三种统计指标在IGH免疫组库分析中的应用

目的：探讨稀疏分析、Shannon-Wiener指数、Simpson指数在免疫球蛋白重链（IGH）免疫组库分析中的应用。方法：随机选取36例初诊B-ALL患者和15例健康个体，进行IGH V区片段基因扩增和高通量测序。采用稀疏分析、Shannon-Wiener指数、Simpson指数对两组标本进行免疫组库多样性分析。结果：稀疏曲线可以可视化地展示和区分两组标本IGH V区序列的多样性，患者组IGH V区序列多样性减低。Shannon-Wiener指数、Simpson指数可以用量化指标区分两组标本IGH V区序列的多样性。结论：使用上述三种统计学方法可以将IGH免疫组库的多样性可视化地展现并进行量化分析，可以作为免疫组库分析的部分量化指标。     

47例不明原因婴儿期癫癎性脑病的基因突变分析

目的 探讨不明原因婴儿期癫癎性脑病（EE）的基因突变特点。方法 以47例不明原因婴儿期EE患儿为研究对象，利用二代测序技术对所有患儿及其父母进行基因突变分析。结果 47例患儿中23例检出基因突变，其中13例为新发突变、10例为父亲或母亲存在杂合突变。23例基因突变阳性患儿中，17例检出EE相关基因突变（14例为离子通道类基因突变），2例检出先天性遗传代谢病相关基因突变，2例检出脑结构异常相关基因突变，2例检出精神智力发育迟滞相关基因突变。结论 婴儿期EE可能存在基因突变，以离子通道类基因突变为主。     

美国《Emerging Infectious Diseases》2020年第11期有关人兽共患病论文摘译

P2543关于新生儿败血症的微生物暗物质问题//Shamim A.Sinnar,Steven J.Schiff新生儿败血症(NS)每年导致75万名婴儿死亡.及时的诊断并使用与致病菌相匹配的抗菌药物能有效治疗NS,但对大多数疑似NS患儿的血液培养未能检出致病病原体.我们将这些未能被培养检出的可疑病原体称为微生物暗物质.鉴于血培养的低检出率,许多非培养基技术正在被探索用于诊断NS,包括PCR、16S扩增子测序和全基因组测序.     

PAIP1结合RNA测序及整合分析

目的分析PAIP1结合RNA的分子特征,探讨PAIP1的新功能。方法采用Illumina Xten测序平台对HeLa细胞进行建库测序,通过对PAIP1结合RNA进行整合分析,分析PAIP1结合RNA的分子特征,对PAIP1结合靶基因进行KEGG聚类分析。结果PAIP1具有广泛的RNA结合活性,结合显著富集在CDS和Intron区域;KEGG分析表明,PAIP1结合的RNA分子主要参与了焦点粘连、剪切体、RNA转运、蛋白多糖在癌症中的作用、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路。结论PAIP1具有结合RNA分子的功能,是一个新的RNA结合蛋白,可能在肿瘤的发生、发展过程中发挥作用。     

脑脊液二代测序对病毒性脑炎的诊断价值：附三例报告

病毒性脑炎是一种累及脑膜和脑实质的中枢神经系统感染性疾病，其临床表现为发热、抽搐、头痛等。因病毒性脑炎早期缺乏特异性临床症状，且病死率和致残率均较高，所以早期诊断尤为重要。本文介绍了3例采用宏基因组测序（mNGS）技术早期诊断出儿童疱疹病毒性脑炎的病例资料，相较于病毒性脑炎的传统检测方法，脑脊液二代测序能及早地做出病原学诊断，在早期诊断和指导临床治疗方面有重要的参考价值。     

现代菌种鉴定技术在药品控制菌检查中的比较

目的探索药品控制菌检查中适合的菌种鉴定方法。方法采用VITEK 2 Compact全自动微生物生化鉴定系统和3500 Micro Seq全自动微生物基因分型鉴定系统,对控制菌检查中常见的32株菌进行生化反应鉴定和16S r DNA测序鉴定,并对鉴定结果为沙门菌的菌株进行血清分型。结果 2种方法鉴定结果基本一致,部分菌株生化反应鉴定只能至属,而16S r DNA测序可以鉴定至种甚至亚种水平,沙门菌的分型需采用血清学鉴定。结论药品控制菌检查可结合16S r DNA测序和生化鉴定,选择不同控制菌适合的鉴定方法。     

