Genomic and comparative genomic analyses of Rickettsia heilongjiangensis provide insight into its evolution and pathogenesis

Rickettsia heilongjiangensis, the causative agent of far eastern spotted fever, is an obligate intracellular gram-negative bacterium that belongs to the spotted fever group rickettsiae. To understand the evolution and pathogenesis of R. heilongjiangensis, we analyzed its genome and compared it with other rickettsial genomes available in GenBank. The R. heilongjiangensis chromosome contains 1333 genes, including 1297 protein coding genes and 36 RNA coding genes. The genome also contains 121 pseudogenes, 54 insertion sequences, and 39 tandem repeats. Sixteen genes encoding the major components of the type IV secretion systems were identified in the R. heilongjiangensis genome. In total, 37 β-barrel outer membrane proteins were predicted in the genome, eight of which have been previously confirmed to be outer membrane proteins. In addition, 266 potential virulence factor genes, seven partially deleted antibiotic resistance genes, and a genomic island were identified in the genome. The codon usage in the genome is compatible with its low GC content, and the amino acid usage shows apparent bias. A comparative genomic analysis showed that R. heilongjiangensis and R. japonica share one unique fragment that may be a target sequence for a diagnostic assay. The orthologs of 37 genes of R. heilongjiangensis were found in pathogenic R. rickettsii str. Sheila Smith but not in non-pathogenic R. rickettsii str. Iowa, which may explain why R. heilongjiangensis is pathogenic. Pan-genome analysis showed that R. heilongjiangensis and 42 other rickettsiae strains share 693 core genes with a pan-genome size of 4837 genes. The pan-genome-based phylogeny showed that R. heilongjiangensis was closely related to R. japonica.     

114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型研究

目的 了解HIV/MTB双重感染病例中结核分枝杆菌基因型构成情况以及北京家族基因型菌株所占的比例,为HIV/MTB双重感染病例结核病预防控制提供分子流行病学依据。方法 收集HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌临床分离株114株,利用间隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术对所收集的临床分离株进行分型研究,分析HIV/MTB双重感染病例中结核分枝杆菌基因型构成情况及主要流行型。结果 114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌成2个大的基因家族,即北京家族(Beijing Family)和非北京家族(non-Beijing Family),分别占66.7%(76/114)和33.3%(38/114),共30种基因型。其中,非北京家族包括T家族共18株,H家族共5株,EAI5基因家族1株,CAS1_DEHLI基因家族1株及12种在数据库中没有对应基因家族或没有匹配的结果的新基因型13株。结论 HIV/MTB双重感染病例中,结核分枝杆菌基因型呈明显的多态性,北京家族基因型菌株仍为HIV/MTB双重感染病例中结核分枝杆菌主要流行菌株。     

2010年和2015年江西省恶性肿瘤疾病负担研究

目的 分析比较2010年和2015年江西省恶性肿瘤的疾病负担。方法 从2015年中国分省份疾病负担研究中选取江西省恶性肿瘤的发病数、死亡数、过早死亡损失寿命年（years of life lost,YLL）、伤残损失寿命年（years lived with disability,YLD）和伤残调整寿命年（disability-adjusted life year,DALY）等数据资料,使用2010年全国人口普查数据作为标准人口,计算标化发病率、死亡率、YLL率、YLD率和DALY率,以此评价该省恶性肿瘤疾病负担的变化情况。结果 2015年江西省恶性肿瘤的总体发病数、死亡数、YLL、YLD和DALY高于2010年,且男性>女性,但标化发病率下降了3.25%、标化死亡率下降了8.42%、标化DALY率下降了8.64%。2010年和2015年,YLL/DALY为97.78%和97.58%;2010年和2015年,≥ 50岁人群标化DALY率分别占总体的88.19%和88.14%;2010年和2015年标化DALY率前五位的恶性肿瘤均为肺癌、肝癌、胃癌、结直肠癌和白血病。结论 江西省2015年的恶性肿瘤疾病负担相比2010年有所下降但仍维持在较高水平,应重点做好男性和≥ 50岁人群肺癌、肝癌、胃癌、结直肠癌和白血病的防治工作。     

2016年江西省监测地区居民去死因期望寿命分析

目的 了解各类死因对江西省国家级死因监测地区(以下简称国家点)居民期望寿命的影响,为制定疾病防治策略提供依据。方法 利用2016年江西省国家点全死因登记资料,计算期望寿命、去死因期望寿命及寿命损失年数。结果 2016年江西省国家点居民粗死亡率为570.31/10 万,平均期望寿命78.59岁,女性高于男性5.56岁,城市高于农村1.04岁。导致寿命损失的前4大类疾病是循环系统疾病、恶性肿瘤、呼吸系统疾病和伤害,去除后期望寿命男性可分别增长6.48岁、2.79岁、1.82岁、1.58岁,女性可分别增长8.95岁、1.76岁、1.97岁、0.91岁。循环系统疾病中主要是脑血管病、心脏病,去除后男性分别增长2.57岁、2.11岁,女性分别增长2.97岁、2.82岁,呼吸系统疾病中主要是慢性下呼吸道疾病,去除后男性增长1.32岁,女性增长1.72岁,恶性肿瘤中前2位是肺癌、肝癌,去除后男性分别增长0.82岁、0.64岁,女性分别增长0.35岁、0.23岁。结论 心脑血管疾病、慢性下呼吸道疾病及以肺癌为首的恶性肿瘤等慢性非传染性疾病是造成江西省国家点居民期望寿命减少的主要疾病,需针对不同人群,采取有效的防治策略。     

