连翘苷D和凝血因子Xa相互作用的分子动力学模拟

目的 阐明连翘苷D(FTD)与凝血因子Xa(FXa)活性位点的动态相互作用过程,为设计新药提供参考依据.方法 利用FXa蛋白与其原始配体(RPR)的合理复合物结构作参照物,通过对接获得了FTD与FXa的复合结构.采用分子动力学方法模拟了两个复合物在水溶液中500 ps运动轨迹,考察配体与受体在动态相互作用过程中的变化过程.结果 RPR依靠氢键作用与受体S1区域和中同部保持稳定的匹配状态,以非极性的芳香基与S4区域(Tyr99、Phe174、Trp215)形成了很好的空间匹配.FTD与受体相互作用方式不同,与受体的S1区域作用较弱,相对而畜与S4区域及中间部的作用较强,导致在相互作用的过程中被受体排斥出来.结论 通过配体与受体动态相互作用模拟研究表明,作为FXa的抑制剂与受体S1区结合的部分结构应该相对刚性,能与受体形成较强的氢键,在S4区需要一定的疏水性和芳香性,在中间部分需要一定量的氢键来帮助固定配体.     

铆接于固体表面的两性聚电解质链构象的分子动力学模拟

用分子动力学模拟研究了铆接于带电固体壁面上的两性无规共聚电解质链的构型及其随溶剂的介电常数、系统温度和带电壁面电场的变化。结果表明，聚离子链的构型取决于外电场对链节的作用、链内各链节间的静电作用和链节的热运动(温度)三者的综合作用结果。电场强度较低时，铆接聚离子链与非铆接聚离子链的构型变化类似。电场强度较高时，两性聚离子链构型更为舒展。溶剂介电常数减小，链节间静电作用增强，净电荷比较小的中性或非中性两性聚电解质链倾向于收缩，净电荷比较多的链则膨胀。温度的升高一般总是抵消电场和分子内静电作用的影响，当它占主导地位时将使聚离子链膨胀。     

基于糖尿病相关靶点SWELL1-LRRC8的中药单体抑制剂虚拟筛选

目的 利用计算机辅助技术筛选糖尿病相关靶点SWELL1-LRRC8的中药成分活性结构。方法 按照类药性对中药单体进行筛选,以Autodok Vina对接筛选,在PASS中预测中药单体的糖尿病治疗活性,以Gromacs进行动力学验证。结果cnidimonal、dianthramine与关键残基R103、D102和L101同时存在作用,dianthramine有更好的PASS预测结果并且与受体结合更为稳定。结论 cnidimonal、dianthramine可能存在潜在糖尿病治疗活性。     

抗菌药物作用机制的研究方法

抗菌药物作用机制的研究方法包括形态学观察法,同位素前体参入技术,血清药理学方法,对药物、靶点及两者相互作用的结构研究,基因芯片技术,蛋白质组学等方法.药物、靶点及两者相互作用的结构研究方法主要介绍了相关的2种新技术X晶体衍射技术和分子动力学模拟技术.通过鉴定临床耐药菌株基因突变位点,寻找全新的作用靶点的方法是抗菌药物作用机制研究的新思路.     

过氧化物酶体增殖物激活受体-γ激动剂诱导契合机制的分子动力学研究

目的：研究激动剂能够使过氧化物酶体增殖物激活受体-γ（PPAR-γ）的α螺旋结构更稳定的原因以及PPAR-γ可能的活化机制。方法：利用分子动力学模拟的方法研究激动剂对PPAR—γ的仪螺旋的诱导契合效应。结果：激动剂的存在能够增加PPAR-γ中仪螺旋H2’、H3和H12（AF-2）的骨架氢键概率。结论：激动剂能够使PPAR-γ的α螺旋H2’、H3及H12（AF-2）结构更稳定,同时也影响α螺旋之间氢键的形成与断裂,而且残基侧链二面角的分布也同样能佐证上述观点。     

人朊蛋白Glu200残基突变的分子动力学研究

目的：探索Glu 200残基突变对人朊蛋白二级结构的影响。方法：从RCSB数据库下载人野生型和E200K突变型朊蛋白NMR结构,利用Desmond 9.0分子动力学软件包进行10ns分子动力学模拟。结果：E200K会使人朊蛋白α2和α3螺旋骨架氢键稳定程度下降,从而使上述两螺旋发生解旋现象。结论：人朊蛋白E200K突变会使朊蛋白本身二级结构稳定性下降,可能导致传染性海绵状脑病的发生。     

分子动力学模拟在聚合物热解中的应用

分子动力学模拟作为分子模拟的重要分支已经在化学、化工、材料、生物等领域受到了广泛的关注。介绍了分子动力学模拟的基本原理,阐述了分子动力学模拟在高分子聚合物热解反应机理研究中的应用。实例表明：在研究物质化学反应机理方面,分子动力学模拟是一种有效的研究手段。     

以c-MET为抗癌靶点的海洋小分子虚拟筛选

目的：运用计算机虚拟筛选技术和分子动力学模拟寻找海洋小分子库(SWMD)中抗癌靶点c-MET的小分子抑制剂。方法：利用schrodinger中Ligand Docking模块对海藻代谢物数据库(SWMD)和PDB网站检索的c-MET蛋白（PDB：2rfs）进行基于受体的分子对接筛选,采用对接得分前十的结果,利用Swiss ADME网站进行成药性分析。最后将最好的结果用Gromacs进行分子动力学模拟。结果：分子对接结果显示打分前十的化合物都能与蛋白有较好的结合效果和对接姿势,蛋白与化合物之间的相互作用主要以氢键作用为主。分子动力学结果显示配体能在受体的结合口袋中稳定存在,同时具备较为稳定的对接构象。结论：基于分子对接技术和分子动力学虚拟筛选潜在的抗癌靶点c-MET的小分子抑制剂,为研发抗癌海洋药物提供科学指导与理论依据。     

随机和交替聚电解质与表面活性剂分子相互作用的分子动力学模拟

采用分子动力学模拟方法研究了由带电链节与不带电的中性链节组成的交替共聚物和随机共聚物与带相反电荷表面活性剂的相互作用,考察了随机和交替共聚物中中性链节的亲、疏水性对所形成复合物的影响。结果表明,当共聚物中中性链节表现为亲水特性时,交替与随机共聚物吸附表面活性剂分子的能力差别不大,在所模拟的浓度区间内,两种聚电解质与表面活性剂均形成瓶刷结构。当中性链节表现为疏水特性时,带电链节的交替分布和随机分布不仅影响了其吸附表面活性剂的能力,也影响了复合物的最终结构。在所考察的表面活性剂浓度范围内,疏水性的随机共聚物与表面活性剂相互作用会形成较大的聚集体,而疏水性的交替共聚物与表面活性剂的作用仅能形成瓶刷结构以及较小的聚集体。