基于网络药理学联合GEO芯片分析百合乌药汤治疗胃癌的分子靶点及作用机制

目的:基于网络药理学联合GEO芯片差异基因分析的方法,分析百合乌药汤治疗胃癌的分子靶点和作用机制.方法:在TCMSP数据库检索中药药物信息,获得百合乌药汤的活性成分和分子靶点.在GEO芯片数据库通过检索“gastric cancer”分析筛选后获得GSE118916芯片数据,通过R软件分析得出差异基因,并绘制热图和火山...     

基于生物学数据库GATA3在乳腺癌中表达和预后及相关分子信号分析

目的 基于全基因组表达谱数据库,探讨新兴肿瘤治疗靶点GATA家族的GATA3在乳腺癌中的mRNA表达水平,及与乳腺癌患者预后的关系和分子机制.方法 通过UALCAN在线分析乳腺癌组织和正常组织中差异表达的基因.采用Kaplan-Meier Plotter进行GATA3表达水平与乳腺癌患者的生存分析.应用DAVID(Th...     

基于生物信息学探讨参麦注射液对高血压心力衰竭的干预机制

目的:探讨参麦注射液干预高血压心力衰竭的代谢组学产物相互作用及生物学通路.方法:代谢产物信息来源于前期代谢组学的研究结果.代谢产物ID号、相关的酶或转运蛋白、参与通路条数的注释采用KEGG数据库和HMDB数据库,代谢产物路径分析采用MetaboAnalyst4.0通路分析软件.结果:代谢产物路径分析结果显示,高血压心力...     

基因多态性与心力衰竭发生和发展的研究进展

心力衰竭是一种复杂的临床综合征,发病率高,预后较差.主要是神经体液因子参与这一心功能障碍和心肌肥厚的过程,因此参与这一过程的基因的多态性有可能影响心力衰竭的诊断、治疗和预后.心力衰竭与多种基因多态性有关,主要是肾素-血管紧张素-醛固酮系统、交感-肾上腺髓质系统、内皮素系统和炎症反应中涉及的基因.现回顾近年来已发表的论文...     

盾叶薯蓣WRKY转录因子的鉴定和生物信息学分析

目的鉴定盾叶薯蓣WRKY(DzWRKY)转录因子家族基因,分析DzWRKY蛋白的序列特征,检测DzWRKY在根和叶中的表达量。方法以拟南芥WRKY基因的c DNA为查询序列,应用BLASTn进行比对,应用生物信息学方法进行全长开放阅读框(ORF)预测和蛋白序列特征分析,根据转录组数据检测DzWRKY的表达量。结果共检测到27个具有全长ORF的DzWRKY家族基因,其中6个基因编码的蛋白具有2个WRKY结构域。DzWRKY蛋白均为亲水性蛋白,亚细胞预测为核蛋白,WRKY结构域序列保守程度高。进化分析均把27个DzWRKY蛋白和19个At WRKY蛋白分为3个大类群。27个DzWRKY在叶片中的表达量均比根茎低,高表达的DzWRKY基因主要集中在第I类和第IId亚类。盾叶薯蓣WRKY与已知功能的WRKY序列相似性较低。结论首次从盾叶薯蓣中鉴定出DzWRKY基因,为进一步阐明DzWRKY在盾叶薯蓣生长发育和药效成分代谢中的作用奠定基础。     

中药蛋白质组学研究策略

蛋白质组学在中药研究中的应用已十分广泛,有许多较为成功的实例。作者回顾了前人应用蛋白质组学技术对中药复杂体系的研究工作,并提出建立一门专门针对中药研究的蛋白组学,即中药蛋白质组学。该文对中药蛋白质组学的研究策略及未来的研究方向进行了综述和思考,希望为从事中药蛋白质组学研究者提供一点思路。     

