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新基因LRP15的功能预测及其编码蛋白定位 总被引:5,自引:1,他引:5
目的:确定白血病复发相关新基因LRP15编码蛋白的亚细胞定位,利用生物信息学探索网上预测基因功能的新方法。方法:以人类基因组资源(HGR)数据库为基础,进行LRPl5启动子区特征分析。在Prosite数据库中进行有生物学意义的保守性氨基酸修饰位点搜索。通过RPS-BLAST程序预测其蛋白质结构及功能。以增强绿色荧光蛋白(EGFP)为报告基因,利用激光共聚焦显微镜等实验方法验证生物信息学的分析结果。结果:LRP15编码蛋白含有cAMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点及酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,其N端有一个富含亮氨酸重复序列,定位于细胞核内。结论:生物信息学是预测基因功能的有效方法;利用EGFP可以将LRPl5蛋白定位于细胞核内;LRPl5基因可能是一个参与细胞发育调控的新基因。 相似文献
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新的白血病复发相关候选基因LRP15全长cDNA的克隆 总被引:8,自引:3,他引:8
为了克隆与白血病复发相关的新基因(LRP15)的全长cDNA序列,应用分子生物学及生物信息学技术对一段已知仅在白血病复发标本中被甲基化的1.8kb长的DNA片段进行研究分析,通过美国生物信息中心(NCBI)提供的hEST数据库进行电子杂交,并对获得的相互重叠的EST片段进行组装,设计引物进行cDNA末端快速扩增(RACE)。以高通量基因组序列(HTGS)数据库及SAGE库为基础,将获得的cDNA片段进行染色体定位及组织表达分析。结果表明,LRP15基因的cDNA序列全长1718bp,含1个780bp的开放读码框架,编码259个氨基酸。该基因定位于染色体3p24,在多种组织中表达。结论:RACE技术是克隆新基因的有效方法,LRP15可能是一个与细胞恶变及白血病复发相关的候选基因。 相似文献
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LRP15基因启动子区甲基化与其表达的关系 总被引:4,自引:0,他引:4
为了研究LRP15基因启动子区的甲基化状况及其与基因表达的关系,探讨LRP15基因的甲基化调控机制,采用甲基化特异性聚合酶链反应(MS—PCR)检测LRP15基因启动子区的甲基化状况,应用甲基化抑制剂-杂氮-2’-脱氧胞嘧啶(CdR)及去乙酰化酶抑制刑曲古抑菌素(TSA)诱导CpG岛去甲基化及组蛋白乙酰化,观察启动子区CpG岛甲基化与基因表达的关系。结果显示:白血病细胞系K562中LRP15基因启动子区呈高甲基化状态,并抑制了该基因的表达。单独应用或联合TSA应用CdR均可去除该基因启动子区的高甲基化状态,并诱导该基因的表达。这表明LRP15基因的表达受到启动子区甲基化的调控;该基因在K562细胞系中不表达与其启动子区高甲基化及组蛋白去乙酰化密切相关。结论:甲基转移酶抑制剂与去乙酰化酶抑制剂在白血病治疗中可能具有一定的价值。 相似文献
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LRP16基因启动子活性分析 总被引:8,自引:5,他引:8
本研究的目的在于分析LRP16基因不同启动子区域的活性,为深入研究LRP16基因的表达调控机制奠定基础。在NCBI的人类基因组数据库中截取并下载LRP16基因转录起始位点5侧翼区2.7kb的基因组序列,设计PCR引物,从健康外周血单个核细胞中克隆和亚克隆了LRP16基因的启动子分子。对各个长度相差400bp左右的亚克隆启动子片段调控荧光素酶表达的作用强度进行比较分析。结果获得了与GeneBank序列一致、长度为2.6kb的LRP16基因启动子DNA序列,其主要调控序列在LRP16基因转录起始位点5侧翼区的-200至-600bp。结论:LRP16基因启动子是一个典型的Ⅱ型启动子,其启动子活性在-200至-600bp区域最强。 相似文献
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去甲基化和组蛋白去乙酰化转移酶抑制剂对K562细胞增殖和肿瘤相关基因表达的影响 总被引:2,自引:0,他引:2
为观察去甲基化和组蛋白乙酰化对白血病细胞系K562增殖及肿瘤相关基因表达的影响,本研究将处于对数生长期的K562细胞系与5-杂氮脱氧胞嘧啶(DAC)和组蛋白去乙酰化转移酶抑制剂一曲古抑菌素(trichostatin,TSA)共同培养,观察细胞生长指数并利用流式细胞术检测细胞周期变化;利用Atlas7742—1基因芯片筛查给药前后的基因表达差异。结果表明,DAC和TSA的联合应用能够抑制K562细胞的增殖,使大多数细胞阻滞在G0期,并促进多个基因的表达上调及少数基因表达下调。结论:去甲基化药物及组蛋白去乙酰化转移酶抑制剂联合应用具有抗白血病作用,与基因芯片联合应用可以用来筛查白血病抑癌候选基因。 相似文献
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<正>原发性肝癌(primary liver carcinoma,PLC)是我国最常见的恶性肿瘤之一,在我国其死亡率为20.37/10万,占恶性肿瘤死亡率的第2位,PLC一旦临床确诊,80%以上属中晚期而失去手术切除机会, 相似文献
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DNA甲基化与白血病的研究进展 总被引:1,自引:0,他引:1
DNA异常甲基化是人类肿瘤中最常见的基因变化之一,它在白血病发生、发展中对基因表达调控、基因结构的稳定等方面发挥重要作用。白血病去甲基化治疗是建立在白血病甲基化研究基础上,是一种作用机理不同于传统化疗药物的新方法,它对复发及耐药白血病有一定疗效。本文就近年来在DNA甲基化与白血病发生的关系及白血病去甲基化治疗方面的研究进展作一综述。 相似文献
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目的 探讨定量测定配对盒家族基因1(PAX1)甲基化水平在宫颈癌筛查中的意义。方法 收集正常宫颈组织20例、宫颈上皮内瘤变Ⅰ(CINⅠ)组织15例、CINⅡ组织16例、CINⅢ组织19例和宫颈癌组织22例。采用甲基化特异性实时定量聚合酶链反应(QMSP)定量检测不同宫颈组织中PAX1甲基化水平,甲基化特异性PCR(MS-PCR)检测宫颈癌组织PAX1基因区域甲基化情况,并同时行第2代杂交捕获 人乳头瘤病毒 DNA(HC2-HPV-DNA)检测。采用受试者工作特征曲线(ROC)比较两者对宫颈癌的诊断效率。甲基化率通过甲基化指数(PMR)进行指标量化。结果 宫颈癌组织的PMR为(75.27±30.61)%,显著高于CIN Ⅲ的(12.90±10.80)%和其他良性病变及正常组织(P<0.001)。QMSP 检测PAX1甲基化的ROC曲线下面积(AUC)、灵敏度和特异度分别为0.98、100.0%和84.3%,优于HC2-HPV-DNA检测的0.82、100.0%和52.5%,差异有统计学意义(P<0.001)。MS-PCR检测结果显示,在癌组织原发灶、转移性癌组织、毗邻原发灶的正常组织和距原发灶边缘>3cm的正常组织中,PAX1的甲基化率分别为95.0%(19/20)、100.0%(4/4)、70.0%(14/20)和35.0%(7/20),组间比较差异有统计学意义(P<0.001)。结论 QMSP方法定量检测PAX1的甲基化具有极高的灵敏度,且其特异度超过目前常用的HC2-HPV-DNA检测方法,在临床筛查和宫颈癌的早期诊断中可能具有潜在的应用价值。 相似文献
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