牛分枝杆菌感染巨噬细胞（THP-1）全基因表达谱变化的研究

目的分析可用于牛结核病免疫学诊断的后选靶标,同时初步探讨由牛分枝杆菌（Mycobacterium bovis）引起人结核病的免疫学发病机制。方法牛分枝杆菌（AF2212／97）和结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis（H37Rv））感染人的模式巨噬细胞（THP-1）,采用含有22000个基因全长的基因芯片分析感染72个小时后的THP-1细胞全基因组在转录水平的表达谱变化。在确定所分析的芯片的特异性和稳定性均达到要求的基础上,通过GO显著性统计分析,研究表达变化的基因所对应蛋白的分子功能、生物过程以及细胞组分;进一步采用Pathway显著性统计分析,研究表达差异蛋白之间的相互作用。结果感染H37Rv后的THP-1细胞,存在290个差异基因表达,其中170个上调表达,120个下调表达,与以往的结果类似。牛分枝杆菌感染的THP-1细胞中有1899（8．6％）个基因差异表达,其中1075个基因被上调表达（56．6％）,其它43．4％被下调。1899个基因中1674个在GenBank有记录,263个是新基因,基质金属蛋白酶12（H200000442）被上调达60．4921倍;下调幅度最大的蛋白丝氨酸／半胱氨酸抑制酶（H200006177）被下调6．29倍。采用GO分析发现,这些基因对应的多为炎症因子蛋白、凋亡蛋白、细胞外基质蛋白、T细胞受体信号通路相关蛋白等。其中与炎症相关的的蛋白有47个,如TNF、IL8、CXCL3、CCL8、CCL7、IFNK、IL-26、CCL28等。随后的Pathway分析差异表达基因对应的2014个蛋白,展示了一系列引起结核病发病的重要信号传导通路。结论基因表达谱研究可为牛结核病发病机制及其诊断研究提供大量有益的生物学信息。     

细菌中非编码小RNA的研究进展

非编码小RNA（small non—coding RNA,sRNA）,sRNA广泛存在于从细菌到高等哺乳动物的各种生物体中,长度大约在50～250bp范围内。sRNA虽然不合有任何的开放阅读框（ORF）,但是在调节基因表达方面却发挥了重要作用。2002年12月20日,Science杂志将“Small RNA＆RNAi”评为2002年度的最耀眼的明星^[1]!同时,Nature杂志亦将Small RNA评为年度重大科技成就之一^[2]。sRNA研究的突破性进展,是生物医学领域近20年来,可与人类基因组计划相提并论的最重大成果之一。     

11种结核分枝杆菌抗原皮肤试验反应效果评价

目的 评估11种结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)抗原用于MTB致敏后豚鼠皮肤试验反应的效果。方法 选取18只无特定病原体(specific pathogen free,SPF)级豚鼠(雌性,体质量250~300g),按接种剂量分为高(5μg)、中(0.5μg)、低(0.1μg)3组,每组6只。采用MTB标准株(H37Rv,ATCC27294)致敏豚鼠,致敏成功后豚鼠背部去毛皮内注射结核菌素纯蛋白衍生物(TB-PPD)、重组结核杆菌融合蛋白(EC)和11种MTB抗原(包括重组抗原Rv3872、MPT64、Rv1985c、Rv0222、Rv3117、Rv3120、Rv2346c、Rv3619c、Rv3425、Rv1738和Rv2626c),各0.1ml。分别于注射24h和48h后观察皮肤试验反应,测量硬结平均直径[(横径+纵径)/2],以硬结平均直径≥5mm为阳性。分析11种MTB抗原皮肤试验反应与TB-PPD 和EC的差异。结果 抗原注射24h后,剂量为5μg时Rv3120、Rv3619c的皮肤试验反应阳性率分别为9/9和8/9;剂量为0.5μg时EC、MPT64的皮肤试验反应均为阳性。TB-PPD(5IU)及EC(0.5μg剂量)、MPT64(0.5μg剂量)、Rv3120(5μg剂量)和Rv3619c(5μg剂量)皮肤试验反应24h硬结平均直径[中位数(四分位数)]均大于反应48h[硬结平均直径分别为:9.00(7.00,11.00)mm 和6.50(5.50,8.25)mm、13.00(12.75,14.25)mm和9.00(8.00,9.75)mm、9.50(8.50,12.50)mm和8.50(5.50,9.50)mm、8.50(6.25,9.25)mm和5.00(0.00,5.50)mm、6.50(5.50,8.25)mm和3.50(1.50,4.75)mm],差异均有统计学意义(Z值分别为-2.494、-2.677、-2.207、-2.673、-2.670;P值分别为0.013、0.007、0.027、0.008、0.008)。皮肤试验反应24h时,MPT64(0.5μg剂量)、Rv3120(5μg剂量)和Rv3619c(5μg剂量)与TB-PPD(5IU)硬结平均直径接近,差异均无统计学意义(H值分别为-0.496、0.819和1.714,P值分别为1.000、1.000和0.865);MPT64(0.5μg剂量)与EC(0.5μg剂量)皮肤试验反应情况接近,差异无统计学意义(H=2.288, P=0.221);Rv3120(5μg剂量)和Rv3619c(5μg剂量)硬结平均直径均小于EC(0.5μg剂量),差异均有统计学意义(H值分别为3.795和4.690,P值分别为0.001和0.000)。 结论 MPT64(0.5μg剂量)和Rv3120(5μg剂量)的豚鼠皮肤试验效果相对较好,对于结核病诊断具有潜在应用价值。     

