析,并与大肠杆菌、酵母菌、拟南芥、烟草等基因进行比较,对了解Df4CL基因密码子使用特性,为其选择合适的表达系统具有重要意义。结果 Df4CL基因对ATGC选择没有偏向性,并且与小立碗藓的密码子使用偏好性相一致。在密码子使用频率上,Df4CL基因与拟南芥的差异小于与烟草、大肠杆菌、酵母的差异;基于4CL基因的密码子使用偏性的系统聚类分析表明,香鳞毛蕨与小立碗藓、拟南芥聚为一类。结论预示Df4CL基因更适合在拟南芥中外源表达。     

胰液K-ras12密码子点突变联合胰液CA19-9水平与胰腺癌的复发关系

目的：探讨胰液中K-ras12基因密码子点突变和胰液CA19-9水平与胰腺癌术后复发的关系。方法：采用内镜ERCP从胰管收集的胰液标本，测定48例临床及手术证实的胰腺癌患者胰液CA19-9水平，并采用聚合酶链反应-限制性片断长度多态性分析（PCR-RFLP）检测胰液K-ras基因12密码子点突变，分析K-ras12密码子点突变及胰液CA19-9水平与胰腺癌术后复发的关系。结果：（1）胰液中K-ras12密码子点突变率为54.17%，与肿瘤大小密切相关（P〈0.05）。K-ras12密码子点突变阳性、阴性表达病例3年复发率分别为61.90%和38.10%。（2）胰液CA19-9高水平且K-ras12密码子点突变阳性组3年复发率为62.5%，而胰液CA19-9低水平且K-ras12密码子点突变阳性组3年复发率为30.0%，两者有显著差异检测（P〈0.05）。结论：联合胰液中K-ras12密码子点突变和胰液CA19-9水平可作为判断胰腺癌术后复发的有效指标，多因素分析对判断胰腺癌术后复发更有价值。     

蛔虫过敏原ABA-1融合基因在大肠杆菌中的表达及鉴定

背景:利用蛔虫基因融合技术,可将过敏原ABA-1的主要基因进行融合。目的:利用大肠杆菌表达系统重组表达蛔虫主要过敏原ABA-1融合蛋白。方法:从Gene Bank和Protein Database中获取蛔虫主要过敏原ABA-1基因和蛋白序列,选定其中的ABA-1B1,ABA-1A2与ABA-1A1基因重组为融合基因BAA,经密码子优化后,全基因合成目的基因BAA并构建于表达载体PET-44a上,经KCM法转化入大肠杆菌JM109中进行克隆,PET-44a/BAA经NdeⅠ和PstⅠ双酶切及DNA测序正确后,转化入大肠杆菌Rosetta Blue TM中,经IPTG诱导表达。表达蛋白经Ni柱亲和层析纯化后,通过Western blot和氨基酸测序鉴定目的蛋白。结果与结论:大肠杆菌的融合蛋白BAA表达量约占总蛋白的40%,纯化后蛋其白纯度可达90%左右。Western Blot结果显示在相对分子质量45000处可见一特异目的条带,氨基酸测序显示N端15个氨基酸与目的蛋白完全相同。结果证实,融合蛋白BAA在大肠杆菌中得到高效的表达。     

蛔虫过敏原ABA-1融合基因在大肠杆菌中的表达及鉴定

背景：利用蛔虫基因融合技术,可将过敏原ABA-1的主要基因进行融合。目的：利用大肠杆菌表达系统重组表达蛔虫主要过敏原ABA-1融合蛋白。方法：从Gene Bank和Protein Database中获取蛔虫主要过敏原ABA-1基因和蛋白序列,选定其中的ABA-1B1,ABA-1A2与ABA-1A1基因重组为融合基因BAA,经密码子优化后,全基因合成目的基因BAA并构建于表达载体PET-44a上,经KCM法转化入大肠杆菌JM109中进行克隆,PET-44a/BAA经NdeⅠ和PstⅠ双酶切及DNA测序正确后,转化入大肠杆菌RosettaBlue^ TM中,经IPTG诱导表达。表达蛋白经Ni柱亲和层析纯化后,通过Western blot和氨基酸测序鉴定目的蛋白。结果与结论：大肠杆菌的融合蛋白BAA表达量约占总蛋白的40%,纯化后蛋其白纯度可达90%左右。Western Blot结果显示在相对分子质量45000处可见一特异目的条带,氨基酸测序显示N端15个氨基酸与目的蛋白完全相同。结果证实,融合蛋白BAA在大肠杆菌中得到高效的表达。     