三七3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶基因的克隆和生物信息学分析

目的克隆三七总皂苷甲羟戊酸合成途径中的1个关键酶3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme-A reductase,HMGR)基因,为进一步研究HMGR蛋白的功能及开展三七皂苷的合成生物学研究奠定基础。方法根据NCBI上已公布的同属人参的HMGR基因全长序列(登录号GU565097.1)设计特异性引物。利用RT-PCR技术,以三七愈伤组织总RNA反转录的cDNA为模板扩增基因片段;并对其编码的蛋白进行生物信息学预测和基因表达分析。结果序列分析表明,获得的三七HMGR(命名为PnHMGR)基因的cDNA序列大小为1 893 bp,该序列与人参、刺五加和杜仲中HMGR基因的一致性分别达到98%、93%、80%,且含有大小为1 725 bp的开放阅读框,经Genbank查询为一新的cDNA。生物信息学预测PnHMGR基因编码蛋白包含2个跨膜区,不含信号肽,具有HMGR催化作用的活性中心结构域。实时荧光定量PCR检测到PnHMGR基因在三七细胞生长30 d表达量最高。结论首次从药用植物三七中克隆得到HMGR基因的编码区序列,为进一步鉴定PnHMGR的功能和开展三七皂苷的合成生物学研究奠定了基础。     

金银花类药用植物IspE和IspH基因克隆和生物信息学分析

目的:克隆金银花类药用植物4-二磷酸胞苷-2-C-甲基赤藓糖激酶(4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase,IspE)和4-羟基-3-甲基-2-邻苯基二磷酸还原酶(4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase,IspH)基因,并对其基因序列、蛋白特性和转录活性进行分析、比较.方法:从忍冬Lonicera japonica转录组测序结果中分析获得了IspE,IspH基因.分别以忍冬、红白忍冬L.japonica var.chinensis、红腺忍冬L.hypoglauca和水忍冬L.dasystyla新鲜花蕾为材料,利用RT-PCR技术克隆获得了4种金银花类药用植物IspE和IspH基因的全长cDNA.运用生物信息学分析软件,预测编码蛋白的结构和功能,并通过RT-PCR检测IspE和IspH在忍冬、红白忍冬、红腺忍冬、水忍冬花蕾中的转录情况.结果:金银花类药用植物IspE基因含有1个完整的开放阅读框,长度为1 221 bp,编码406个氨基酸;IspH含有一个完整的开放阅读框,长度为1 380 bp,编码459个氨基酸.IspE和IspH均为非分泌蛋白,均定位于叶绿体中.RT-PCR分析结果表明在忍冬、红腺忍冬和水忍冬的花蕾中IspE,IspH基因的转录水平没有显著差异,但红白忍冬花蕾中IspE,IspH基因的转录水平均显著高于忍冬.结论:克隆获得忍冬、红白忍冬、红腺忍冬和水忍冬中IspE,IspH基因,并证实了其在不同金银花类药用植物中的表达,为进一步研究IspE,IspH基因对萜类化合物生物合成和花香气以及颜色的影响奠定了基础.     

黄芪miRNA的预测及其干旱表达模式分析

目的利用生物信息学手段预测黄芪Astragalus membranaceus的miRNA及其靶基因,应用定量PCR分析其干旱胁迫表达模式,为黄芪miRNA研究奠定基础。方法下载公共核酸数据库中的黄芪高通量测序序列,使用Trinity软件拼接获得转录本数据。利用生物信息学预测方法进行黄芪miRNA及其靶基因的预测,并对靶基因进行功能分类分析。利用茎环引物荧光定量PCR方法验证miRNA的存在,并分析miRNA在干旱胁迫下的表达模式。结果序列拼接获得88 263条黄芪转录组数据。使用这些数据预测到分属于17个家族的17个miRNA序列以及相应的茎环结构前体。这些miRNA靶向的145个基因主要参与基因转录调控、物质代谢、信号转导、胁迫应答和蛋白翻译后修饰等生物学过程。随机选取8个miRNA进行茎环引物荧光定量PCR验证,其干旱逆境表达模式分析表明miR2118和miR166可能参与了黄芪的干旱胁迫应答。结论预测的黄芪miRNA、靶基因以及干旱应答miRNA,为理解miRNA在黄芪中的生物学功能提供了重要数据。     

基于转录组的新疆紫草ERF转录因子家族生物信息学分析

从新疆紫草转录组分离出27个ERF转录因子家族基因, 平均大小为1 010 bp, 每个基因平均编码了212个氨基酸。以紫草ERF基因gi261363612为参考, 对27AeERFS从基因结构、表达量、理化性质、亚细胞定位、信号肽、高级结构和保守域的预测和分析等方面做了研究, 并对新疆紫草ERF家族做了系统进化分析, 认为最合适的建树方法为最大似然法。结果显示, 该家族存在3个保守域, 高级结构以无规则卷曲为主, 聚为CBF/DREB, ERF 2个亚族。