7种立克次体甄别检测基因芯片方法的建立

目的：建立一种能同时检测7种立克次体的化学发光基因芯片法。方法根据NCBI公开发表的7种立克次体的序列设计引物和探针,制备立克次体甄别检测基因芯片。利用多重不对称PCR法扩增立克次体靶基因片段,标记的产物与基因芯片上的探针杂交,经清洗、化学发光显色后进行结果分析。在优化的多重PCR体系、杂交反应和化学发光检测条件下,评价芯片的特异性、灵敏度、重复性。用实时荧光PCR法与芯片法分别检测莫氏立克次体梯度稀释的核酸,比较两种方法的灵敏度。制备双盲模拟样本,进一步评价芯片方法的准确性。结果该研究共筛选出1对通用引物、4对特异性引物和1条立克次体属通用探针、9条特异性检测探针。该芯片检测质粒DNA的灵敏度为1．5×102～3×103拷贝／反应,检测模拟样本的灵敏度为103～104拷贝／μl。实时荧光PCR法与芯片法检测结果一致,实时荧光PCR法比芯片法灵敏度高10倍。双盲模拟样本检测符合率为100％。结论成功建立了可同时检测7种立克次体的化学发光基因芯片检测方法,为立克次体病的临床诊断和流行病学调查提供了一种新的高通量检测手段。     

人脑胶质瘤差异表达的基因韵获得及一条全长新基因的克隆

目的 运用基因芯片技术获取正常成人脑组织与人脑胶质瘤中差异表达的基因，并对其中一条基因进行了初步的研究。方法 抽提正常成人脑组织与人脑胶质瘤组织中的mRNA来制备探针，经杂交、洗涤后，通过计算机观察两者表达谱的差异情况，对681F05克隆子进行了Nozxhem blot，5’RACE和生物信息学分析。结果通过4次基因芯片筛选，获得15条与胶质瘤相关的新基因，经Northem blot证实681F05基因在人正常脑组织中低表达，而在人脑胶质瘤中高表达。BLASTn和BLASTx分析显示，它们编码蛋白与线虫Cyp-10蛋白同源性分别为52％和72％。cDNA序列分析发现这两上克隆是同一个基因[命名为cyclophilin-like gene(PPIL-3)]的两个不同的剪切体(PPIL3a和PPIL3b)。结论 基因芯片筛选正常脑组织与人脑胶质瘤差异表达的基因具有样品用量少，高质量，高速度。高敏感等特性。681F05基因可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因。     

胃癌顺铂耐药细胞株的建立和基因表达谱分析

目的 建立人胃癌顺铂耐药细胞株,探讨其基因表达谱与顺铂耐药的相关性.方法 采用浓度梯度递增法诱导胃癌SGC7901细胞株,建立对顺铂耐药的SGC7901/DDP细胞株.应用Affymetrix基因芯片HG-U133 Plus 2.0筛选SGC7901和SGC7901/DDP的耐药相关的差异基因.结果 建立可耐受1.0 mg/L顺铂浓度的耐药株SGC7901/DDP,耐药指数22.85.应用电镜观察其形态学变化,细胞计数法绘制生长曲线,噻唑蓝(MTT)检测检测药物敏感性,流式细胞术分析细胞周期.利用基因芯片筛选得到在耐药细胞株和敏感株中表达差异大于10倍的基因共107条,其中JNK1和JNK2为与耐药相关的明显上调基因.Western blot证实JNK的磷酸化活性形式P-JNK在耐药株中表达明显升高.SP600125抑制P-JNK表达后耐药蛋白P-gp表达明显减低.结论 高通量的基因芯片筛选得到大量有意义的与顺铂耐药相关的差异基因,P-JNK可成为逆转耐药的新的靶点.     

TUSC3基因在胰腺癌组织中的表达

目的研究TUSC3基因在正常胰腺和胰腺癌组织中的表达水平。方法利用寡核苷酸基因芯片技术和实时定量PCR技术检测20例胰腺癌组织和6例正常胰腺组织中TUSC3基因的表达。芯片杂交结果进行Ratio值分析,实时定量PCR进一步验证杂交结果,PCR产物的定量方法采用比较Ct法。结果芯片扫描图像信号清晰,具有较低的整体背景和较高的信噪比。与正常胰腺组织相比,TUSC3基因在胰腺癌组织中表达下调,平均Ratio值为0．297±0．38。荧光定量PCR结果：TUSC3基因平均模板量在正常胰腺组织中为0．0387493±0．00965,胰腺癌组织中为0．0206028±0．00401;与正常胰腺组织相比,胰腺癌组织中TUSC3基因表达下调1．88倍（P〈0．05）。结论TUSC3基因在胰腺癌组织中表达水平明显下调,其可能机制与该基因启动子区过甲基化有关,TUSC3基因在胰腺癌发生发展中的生物学效应值得进一步研究。     

MicroRNA-224在肝癌HepG2细胞中的表达及其靶基因的预测分析

目的 应用基因芯片技术研究microRNA-224在肝癌HepG2细胞中的表达,通过生物信息学预测其下游靶基因,并初步揭示其在肝癌发生过程中的作用.方法 利用基因芯片技术筛选得到和正常肝上皮LO2细胞比较差异表达的基因,通过生物信息学预测表达上调的microRNA-224的靶基凶,并对其靶基因进行功能注释.结果 与LO2细胞比较,microRNA-224在肝癌HepG2细胞中旱高表达.MicroRNA-224预测靶基因有264个,其多个基因涉及细胞周期、信号转导、细胞增殖、细胞分化和细胞凋亡等众多生物学过程.结论 MicroRNA-224在肝癌HepG2细胞中呈现高表达,可能间接或直接地调控其下游靶基因表达,在肝癌发生过程中起着重要的作用.     

