Application of network pharmacology and molecular docking to elucidate the potential mechanism of Astragalus–Scorpion against prostate cancer

The present study aimed to investigate the molecular mechanism of the Astragalus–Scorpion drug pair in the treatment of prostate cancer (PCa). We employed network pharmacology and molecular docking technology to retrieving the active ingredients and corresponding targets of Astragalus–Scorpion by using TCMSP, BATMAN-TCM, TCMID and Swiss Target Prediction Databases. The targets related to PCa were retrieved through GeneCards. Cytoscape software was used to construct the ‘active ingredient–target disease’ network, and GO and KEGG enrichment analyses were performed on the common targets. Autodock software was used for molecular docking verification. In total, 26 active ingredients, 340 potential targets related to active ingredients and 122 common targets were screened from Astragalus–Scorpion drug pair. The core targets of the protein–protein interaction (PPI) network were JUN, AKT1, IL6, MAPK1 and RELA, whereas the core active ingredients were quercetin, kaempferol, formononetin, 7-o-methylisomucronulatol and calycosin. Nearly 762 GO entries and 154 pathways were obtained by using the pathway enrichment analysis. Molecular docking results revealed that quercetin and kaempferol bind to AKT1 and formononetin binds to RELA, all of which were found to be stable bounds.     

The Liver Retransplantation Risk Score: a prognostic model for survival after adult liver retransplantation

High-risk combinations of recipient and graft characteristics are poorly defined for liver retransplantation (reLT) in the current era. We aimed to develop a risk model for survival after reLT using data from the European Liver Transplantation Registry, followed by internal and external validation. From 2006 to 2016, 85 067 liver transplants were recorded, including 5581 reLTs (6.6%). The final model included seven predictors of graft survival: recipient age, model for end-stage liver disease score, indication for reLT, recipient hospitalization, time between primary liver transplantation and reLT, donor age, and cold ischemia time. By assigning points to each variable in proportion to their hazard ratio, a simplified risk score was created ranging 0–10. Low-risk (0–3), medium-risk (4–5), and high-risk (6–10) groups were identified with significantly different 5-year survival rates ranging 56.9% (95% CI 52.8–60.7%), 46.3% (95% CI 41.1–51.4%), and 32.1% (95% CI 23.5–41.0%), respectively (P < 0.001). External validation showed that the expected survival rates were closely aligned with the observed mortality probabilities. The Retransplantation Risk Score identifies high-risk combinations of recipient- and graft-related factors prognostic for long-term graft survival after reLT. This tool may serve as a guidance for clinical decision-making on liver acceptance for reLT.     

基于网络药理学整合体内实验探究脉络舒通丸抗血栓性浅静脉炎的作用机制

目的 基于网络药理学整合体内实验方法探究脉络舒通丸抗血栓性浅静脉炎（superficial thrombophlebitis,STP）的作用机制。方法 借助网络药理学方法,从药物及疾病相关数据库筛选脉络舒通丸的成分作用靶点及STP疾病相关靶点,根据拓扑特征值筛选关键靶点后,进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。将日本大耳白兔随机分为对照组、模型组、地奥司明（0.168 g/kg）组和脉络舒通丸低、中、高剂量（0.56、1.68、5.04 g/kg）组。除对照组外,其余各组均采用耳缘iv 20%甘露醇建立STP兔模型。造模同时各给药组连续ig给药14 d。采用苏木素-伊红（HE）染色法检测各组兔耳组织病理变化;ELISA检测各组血清中白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)和IL-6水平;Western blotting检测耳组织蛋白激酶B(pr...     

基于网络药理学与动物实验探究桂花醇提物对慢性脑缺血神经损伤的保护作用及机制

目的 基于磷脂酰肌醇3-激酶（phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K）/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)通路探究桂花醇提物抗慢性脑缺血性神经损伤的保护作用与机制。方法 借助文献检索、TCMSP、BATMAN数据库筛选桂花活性成分及靶点;OMIM、GeneCards疾病数据库检索疾病靶点。取交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络。借助DAVID数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能和京都基因和基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,并建立“成分-靶点-通路”网络。采用右侧颈总动脉结扎法建立慢性脑缺血小鼠模型,随机分为假手术组、模型组、脑络通（195 mg/kg）组和桂花醇提物低、高剂量（125、375 mg/kg）组。采用旷场实验评价各组小鼠自发能力及探索行为;检测各组小鼠海马组织胆碱乙酰化酶（choline acetylase,ChAC）和胆碱酯酶（cholinester...     

