基因芯片技术在肺系病证研究中的应用

基因芯片(Genechip),又称DNA芯片,DNA微阵列(DNAmicroarray),是上世纪90年代兴起的一项前沿生物技术,是将大量的DNA片段按预先设计的排列方式固化在载体表面如硅片、玻片,并以次为探针,在一定的条件下,与样品中待测的靶基因片段杂交,通过检测杂交后的信号,实现对靶基因的快速检测。基因芯片可以分为很多种类,常见并广泛应用的有cDNA微阵列(cDNAmicroarray)和寡核苷酸阵列芯片(Oligo microarray)2种。[1]基因芯片技术以一种系统、整体的方法进行研究,打破了“一种疾病,一种基因”的陈旧模式,整体宏观地研究生物体基因的表达及功能。…     

基因芯片检测拉米夫定治疗后乙型肝炎病毒变异

拉米夫定是一种对乙型肝炎病毒(HBV)DNA复制有很强抑制作用的核苷类似物,目前已广泛应用于临床,但其会引起HBV DNA聚合酶活性区发生变异(YMDD变异),而影响其治疗效果或加重病情。在治疗前、治疗中及停药后,监测HBVDNA YMDD变异情况,对于指导临床用药、判定疗效和推测预后都具有十分重要的意义[1]。我们尝试将基因芯片技术引入乙型肝炎病毒变异检测,制作了乙型肝炎病毒YMDD变异诊断芯     

Difference of gene expression profiles between esophageal carcinoma and its pericancerous epithelium by gene chip

AIM: To study the difference of gene expression between esophageal carcinoma and its pericancerous epithelium and to screen novel associated genes in the early stage of esophageal carcinogenesis by cDNA microarray. METHODS: Total RNA was extracted with the original single step way from esophageal carcinoma, its pericancerous epithelial tissue and normal esophageal epithelium far from the tumor. The cDNA retro-transcribed from equal quantity of mRNA was labeled with Cy5 and Cy3 fluorescence functioning as probes. The mixed probes were hybridized with two pieces of BioDoor 4 096 double dot human whole gene chip. Fluorescence signals were scanned by ScanArray 3 000 laser scanner and farther analyzed by ImaGene 3.0 software with the digital computer. RESULTS: (1) A total of 135 genes were screened out, in which 85 and 50 genes whose the gene expression levels (fluorescence intensity) in esophageal carcinoma were more than 2 times and less than 0.5 times respectively compared with the normal esophageal epithelium. (2) There were also total 31 genes, among then 27 and 4 whose expressions in pericancerous tissue were 2-fold up-regulated and 0.5-fold down-regulated respectively compared with normal esophageal epithelium. (3) There were 13 genes appeared simultaneously in both pericancerous epithelium and esophageal carcinoma, while another 18 genes existed in pericancerous epithelium only. CONCLUSION: With the parallel comparison among these three gene profiles, it was shown that (1). A total of 135 genes, Whose expression difference manifested as fluorescence intensity were more than 2 times between esophageal carcinoma and normal esophageal epithelium, were probably related to the occurrence and development of the esophageal carcinoma. (2). The 31 genes showing expression difference more than 2 times between pericancerous and normal esophageal epithelium might be relate to the promotion of esophageal pericancerosis and its progress. The present study illustrated that by using the gene chip to detect the difference of gene expression profiles might be of benefit to the gene diagnosis, treatment and prevention of esophageal carcinoma.     

基因芯片技术检测慢性乙型肝炎肝硬化患者肝组织及血清HBVDNA研究

目的研究DNA芯片技术在检测乙型肝炎和肝硬化患者肝组织及血清中HBVDNA的应用，并与雅培试剂、免疫组织化学和原位分子杂交法比较。方法用点样仪将PCR扩增的HBVDNA探针制成基因芯片。对15例慢性乙型肝炎(下称慢乙肝)患者的血清及肝活检组织、99例乙型肝炎后肝硬化肝组织，分别用基因芯片、原位分子杂交法、免疫组织化学法、雅培试剂检测HBVDNA、HBcAg、HBsAg、HBeAg。结果15例慢乙肝HBsAg、HBeAg阳性患者的乙型肝炎血清基因芯片检测均阳性。15例肝组织标本中，免疫组化法HBcAg阳性15例，HBVDNA原位分子杂交阳性14例。基因芯片检测阳性14例。99例乙型肝炎后肝硬化肝组织标本中，HBcAg阳性67例、HBVDNA阳性53例，基因芯片检测阳性46例；32例HBcAg、HBVDNA阴性组织基因芯片检测均阴性。结论肝炎基因诊断芯片可以检测肝组织及血清HBVDNA，其诊断准确率高，假阳性率低。     

