藏汉民族线粒体基因组全序列的比较研究

目的 以藏汉民族线粒体基因组全序列为基础,进行Haplogroup构建和系统发生分析,在全序列水平上比较核苷酸的变异,阐释可能的变异机制和蕴含的生物学意义.方法 采用Applied Biosystems 3730DNA自动测序仪分别对40名藏族和50名汉族的标本进行线粒体DNA序列测定,应用phredPhrap 16.0软件进行全序列拼接,并以rCRS(revised Cambridge Reference Sequence)为标准与测定序列进行比对分析;根据MTTO-MAP的标准,通过Network方法进行Haplogroup构建和系统发生的分析,并结合其它方法对产生的数据进行深入解读.结果 数据分析结果显示:在系统发生上,藏汉民族90个线粒体DNA序列归类到13个Haplogroups,除M9以外,其它各Haplogroup出现频率之间比较差异无统计学意义;通过两个民族的线粒体DNA全序列比对,发现21个分布频率有统计学意义的变异位点,其中的5个为新变异位点;另外,对D-Loop区的5个突变位点进行了单倍型构建,90个标本可分为2种Supertype,发现在藏汉民族之间Supertypel和Supertype 2的分布频率均有统计学意义.结论 藏汉民族在种族起源和系统发生上具有较近的母系遗传关系;在全序列有统计学意义的位点究竟是适应性或者中性选择,抑或是一种病理性突变尚需深入的探讨.     

Grandparental genotyping enhances exome variant interpretation

Trio exome sequencing is a powerful tool in the molecular investigation of monogenic disorders and provides an incremental diagnostic yield over proband‐only sequencing, mainly due to the rapid identification of de novo disease‐causing variants. However, heterozygous variants inherited from unaffected parents may be inadvertently dismissed, although multiple explanations are available for such scenarios including mosaicism in the parent, incomplete penetrance, imprinting, or skewed X‐inactivation. We report three probands, in which a pathogenic or likely pathogenic variant was identified upon exome sequencing, yet was inherited from an unaffected parent. Segregation of the variants (in NOTCH1, PHF6, and SOX10) in the grandparent generation revealed that the variant was de novo in each case. Additionally, one proband had skewed X‐inactivation. We discuss the possible genetic mechanism in each case, and urge caution in data interpretation of exome sequencing data. We illustrate the utility of expanding segregation studies to the grandparent generation and demonstrate the impact on exome interpretation strategies, by showing that objective genotype data can overcome subjective parental report of lack of symptoms.     

常州地区首例cisAB血型基因特征分析及家系调查

目的 研究1例ABO亚型及基因特征。 方法 采用试管法对家系3代共7例标本进行ABO血型血清学鉴定;对正反定型不一致的标本运用聚合酶链式反应序列特异性引物(polymerase chain reaction-sequence specific primer, PCR-SSP)法基因分型;并对ABO基因第6和7外显子扩增产物进行测序分析。 结果 ABO血型血清学发现7例标本中正反定型不符3例,其中2例红细胞表型为cisAB/A 或ABx,1例为cisAB/O或A2Bx;基因分型为ABO*cisAB01/A101、ABO*cisAB01/O01。ABO基因序列分析:ABO*cisAB01/A101第7外显子发生467C>T、803G>C的特征性突变,ABO*cisAB01/O01第6外显子261位缺失G,第7外显子在467C>T、803G>C存在特征性突变。测序结果均携带有ABO*cisAB01基因。 结论 ABO*cisAB01基因能导致A抗原或者B抗原的弱表达并能稳定遗传,因此应将血型血清学和分子生物学方法相结合才能准确鉴定ABO亚型。     

新型冠状病毒Alpha变异株实验室检测研究

目的 对一例新冠肺炎境外输入病例进行实验室检测,并对新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS - CoV - 2）变异株进行鉴定,了解不同样本类型中新冠病毒的检出情况。方法 采集咽拭子、痰液、粪便、尿液和血液多种类型样本共13份,分别提取核酸,用荧光RT - PCR法检测SARS - CoV - 2。使用纳米孔MinION Mk1C测序仪,对阳性咽拭子样本进行实时SARS - CoV - 2靶向扩增全基因组测序,运用artic - ncov2019、DNAstar和Mega等软件对测定序列进行处理和分析。结果 咽拭子、痰液、粪便、血浆和尿沉渣样本中均检出SARS - CoV - 2核酸,咽拭子和血浆样本在发病的前四天均能检出,尿沉渣样本在发病当天能检出。基于纳米孔测序技术,7 h即获得SARS - CoV - 2全基因组数据,经分析显示为新冠病毒Alpha变异株。结论 本例境外输入新冠肺炎确诊病例的病原为SARS - CoV - 2 Alpha变异株,咽拭子、血浆样本和尿沉渣样本在发病早期均能检出SARS - CoV - 2核酸。     

