性染色体数目异常疾病诊断技术研究进展

性染色体数目异常疾病是一类严重困扰人类生活的综合征,患者多能生存,但常有性腺发育不全、多发畸形、不育等异常表现。该病无法治愈,经激素替代治疗等干预措施可有效缓解症状,但早期确诊严重依赖于相关临床诊断技术的发展。该文拟就现今常见检测性染色体数目异常技术的发展作一综述,比较各技术优缺点及评价其在临床诊断中的应用价值,以方便检验工作者科学合理地采用相关技术,为临床提供更为准确可靠的实验室依据,推进对该类疾病的诊治与研究。     

应用DNA微阵列技术快速鉴定分枝杆菌菌种

目的 利用DNA微阵列的高通量、高效性,建立一种快速、简便的分枝杆菌分子菌种鉴定方法,为临床医师正确诊断提供依据.方法 以DNA直接测序法为对照,通过PCR-SSCP和DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株、9种非分枝杆菌和465株分枝杆菌临床分离株的菌种.结果 应用DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株和9种非分枝杆菌菌株,特异性100%.465株分枝杆菌临床分离株中,经16S rRNA PCR-SSCP初步菌种鉴定,256株为结核分枝杆菌复合群,应用DNA微阵列分析,显示与分枝杆菌属探针M和结核分枝杆菌复合群探针a杂交阳性,两种鉴定方法结果一致;209株PCR-SSCP初步鉴定为非结核分枝杆菌的分离株,经芯片分析,68株为龟分枝杆菌龟亚种和脓肿亚种,46株为胞内分枝杆菌,34株为堪萨斯、瘰疬、胃和猿猴分枝杆菌复合群,31株为偶然分枝杆菌,16株为戈登分枝杆菌,3株为鸟分枝杆菌,2株为海和溃疡分枝杆菌复合群,1株为土分枝杆菌,1株为迪氏分枝杆菌,1株为草分枝杆菌;另6株只与探针M杂交,经测序显示5株为胞内分枝杆菌,但其基因序列与标准菌株不完全相同,1株为新金色分枝杆菌,芯片上无鉴定该菌种的探针.结论 用DNA微阵列可简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,提高分枝杆菌病的正确诊断率,指导临床合理治疗.     

单核苷酸多态性微阵列分析技术在孕早期颈项透明层增厚胎儿中的应用

目的探讨单核苷酸多态性微阵列分析技术(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)在孕早期颈项透明层(nuchal translucency,NT)增厚胎儿中的应用。方法采集孕早期产前超声提示胎儿NT增厚的570例孕妇的绒毛膜组织或羊水标本,进行染色体核型分析和SNP-array检测。结果在570例NT增厚的病例中,共检出89例染色体核型异常,比例最高者分别为21、18、13三体和45,X、47,XXY等;SNP-array检出137例结果异常,包括14例已知明确致病的微缺失、微重复遗传性综合征、35例临床意义不明、2例杂合性缺失及1例14号染色体的单亲二倍体等,检出率提高了8.43%。结论对孕早期NT增厚胎儿采用SNP-array技术进行分析,可检出传统核型分析无法识别的染色体微缺失、微重复,为产前诊断及遗传咨询提供更为准确的遗传学信息。     

基于基因芯片数据的代谢网络重构及其应用

目的 基因组尺度的代谢网络重构提供了一种从系统层面深入观察生物体的方法,由此重构得到的网络是个体的“全基因组网络”.鉴于这种网络不能反映出不同环境条件下细胞内的动态变化过程,本文给出一种从基因芯片数据出发对生物体的实时“工作网络”进行重构的方法.方法 通过对基因芯片数据使用dChip软件计算探针的P-A call后可得到基因的表达谱,然后在所整合的多源数据库的辅助下经由“基因表达谱→酶→反应→代谢网络”的过程进行“工作网络”的自动化重构.结果 对来源于14种组织的182个干细胞样本进行工作网络重构的结果表明,所有干细胞之间具有较高的相似性,但不同组织来源的干细胞之间仍存在一定差异性.结论 以基因芯片数据为数据源的代谢网络重构方法可有效用于生物体的“工作网络”重构.     

