全基因组与外显子组测序的应用评估

随着新一代测序技术的不断成熟完善,人类基因组和外显子组测序得到了迅猛发展。测序技术的高通量性致使测序价格越来越低廉,使全基因组和外显子组测序真正用于临床诊断成为现实。作为医学预测和个体化医疗的重要工具之一,全基因组和外显子组测序应用范围广泛,该文针对其在遗传性疾病基因变异中的诊断进行讨论,同时为临床医生如何申请测序,测序报告解释,以及如何与患者沟通检测结果提供了新视角。     

通过参加美国病理学家学会能力验证活动提高实验室寄生虫检验水平

目的通过参加美国病理学家学会(College of American Pathologists,CAP)能力验证(proficiency testing,PT)活动,评价临床实验室寄生虫检验水平并改进检验质量。方法将CAP寄生虫PT标本按常规标本分析,在10个工作日内通过互联网向CAP报送结果,根据回报结果分析临床实验室寄生虫检验水平。结果 2011至2015年75份PT标本中5份鉴定错误,错误率为6.3%;15份因未能获得80%一致的结果,CAP未给予评价结果。结论临床实验室寄生虫检验水平有待提高。     

新疆地区维吾尔族和汉族人群SLC2A9基因rs938557 C/T多态性与高尿酸血症的相关性

目的研究新疆地区维吾尔族(维族)、汉族人群可溶性载体2家族成员9基因(SLC2A9)rs938557 C/T多态性的差异及该基因位点多态性与高尿酸血症的相关性。方法纳入2013年新疆医科大学附属医院汉族、维族高尿酸血症患者和尿酸正常者共3 644例作为研究对象,其中汉族1 278例,维族2 366例;检测研究对象血清尿酸(UA)、三酰甘油(TG)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)和空腹血糖(FBG)等指标;用多重高温连接酶检测反应(i MLDR)检测SLC2A9基因rs938557位点多态性。结果汉族人群UA、TC、HLD-C和LDL-C均高于维族(P均0.05),而体质指数(BMI)、收缩压(SBP)和TG均低于维族(P均0.05)。维族SLC2A9基因rs938557位点各基因型频率分别为CC=60.8%、CT=34.5%、TT=4.7%,汉族分别为CC=45.7%、CT=41.9%、TT=12.4%,维、汉族各基因型频率差异有统计学意义(χ2=113.637,P=0.000);维族SLC2A9基因rs938557位点T和C等位基因的频率分别为78%和22%,汉族分别为66.6%和33.4%,差异有统计学意义(χ2=112.516,P=0.000)。汉族人群TT基因型频率(12.4%)及T等位基因频率(33.4%)均高于维族(4.7%和22%),差异均有统计学意义(P均0.05)。按维、汉族SLC2A9基因rs938557位点CC+CT基因型与TT基因型分组,各生化指标间差异均无统计学意义(P均0.05)。维、汉族高尿酸血症组和尿酸正常组SLC2A9基因rs938557位点基因型和等位基因频率差异均无统计学意义(P均0.05)。排除基因与BMI、性别、血压的交互作用后,未发现维、汉族SLC2A9基因rs938557位点与尿酸水平和高尿酸血症之间的相关性(P0.05)。结论 SLC2A9基因rs938557位点多态性虽然存在一定的民族差异,但与高尿酸血症之间没有相关性。     

食品接触用纸抗菌成分迁移测定方法的研究

摘要 目的 建立食品接触用纸和纸板抗菌成分迁移的测定方法,评价食品接触用纸抗菌成分迁移的风险。方法 参照EN1104:2018标准,选用枯草芽孢杆菌和黑曲霉菌两种代表性菌种,根据纸片扩散抑菌法建立食品接触用纸和纸板抗菌成分迁移测定的方法,并对35种食品接触用纸和纸板进行抗菌成分迁移检测。结果 运用本研究建立的抗菌成分迁移检测方法,35种不同来源的纸和纸板中检出4种有抑菌圈。结论 本研究建立的抗菌成分迁移的测定方法能够检出食品接触用纸抗菌成分迁移痕迹,为食品接触用纸和纸板抗菌成分迁移标准的建立提供一定的参考。     