2018—2021年北京市沙门菌血清型及喹诺酮类耐药表型和基因型分析

目的 分析2018—2021年北京市肠道门诊哨点医院分离到的沙门菌血清型及喹诺酮类药物耐药表型和耐药基因的流行情况。方法 采用玻片凝集法鉴定血清型;微量肉汤稀释法测定药物敏感性;全基因组测序数据通过与MLST和ResFinder数据库比对,查询ST型别和耐药基因。结果 228株沙门菌共检出42种血清型,51种ST型。其中肯塔基沙门菌、肠炎沙门菌和黄金海岸沙门菌等9种血清型比较常见。77株沙门菌（33.8%）对萘啶酸耐药;40株（17.5%）对环丙沙星和左氧氟沙星耐药;38株（16.7%）对吉米沙星耐药。不同血清型对喹诺酮类药物的耐药性不同。228株沙门菌共筛选出5种喹诺酮耐药基因:qnrS（23.7%）、aac(6’)-Ib-cr（8.3%）、qnrB（6.6%）、OqxAB（1.3%）和qepA（0.4%）;喹诺酮耐药决定区存在gyrA和parC的7种氨基酸突变:以parC:T57S（70.2%）最常见,其次是gyrA:D87N（14.9%）、parC:S80I（14.5%）、gyrA:S83F（14.5%）、gyrA:D87Y（7.9%）、gyrA:D87G（5.3%）和gyrA:S83Y（1.8%）。在组合突变中,以parC:S80I-gyrA:D87N-gyrA:S83F三突变,并伴随parC:T57S最多。耐药基因和突变位点在9种常见血清型中的检出率存在差异。结论 北京市沙门菌血清型及ST型种类繁多,携带喹诺酮耐药基因以qnrS、aac(6’)-Ib-cr和 qnrB为主,存在gyrA和parC多个位点突变并协同作用。应持续监测血清型和耐药性,以指导临床有针对性合理用药。     

基于混合测序策略的两品种当归中类黄酮调控基因差异分析

目的 比较2个不同茎叶色当归品种岷归1号与岷归2号转录水平差异。方法 以2种颜色当归的新鲜叶片（带叶柄）和上端茎为材料,采用混合测序策略,应用全长转录组技术构建当归无参全长转录本文库,利用RNA-seq技术对两品种进行差异基因表达分析,再利用公共数据库对差异基因的生物学功能进行注释和精细分类,筛选调控当归茎叶色差异的主要候选基因。结果 当归转录本的测序结果良好,测序数据质量较高,当归全长转录本的34 528条序列在非冗余蛋白（NR）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、SwissProt及KOG数据库中分别注释到33 947、33 241、29 150和22 601条。对两品种当归差异表达基因（DEGs）进行精细分类,具有生物学功能和分子功能的705个DGEs可分为11类,主要富集在初级代谢（17.87%）、逆境响应（14.47%）、次级代谢（11.49%）等功能上,与颜色有关的差异表达基因主要集中在类黄酮生物合成途径上。结论 两品种当归茎叶颜色差异的主要原因可能与调控类黄酮的生物合成基因的表达差异有关,可为后续进行功能验证,进一步明确与当归主要药效成分之间的联系奠定基础。     

基于PacBio测序的对叶百部叶绿体基因组结构及系统发育分析

目的：获得对叶百部Stemona tuberosa高质量叶绿体基因组信息,明确其结构、序列特征,同时确定对叶百部的系统发育地位。方法：采用Illumina NovaSeq 6000和PacBio RSⅡ平台对对叶百部分别进行建库测序,利用生物信息软件将2个测序平台的数据进行混合组装和碱基校正,最终获得高质量叶绿体基因组,随后对其序列特征、重复序列、基因多样性和系统发育进行分析。结果：对叶百部叶绿体基因组大小为154 379 bp,叶绿体基因组结构为典型环状四段式,1对27 074 bp的反向重复区（IR）,1个大小为17 924 bp的小单拷贝区（SSC）和1个82 307 bp的大单拷贝区（LSC）,平均鸟嘌呤和肥嘧啶所占的比率（GC）含量为37.86%;共注释得到121个基因,包括30个tRNA基因,4个rRNA基因和87蛋白编码基因,其中6个tRNA基因和12个蛋白质编码基因中存在内含子;对叶百部叶绿体基因组中共发现49个长重复序列和59个单核苷酸简单重复序列（SSR）;4个百部属的叶绿体基因组比较分析表明ycf1和ndhF基因具有高度多样性;基于叶绿体基因组构建的系统发育树与对...     