肝癌患者外周血环状RNAs诊断价值分析

目的 探讨原发性肝癌(PLC)患者外周血中环状RNAs(circRNAs)作为PLC分子标志物的临床诊断价值.方法 利用circRNAs微阵列芯片技术检测4例PLC患者(PLC组)和4例健康对照者(对照组)外周血circRNAs的表达谱,并进行组间差异分析,基因本体/基因功能(GO/KEGG)分析差异表达的circRNAs明显富集的潜在功能和信号通路.结果 与对照组比较,PLC组中共有26种circRNAs具有差异表达,包括上调的14种circRNAs和下调的12种circRNAs,亲本基因为:NFATC3、UBQLN1、SKA3、OAT、DENND4A、MGEA5、N4BP2L2、MKLN1、RANBP9、PICALM、SPECC1、LRP5、FAM64A、RPS8、FLI1、PCNXL2、RPL13、LINC00340、KIF26B、WBSCR17、NUP214、GPI、GRB10.GO/KEGG分析发现,亲本基因多涉及转录因子活性、RNA转运RT及通过内质网蛋白质加工、泛素介导的蛋白质水解和参与cGM P-PKG信号通路等功能.结论 PLC患者外周血存在明显差异表达的circRNAs,其亲本基因可能参与PLC复杂的发病机制.     

染色体1p36.11微重复1例报告并文献复习

目的报道国内首例染色体1p36.11微重复病例,并复习相关文献及对临床特征进行探讨。方法总结分析中山大学孙逸仙纪念医院2013年8月收治的1例染色体1p36.11微重复患儿的临床表现和微阵列比较基因组杂交(array-CGH)结果,综合文献复习,分析患儿的临床特征。结果男性患儿,3岁11个月,以运动发育迟缓、精神发育迟滞、特殊面容、六指(趾)畸形、室间隔缺损、双侧隐睾、刻板动作、喂养困难等为主要临床表现,array-CGH证实染色体1p36.11重复。结论 1p36.11微重复是一种罕见的染色体病,主要表现为精神运动发育迟缓、特殊面容、六指(趾)畸形等,临床表现无明显特异性,通过array-CGH技术可发现更准确的遗传病因,提高不明原因精神运动发育迟缓的分子诊断水平。     

兔盘前移颞下颌关节的髁突软骨细胞中SOX9和MMP12的表达

目的 :研究Sox9基因、基质金属蛋白酶基因12(MMP12)在兔盘前移颞下颌关节的髁突软骨细胞中时空表达变化。方法:60只日本大耳白兔随机分为5组(对照组,1、2、4、8周组;每组12只),分别在颞下颌关节盘前移位建模后的1、2、4、8周处死,取出髁突软骨并将关节部位制成组织芯片,利用DNA微阵列技术、实时荧光定量PCR、免疫组化技术和IPP图像处理技术观察不同组内髁突软骨中Sox9、MMP12表达。结果:基因检测和rt PCR验证结果基本一致,显示为MMP12的表达在第1周达到最高值,之后随建模时间递减,在第8周达到最小值(表达下降),Sox9的表达第1周较低,随后略有上升,在第2、4、8周分别检测到其表达上升并存在统计学差异。结论:MMP12和Sox9同为骨性表达相关因子,在盘前移位颞下颌关节中,MMP12主要参与早期骨溶解破坏、炎症反应,Sox9主要参与后期软骨的修复重建。     

伴癌与非伴癌胃高级别上皮内瘤变全基因表达谱的比较

目的 比较伴癌患者的胃高级别上皮内瘤变(HGIN)与非伴癌患者的胃HGIN组织全基因表达谱的差异。方法 收集北京协和医院2010年3月至2013年5月间行放大染色胃镜检查的21例患者的标本,胃镜活检组织病理均为HGIN。21例患者均行内镜黏膜下剥离术,病理示10例为HGIN,11例为HGIN伴部分癌变。采用4×44K人全基因表达谱芯片,用非配对t检验和Benjamini-Hochberg假发现率(FDR)校正筛选差异基因,采用GeneSpring GX 12.6进行基因本体(GO)富集分析。结果 伴癌HGIN与非伴癌HGIN组织的全基因表达谱比较,共有差异基因470个(P＜0.05,倍数变化＞2),其中表达上调的基因180个,表达下调的基因290个。上调基因GO富集主要与三酰甘油合成、甘油酯合成、中性脂质合成、甘油醚代谢、有机醚代谢及甘油酯类代谢有关。结论 脂质代谢改变可能是胃癌发生的早期事件。     

基因微阵列技术在类风湿关节炎的应用研究进展

类风湿关节炎（rheumatoid arthritis，RA）是一种累及周围关节为主的异质性、慢性自身免疫性疾病．是最常见的炎症性关节炎，全世界患病率达1％。RA的病因和发病机制还未明确，一般认为与遗传和环境有关，其致炎过程极为复杂，是由多种细胞因子、黏附分子和趋化因子等参与的复杂的免疫调节网络，是多基因协同作用的结果。尽管人们已经检测到了许多表达变化的基因，