基因芯片技术检测HBV感染者特定变异位点结果分析

乙肝病毒(HBV)在人体内受自然选择压力、免疫力和药物等因素的影响下，常出现变异。这些变异可能导致HBV标志物检测失败。HBV免疫逃逸的发生及耐药和致病性的改变，常常给临床诊断和治疗造成困难。基因芯片在检测HBV DNA的同时，亦可检测HBVe抗原变异的慢性乙型肝炎，前C区、BCP区及耐药位点的变异，从而有助于抗病毒药物的选择及疾病预后的判断，     

基因芯片检测与苯中毒相关的信号传导通路中基因的差异表达

目的检测苯中毒信号转导相关基因的表达，探讨苯引起的血液系统损害的发病机理。方法应用含4265条信号转导基因的cDNA芯片检测7例苯中毒患者和7例无苯接触的正常人的外周血白细胞基因表达谱，观察其在基因表达谱上的差异。进行了基因表达谱聚类分析。结果在4265条基因中，存在明显差异表达的基因176条。至少在六张芯片结果中有显著性表达上调的基因35个，主要包括有PTPRC、STAT4、IFITM1等。至少在5张芯片结果中有显著性表达下调的基因45个，主要包括有ARHB、PPP3CB、CDC37等。结论微矩阵基因芯片在检测苯中毒信号转导相关基因的改变时．具有快速、高通量、高灵敏度等特点．细胞信号转导的障碍在苯中毒发病中起一定的作用。     

利用基因芯片技术研究乌头碱抗KBV200细胞耐药机制

目的采用基因芯片技术研究乌头碱抗KBV200细胞耐药机制。方法提取乌头碱12.5μg/mL用药组和对照组KBV200细胞的RNA,进行cDNA微阵列分析。结果整张基因芯片5504个基因克隆,其中用药前高表达基因208个,占克隆总数的3.8%,用药后高表达基因196个,占3.6%。用药前后细胞凋亡相关基因、CDKS家族、SMADS家族、MAPK信号转导系统等的基因发生变化。结论乌头碱可能通过影响细胞凋亡相关基因和影响MAPK信号转导系统等机制,最后作用于Mdr1基因的表达,从而起到抗耐药作用。     

DEN诱发大鼠肝癌过程中肝组织基因表达谱的演变

目的:揭示肝癌诱发过程中肝组织基因表达谱的演变,为中医药防治原发性肝癌提供参考.方法:采用DEN诱发大鼠肝癌,分别于诱癌的第4周、8周、16周、20周(肝癌形成)切取肝(合肝癌)组织,常规提取RNA,Affymetrix Rat 230A GeneChip及技术检测大鼠肝组织基因表达的差异和演变.结果:在芯片的15710个基因中,正常组有9225个基因表达,诱癌4周表达增至9396个,8周增至9872个,16周增至10496个,20周有10420个.在肝癌诱发过程中,存在大量基因表达的消长以及高表达基因数的增加,其中部分已知基因的结果.结论:DEN诱发大鼠肝癌过程中基因组变化是十分复杂的,而且文献追踪表明,国内外对在这些基因的功能及其与肝癌发生、发展的关系大多不明确.因此,如何逐一找到那些起着关键作用的基因,进一步阐释其在肝癌的发生、发展和转归中的作用,及其与中医证候演变和相应治法的关系,是今后中医基础理论实验研究的重要方向.     

鼻息肉组织免疫相关基因的表达谱

目的运用基因芯片技术研究鼻息肉组织免疫相关基因的表达谱，并探讨相关基因在鼻息肉免疫发病机制中的作用。方法将按微距阵排列的491条免疫相关全长基因制成表达谱芯片。分别抽提4例鼻息肉组织和下鼻甲组织的总RNA，逆转录成互补DNA(complementary DNA，cDNA)一链，并分别用cy5和cy3标记制备成杂交探针，混合后在2张免疫相关基因芯片上进行杂交，用扫描仪扫描芯片荧光信号图像，并用软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果鼻息肉组织免疫基因表达谱中差异表达的基因共87条，其中上调基因45条，下调基因42条；2张芯片共存的差异基因15条，其中上调基因5条，下调基因10条。在差异表达的基因中，主要包括细胞因子及其受体、趋化因子及其受体、黏附分子、白细胞分化抗原、免疫信号传导分子，还包括一些补体分子及其受体、免疫转录调节分子、天然免疫分子和神经免疫相关基因。结论鼻息肉免疫相关基因表达谱中差异表达基因为研究鼻息肉免疫学发病机理提供了线索和理论依据，其中IL-17可能在鼻息肉发病中发挥一定的作用，天然免疫和免疫信号传导分子在鼻息肉发病中的作用还需要进一步研究。     

人乳头瘤病毒基因分型芯片的建立及其在临床中的应用

目的 建立一种适合于临床应用的人乳头瘤病毒（HPV）基因分型检测新方法,并通过对宫颈分泌物标本检测,验证HPV基因分型检测新方法的临床使用效果.方法 利用HPV保守的L1区设计各型PCR扩增通用引物,根据GenBank中HPV的型特异性序列设计、合成分型探针,制备可对16、18、31、33、35、39、45、51、52、53、56、58、59、66和68型15种高危型和6、11和42型3种低危型HPV进行联合分型检测的膜芯片.通过对100例宫颈炎患者宫颈分泌物标本进行检测,以了解临床使用效果;对阳性标本进行测序以验证分型的准确性;对标准品进行测定以检测其灵敏度.结果 在100例临床样品中发现HPV感染病例30例,其中包括高危型中的HPV16、18、33、45、51、58和66,以及低危型中的HPV6、11和42,既有单一型感染也有混合型感染.灵敏度经标准品验证可达10个拷贝的HPV DNA分子.对单一类型感染基因测序分型证实,所建立的HPV基因芯片分型结果与测序结果完全一致.结论 利用PCR-膜芯片技术建立的HPV基因分型诊断方法可以简便、有效地检出所有已知的高危型和低危型HPV,并能明确其基因类型,适用于临床HPV感染的实验室诊断与流行病学研究.     