Genomic Surveillance of SARS-CoV-2: Distribution of Clades in the Republic of Korea in 2020

Since a novel beta-coronavirus, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) was first reported in December 2019, there has been a rapid global spread of the virus. Genomic surveillance was conducted on samples isolated from infected individuals to monitor the spread of genetic variants of SARS-CoV-2 in Korea. The Korea Disease Control and Prevention Agency performed whole genome sequencing of SARS-CoV-2 in Korea for 1 year (January 2020 to January 2021). A total of 2,488 SARS-CoV-2 cases were sequenced (including 648 cases from abroad). Initially, the prevalent clades of SARS-CoV-2 were the S and V clades, however, by March 2020, GH clade was the most dominant. Only international travelers were identified as having G or GR clades, and since the first variant 501Y.V1 was identified (from a traveler from the United Kingdom on December 22^nd, 2020), a total of 27 variants of 501Y.V1, 501Y.V2, and 484K.V2 have been classified (as of January 25^th, 2021). The results in this study indicated that quarantining of travelers entering Korea successfully prevented dissemination of the SARS-CoV-2 variants in Korea.     

ABCB4基因突变合并巨细胞病毒感染致婴儿胆汁淤积症的诊治分析并文献复习

目的探讨ABCB4基因突变合并巨细胞病毒(CMV)感染致婴儿胆汁淤积症(IC)患儿的临床特征、基因检测结果和诊治方案。 方法选择2019年8月3日,于中山大学附属第七医院就诊并确诊为ABCB4基因突变合并CMV感染致IC的1例婴儿(女性,生后9个月)为研究对象。回顾性分析其临床病例资料,包括临床特征、实验室检查结果及基因检测结果。同时,检索国内外数据库中ABCB4基因突变所致IC患儿的相关文献,并进行文献复习。本研究遵循的程序符合2013年新修订的《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求。 结果本例IC患儿在本院诊治结果如下。①病史采集：系G₂P₂,足月顺产,外观无异常,否认新生儿黄疸病史,生后2个月龄时出现皮肤及巩膜呈暗绿色,伴反复呕奶,当地医院治疗并诊断为胆汁淤积性肝病、CMV感染和泌尿系统感染,抗病毒治疗2周后好转出院。出院时,其血清总胆汁酸(sTBA)为152.8 μmol/L,CMV-DNA<4×10² copies/mL,口服熊去氧胆酸胶囊10 mg/(kg·d)治疗后,皮肤暗绿色逐渐消退,大、小便正常。出院后定期监测肝功能,sTBA、γ-谷氨酰转肽酶(GGT)仍然较正常值增高。②实验室检查：血清CMV免疫球蛋白(Ig)G抗体呈阳性、CMV IgM抗体呈阴性,CMV-DNA<55×10² copies/mL。基因检测结果：患儿及其父亲均携带ABCB4基因杂合变异。治疗结果：经口服熊去氧胆酸胶囊10 mg/(kg·d)及谷胱甘肽片0.1 g/次× 3次/d治疗后,对患儿定期复查sTBA、GGT。随访到18个月龄时,其各项指标逐渐恢复正常范围。③文献复习结果：共计检索到8篇国内外报道的因ABCB4基因突变引起IC相关文献,纳入14例IC患儿,均被诊断为进行性家族性肝内胆汁淤积3型(PFIC3),伴肝大,sTBA、GGT水平升高等。14例IC患儿中,共检测到ABCB4基因突变位点20个。其中,9例IC患儿接受熊去氧胆酸治疗,7例随访结果显示临床症状及实验室检查指标有所好转。 结论携带ABCB4基因突变,可引起IC。对于sTBA升高、肝酶异常的病因不明确、治疗效果不佳IC患儿,建议完善基因检测进一步排查ABCB4基因突变所致胆汁淤积症。