应用基因芯片分析HLA-DRB与晚期肝脾型日本血吸虫病的相关性

目的 探讨人类白细胞抗原Ⅱ类(HLA-Ⅱ）基因多态性与晚期肝脾型日本血吸虫病的遗传关联性。 方法 应用基因芯片分析技术对武汉市蔡甸45例晚期肝脾型日本血吸虫病患者（实验组）和44例慢性日本血吸虫病患者（对照组）的HLA-Ⅱ基因DRB位点等位基因进行基因分型，并比较两组各等位基因频率以及与晚期肝脾型日本血吸虫病的相关性。 结果 实验组HLA-DRB1*04x等位基因频率明显高于对照组（P＜0.01， RR=3.928），而对照组HLA-DRB1*15x等位基因频率明显高于实验组（P＜0.01， RR=0.050）。等位基因DRB1*15x总与DRB5*010x/020x连锁，对照组DRB1*15x-DRB5*010x/020x连锁体频率明显高于实验组（P＜0.01）。 结论 HLA-DRB1*04x与晚期肝脾型日本血吸虫病呈正相关，而HLA-DRB1*15x与晚期血吸虫病呈负相关。     

艾灸对老年学习记忆减退大鼠海马干细胞相关基因的影响

目的比较老年学习记忆减退大鼠接受艾灸治疗后海马干细胞相关基因的变化,寻找与艾灸有关的海马干细胞相关的基因靶点。方法将经行为学筛选后的老年SD大鼠随机分为对照组、模型组和艾灸组。选用“百会”、“命门”穴位艾灸治疗,每次10min,每日1次,10次为1疗程,6个疗程后取海马组织以干细胞基因芯片筛选与艾灸有关的干细胞相关基因。结果在258条基因位点中,模型组与正常组比较,17条基因表达上调,36条基因表达下调;艾灸组与模型组比较,40条基因表达上调,43条基因表达下调。结论艾灸对老年学习记忆减退大鼠海马干细胞相关基因的影响是多方面的,重点靶点可能主要在于Fgf、Tgf、Wnt和Sox家族。     

应用基因表达谱芯片技术筛选乙型肝炎病毒HBsAg基因转染细胞差异表达基因

目的应用基因表达谱芯片技术研究乙型肝炎表面抗原(HBsAg)主蛋白的表达对肝母细胞瘤系HepG2基因表达谱的影响.方法设计并合成HBsAg主蛋白基因序列特异性的引物,以含有HBV全基因组的质粒G376 A7作为模板,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增HBsAg蛋白编码基因片段,以常规的分子生物学技术构建表达栽体pcDNA3.1(-)-HBsAg.以脂质体技术转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总mRNA,逆转录为cDNA,与转染空白表达载体pcDNA3.1(-)的HepG2细胞进行DNA芯片分析并比较.结果在1152个基因表达谱的筛选中,发现有30个基因表达水平显著上调,29个基因表达水平显著下调.结论应用基因表达谱芯片成功筛选了HBsAg转染细胞后差异表达的基因,为深入研究HBsAg可能的生物学功能提供依据.     

激发CD40信号对胃癌细胞株生长增殖及基因表达谱的影响

目的探讨激发CD40信号对胃癌细胞生长、增殖的影响以及胃癌细胞株AGS基因表达谱的变化。方法四甲基偶氮唑盐（MTT）微量酶反应比色法检测不同浓度可溶性CD40配体（sCD40L）作用后胃癌细胞株AGS的存活率，以选择最佳干预浓度。流式细胞术检测sCD40L最佳干预浓度作用后胃癌细胞株AGS细胞周期和凋亡的变化。以sCD40L最佳干预浓度与胃癌细胞株AGS共育48h，基因表达谱芯片Affymetrix U133A 2．0检测胃癌细胞株AGS基因表达谱变化。结果sCD40L的最佳干预浓度为2μg／ml；与胃癌细胞株AGS共育48h后，sCD40L可使AGS细胞株生长抑制，细胞周期阻滞在G1期。激发CD40信号前、后，胃癌细胞株AGS差异表达基因414个，其中上调基因209个，下调基因205个。表达水平显著改变的基因共45个（P〈0．01），其中表达上调基因38个，下调基因7个。结论sCD40L对高表达CD40的胃癌细胞有明显的生长抑制作用。AGS细胞差异基因功能涉及代谢、凋亡及信号转导等，且可能主要活化p38丝裂原活化蛋白激酶和应激活化蛋白激酶／c-Jun氨基末端激酶信号通路，提示CD40信号对CD40阳性表达胃癌细胞的生物学行为可能具有重要的调节作用。     

乙型肝炎

拉米夫定联合单磷酸阿糖腺苷治疗慢性乙型肝炎近期疗效分析，基因芯片技术检测HBV耐拉米夫定基因变异，慢性乙型肝炎患者外周血淋巴细胞凋亡与血清HBVDNA定量关系的研究，慢性乙型肝炎患者外周血淋巴细胞凋亡与HBV DNA及Th1／Th2类细胞因子的关系，HBsAg阴性的慢性乙型和丙型重叠感染肝炎患者临床研究，不同类型慢性乙型肝炎血清HBV DNA基因含量与临床的关系。     

基因芯片用于检测β地中海贫血

目的 探讨基因芯片诊断β地中海贫血的方法。方法 抽提样品基因组DNA，经聚合酶链反应后，进行荧光标记及杂交，扫描芯片荧光信号图像，将分析的结果与原基因类型进行对照。结果 在40例被检样品中，正常个体4例，β地贫杂合子29例，双重杂合子或纯合子7例。结论 基因芯片法能同时快速、准确地筛查多种β地中海贫血。