DEN诱发大鼠肝癌过程中肝组织基因表达谱的演变

目的:揭示肝癌诱发过程中肝组织基因表达谱的演变,为中医药防治原发性肝癌提供参考.方法:采用DEN诱发大鼠肝癌,分别于诱癌的第4周、8周、16周、20周(肝癌形成)切取肝(合肝癌)组织,常规提取RNA,Affymetrix Rat 230A GeneChip及技术检测大鼠肝组织基因表达的差异和演变.结果:在芯片的15710个基因中,正常组有9225个基因表达,诱癌4周表达增至9396个,8周增至9872个,16周增至10496个,20周有10420个.在肝癌诱发过程中,存在大量基因表达的消长以及高表达基因数的增加,其中部分已知基因的结果.结论:DEN诱发大鼠肝癌过程中基因组变化是十分复杂的,而且文献追踪表明,国内外对在这些基因的功能及其与肝癌发生、发展的关系大多不明确.因此,如何逐一找到那些起着关键作用的基因,进一步阐释其在肝癌的发生、发展和转归中的作用,及其与中医证候演变和相应治法的关系,是今后中医基础理论实验研究的重要方向.     

DNA基因芯片在中华骨髓库HLA组织配型检测中的应用价值

目的应用DNA基因芯片对中华骨髓库造血干细胞捐献者血样进行HLA—A、B、DR分型检测，探讨基因芯片应用于中华骨髓库建库的可行性。方法常规提取血样DNA，用国际通用的方法合成PER引物，对A、B、DR位点进行PCR扩增，电泳检测合格的扩增产物经纯化、点片、固定制成DNA芯片，用荧光标记探针杂交，激光扫描提取数据，专用软件进行分析。结果共得到2000份分型结果，用目前建库常用的分型试剂对4％随机抽样复核，符合率100％；进行基因频率统计分析，结果与以往资料报告接近。结论HLA基因芯片是一项拥有中国自主知识产权的新技术，高通量、规范化、低价格是其显著优点，比较适合大规模集中化检测的实验室使用。     

基因芯片检测慢性乙肝患者HBV-DNA变异的临床研究

目的应用新型基因芯片研究乙肝病毒多点基因变异在慢性乙肝患者中的意义，为临床诊断和治疗提供依据。方法对132例慢性乙肝患者采用DNA芯片技术，检测HBV—DNA基因6个位点的变异。结果132例慢性乙型肝炎患者均存在HBV—DNA位点的变异，其中前C区1896G—A变异率为23．5％。e抗原阳性者占4．O％（4／74）。e抗体阳性者占48．3％（28／58），后者变异株显著高于前者，此突变有助于HBV逃避免疫攻击而形成慢性感染状态；前C区1814变异率为3．8％；C区启动子1762变异率为56．1％，1764变异率为53．8％，且两种变异常同时出现，与重型肝炎、肝硬化和肝癌的发生相关；P区528变异率为9．8％，552M—I变异率38．6％，552M—V变异率为10．6％，552变异与核苷类似物耐药相关。结论HBV—DNA位点变异对于判定疾病的稳定与进展有重要作用。     

TNF-α及IL-6基因多态性与胃腺癌易感性的关系

目的:探讨肿瘤坏死因子 α（TNF α）和白细胞介素 6（IL 6）基因单核苷酸多态性（SNP）与胃腺癌及幽门螺杆菌（HP）感染胃腺癌发生发展的相关性。方法:采用基因芯片技术检测65例胃腺癌患者和71例健康对照人群中TNF α 238G/A、 308G/A和IL 6 597G/A、-174G/C、-572G/C位点多态性。同时应用酶联免疫吸附试验（ELISA）测定其血清中HP IgG/IgM/IgA型抗体浓度。结果：感染HP胃腺癌患者的阳性率明显高于感染HP的对照组(P=0.007, 相对危险度［OR］=2.53，95%可信区间［95%CI］=1.28-5.24)。胃腺癌组TNF α 238GA基因型和A等位基因频率明显高于对照组(P=0.024， OR=2.44， 95%CI=1.11-5.37; P=0.039， OR=2.13， 95%CI=1.03-4.41)，在HP阳性胃腺癌组明显高于HP阴性胃腺癌(P<0.05，OR=4.53,　95%CI=1.16-17.68; P<0.05，OR=3.52,　95%CI=0.98-12.64)。胃腺癌组IL 6 572CC基因型频率明显低于对照组(P=0.014，OR=0.17，95%CI=0.04-0.81)。未见TNF α和IL 6其他位点的SNP与胃腺癌组或HP阳性胃腺癌组有任何相关性。结论：TNF 238GA基因型及其等位基因A与胃腺癌或感染HP的胃腺癌易感性相关，而IL 6 572CC基因型则能降低胃腺癌易感性。     