江西省居民主要膳食镉暴露风险的初步评估

目的 了解江西省主要食品中镉含量状况,对居民膳食镉暴露量及其引起的健康风险进行评估。方法 对江西省11类食品中的镉含量进行统计分析,结合居民膳食营养与健康状况调查数据,参考镉的暂定每月可耐受摄入量（PTMI）,对居民日常膳食镉暴露量进行评估,同时应用美国环保署（USEPA）的健康风险模型评价其安全性。结果 江西省11类食品中镉平均含量为0.00027~0.36mg/kg,总检出率和超标率分别为63.5%和1.68%,超标样品主要是动物肾脏、淡水蟹和大米;江西省居民膳食镉的月平均暴露量和偏高暴露量分别为0.021和0.054mg/kg·BW,分别占PTMI的84%和216%,镉暴露的来源主要是大米和蔬菜,二类食品的贡献率占到85.5%;应用USEPA模型评价,以平均暴露量引起的健康风险值略高于国际辐射防护委员会的推荐标准,但低于USEPA致癌风险评价指南推荐值,而高暴露人群的健康风险较高。结论 江西省大部分市售食品镉含量较低,大部分居民通过日常膳食摄入的镉基本上处于可接受水平,但高摄入量人群仍存在一定的健康风险,应引起重视。     

Evaluation of the protective efficacy of four newly identified surface proteins of Erysipelothrix rhusiopathiae

Erysipelothrix rhusiopathiae is the causative agent of animal erysipelas and human erysipeloid. Bacterial surface proteins are promising vaccine candidates. We recently identified 3 E. rhusiopathiae surface proteins (GAPDH, HP0728, and HP1472) and characterized their roles as virulence factors. However, their efficacy as protective antigens is still unknown. The N-terminal region of a previously identified surface protein, CbpB (CbpB-N), is speculated to be a protective antigen, but this needs to be verified. The aim of this study was to evaluate the protective efficacy of GAPDH, HP0728, HP1472, and CbpB-N. Immunization with recombinant GAPDH provided complete protection in a mouse model, recombinant CbpB-N provided partial protection, while recombinant HP0728 and HP1472 provided no protection. Recombinant GAPDH also provided good protection in a pig model. GAPDH antiserum exhibited significant blood bactericidal activity against E. rhusiopathiae. In conclusion, GAPDH and CbpB-N were found to be protective antigens of E. rhusiopathiae, and GAPDH is a promising vaccine candidate.     

江西省537份鼠肺标本中大别山病毒的检测及基因特征分析

目的 了解江西省大别山病毒的基因特征。方法 对2017年收集的经直接免疫荧光法检测为汉坦病毒阳性的鼠肺标本进行汉坦病毒全S和部分M基因片段RT - PCR扩增,对扩增产物进行TA克隆和测序,运用DNAstar 软件对获得的序列进行分析。结果 2017年共收集鼠肺标本537份,直接免疫荧光法检出14份汉坦病毒阳性,对其中的6份进行RT - PCR扩增。经序列分析表明,有2株（GAXW19/2017、GAXW20/2017）为大别山病毒。获得的GAXW19/2017、GAXW20/2017全S基因和部分M基因核苷酸同源性均为100%。S基因全长1 725 bp,编码429个氨基酸。全S基因与大别山病毒NC167株核苷酸同源性88.6%、氨基酸同源性为98.4%,部分M基因与NC167株核苷酸同源性86.4%, 氨基酸同源性分别为99.0%;与其他型别汉坦病毒比较,S和部分M基因核苷酸同源性均小于80%,氨基酸同源性均小于93%。在汉坦病毒S和M基因进化树上,GAXW19/2017、GAXW20/2017均分布在大别山病毒分支且独立分支。结论 GAXW19/2017、GAXW20/2017为大别山病毒,首次在江西省鼠肺样本中发现大别山病毒。     

应用自回归移动平均模型预测分析江西省流行性腮腺炎的发病趋势

目的 应用自回归移动平均模型（ARIMA）预测分析江西省流行性腮腺炎的发病趋势。方法 利用ARIMA对江西省2015-2019年每月流行性腮腺炎报告发病数进行建模,预测12个月的发病数,并与2020、2021、2022年报告发病数进行比较分析。结果 最优模型为ARIMA（0,2,1）（1,2,0）₁₂。预测发病数显著高于2020、2021、2022年报告发病数。2020、2021、2022年流行性腮腺炎报告发病数较预测发病数分别减少54.02%、63.40%、66.09%。结论 2020-2022年江西省流行性腮腺炎报告发病数明显低于预测发病数,考虑与非药物干预措施、免疫策略的改变等有关,建议进一步加强流行性腮腺炎监测,以更好应对流行性腮腺炎疫情。     

南昌市596例艾滋病自愿咨询检测情况分析

目的了解南昌市疾病预防控制中心艾滋病自愿咨询检测(VCT)机构服务人群现状,为本市制定下一阶段艾滋病防控工作提供指导意见。方法对596例艾滋病自愿咨询检测者的人口学状况、求询原因、危险行为等进行统计学分析。结果 596例求询者95.6%接受了HIV抗体检测,检出阳性数23例,HIV感染检出率4.04%;求询者男女性别比为2.8:1;年龄主要集中在18～45岁的青壮年,占86.2%;大专及以上高学历在求询者中占53.7%;求询原因中高危性行为占64.4%。结论南昌地区艾滋病的传播以性传播为主,对暗娼、男男性接触者(MSM)及文化程度较低的流动人口等重点人群有针对性地开展宣传教育将是今后工作的重点。