基于分子标签二代测序技术的非小细胞肺癌驱动基因变异分析

目的通过对非小细胞肺癌(NSCLC)患者的血浆ctDNA标本采用基于分子标签(UMI的二代测序(NGS)技术进行相关驱动基因突变分析,评估血浆ctDNA二代测序技术指导靶向用药的价值及注意事项。方法纳入了163例2017年7月至2019年7月期间在中山大学附属肿瘤医院就诊的NSCLC患者血液标本,采用基于分子标签的二代测序方法,检测患者血浆ctDNA中与NSCLC相关的11个驱动基因的突变情况。结果 98例初诊初治的NSCLC患者中,37.8%(37例)患者未检出肺癌驱动基因突变。其余患者中TP53、EGFR、ERBB2、RET、KRAS、ALK、PIK3CA、BRAF、MET、ROS1、NRAS的突变频率分别为33%、24%、10%、8%、7%、6%、4%、3%、3%、3%和1%。57例EGFR-TKI靶向治疗后进展的NSCLC患者中,21例(36.8%)检出T790M突变,3例(27.3%)接受三代EGFR-TKI治疗后进展的患者出现T790M与T797S顺式耐药突变。其他耐药突变包括KRAS基因突变(2例)、MET基因扩增(1例)以及PIK3CA基因突变(8例)。29例组织样本ARMS-PCR检测结果阳性的患者,组织EGFR突变阳性患者与ctDNA检测EGFR阳性患者之间的一致性为13.8%。结论该方法不仅能够检出初诊初治NSCLC患者中靶向治疗的敏感突变,还可以对靶向治疗进展后的耐药突变情况进行监测。因此,可选择基于分子标签的二代测序检测技术来指导NSCLC患者的个性化用药。     

某地区乙型肝炎病毒基因型分布和P区耐药突变模式分析

目的探讨十堰地区乙型肝炎病毒(HBV)基因型分布和P区耐药突变模式及两者的相关性。方法将在该院进行治疗的224例慢性乙型肝炎患者纳入本研究,提取患者血液标本中的HBV DNA,利用ABI 3730型遗传分析仪对DNA进行测序,通过SeqMan软件实施序列比对,分析HBV DNA的基因型和P区耐药突变的情况。结果检出HBV基因型为B型者136例,占60.71%;为C型者62例,占27.68%。二者比例均高于D型、B+C型及未分型者,差异有统计学意义(P0.05)。78例明确出现耐药突变,其中B基因型对于拉米夫定以及阿德福韦的耐药率分别为18.38%与9.56%,与C基因型对于二者的耐药率16.13%与9.68%相比,差异均无统计学意义(P0.05)。B基因型患者M204V、M204I耐药突变的发生率分别为38.60%、17.54%,C基因型患者则分别为28.57%与38.10%,两种基因型患者比较差异无统计学意义(P0.05)。B、C型基因突变患者间YMDD突变(M204V、M204I)及非YMDD突变所占比例比较,差异均无统计学意义(P0.05)。B基因型及C基因型分别与M204V及M204I两种突变均呈正相关。结论十堰地区HBV的基因型主要是B型及C型,发生的HBV耐药突变则以M204I和M204V为主,在临床治疗时应按照基因分型以及耐药突变情况合理选择药物进行慢性乙型肝炎的治疗。     

单增李斯特菌1/2c血清型菌株生物膜相关基因分析及耐药性研究

目的 了解单增李斯特菌1/2c血清型菌株与其他血清型菌株的生物膜相关基因和抗生素耐药性是否有差异。方法 采用聚合酶链反应技术对19个生物膜相关基因全长扩增测序分析,并与参考菌株EGD-e序列进行比对确定基因变异情况;根据K-B纸片法对选取的实验菌株进行药敏实验。结果 氨基酸序列比对发现1/2c血清型菌株的flaA基因编码的氨基酸在141位点发生突变,其他血清型菌株则没有,1/2c血清型菌株在prfA基因编码的89氨基酸位点、luxS基因编码的112和140氨基酸位点都不发生突变,其他血清型菌株则发生突变。78.43%的1/2c血清型菌株对头孢西丁中度敏感,对氨苄西林、米诺环素、利福平和呋喃妥因有不同程度的耐药。结论 不同血清型单增李斯特菌的flaA、luxS、prfA 3个基因编码的氨基酸在某些位点突变有一定的规律性;1/2c血清型单增李斯特菌对某些抗生素呈现不同程度的耐药。     

1名RhD弱表现型个体携带D~(el)等位基因

目的　探讨 1名RhD弱表现型个体的RH基因型及RHD基因的分子机制。方法　采用常规血清学方法检测RhD、C、c、E和e抗原表型 ,间接抗球蛋白试验确认D抗原 ,用序列特异性引物 聚合酶链反应 (PCR SSP)测定RHD/RHCE基因 ,然后分析RHD编码区全长序列 ,并用PCR检测RhD杂合型。结果　血清学结果显示该个例为D抗原弱表现型 ,Rh因子为D +C +c +E e +,PCR SSP检测RHD/RHCE基因与之相符 ;RHD编码区序列析发现第 9外显子存在 1 2 2 7G→A碱基突变 ,其余外显子序列则与正常RHD基因一致 ,表明该个体携带RHD1 2 2 7A等位基因。RhD合子型鉴定结果为RHD +/RHD -杂合型 ,拟定RHCE和RHD为cis遗传 ,提示该个体基因型为CDe/cde。结论　该RhD弱表现型个体携带RHD 1 2 2 7A等位基因 ,而这一等位基因是Del表型的主要等位基因 ,提示该等位基因在不同个体RhD分子的表达效率不同     