DNA基因芯片在中华骨髓库HLA组织配型检测中的应用价值

目的应用DNA基因芯片对中华骨髓库造血干细胞捐献者血样进行HLA—A、B、DR分型检测，探讨基因芯片应用于中华骨髓库建库的可行性。方法常规提取血样DNA，用国际通用的方法合成PER引物，对A、B、DR位点进行PCR扩增，电泳检测合格的扩增产物经纯化、点片、固定制成DNA芯片，用荧光标记探针杂交，激光扫描提取数据，专用软件进行分析。结果共得到2000份分型结果，用目前建库常用的分型试剂对4％随机抽样复核，符合率100％；进行基因频率统计分析，结果与以往资料报告接近。结论HLA基因芯片是一项拥有中国自主知识产权的新技术，高通量、规范化、低价格是其显著优点，比较适合大规模集中化检测的实验室使用。     

基因芯片检测慢性乙肝患者HBV-DNA变异的临床研究

目的应用新型基因芯片研究乙肝病毒多点基因变异在慢性乙肝患者中的意义，为临床诊断和治疗提供依据。方法对132例慢性乙肝患者采用DNA芯片技术，检测HBV—DNA基因6个位点的变异。结果132例慢性乙型肝炎患者均存在HBV—DNA位点的变异，其中前C区1896G—A变异率为23．5％。e抗原阳性者占4．O％（4／74）。e抗体阳性者占48．3％（28／58），后者变异株显著高于前者，此突变有助于HBV逃避免疫攻击而形成慢性感染状态；前C区1814变异率为3．8％；C区启动子1762变异率为56．1％，1764变异率为53．8％，且两种变异常同时出现，与重型肝炎、肝硬化和肝癌的发生相关；P区528变异率为9．8％，552M—I变异率38．6％，552M—V变异率为10．6％，552变异与核苷类似物耐药相关。结论HBV—DNA位点变异对于判定疾病的稳定与进展有重要作用。     

TNF-α及IL-6基因多态性与胃腺癌易感性的关系

目的:探讨肿瘤坏死因子 α（TNF α）和白细胞介素 6（IL 6）基因单核苷酸多态性（SNP）与胃腺癌及幽门螺杆菌（HP）感染胃腺癌发生发展的相关性。方法:采用基因芯片技术检测65例胃腺癌患者和71例健康对照人群中TNF α 238G/A、 308G/A和IL 6 597G/A、-174G/C、-572G/C位点多态性。同时应用酶联免疫吸附试验（ELISA）测定其血清中HP IgG/IgM/IgA型抗体浓度。结果：感染HP胃腺癌患者的阳性率明显高于感染HP的对照组(P=0.007, 相对危险度［OR］=2.53，95%可信区间［95%CI］=1.28-5.24)。胃腺癌组TNF α 238GA基因型和A等位基因频率明显高于对照组(P=0.024， OR=2.44， 95%CI=1.11-5.37; P=0.039， OR=2.13， 95%CI=1.03-4.41)，在HP阳性胃腺癌组明显高于HP阴性胃腺癌(P<0.05，OR=4.53,　95%CI=1.16-17.68; P<0.05，OR=3.52,　95%CI=0.98-12.64)。胃腺癌组IL 6 572CC基因型频率明显低于对照组(P=0.014，OR=0.17，95%CI=0.04-0.81)。未见TNF α和IL 6其他位点的SNP与胃腺癌组或HP阳性胃腺癌组有任何相关性。结论：TNF 238GA基因型及其等位基因A与胃腺癌或感染HP的胃腺癌易感性相关，而IL 6 572CC基因型则能降低胃腺癌易感性。     

层粘连蛋白受体基因表达谱分析

目的 探讨层粘连蛋白受体（67LR1）基因相关的一组基因表达变化，为反式二羟环氧苯并芘致癌机制的研究提供依据。方法 构建67LR1转基因表达载体，转染人支气管上皮细胞（16HBE），获得转基因67LR1的瞬时表达的细胞株。用半定量RT-PCR方法分析转基因表达产物，应用含8064个基因点的微芯公司基因表达谱芯片CSC-GE-80与双荧光标记样品与芯片杂交和扫描、图像数据分析等一系列处理进行表达谱分析。结果 成功构建出瞬时表达67LR1的细胞株。基因表达谱分析，2组相比发生了显著性表达变化的基因有295个，其中表现为上调的基因有145个，下调表达的基因有150个。在发生了显著性表达改变的基因中，比较有明显功能分类特征的包括与信号转导相关的基因，与肿瘤相关的基因，与免疫反应相关的基因以及与蛋白质合成系统相关的基因等。结论 67LR1基因功能涉及到信号转导、肿瘤相关基因等方面，相关基因的表达变化具有复杂性。