云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒密码子偏性及其聚类分析

目的 探索云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒(SARSr-CoV)密码子偏性及其与SARS冠状病毒(SARS-CoV)及其他地区SARSr-CoV密码子偏性的进化关系。方法 运用Lasergene、EMBOSS、CodonW等生物信息软件,以SARS-CoV为对照,对云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白的编码序列进行密码子偏性分析,并基于此与不同时期报道的SARSr-CoV及SARS-CoV进行聚类分析。结果 11株云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白有效密码子数目均接近61,密码子偏性较弱;各蛋白偏性的密码子有差异,但均以A、U结尾的密码子为主。ENC-Plot、中性绘图分析与PR2规则分析均提示新现蝙蝠SARSr-CoV在进化过程中主要受到自然选择因素的影响。基于密码子偏性的聚类分析发现,部分云南蝙蝠SARSr-CoV与SARS-CoV关系极为密切。同时,其他云南SARSr-CoV分散聚类于其他地区的SARSr-CoV中。结论 新报道的蝙蝠SARSr-CoV的密码子偏性与SARS-CoV相似度较高,在进化过程中主要受到自然选择因素的影响,跨种传播至人的风险较高。     

Evaluation of p53 codon 72 polymorphism in adenocarcinomas of the colon and rectum in La Plata, Argentina

AIM: To evaluate the potential association between p53 codon 72 polymorphism and sporadic colorectal ad-enocarcinoma development, and human papillomavirus (HPV) infection. METHODS: One-hundred and nine controls and 53 patients with colon cancer from the city of La Plata, Argentina were analyzed. p53 codon 72 genotypes and HPV infection were identified using allele-specific polymerase chain reaction and nested polymerase chain reaction, respectively. RESULTS: The differences in the distribution of p53 codon 72 polymorphism between the cases and controls were statistically significant. The arginine allele had a prevalence of 0.65 in controls and 0.77 in cases. The corresponding odds ratio for the homozygous arginine genotype was 2.08 (95% CI, 1.06-4.05; P<0.05). Lack of association was found between p53 polymorphism and HPV infection in the set of adenocarcinomas. CONCLUSION: The findings of the present study indicate that p53 codon 72 arginine homozygous genotype may represent a genetic predisposing factor for colon cancer development. However, further studies are needed in order to elucidate the role of p53 codon 72 polymorphism in colorectal cancer.     

Prevalence of hepatitis B virus precore stop codon mutations in chronically infected children

AIM: To find out whether there is a significant difference in the prevalence of the precore stop codon mutation between HBeAg positive and anti-HBe positive children. METHODS: We investigated a large pediatric population of 155 European children (mean age 10.9 years) with chronic hepatitis B by PCR and direct sequencing. Ninety were HBeAg positive and 65 had seroconversion to anti-HBe. Additionally genotyping was performed. RESULTS: Seventy-four (48%) of the sequenced HBV strains were attributed to genotype D and 81 (52%) to genotype A. In the group of 90 HBeAg positive patients, 2 (2.2%) 1896-G-to-A transitions leading to precore stop codon mutation were found, and in the group of 65 anti-HBe positive children, 5 (7.7%) were identified harbouring HBeAg-minus mutants. The difference was not statistically significant (P=0.13). CONCLUSIONS: HBeAg minus variants as predominant viral HB strains play a minor role in the course of chronic hepatitis B in European children.     

在2型遗传性感觉和自主神经病变日本患者中发现新的HSN2基因突变

对1例2型遗传性感觉和自主神经病变(H SAN2日本患者进行报道,该患者出现1种新的H SN2基因突变,该患者的病理学表现与加拿大的患者相同。研究发现1个纯合子1134-1135位T插入突变,并导致移码突变,随后使378位残基处出现1个过早发生的终止密码子突变。上述结果支持H SN2基因是发生     

不同红色荧光蛋白在酵母细胞中的表达效果分析

目的 比较不同红色荧光蛋白基因在酵母细胞中的表达效果。 方法 利用分子生物学方法,构建了4种红色荧光蛋白(DsRed)基因酵母报告载体,分别是pGPD-DsRed、pGPD-DsRed-express-2、pGPD-yDsRed和pGPD-yDsRed-express-2,后两者含有酵母细胞偏好性的密码子,将4种DsRed酵母报告载体转入W303-1A酵母细胞,利用倒置荧光显微镜观察DsRed的表达,并用多功能酶标仪测酵母细胞的发光强度。结果 各红色荧光发光强度明显不同,其中DsRed-express-2发光最强,其次是yDsRed-express-2,yDsRed发光强度最弱。 结论 在酵母细胞中红色荧光蛋白的强度与密码子偏好性无关;定量红色荧光蛋白表达强度最好选用DsRed-express-2报告基因。