罗汉果实时荧光定量PCR内参基因的选择

罗汉果为药食两用的传统中药,研究从罗汉果转录组中选取了Actin,18SrRNA,ubiquilin,ef1-α,ef1-β,Tubulin作为候选基因,通过实时荧光定量PCR,利用geNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT,RefFinder软件和方法对6个候选参考基因在不同罗汉果样品中的表达稳定性进行分析,首次筛选出了不同时期的有籽和无籽罗汉果果实中较理想的内参基因,结果发现18SrRNA在所有罗汉果样品中表达最稳定,是样品基因分析适合的内参基因,对采用qRT-PCR方法分析罗汉果基因表达中内参基因的选择具有指导作用,也为罗汉果生物合成途径基因及其他不同条件下基因差异表达研究提供参考,确保罗汉果基因表达分析结果的可靠性.     

多种方法结合对一个肾单位肾痨患者家系的基因筛查验证

目的:探讨少年型肾单位肾痨1型(NPHP1)的临床特点基因诊断方法,采用多种方法对其家系进行筛查验证。方法:2018年7月我院基因诊断中心收入1例男性肾衰患儿(14岁),收集分析其临床资料,利用二代测序技术对其进行基因检测。确诊后扩增患儿及其父母弟弟的NPHP1基因内多个微卫星标记以及内参标记位点,同时采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳技术,对患儿弟弟进行筛查验证。结果:二代测序结果显示该患儿样本NPHP1基因整体纯合缺失,该变异为致病性变异,结合临床表现确诊为NPHP1。琼脂糖凝胶电泳结果显示该患儿NPHP1基因前后内参标记D2S1896,RanBP11/12阳性,微卫星标记del-2,del-5-(5)2,del-9,del-10,del-16均为阴性;该患儿父母和弟弟NPHP1基因内参和微卫星标记均为阳性。内参及微卫星序列的毛细管电泳结果显示该患儿弟弟NPHP1基因同时存在来自于父亲和母亲的序列片段,排除该致病基因的纯合或杂合缺失。结论:利用毛细管电泳技术检测NPHP1基因微卫星标记,判断该位点纯合或杂合性缺失,简单易行,可作为常规筛查手段辅助肾单位肾痨的诊断。     

pcDNA3.1载体对内参基因表达影响分析

目的:研究转染质粒pcDNA3.1对内参基因表达影响差别,为今后在采用pcDNA3.1载体进行表达分析时内参基因的选择提供参考.方法:选用HepG2、HEK293、Hela、A549、QGY共5种细胞转染pcDNA3.1空载体质粒,转染后48 h提取细胞总RNA荧光定量PCR法比较内参基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶(Glyceraldehyde-3-phosphste dehydrogenase,GAPDH)、肌动蛋白(β-actin)、18sRNA表达水平差异,提取细胞总蛋白,检测GAPDH、β-actin表达水平差异.结果:5种细胞在转染质粒pcDNA3.1后,内参基因转录和蛋白表达均出现不同程度的下降,其中以β-actin下降最为明显,GAPDH及18sRNA在转录水平下降幅度小,且下降程度接近.结论:pcDNA3.1质粒转染造成基因表达非特异性抑制,其中对管家基因β-actin影响较大,因此在应用pcDNA3.1来源载体进行基因功能分析时,不推荐使用β-actin作为内参基因.     

霍乱弧菌基因表达分析中内参基因的选择

目的确定不同实验条件下基因表达分析中的稳定内参基因。方法以霍乱弧菌O1群El Tor菌株为研究对象,利用qRT-PCR方法比较不同pH值(pH 8.0、pH 5.5)以及不同温度(37℃、30℃)等多种生理、外界环境模拟培养条件下,thyA、recA、rpoA、gyrB、16SrRNA以及VCA0862 6个候选内参基因的表达水平,利用geNorm软件评价其稳定性。结果不同培养条件下,6个候选内参基因表达水平存在差异。不同pH值条件下最佳基因是recA;不同温度条件下最佳基因是gyrB;不同pH值及温度综合评价时,最佳基因是recA。结论本研究评价和提出了细菌基因表达分析中内参基因筛选的重要性,不同实验条件下最稳定内参基因是不同的,针对不同条件下的基因转录定量分析,应分别对内参基因稳定性进行评价并选择最稳定基因。     

加入内参照DNA在PCR检测沙眼衣原体中的应用

目的通过加入内参照DNA来监测反应体系中是否存在抑制物及其对沙眼衣原体检测结果的影响。方法采用荧光PCR技术和在原有反应体系中设计加入一段内参探针共同扩增,用两种方法对256例分泌物标本进行检测分析。结果在使用方法1的A组中有27例的受检标本检测出沙眼衣原体,阳性率为10.5%。使用方法2的B组受检标本中有28例检测出沙眼衣原体,阳性率为10.9%。两组阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论两组受检标本中有1例阴性结果内参照没有扩增,在反应中加入内参照DNA与标本中是否存在PCR抑制因素密切相关。     

