恙螨体内汉坦病毒核酸的基因芯片检测

目的 建立快速、灵敏、特异的汉坦病毒基因芯片诊断方法。方法 根据发表的汉坦病毒属(HV)76-118株和R22株S基因核苷酸序列，设计引物和探针，制备寡核苷酸芯片。用CV3标记核苷和引物，运用不对称PCR技术制备单链荧光标记核苷酸片段，并与芯片上的寡核苷酸探针杂交，荧光扫描仪检测并分析信号。结果 研究制备的基因芯片能够检测汉坦病毒HTN型和SEO型病毒核酸的特异性荧光信号。结论 HV的基因芯片检测具有特异、灵敏、快速的优点。基因芯片的制备和检测技术的建立，可为肾综合征出血热等传染病的诊断和预防提供理想的方法。     

胃癌相关基因的生物信息学分析及蛋白互作网络构建

目的分析胃癌和癌旁组织间差异表达基因的功能及其编码蛋白的相互作用,筛选出胃癌相关的关键基因。方法从NCBI(美国国立生物技术信息中心)公共数据平台GEO(Gene Expression Omnibus)下载胃癌基因芯片数据GSE79973,采用R Bioconductor3.2.4软件对数据进行处理和分析,输出差异表达基因,并通过生物信息学工具DAVID、String、Cytoscape对差异表达基因进行生物学功能及其编码蛋白的互作分析。结果通过分析GSE79973芯片数据,一共获得567个表达差异明显的基因,其中表达上调的有384个,表达下调的有183个,这些基因主要富集于细胞外区、细胞外基质、胶原蛋白、基底膜等,主要参与细胞增殖、周期以及粘附等生物学过程,并且在细胞外基质受体、局部粘附以及细胞色素P450代谢等肿瘤相关通路明显富集。初步鉴定了COL4A1、IL6、IL8、COL1A2、ITGA2、THBS1、COL5A1、COL3A1、ITGA1、COL2A1、COL4A2、BIRC5为胃癌相关的关键基因。结论基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析胃癌和癌旁组织间差异表达基因,并筛选出胃癌相关的关键基因,为进一步研究胃癌发病的分子机制提供指导。     

生物信息学方法筛选鼻咽癌的7个关键基因

目的:通过基因芯片技术及生物信息学方法筛选鼻咽癌的7个关键基因,帮助了解鼻咽癌的发生发展的分子机制。方法:通过差异基因分析、加权共表达基因的构建以及蛋白互作网络的分析筛选出与鼻咽癌显著相关的基因。结果:经过对基因组GSE12452的差异基因分析得出838个差异基因,将该结果纳入另一数据集GSE13597中构建加权基因共表达网络,最后分析蛋白互作网络,综合两者的结论得出7个相关性最显著的核心基因。结论:本研究为鼻咽癌提供了更多的潜在生物标记物,对鼻咽癌发生发展的分子机制提供了有效指导。     

大鼠创伤性深静脉血栓形成中纤溶、凝血相关基因表达分析

在急性、亚急性创伤性深静脉血栓形成大鼠模型中,动态检测并比较分析血管内皮纤溶、凝血相关基因的表达变化和差异,探讨其在创伤性深静脉血栓形成中的作用和意义。分别取150只SD大鼠建立急性、亚急性血栓形成模型。急性血栓模型组采用直接钳夹股静脉 双后肢石膏固定、亚急性组采用定量击打双侧大腿 双后肢石膏固定的方式造模。根据深静脉血栓形成过程中不同的生物学状态,将实验动物分为正常对照、创伤即刻、血栓形成初始期、血栓形成高峰期、血栓消退、血栓不消退和血栓不形成7组。采用Genechip Rat Genome4302.0芯片,测定股静脉RNA表达情况,运用基因芯片数据分析方法(倍数变化分析)筛选出差异性表达基因。重点分析血管内皮纤溶、凝血相关基因在两种模型中的变化和差异。结果显示:内皮细胞抗凝和纤溶功能相关基因如ThbdN、os及Plat等基因的表达变化与创伤性深静脉血栓形成关系密切。内皮细胞抗凝和纤溶功能的减弱是创伤性深静脉血栓形成的重要因素之一。这一机制在血管直接受损的急性血栓模型中更显著。     

常见革兰阳性细菌鉴定与耐药检测基因芯片的临床应用

目的利用基因芯片技术进行常见革兰阳性细菌的细菌鉴定和耐药性检测。方法用生理生化鉴定和药敏纸片法确定445份革兰阳性细菌菌株的细菌种类和耐药性,盲法进行革兰阳性细菌鉴定与耐药检测基因芯片的检测,用SPSS 10.0 for Windows软件统计分析。结果与临床常规方法相比,耐药检测基因芯片鉴定指标的灵敏度均>96%,特异度均>98%;耐药检测指标的灵敏度均>94%,特异度均>90%。χ2检验结果P值均>0.05,基因芯片检测结果与临床常用方法检测结果差异无统计学意义。Kappa值均>0.75,2种方法一致性较好。结论基因芯片技术对细菌鉴定和耐药检测有一定的临床应用价值。     

