组学大数据环境下的基因变异信息并行处理与分析

随着第二代测序技术的发展与应用,其产生的测序数据也呈现快速的增长趋势,如何有效、快速、稳定地对海量测序数据进行分析成为生物研究领域迫切的需求。目前许多传统的测序数据分析软件仅支持单一功能,并不具备完整的数据分析能力,应对海量的测序数据时其处理能力也显著不足。为了应对上述问题,本文设计了一款基于Hadoop框架的测序数据分析软件,整合了现今生物研究领域内常用的多款序列分析软件,从而实现了对测序序列数据的自动化分析。该软件输入原始的测序数据后,经过碱基质量控制、序列比对、SNP位点信息提取、突变基因信息生成等几个过程,最终输出详细的突变基因信息报告。该软件实现了自动化的数据分析,提高了数据分析的效率,极大减轻了数据分析人员的工作量。     

数据分析技术在中药谱效关系中的应用进展

中药活性成分较为复杂,加之配伍后的药理活性多样,使得阐明化学成分间的活性成分及其协同作用较为困难,即使单味中药的成分间配伍关系研究也是一个庞大的工程。谱效关系是一种新兴的方法,目前已逐渐应用于单味药及复方药效物质基础、组分配伍、炮制机制、药效预测及工艺优化等方面的研究中。它是一种采用数据分析技术,将多维多息的指纹图谱数据与药理指标进行关联和分析的研究方法,是药学与数学的交叉领域。该方法的研究依赖于数据分析技术。客观合理的选择数据分析技术是必不可少的环节。该文对近年来数据分析技术在中药谱效关系中的应用进展进行了归类综述,其中包括,预测各成分与药效间关联度的分析方法:灰关联度分析法,人工神经网络,双变量相关分析法;阐明各成分对药效贡献率的分析方法:多元线性回归法,偏最小二乘回归分析法;简化数据结构寻找主要活性成分的分析方法:主成分分析法,典型相关分析法。并总结了目前常用的数据分析技术的特点,研究思路及其适用研究对象等。最终针对各分析技术存在的局限性进行了讨论,为谱效关系中数据分析技术的选择提出了建议。推荐合理地联用多种数据分析技术来建立较为理想的谱效关系模型,进而保证结果的客观性与真实性。     

基于用户层级的死因监测数据分析解决方案

目的根据不同级别疾病预防控制机构中死因监测工作任务需求的差异,建立针对不同用户级别的死因监测数据清洗、整理和分析工具。方法通过基层监测单位访谈、专家咨询等方法进行详细的业务需求分析,分析现有直报系统、DeathReg等分析工具的优缺点,制定开发大纲并进行系统开发。结果利用ACCESS数据库为基层死因监测工作人员建立数据清洗和分析工具;基于SASOLE技术或SAS/AF模块建立针对省级死因监测人员使用的数据分析系统;国家级死因监测人员使用无人值守的SAS程序或SAS/IntrNet工具进行数据分析和报表制作。结论基于用户层级的死因监测数据分析系统或工具考虑了用户需求和现阶段业务技术水平,为全国死因监测数据管理提供了实用的解决方案。     

开封市2005～2010年其他感染性腹泻病报告病例分析

目的 了解开封市其他感染性腹泻病的流行特点,为防控工作提供数据支持.方法 收集开封市2005～2010年“疾病监测信息报告管理系统”中报告的其他感染性腹泻病例数据,对其流行病学及病原学信息进行描述性统计分析.结果 2005～2010年共报告其他感染性腹泻病例2 671例,年报告发病率范围7.18/10万～13.94/10万,呈逐年下降趋势.1岁及以下婴幼儿占全部报告发病总数的74.50％.每年有两个发病高峰.轮状病毒分别占报告发病总数和实验室诊断病例的26.17％和62.30％.结论 开封市2005～2010年其他感染性腹泻报告发病率逐年下降,以1岁以下儿童轮状病毒性腹泻为主,发病主要集中在秋冬季节.各地报告病例严重不均,报告质量亟待提高.     

温州市2011年结核病疫情分析

<正>温州市结核病疫情监测工作以结核病管理信息系统(又称专报网)为依托,强化监测数据分析和网络质量管理,并通过对基层的督导评价和技术指导保证专报网数据的真实性和准确性。现对我市201年的结核病疫情进行分析,以期发现问题,提出改进措施,为今后制定结核病防控策略提供依据。     

艾滋病咨询热线4年人工接听的电话记录数据分析

目的为今后更加有针对性地开展热线咨询工作,为热线咨询服务更能满足目标人群的需求提供依据。方法分析2003-2006年中国疾病预防控制中心健康教育所艾滋病咨询热线人工接听电话的原始记录。结果2006年的求询者总人数较往年增多。求询者群体具有相对稳定的人口学特征,以男性、20~39岁的青壮年、外省市、大学及以上学历为主。求询者的最主要信息来源是网络。求询内容以检测、传播、心理和症状为主。近一半求询者自述有过嫖娼等高危性行为。一半以上的求询者存在心理问题,以恐惧、焦虑和强迫为多见。结论应针对求询者相对稳定的特点开展咨询。     

数据仓库技术在医院数据分析中的应用

随着数据仓库技术的不断发展,医院大数据处理、分析与二次开发利用有了更好的技术支撑.如何高效地将数据仓库技术应用于医院的数据分析中,为医院的管理工作提供决策支持,是讨论的重点.     

雷达辐射对精液质量的影响

目的:研究雷达辐射对男性精液质量的影响。方法:①以35例非海员职业正常男性为对照组1,分析252例接受雷达辐射的海员精液常规变化情况;②以252例海员(对照组2)和对照组1为对照组分析96例解除雷达辐射后6～12个月海员的精液常规变化情况。结果:在精子密度、精子活动率及a级精子百分率,雷达辐射组极显著低于对照组1(P<0.01),而d级精子百分率和畸形精子百分率极显著高于对照组1(P<0.01);解除雷达辐射后恢复极明显的是精子的形态(P<0.01),精子活动率也有显著的恢复(P<0.05),但与对照组1相比,精子密度仍有显著差异(P<0.05),精子活动率、a级精子百分率、d级精子百分率和畸形率仍有极显著差异(P<0.01)。结论:雷达辐射对男性精液质量有一定影响;其主要表现在精子运动能力降低和精子畸形率升高;停止雷达辐射后精子的形态较容易恢复。     

S-PLUS-商业级的统计分析与数据挖掘工作平台

Insightful公司是一家专注于数据分析与数据挖掘工作平台的软件公司，其旗舰产品S-PLUS在包括金融、医药、制造、政府与科研教学等许多行业已经有18年的使用历史。