结直肠癌组织定量RT-PCR分析中内参基因的选择

目的:筛选适用于结直肠癌组织样本的内源性参照基因?方法:以10例结直肠癌患者组织总RNA为研究材料,采用实时定量RT-PCR检测GAPDH?ACTINB?UBC?HRPT1和18S rRNA这5个候选内参基因的表达量,应用geNorm和NormFinder两种软件分析选择最佳内参基因?结果:geNorm软件发现GAPDH与ACTINB的M值相对最小,为最佳内参基因组合,18S rRNA的M值最大,稳定度最低;而NormFinder软件分析认为GAPDH表达稳定性最佳,UBC次之?结论:适用于结直肠癌组织样本RT-PCR实验的内参基因为GAPDH,最佳组合为GAPDH与ACTINB,而18S rRNA及HRPT1不是合适的内参基因?     

栽培远志qRT-PCR内参基因筛选与P450s基因的时空表达分析

目的 筛选适用于不同生长年限和不同部位的栽培远志实时荧光定量PCR分析（quantitative real time PCR,qRT-PCR）的稳定内参基因,为远志体内各个基因表达分析提供合适内参基因。并对4个细胞色素P450单加氧酶（cytochrome P450 monooxygenase,P450s）基因在上述远志样品中的差异表达进行分析,明确4个P450s基因在栽培远志中的时空表达分布。方法 通过qRT-PCR获取Tubulin 1、Tubulin 2、Elongation 1、Elongation 2、Actin 1、Actin 2、GAPDH和cdc-42 8个候选内参基因在上述远志样品中的熔解曲线与C_t值;利用软件geNorm和NormFinder对候选内参基因的表达稳定性进行评价;通过qRT-PCR分析4个P450s基因CYP709B2、CYP71AP39、CYP88A85、CYP714E38在上述远志样品中的相对表达情况。结果 geNorm分析结果表明,在远志（1~3年生）根、茎、叶、花中稳定表达的为Tubulin 2与Elongation 1;NormFinder结果显示,Elongation 1是最稳定的内参。CYP709B2、CYP71AP39基因在远志茎、叶（1~3年生）中的mRNA表达量最高,在根与花中的表达量则较少。而CYP88A85、CYP714E38基因则在远志根（1~3年生）中的mRNA表达水平较高。结论 Elongation 1适合作为栽培远志体内基因表达分析的内参基因。栽培远志中的P450s基因在远志根、茎、叶、花中的表达趋势不一致。     

慢性粒细胞白血病病人TCRζ链表达特点

目的:建立实时定量PCR方法检测TCRζ链表达水平的方法,了解慢性粒细胞白血病(CML)外周血TCRζ链表达水平.方法:采用SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR,相对定量检测30例CML患者和30例正常人外周血的单个核细胞的TCRζ链表达情况,以β2微球蛋白基因(β2M)作为内参,根据相对定量公式:2-ΔΔCt计算CML病人与正常人TCRζ链表达差异倍数.结果:成功建立SYBR Green荧光实时定量PCR检测TCRζ链表达检测技术.18例CML患者TCRζ链出现表达低于正常人,而12例CML患者TCRζ链出现表达高于正常人.结论:CML病人中TCRζ链表达水平可分为表达下调(60%)和表达上调(40%)2组,提示部分CML病人的细胞免疫缺陷可能与其TCRζ链表达下调有关.     

何首乌实时荧光定量PCR内参基因筛选

为筛选适宜何首乌Polygonum multiflorum不同组织基因表达分析的内参基因,从何首乌转录组数据中选取Actin,GAPDH,SAND,PP2A,TIP41常用的5个候选内参基因,设计特异性引物。通过实时荧光定量PCR,利用geNorm,NormFinder,Best-Keeper,Delta CT以及RefFinder等方法对5个候选内参基因在何首乌不同组织中的表达稳定性进行分析,为何首乌基因差异表达研究提供可靠的内参基因,以确保分析结果的可靠性。结果表明,各候选内参基因在何首乌不同组织中表达水平和稳定性有较大差异,其中对各候选内参基因的表达水平(Ct)的分布分析显示,以Actin和GAPDH基因在各组织中表达水平相对较高,而SAND,PP2A,TIP41表达水平较低;通过不同方法对各候选内参基因稳定性进行分析,geNorm分析结果以PP2A,GAPDH表达最为稳定,SAND表达稳定性最差,NormFinder和Delta CT法均以PP2A稳定性最高,SAND稳定性最低,而BestKeeper分析以Actin最稳定。通过RefFinder对候选基因稳定性进行综合评价分析得出以PP2A基因稳定性最高,其后依次为GAPDH,Actin,TIP41,SAND,以SAND基因稳定性最差。因此,PP2A基因为何首乌不同组织基因表达分析比较理想的内参基因。