miRNA let7对小鼠脑组织基因表达谱的影响研究

目的 研究miRNA let7的分子作用机制。方法 从GEO数据库下载数据集GSE60848,该数据集包含了两对let7敲低的小鼠脑组织样本和两对正常脑组织样本。采用GEO2R工具对其进行差异基因表达分析,筛选出差异表达的候选基因,并采用DAVID在线数据库对候选基因进行GO和KEGG富集分析。采用STRING数据库构建蛋白互作网络,并采用Cyotoscape软件对其结果进行可视化处理,进一步筛选出关键基因,并构建相应调控子网络。结果 分析筛选得到77个具有显著表达差异的基因,其中68个显著上调基因,7个显著下调基因。上述差异表达的基因主要发挥免疫应答、抗原递呈、三磷酸鸟苷(GTP)酶活性、GTP连接等生物功能,并显著富集在糖代谢、细胞黏附、抗原加工提呈、吞噬小体等信号通路中。通过分析let7-mRNA调控网络,最终筛选得到发挥核心调控作用的10个关键基因。结论 let7对生物系统发挥广谱且有效的调控作用,其机制可能是通过靶向调控TRIM30A、GBP3、PARP14、IFIT2等基因来发挥生物学功能。     

深圳市城区育龄妇女HPV感染状况调查

目的：了解深圳市城区育龄妇女人乳头瘤病毒(HPV)感染的状况，为宫颈癌防治提供理论依据。方法：采用基因芯片技术对深圳市城区育龄妇女2273人进行HPV检查，并对宫颈糜烂Ⅱ度以上与宫颈轻度糜烂、宫颈光滑者的HPV各个亚型感染情况进行对比分析。结果：2273名育龄妇女中共检出HPV阳性者568名，阳性率24．9％，其中HPV-16型341人，HPV-18型27人，HPV-58型25人。在宫颈糜烂Ⅱ度以上的590人中，HPV阳性者247人，占41．86％，其中HPV-16型159人，HPV-58型及18型分别为30人及23人，还有HPV一45型及33型，均为高危亚型；在1683例轻度宫颈糜烂及宫颈光滑者中，HPV阳性者237例，占14．03％，其中HPV-16型136例、HPV-58型56例，尚可检出HPV-6型及11型等低危亚型。表明宫颈糜烂严重程度越重，HPV-16高危型检出率越高。结论：鉴于HPV-16型等高危型与宫颈糜烂发病关系密切，故积极控制HPV感染及有效治疗宫颈糜烂在宫颈癌防治中具有重要意义。基因芯片技术对HPV检测是一种敏感和特异的方法。     

基因芯片检测系统在分枝杆菌属鉴定及耐药性分析的临床应用

目的探讨基因芯片检测系统在分枝杆菌属鉴定及耐药性分析的临床应用价值,以及不同类型标本检出率的差异。方法应用基因芯片技术,对患者的痰液、脓液、胸腹水、脑脊液等标本进行分枝杆菌属DNA检测,进一步对结核分枝杆菌阳性标本进行耐药性分析。结果 900份临床样本的鉴定结果总阳性率为10.6%,洗肉水、穿刺物、脓液等阳性率较高;进一步对40份结核阳性标本进行耐利福平基因rpoB及耐异烟肼kat Gi、nhA基因检测,共有9例检测到了突变的耐药基因。结论基因芯片检测系统可以直接进行分枝杆菌属鉴定及耐药性分析,适用于不同类型标本,简便快速,灵敏度高,特异性好。     

应用基因芯片技术检测Aβ1-40诱导痴呆大鼠脑皮质差异基因的表达

目的:比较Aβ处理前后大鼠额叶皮质的基因表达谱差异,探讨β-淀粉样蛋白(Aβ)神经毒性的分子机制。方法:应用含有4200条大鼠基因的cDNA表达谱芯片对Aβ1-40诱导后的大鼠额叶皮质进行基因表达谱分析。结果:芯片杂交结果分析显示,Aβ1-40诱导组和生理盐水对照组额叶皮质间的差异表达基因共46个,包括上调基因18个,下调基因28个。Go Miner软件对差别表达基因生物学功能的分类结果显示这些基因主要与细胞信号传导、细胞增殖与生长、免疫反应、细胞粘附、离子通道和能量代谢等功能有关。结论:Aβ通过多种途径和机制触发和诱导了神经元的变性,我们的结果为进一步阐明阿尔茨海默病的分子机理提供了一些新的线索。     

TUSC3基因在胰腺癌组织中的表达

目的研究TUSC3基因在正常胰腺和胰腺癌组织中的表达水平。方法利用寡核苷酸基因芯片技术和实时定量PCR技术检测20例胰腺癌组织和6例正常胰腺组织中TUSC3基因的表达。芯片杂交结果进行Ratio值分析,实时定量PCR进一步验证杂交结果,PCR产物的定量方法采用比较Ct法。结果芯片扫描图像信号清晰,具有较低的整体背景和较高的信噪比。与正常胰腺组织相比,TUSC3基因在胰腺癌组织中表达下调,平均Ratio值为0．297±0．38。荧光定量PCR结果：TUSC3基因平均模板量在正常胰腺组织中为0．0387493±0．00965,胰腺癌组织中为0．0206028±0．00401;与正常胰腺组织相比,胰腺癌组织中TUSC3基因表达下调1．88倍（P〈0．05）。结论TUSC3基因在胰腺癌组织中表达水平明显下调,其可能机制与该基因启动子区过甲基化有关,TUSC3基因在胰腺癌发生发展中的生物学效应值得进一步研究。