胃癌和癌旁黏膜与距癌远端切缘胃黏膜基因表达谱差异的研究

目的用基因芯片技术研究胃癌 （T）和癌旁黏膜 （P）与距癌远端切缘胃黏膜 （C）基因表达谱差异,筛选与早期癌变相关的基因.方法利用国际学术界公认的标准化 Affymetrix公司生产的 U133A基因芯片分别检测 T和 P及 C基因表达谱,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析.结果 （1）T与 C比较差异 4倍以上共有 766个基因,其中表达上调 [信号比的对数值 （SLR）〉2]有 530个,表达下调 （SLR〈- 2）有 236个;（2）P与 C比较差异 4倍以上共有 64个基因,其中表达上调 （SLR 〉2）有 50个,表达下调 （SLR〈- 2）有 14 个;（3）T和 P同时与 C比较 （T、 P两者之一差异 4倍以上 ）共有 143个相同的基因,其中表达上调 （SLR 〉2）有 108个,表达下调 （SLR〈- 2）有 35个.结论癌旁黏膜在基因表达水平上显示 143个基因与胃癌表达的基因相同,提示这些基因可能与早期胃癌癌变的启动和演化有关.     

基于生物信息学方法筛选乙型肝炎病毒相关肝癌的关键基因和临床预后

目的基于基因芯片和生物信息学相关的分析方法,筛选与慢性乙型肝炎(HBV)相关肝细胞癌(HCC)发病的差异表达基因,为有HBV感染史的肝癌患者提供新的分子治疗靶点。方法本研究对来自基因表达数据库(GEO)的GSE55092和GSE121248的mRNA微阵列数据进行分析,获得HBV相关性肝癌和正常组织的差异表达基因(DEGs),利用DAVID数据库对DEGs进行了GO功能分析和KEGG通路富集分析,利用String数据库构建了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,hub基因使用Cytoscape软件进行筛选,cBioportal分析hub基因的相关性,使用GEPIA和Kaplan-Meier数据库并结合TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。结果共获得了129个DEGs,鉴定了三个hub基因,细胞周期素依赖性激酶1 (CDK1)、细胞周期蛋白B1 (CCNB1)和DNA拓扑异构酶(TOP2A)与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,并且三个基因高度相关,GEPIA数据库证实这些基因在肝癌组织中高度表达,并获得了相关的预后信息,Kaplan-Me...     

多罗清泰颗粒对人肝癌细胞株信号转导基因表达的影响

目的观察多罗清泰颗粒对人肝癌细胞株SMMC-7721信号转导基因表达的影响。方法体内抑瘤实验研究多罗清泰颗粒对小鼠肝癌移植瘤生长的影响;采用中药血清药理学方法和基因芯片技术,分析多罗清泰含药血清对人肝癌细胞株SMMC-7721信号转导基因表达的影响。结果多罗清泰颗粒能显著抑制小鼠肝癌移植瘤生长,抑制率为63%~67.8%。多罗清泰颗粒对所检测的99条信号转导基因中的68条基因表达具有显著影响,占所测基因的69%。其中,上调的基因为42条,下调的基因为36条。在多罗清泰颗粒小剂量处理组和大剂量处理组之间,SMMC-7721细胞信号转导基因表达则存在相当大的差异。结论多罗清泰颗粒能显著抑制肝癌细胞的生长,显著影响肝癌细胞信号转导基因的表达。     

苦参碱抑制人大肠癌HT29细胞增殖及诱导凋亡作用与机制

目的探讨苦参碱对人大肠癌HT29细胞增殖抑制和凋亡诱导作用及其可能机制。方法分别采用MTT法检测细胞增殖活性、流式细胞仪检测细胞周期及凋亡、透射电镜观察细胞结构变化、基因芯片检测细胞基因表达改变。结果0.0625～0.5mg/mL苦参碱处理48h后,细胞增殖明显受抑制;但1mg/mL时增殖抑制率降低而凋亡诱导作用明显增强;苦参碱对细胞G2/M和G1/S期均有阻滞作用;电镜下可见凋亡的形态学变化;基因芯片检测发现苦参碱影响细胞增殖、周期和凋亡相关基因的表达。结论苦参碱通过影响HT29细胞一些与增殖、周期和凋亡相关基因的表达发挥增殖抑制和凋亡诱导作用,且与苦参碱质量浓度相关。     

应用CSC-GE-80基因芯片筛查人子宫内膜早期异位种植的血管生长相关基因

【目的】探讨子宫内膜异位早期种植的相关基因,特别是与早期种植相关的血管生长基因。【方法】采用裸鼠人子宫内膜皮下种植的方法,建立裸鼠人子宫内膜异位症模型,在种植后14d,取出成模病灶与未种植内膜进行CSC-GE-80基因芯片筛查比较。【结果】在基因表达谱中最有显著性上调基因50个,最有显著性下调基因47个,包括生长因子和细胞因子及其受体的变化,其中生长因子受体结合蛋白10（growth factor receptor-bound protein10,Grb10）与丁酸盐反应因子1（butyrate response factor 1）中表皮生长因子（EGF-response factor 1）上调明显,下调明显胰岛素样生长因子结合蛋白7（insulin-like growth factor binding protein 7）。【结论】通过基因筛查我们初步考虑生长因子结合蛋白10（growth factor receptor-bound protein 10）有可能参与早期异位内膜的血管生长。