血栓形成易感基因芯片的研制及效果评价

目的：探讨血栓形成易感基因芯片的研制方法及初步临床验证,建立一种快速且高通量检测血栓形成易感基因突变的方法。方法：根据GenBank上已发表的血栓形成易感基因序列,将设计好的参照探针和特异性探针点置于醛基化处理的玻片上,经紫外交联后固定,制成血栓形成易感基因芯片。以阳性参考品（各检测位点突变型和正常型基因）和阴性参考品（双蒸水）为模板,经PCR反应后与芯片进行杂交,对基因芯片的有效性进行检测。以靶序列经过测序验证的人类基因组DNA为模板,经PCR反应后芯片进行杂交,检测基因芯片的特异度和灵敏度,并对来自吉林、河南和云南3个地区的健康受试者150人和有不明原因血栓性疾病家族史的血栓患者24例进行临床验证。分析指标为检测相应位点的杂交信号强度。结果：以阳性参考品和阴性参考品为模板进行杂交,相应位点出现特异性的杂交信号,说明基因芯片检测位点有效。用于检测选定突变位点的基因芯片均有特异性的杂交信号,说明基因芯片的特异性良好。标准基因组DNA逐级稀释后检测基因芯片的灵敏度为50~100 mg·L^-1。临床验证结果,在健康受试者150人中8人检出血栓形成易感基因突变,在有不明原因血栓性疾病家族史的血栓患者24例中20例检出血栓形成易感基因突变,该芯片对不明原因血栓性疾病家族史的血栓患者血栓形成易感基因突变检出率明显高于健康受试者（P<0.05）。结论：研制的血栓形成易感基因芯片具有良好的特异度和灵敏度,对血栓形成易感基因有较高的检出率,在血栓性疾病的早期诊断和易感风险评估中具有潜在价值。     

台州地区非结核分枝杆菌流行趋势研究

目的 了解台州地区临床流行的非结核分枝杆菌的种类和感染趋势,为临床诊疗NTM肺病提供依据。方法 回顾性分析2015～2018年来源于台州市不同地区就诊和送检于恩泽医疗中心(集团)的1156株临床分离分枝杆菌菌株,采用基因芯片进行菌种鉴定。结果 1156例分枝杆菌分离出非结核分枝杆菌228例,其中胞内分枝杆菌125例,浅黄分枝杆菌45例,鸟分枝杆菌20例,龟/脓肿分枝杆菌11例,草分枝杆菌16例,不产色分枝杆菌4例,金色分枝杆菌2例,堪萨斯分枝杆菌2例,瘰疬分枝杆菌1例,戈登分枝杆菌1例,海/溃疡分枝杆菌1例。男141例,占61.84%,女87例,占38.16%。结论 台州地区非结核分枝杆菌感染有逐年上升的趋势,主要以胞内分枝杆菌为主,分离人群以男性居多。     

基因芯片分析NTD小鼠细胞周期和凋亡相关基因表达的变化

目的 筛选神经管缺陷(NTD)发生过程中与正常组织差异表达的细胞周期和细胞凋亡相关基因并作初步功能分析.方法 用含有1 100余个已知基因的中密度芯片比较了胚胎9.5d、10.5 d正常与同期NTD小鼠神经管组织的基因表达差异.结果 通过比较正常E9.5d与E10.5 d获得138个差异表达基因,E9.5 d-NTD获得20个差异,El0.5 d-NTD获得29个差异表达基因,根据基因功能分类包括细胞周期与凋亡相关基因,信号转导基因,转录与翻译调控,能量与代谢基因,热休克基因,基质与骨架蛋白等多种种类.而细胞周期和凋亡相关基因分别占差异基因的25.80％(32/124),45.00％(9/20)及28.57％(8/28).结论 实验证实多类基因参与了NTD的发生、发展过程,细胞周期和凋亡相关基因在神经管异常发育中具有重要作用,对该相关基因群的进一步研究有助于阐释NTD的发病机制.     

大鼠胚胎肝干细胞标记物的筛选

目的筛选大鼠胚胎肝脏组织特异性表达的mRNA,寻找肝干细胞的特异性标记物。方法取成年大鼠肝脏2个、2周胚龄大鼠胚胎肝脏2个作为标本。提取标本的RNA,反转录合成cDNA,再体外转录合成cRNA,同时进行标记。将cRNA纯化后进行杂交、洗涤、染色,对芯片进行扫描。将基因芯片数据进行处理与分析,筛选出目的基因。免疫组化方法检测各相关蛋白在胚胎肝脏组织中的表达。结果筛选出787个在大鼠胚胎肝脏组织中高表达的差异表达基因,涉及8个类别。免疫组化检测发现,高迁移率族蛋白A1(HMGA1)在2周胚龄多数胚肝胎细胞中表达阳性,阳性信号多分布于细胞质。结论大鼠胚胎肝脏组织发育相关的差异表达基因筛选可采用基因芯片,HMGA1是大鼠胚胎肝干细胞特异性标记物。     