慢性乙型肝炎与肝硬化患者乙型肝炎病毒S蛋白变异分析

目的探讨慢性乙型肝炎(CHB)患者、肝硬化患者乙型肝炎病毒(HBV)S蛋白变异的差异及其临床意义。方法选取CHB患者114例,其中慢性HBV携带者41例(慢性HBV携带组)、非活动性乙型肝炎表面抗原(HBsAg)携带者38例(非活动性HBsAg携带组)、肝硬化组35例(肝硬化组)。采用测序法检测所有对象的HBV S蛋白基因序列。结果慢性HBV携带组、非活动性HBsAg携带组与肝硬化组之间年龄和HBV DNA载量差异均有统计学意义(P0.01),性别及HBV基因型差异均无统计学意义(P0.05)。肝硬化组HBV S蛋白总体变异率明显高于非活动性HBsAg携带组和慢性HBV携带组(P0.05、P0.01)。慢性HBV携带组、非活动性HBsAg携带组与肝硬化组S蛋白的主要亲水区(MHR)外变异率及细胞毒T淋巴细胞(CTL)+辅助性T淋巴细胞(Th)免疫表位区变异率依次升高(P0.01)。3组之间S蛋白的MHR及位于MHR内的"a"决定簇、LOOP1和LOOP2的变异率差异均无统计学意义(P0.05),MHR外的非免疫表位区变异率差异亦无统计学意义(P0.05)。慢性HBV携带组中有1例患者同时出现MHR外Th免疫表位区、CTL免疫表位区和非免疫表位区3个位点变异,1例患者出现MHR与MHR外Th免疫表位区2个位点变异,其他患者均为单点变异,且MHR外CTL+Th免疫表位区与非免疫表位区变异率相当,呈随机分布。非活动性HBsAg携带组有5例(13.15%)患者出现2个位点以上的变异,肝硬化组有9例(25.71%)患者出现2个位点以上的变异,且2个组的变异位点集中于MHR外CTL+Th免疫表位区。结论 HBV S蛋白MHR外,尤其是MHR外CTL+Th免疫表位区变异不仅与HBeAg阴性血清学状态相关,也与肝硬化相关。     

新生儿血型鉴定困难的探讨

目的探讨分析疑似B亚型的ABO溶血新生儿的血型。方法对患儿进行新生儿溶血病检测,对患儿ABO血型进行血清学鉴定和基因检测。结果 ABO血型血清学鉴定疑似B3,基因检测结果为B101/O01基因型。结论新生儿ABO血型鉴定困难时可以通过基因检测技术来进一步确认,待年龄到一周岁以后复查血型来验证为佳。     

322例急性髓系白血病分子遗传学分型特征的研究

目的分析急性髓系白血病(AML)患者的染色体及基因改变情况,并对其进行基因分型。方法对2017年5月至2018年12月于该院就诊的322例初诊AML患者的骨髓细胞进行染色体、荧光定量PCR和二代测序检测。用WHO 2016髓系白血病分型系统和NEJM 2016文献定义的标准对其进行基因分型。结果322例AML患者中,95.7%的患者检测到遗传学或分子学改变;FLT3、NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA双突变为最常见的5种基因改变;58.7%的AML可被分到WHO 2016定义的基因型中,77.8%的AML可被分到NEJM 2016定义的基因类型中,差异有统计学意义(P0.05)。结论结合染色体和基因检测结果,依据现有的国际统一的WHO疾病分型标准,超过半数的AML可被划分到一个独立的基因型;依据NEJM 2016的研究结果,更多的患者可以被划分到一个独立的基因型。     

基于全基因组测序的耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌耐药基因、毒力因子及同源性分析

摘要：目的 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不 动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月 重症监护病房(Intensive care unit, ICU)、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株，通过二代测序平台进行全基因组测序, 应用 基因组流行病学中心(Center for genomic epidemiology, CGE)ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型，并应用MORPHEUS在线制作 热图，应用毒力因子数据库(virulence factors of pathogenic bacteria, VFDB)VFanalyzer软件筛选毒力因子，应用MLST软件检测菌 株的ST型，应用Kaptive软件检测荚膜型，应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树(maximum likelihood tree, MLT)以分析其同源性。结果 11株CRAB对亚胺培南、美罗培南、头孢菌素、环丙沙星均呈现耐药，而对阿米卡星、左氧 氟沙星耐药的菌株株数较少。11株CRAB共检测出18种耐药基因，11株同时携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66，β-内酰 胺酶耐药基因以blaTEM-1D和blaADC-25为主，大部分菌株携带多种外排泵相关耐药基因及抗菌药物修饰酶耐药基因。11株CRAB均携 带多种毒力因子，包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶和效应蛋白等，如OmpA、Lps、Csu、Pga、Ade、Plc、 Bas、Bau、Ent、Hem、Aba、Bfm、Pbp和Kat等。11株CRAB均为ST2-K22型，同源性分析结果显示C组内同源性关系相近，存 在院内传播的可能。结论 该院CRAB的耐药性、毒力特征复杂多样，同源性分析显示该院存在1种优势克隆株，该克隆株有医 院内传播的风险。