新一代微测序基因芯片的设计及其耐药性检测效果的初步研究

目的 设计和评价微测序基因芯片检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的价值。方法 于北京结核病临床数据和样本资源库选取MTB实验室标准菌株(H37Rv)和109株MTB临床分离株,采用绝对浓度法进行表型药物敏感性试验(简称“表型药敏试验”)和基因测序法检测MTB耐药相关基因突变(包括inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)。以荧光标记探针为基本检测原理设计制备微测序基因芯片,检测109株MTB临床分离株耐药基因突变,分析微测序基因芯片的检测效能。结果 通过表型药敏试验及基因测序检测,明确了109株MTB临床分离株耐药相关基因(inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)突变位点及突变形式。微测序耐药检测基因芯片初期设计包含了katG、inhA、rpoB、gyrA、embB、rpsL、rrs和eis基因的目前已报道的所有突变位点的全部已知突变形式,共计220条探针,并确认出67条优秀探针。采用包含67条探针的微测序耐药检测基因芯片对109株MTB临床分离株进行检测。结果发现,与测序结果相比,除检测embB基因突变的2条探针外,其余65条探针检测碱基突变形式的符合率均超过95%,其中42条探针检测的符合率达到100.00%。以测序结果为参照标准,基因芯片检测对embB基因、gyrA基因、inhA基因、katG基因、rpoB基因、rpsL基因、eis基因和rrs基因突变检测的敏感度分别为64.21%(61/95)、80.00%(8/10)、95.83%(23/24)、98.55%(68/69)、92.63%(88/95)、93.85%(61/65)、75.00%(3/4)和94.44%(17/18);特异度分别为92.86%(13/14)、100.00%(99/99)、97.65%(83/85)、87.50%(35/40)、85.71%(12/14)、63.64%(28/44)、100.00%(105/105)和98.90%(90/91);Kappa值分别为0.29、0.88、0.92、0.88、0.68、0.60、0.85、0.93。结论 本研究研发设计了一套包含67条探针微测序耐药基因检测芯片,经过初步验证后证明其检测MTB耐药相关基因突变的效能较好,对embB基因的耐药检测探针还需进一步优化,使之更好的满足临床需求。     

观察改良的药物敏感性检测法对检出耐药结核分枝杆菌的影响

目的利用经改良的最低抑菌浓度法（IMIC）检测结核分枝杆菌临床分离株对异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素和氧氟沙星的药物敏感性,观察其对耐药结核分枝杆菌检出的影响。方法利用改良的最低抑菌浓度法检测135株临床分离株对INH、RFP、EMB、SM及OFLX的敏感性。结果在相同的药物浓度中,与接种1×10^5/ml菌量的试验管相比135株接种1×10^7/ml活菌数的试管中有68.89%的结果与之相同,有31.1%的结果与之不相同。判断结果由阴性转阳性的标本共有20株,（其中耐RFP的1株、耐INH的3株、耐OFLX的3株、耐EMB的5株以及耐SM的8株）约占135株受试菌株总数的14.8%。结论利用改良的最低抑菌浓度法可发现潜在的耐药结核病患者,提高耐药菌的检出率。     

结核分枝杆菌黏附素HBHA在结核病免疫学诊断中的应用

目的 探讨结核分枝杆菌肝素结合血凝黏附素(Heparin-binding haemagglutinin adhesin,HBHA)在结核病免疫诊断方面的应用价值.方法 将在苏通培养基中培养至稳定期的卡介苗菌株(BCG)菌体超声裂解,离心后取上清并通过CL-6B层析柱,利用含0～500 mmol/L氯化钠的磷酸盐缓冲溶液(PBS)进行梯度洗脱后获得天然HBHA.以BCG基因组为模板PCR扩增结核分枝杆菌hbha基因片段,质粒pET-32a为载体,大肠杆菌作为宿主菌制备原核表达的HBHA重组蛋白.以纯化的天然HBHA蛋白和原核表达的HBHA蛋白为包被抗原,分别对肺结核组、肺外结核组、PPD阳性和PPD阴性健康对照组各47例血清通过ELISA方法检测抗HBHA的抗体水平.应用SPSS 11.5统计软件对各研究组数据进行方差齐性检验,然后进行t检验,并计算各研究组的敏感度和特异度.结果 含有375 mmol/L氯化钠的PBS洗脱液可以洗脱获得较纯的天然HBHA蛋白.利用重组HBHA所带的组氨酸标签进行特异分离、纯化.ELISA检测结果表明天然HBHA蛋白和重组HBHA蛋白、PPD阳性和PPD阴性健康对照组之间血清抗体水平差异不明显.肺结核组与肺外结核组的血清抗体ELISA检测的吸光度值在散点图中分布有明显差异,肺结核组吸光度值集中分布在0.30～0.40之间,肺外结核组吸光度值分布在0.35～0.45之间,经统计学检验结果差异具有统计学意义(t=12.224,P＜0.05).结核组(肺结核和肺外结核)与对照组(PPD阴性,PPD阳性)吸光度值分布具有显著不同,对照组全部小于0.30,结核组吸光度值则集中分布于0.30～0.45之间.经统计学检验(t=25.909,P＜0.05)血清抗体水平具有显著性差异.结论 结核分枝杆菌黏附素HBHA在结核病免疫学诊断的应用中具有较好的特异度和敏感度,有望用于结核病、尤其是肺外结核病的实验室辅助诊断.     