1例少见型β珠蛋白生成障碍性贫血-90位点突变病例报告

目的对1例少见型β-珠蛋白生成障碍性贫血(简称β-地贫)-90位点突变病例进行结果分析。方法应用常规血液学检查、碱性琼脂糖凝胶血红蛋白电泳进行表型分析;通过跨越断裂点聚合酶链反应(GAP-PCR)法检测α-地贫,反向点杂交(RDB)法检测β-地贫;应用DNA克隆测序技术对β-珠蛋白基因全长进行测序,检测β-珠蛋白基因突变类型。结果通过对β-珠蛋白基因簇进行直接测序发现该患者为少见型β-地贫-90(C-T)beta++杂合突变(HBB:c.-140CT)。结论联合应用血液学、血红蛋白电泳和基因测序技术可以明确先证者的基因型,对防治出生缺陷和提高人口素质都具有十分重要的意义。     

2166例婴幼儿先天性耳聋基因检测结果分析

目的探讨婴幼儿先天性耳聋基因的突变类型及分布特征,为先天性耳聋的遗传咨询及产前诊断提供参考依据。方法将2016年1月至2017年5月在该院出生的2 166例新生儿作为研究对象,采用PCR-RDB法检测4个基因16个位点。结果 2 166例新生儿基因检测共发现79例基因携带者,检出率为3.65%,其中GJB2、SLC26A4、GJB3、12SrRNA基因突变检出例数分别为37(1.71%)、28(1.29%)、8(0.37%)、6(0.28%)例。结论该地区以GJB2基因突变和SLC26A4基因突变类型为主,基因检测可有效检出婴幼儿先天性耳聋,建议在条件许可的情况下将其作为产前先天性耳聋的辅助筛查手段。     

普罗帕酮对HERG钾通道孔胞膜外侧氨基酸突变前后的作用

目的:探讨普罗帕酮对人类ether-a-go-go相关基因(HERG)钾通道孔道胞膜外侧突变后结合能力的影响。方法:将HERG野生型通道(WT)和HERG突变型通道(MT)的互补核糖核酸(cRNA)注射到非洲爪蟾卵母细胞,孵育24～72h后以不同刺激程序用双微电极法记录通道电流的表达。用Clampfit9.2版本软件对数据进行分析。部分电流用相应的方程拟合。结果:HERGWT外侧的第628位点的甘氨酸突变为半胱氨酸(G628C)和第631位点的丝氨酸突变为半胱氨酸(S631C)成HERGMT后普罗帕酮与HERGMT通道的结合能力减小,50%抑制浓度(IC50)对HERGWT,HERGMT分别为5.31μmol/L和7.81μmol/L。普罗帕酮对HERGWT和HERGMT的阻滞效应都呈电压和浓度依赖性。普罗帕酮减小HERGWT,但未减少HERGMT通道的半数激活电压。结论:普罗帕酮是HERG通道的开放通道阻滞剂,HERG通道孔道膜外侧突变(G628C和S631C)能改变普罗帕酮与通道之间的结合能力,从而影响通道的激活。     

血浆K—ras基因突变与结直肠癌相关性研究

为探讨血浆K—ras基因突变在结直肠癌诊断中的价值,对42例结直肠癌患者血浆、肿瘤组织及20名健康体检者血浆中K—ras基因水平进行检测,并分析结直肠癌患者血浆及肿瘤组织中K—ras基因突变与临床病理参数之间的关系。结果显示,42例结直肠癌患者血浆K—ras基因突变17例（40．48％）,肿瘤组织Kras基因突变19例（45．24％）;对照组血浆无K—ras基因突变。血浆与肿瘤组织中Kras基因突变率有较高的一致性,一致率为95．2％。结直肠癌患者与健康体检者血浆K—ras基因突变率比较差异有统计学意义,x2=34．57,Pd0．001。结直肠癌患者K—ras基因突变率与肿瘤发生部位、分化程度、Dukes分期、淋巴结转移情况无关,P〉0．05。结果表明,K—ras基因突变属于结直肠癌发生的早期基因改变,检测血浆K—ras基因突变在结直肠癌早期诊断方面具有一定价值。     

慢性乙型肝炎患者体内病毒基因G→A超突变的检测及分析

载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样3G(APOBEC3G)是一种胞嘧啶脱氨酶,是Sheehy等[1]在对人类免疫缺陷病毒 (HIV)进行允许细胞和非允许细胞基因差异表达分析过程 中发现的一种新型抗病毒因子;它能使HIV病毒基因组发生鸟嘌呤(G)→腺嘌呤(A)的碱基突变,致使其病毒基因组不能执行正常的功能而具有抗病毒活性[2].