层粘连蛋白受体基因表达谱分析

目的 探讨层粘连蛋白受体（67LR1）基因相关的一组基因表达变化，为反式二羟环氧苯并芘致癌机制的研究提供依据。方法 构建67LR1转基因表达载体，转染人支气管上皮细胞（16HBE），获得转基因67LR1的瞬时表达的细胞株。用半定量RT-PCR方法分析转基因表达产物，应用含8064个基因点的微芯公司基因表达谱芯片CSC-GE-80与双荧光标记样品与芯片杂交和扫描、图像数据分析等一系列处理进行表达谱分析。结果 成功构建出瞬时表达67LR1的细胞株。基因表达谱分析，2组相比发生了显著性表达变化的基因有295个，其中表现为上调的基因有145个，下调表达的基因有150个。在发生了显著性表达改变的基因中，比较有明显功能分类特征的包括与信号转导相关的基因，与肿瘤相关的基因，与免疫反应相关的基因以及与蛋白质合成系统相关的基因等。结论 67LR1基因功能涉及到信号转导、肿瘤相关基因等方面，相关基因的表达变化具有复杂性。     

三氧化二砷对HepG2细胞表达基因调节作用

目的 应用基因芯片技术，阐明低剂量三氧化二砷作用于肝HepG2细胞之后，无机砷对差异表达基因的调节作用。方法 应用基因表达谱芯片技术，对5μmol／L三氧化二砷诱导的HepG2细胞和以生理盐水处理的相同细胞的mRNA进行差异显示分析，研究三氧化二砷诱导人HepG2细胞后的差异表达基因。结果 HepG2细胞经5μool／L三氧化二砷诱导后。所检测的4096条目的基因中有123条产生差异表达，其中48条基因表达上调，75条基因表达下调。结论 应用基因表达谱芯片成功筛选了低剂量三氧化二砷诱导肝细胞后的差异表达基因，无机砷对肝细胞有双向调节作用。     

肠道常见病原菌检测基因芯片的制备与评价

目的建立并评价快速准确地检测肠道致病菌的基因芯片检测方法。方法在基因芯片制备基础上，通过对靶基因的扩增、杂交和对杂交结果的分析，对常见肠道致病菌的检测和鉴定效果进行评价。结果应用包含38种特异性探针的基因芯片，对涉及沙门菌、志贺菌、霍乱弧菌、致泻性大肠埃希菌、空肠弯曲菌、小肠结肠炎耶尔森菌、副溶血弧菌和单核细胞李斯特菌等8个菌属的16株致病菌进行检测，均得到特异性杂交图谱。结论制备的基因芯片能够同时检测多种重要的肠道致病菌，为肠道致病菌感染的快速诊断提供了准确、快速、灵敏的方法。     

基因芯片技术及其应用

随着人类基因组学计划（HGP）的完成，基因组学研究的重心自然地从结构基因组学转向功能基因组学，弄清每个基因的功能、发现与其它基因的关系及其表达调控方式，成为后基因组时代的重要研究目标，现已建立的诸如Southern印迹、Northern印迹等有关基因表达、调控和功能研究技术操作复杂、自动化程度低．迫切要求建立一种高速度、高通量的测定核酸序列、检验基因表达的技术，正是在这种背景下基因芯片（genechip）技术应运而生。     

MRP3基因参与卵巢癌细胞拓扑替康耐药机制形成的研究

目的:分析人卵巢癌SKOV3/TPT多药耐药的分子机制,寻找可能参与拓扑替康(TPT)耐药机制的新基因。方法:采用大剂量间歇诱导法,对SKOV3细胞株用TPT反复冲击诱导培养,获得稳定的SKOV3/TPT;利用Affymetrix U133A基因表达谱芯片,比较SKOV3及SKOV3/TPT细胞的基因表达;从中选择高表达的MRP3基因进行RT-PCR验证。再将MRP3反义及正义寡核苷酸片段分别用脂质体转染进耐药细胞,用MTT法、流式细胞仪及半定量RT-PCR检测体外转染后细胞内TPT的荧光强度、耐药指数及MRP3 mRNA表达的改变。结果:基因芯片检测发现,有7个差异表达基因可能参与了SKOV3/TPT细胞的耐药,其中4个基因被上调,3个基因被下调,MRP3为上调最明显的基因。MRP3反义寡核苷酸转染SKOV3/TPT细胞后,可明显降低细胞内TPT的浓度及耐药指数(P<0.05),细胞内MRP3 mRNA的表达较未转染细胞下降了60.16%(P<0.05)。结论:SKOV3/TPT细胞耐药表型的形成涉及多个基因表达的改变。MRP3的高表达导致细胞内药物浓度降低,可能是卵巢癌细胞对TPT耐药的主要原因。     

出入境人员3种蚊媒病毒性传染病快速检测基因芯片的研究项目设计

流行性乙型脑炎、登革热、西尼罗热是3种重要的蚊媒病毒性传染病。近年来这3种传染病的流行态势日益严峻,引起了全球世界的广泛关注。快速识别病原微生物是目前检验检疫机构在国境口岸对出入境人员实施卫生检疫时所亟需解决的问题,近年来出现的生物芯片技术解决这一问题成为可能。本研究其目的在于用基因芯片检测多种蚊媒病毒性传染病的病原体,可实现大规模集成化的快速检验,从而适应对国境口岸出入境人员卫生检疫的需要。