适用于结核分枝杆菌微测序耐药基因芯片的多重PCR体系的优化与评价

目的优化结核分枝杆菌耐药相关基因多重PCR反应体系并评估其优缺点。方法利用改进的方法提取结核分枝杆菌基因组DNA,优化适合扩增rpoB,katG,mabA/inhA,pncA,embB,gyrA,rpsL,rrs和eis耐药基因片段的多重PCR体系,经测序确定所扩增出的基因片段,计算PCR操作过程所用的时间和材料成本等,分析多重PCR反应体系存在的优缺点。结果经过优化煺火温度、引物浓度以及添加NH 4^+和二甲基亚砜可以较好的扩增出5重和4重PCR产物,达到两管同时扩增9个结核分枝杆菌耐药相关基因的目的。利用该条件可以扩增出全部培养出的135株菌株DNA样本和80.56%的痰菌DNA样本,并且可以缩短PCR操作时间、降低试剂耗材成本,减少操作失误。结论优化的两管多重PCR法在同时扩增9个结核分枝杆菌耐药相关基因,具有明显的优势,具有良好的实用价值。     

结核分枝杆菌thyA基因突变与对氨基水杨酸钠耐药关系的研究

目的 了解Mtb临床分离菌株中对于对氨基水杨酸钠（PAS）的耐药率及PAS耐药性与thyA基因突变的关系。 方法 从肺结核患者的痰标本中分离并鉴定Mtb 96株,采用比例法、全基因测序的方法检测上述Mtb临床菌株对PAS的耐药性情况及其thyA基因突变情况。结果 96株Mtb中,65株为PAS敏感菌株和31株为PAS耐药菌株。以Mtb标准菌株H37Rv为对照,筛选敏感和耐药菌株中的thyA基因突变率分别是46.15%（30/65）、70.97%（22/31）,突变多为单个碱基的缺失和插入突变,其中又以第19位密码子缺失C、第168位密码子缺失C为主,在耐药中所占比率分别是54.84%（17/31）、25.81%（8/31）,其在敏感菌株中的比率也分别是35.38%（23/65）、12.31%（8/65）。结论 耐药菌株中thyA基因的突变频率明显高于敏感菌株,thyA基因可能是PAS耐药潜在靶点,但未发现其特异性突变位点。     

α-疱疹病毒糖蛋白G的特点及功能

本文综述了α-疱疹病毒糖蛋白G的特点及其功能。其特点有：它是糖基化程度不同的糖蛋白;它是大多数此类病毒的非结构糖蛋白;它是病毒复制的非必需蛋白;它具有免疫原性,但不产生任何保护性应答。其主要功能有：是一种广谱趋化因子结合蛋白,协助病毒逃避宿主的清除机制;参与病毒对宿主细胞感染;具有调理宿主细胞的作用。     

天津地区临床分离结核分枝杆菌分型的初步研究

目的探讨天津地区结核分枝杆菌临床分离株分子流行病学特征。方法连续收集天津市海河医院2005年8月16日11月25日就诊患者痰培养阳性的结核分枝杆菌100株，采用间隔区寡核苷酸分型（spoligotyping）和多位点可变串联重复序列（VNTR）两种方法进行基因分型，并运用软件对二者的结果进行分析。依据北京分化支的定义，运用多重和实时定量PCR方法将其区分为W菌／典型北京家族菌株和非典型北京菌株，Χ^2检验分析两种亚群与患者年龄和耐药性之间的联系。结果排除污染菌株，共对96株结核分枝杆菌临床分离株进行两种方法的基因分型，spoligotyping结果91．7％为北京基因型（含3株类北京基因型）结核分枝杆菌（88／96）。VNTR分型可将北京基因型分为60种基因型。在北京分化支结核分枝杆菌中，W菌／典型北京家族菌株占93．2％（82／88）。两种北京分化支亚群与患者年龄及耐药性之间差异无统计学意义（P〉0．05）。结论天津地区结核病患者临床分离的结核分枝杆菌中，北京基因型呈现较为明显的优势。VNTR的分辨率明显高于spoligotyping。北京分化支的两种亚群在天津地区临床结核病患者中均有流行，但以W菌／典型北京家族菌株为主。