基于网络药理学探究防风中生物活性成分及对类风湿关节炎的作用机制

目的 通过以网络药理学为基础的策略研究防风治疗类风湿关节炎（rheumatoid arthritis,RA）的分子生物学机制。方法 采用网络药理学方法收集防风活性成分和治疗RA的潜在靶点,并评估活性成分的药理和毒理学等相关参数;构建蛋白质相互作用网络筛选核心靶点,并通过生物信息学方法进一步验证核心靶点和疾病的关联;对核心成分和相应靶点进行分子对接。体外通过CCK-8实验、细胞迁移和侵袭、细胞凋亡、qRT-PCR和Western blotting分析,阐明别欧前胡素对MH7A细胞磷脂酰肌醇3-激酶（phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K）/蛋白激酶B（protein kinase B,Akt）通路的调控作用。结果 从防风中共鉴定出18种活性成分和66个与筛选出的RA疾病靶基因相交的潜在靶基因,最终获得了汉黄芩素、β-谷甾醇、5-O-甲基维斯阿米醇和别欧前胡素等核心成分。防风治疗RA的潜在机制可能是通过调控PI3K/Akt、白细胞介素-17（interleukin-17,IL-17）、凋亡等信号通路和多种生物过程来实现,以发挥抗炎和免疫调节作用。分子对接证实了所有的核心成分和关键靶点均具有很好的对接活性。别欧前胡素抑制MH7A细胞的活力、迁移和侵袭（P＜0.05、0.01）,诱导细胞凋亡（P＜0.01）,并显著下调IL-1β、IL-6、IL-8、基质金属蛋白酶-1（matrix metalloproteinase-1,MMP-1）和MMP-3的基因表达（P＜0.01）。分子分析表明别欧前胡素通过抑制PI3K/Akt通路发挥对MH7A的调控作用。结论 成功预测了防风治疗RA的有效成分和潜在靶点,为进一步探究其分子机制提供了新的理论基础。揭示了别欧前胡素通过PI3K/Akt通路抑制RA成纤维样滑膜细胞的活力、迁移、侵袭及细胞因子和MMPs的表达,并诱导细胞凋亡。     

基于数据挖掘的益气活血类方防治脑缺血再灌注损伤用药规律及其作用机制研究

目的 探讨急性缺血性卒中溶栓治疗后使用益气活血类方剂干预的用药规律,预测核心药物防治脑缺血再灌注损伤的潜在作用机制。方法 检索中国知网、万方、维普和PubMed数据库中急性缺血性卒中溶栓治疗后使用益气活血类方有效干预的文献,对方中使用的药物进行频数、聚类及关联分析,依据关联规则选取置信度和支持度最高的核心药物,构建核心药物-活性成分-交集靶点网络图,并进行基因本体（gene ontology,GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。结果 共筛选纳入232篇文献,涉及中药处方177首,包含中药119味,累计使用频次1903,以黄芪为首的高频药物28味,所有药物按功效可分为16种,药味总频次191,归经总频次292。高频药物聚类分析得到5个聚类,关联规则分析得到20组支持度较高的中药组合,其中支持度与置信度最高的二联药物组合为“黄芪-川芎”,三联药物组合为“黄芪-川芎-地龙”。网络药理学分析收集黄芪、川芎、地龙的活性成分30个;筛选“黄芪-川芎”防治脑缺血再灌注损伤的靶点91个,“黄芪...     

基于中医药整合药理学和转录组学探究丹栀逍遥散防治焦虑肝郁化火证的作用机制

目的 基于中医药整合药理学和转录组学探究丹栀逍遥散防治焦虑肝郁化火证的作用机制。方法 采用中医药整合药理学研究平台v2.0,检索并获取丹栀逍遥散的活性成分及靶标、焦虑肝郁化火证靶标信息,构建中药-成分-靶点-通路网络。将交集基因导入String数据库,构建交集靶点的蛋白互作网络,以确定最终需要验证的靶标。利用GEO数据库转录组学验证整合网络药理学结果,同时采用动物实验进行验证。结果 共筛选出与焦虑肝郁化火证相关的靶标13个,丹栀逍遥散活性成分430种。整合药理学结果显示,丹栀逍遥散防治焦虑肝郁化火证主要通过调控α-氨基-3-羟基-5-甲基-4-异噁唑丙酸受体（α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid receptor,AMPAR）、蛋白激酶A(protein kinase A,PKA)、N-甲基-D-天冬氨酸（N-methyl-D-aspartic acid,NMDA）受体的激活及磷脂酰肌醇3-激酶（phosphatidylinositide 3-kinases,PI3K）/蛋白激酶B(protein kinase B,...     

基于网络药理学的三仙汤治疗骨质疏松症作用机制研究

目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。