1例基因芯片筛选青少年特发性脊柱侧凸骨髓间充质干细胞成脂分化相关差异表达基因

[目的]应用基因芯片技术筛选青少年特发性脊柱侧凸(AIS)骨髓间充质干细胞(hBMSCs)成脂分化相关的差异表达基因.[方法]收集AIS及同性别年龄正常对照骨髓标本,密度梯度离心法分离MSCs并培养传代,取第3代MSCs进行成脂诱导2周后,提取各标本的总RNA,反转录成cDNA,并以两种荧光Cy5和Cy3标记后作为探针与人类全基因组表达谱基因芯片杂交,扫描芯片荧光信号图像后用基因图像分析软件进行数字化处理和分析.[结果]筛选出显著表达差异基因1 380条,其中表达上调基因874条,表达下调基因506条.[结论]AIS来源MSCs成脂分化相关差异表达的1 380条基因可能参与了AIS的发生和发展.     

新疆哈萨克族食管鳞癌差异表达mRNA的筛选

目的 对新疆哈萨克族食管鳞癌(ESCC)组织与正常组织间差异表达的mRNA进行基因芯片筛选,进一步了解ESCC发生、发展机制。方法 利用基因芯片对5对新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织(距癌组织>5 cm)中mRNA进行筛选;利用R软件及R软件包进行生物信息学分析;结合生物信息学工具metascape对差异基因行GO功能注释和KEGG通路富集分析;利用生物信息学网站STRING及Cytoscape软件寻找核心基因;搜集23例新疆哈萨克族ESCC组织和20例癌旁正常组织,对核心基因PLAUR进行免疫组化验证。结果 最终筛选出哈萨克族ESCC差异表达的mRNA 1 764个(差异倍数≥2且P<0.01);差异表达的mRNA中上调的基因378个,下调的基因1 368个,这些差异表达的mRNA涉及了一系列生物学功能及通路;免疫组化结果显示核心基因PLAUR在哈萨克族ESCC中表达高于癌旁正常组织。结论 该研究通过基因芯片筛选出新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织中差异表达的mRNA,找出了其中的核心基因,完善了新疆哈萨克族ESCC基因谱,为ESCC诊断、预后的进一步研究打下基...     

腹泻病毒化学发光基因芯片检测方法的建立和验证

目的 建立一种化学发光基因芯片检测方法,实现7种腹泻病毒,A组轮状病毒、B组轮状病毒、Ⅰ型诺如病毒、Ⅱ型诺如病毒、札如病毒、星状病毒和肠道腺病毒的快速、准确检测.方法 选择7种病毒特异性基因的保守区,设计引物与探针,制备寡核苷酸基因芯片.将多重实时荧光PCR(RT-PCR)扩增产物与带有特异性探针的芯片杂交,经洗涤、化学发光检测后进行结果分析.在优化的RT-PCR体系、杂交条件和化学发光检测条件下,评价芯片的灵敏度、重复性和特异性.结果 研制的基因芯片具有良好的特异性和灵敏度,检测体外转录RNA参考品的最低检测限为3×103拷贝/反应,检测临床样本的灵敏度为95.2％、特异性为92.1％、符合率为95.1％.结论 建立了一种基于化学发光基因芯片的腹泻病毒检测方法,此法能快速、灵敏、特异地检测和鉴别7种腹泻病毒,具有较好的应用前景.     

温州市非结核分枝杆菌菌种的地域分布特点

【目的】了解温州市11个区县呼吸道非结核分枝杆菌(NTM)的菌种分布情况。【方法】对2014年1月至2017年5月分离鉴定的NTM菌株,利用16S rRNA和hsp65基因测序或基因芯片进一步鉴定至种。【结果】菌种鉴定为NTM 293株(已剔除重复菌株),NTM种类达15种,以鸟分枝杆菌复合群(MAC)和脓肿分枝杆菌占绝对优势(89.4%,262/293),其他菌种仅占10.6%(31/293)。分离NTM菌株数居前6位的区县依次为鹿城(28.7%,84/293)、瓯海(13.7%,40/293)、乐清(12.6%,37/293)、永嘉(11.6%,34/293)、苍南(10.6%,31/293)和瑞安(9.6%,28/293)。鹿城、龙湾、瓯海、瑞安、永嘉和平阳等6个区县的前3位菌种均依次为胞内分枝杆菌、脓肿分枝杆菌和鸟分枝杆菌,胞内分枝杆菌是除苍南外各区县最常见的菌种。【结论】温州市各区县的NTM菌种主要为胞内分枝杆菌、脓肿分枝杆菌和鸟分枝杆菌,地域分布存在一定差异。