膀胱癌198例预后的COX模型分析

目的:探讨影响膀胱癌患者预后的因素.方法:回顾性分析198例膀胱癌患者的临床及实验室资料,生存率由寿命表法评估,应用Log-Rank检验对确定的单因素进行筛选,选择单因素分析有统计学意义的变量进行COX比例风险回归模型多因素分析.结果:198例中,总体1年、3年、5年生存率分别为96%、84.7%、69.9%.中位生存期为(62.84±3.94)个月.COX多因素分析结果显示年龄、组织学分级、术后用药、术中输血、首次无复发期间、肿瘤数目6个因素的均P<0.05,是影响膀胱癌惠者预后的独立因素.结论:对随访资料进行生存分析,能够帮助医学工作者从诸多相关因素中明确影响膀胱癌预后的主要因素,从而有效地指导临床干预.     

胃癌患者血清外泌体中DANCR表达及其临床意义

目的检测胃癌患者血清外泌体(exosome)中抗分化非编码RNA(DANCR)的表达水平并分析其临床应用价值。方法采用实时荧光定量RT-PCR检测胃癌细胞培养上清和胃癌患者血清exosome中DANCR表达水平,分析其与临床病理资料的相关性,绘制ROC曲线评价其诊断效能。结果 DANCR在人胃癌细胞系HGC-27中表达水平(4.43±0.37)明显高于胃黏膜上皮细胞(1.01±0.01),差异有统计学意义(P0.05)。HGC-27细胞培养上清exosome中DANCR表达水平(3.06±0.14)明显高于GES-1细胞(1.01±0.20),差异有统计学意义(P0.05)。DANCR在胃癌患者血清exosome中的平均含量[5.060(1.380,22.785)]较胃良性疾病患者[0.535(0.340,1.380)]和体检健康者[1.200(0.605,1.655)]明显升高(Z分别为-3.409,-4.229,P均0.01),且与肿瘤大小、TNM分期以及淋巴结转移相关。胃良性疾病患者与体检健康者相比,血清exosome中DANCR含量差异无统计学意义(Z=-1.308,P0.05)。胃癌患者血清exosome中DANCR的ROC曲线下面积(AUCROC)为0.777,95%可信区间(CI)为0.678~0.876,cut-off值2.50,敏感性为68.6%,特异性为84.4%。结论胃癌患者血清exosome中DANCR表达水平升高,有望成为胃癌诊断的新指标。     

Xist lncRNA在X染色体相关疾病中的表达和意义

哺乳动物基因组转录大量RNA转录本,包括编码RNA和非编码RNA(ncRNA)。随着对非编码RNA研究的不断深入,越来越多的研究表明,长链非编码RNA(lncRNA)在细胞调控中发挥着重要作用。Xist lncRNA被认为在雌性动物细胞内能够起到剂量补偿(dosage compensation)作用,在许多疾病中检测出Xist lncRNA的异常表达,表明Xist lncRNA可能在多种疾病包括肿瘤的发生、发展中发挥重要作用。该文就Xist lncRNA在X染色体相关疾病中的分布和作用作一综述。     

精神分裂症患者白细胞中循环miRNA的表达及其临床意义

目的探讨白细胞中循环miRNA在精神分裂症SZ的表达水平及其诊断价值。方法收集90例SZ患者作为疾病组,90例双相情感障碍(BPAD)患者作为病例对照组,90例体检健康者作为健康对照组,采用实时荧光定量PCR检测各组白细胞中8个miRNA(miR-31-5p、miR-99b-5p、miR-107、miR-134-5p、miR-487b-3p、miR-181b-3p、miR-431-5p和miR-433-5p)的表达水平,并进行统计学分析,以验证差异表达的miRNA;绘制受试者工作曲线(ROC)曲线,建立人工神经网络(ANN)诊断模型,并分析其诊断价值。结果 SZ患者存在6个显著低表达的miRNA,其ROC曲线下面积(AUCROC)分别为miR-31-5p:0.931,miR-487b-3p:0.887,miR-99b-5p:0.869,miR-431-3p:0.763,miR-134-3p:0.756,miR-107:0.721;在ANN模型中,最优模型的AUCROC为0.960,敏感性86.7%,特异性95.6%。结论白细胞中6个差异表达的miRNA可能作为SZ诊断的非侵袭性生物学标志物,而ANN诊断模型可以提高miRNA对SZ的诊断价值。     

不同底物在CIM试验检测革兰阴性杆菌碳青霉烯酶中的应用评价

目的评价不同碳青霉烯类抗生素作为指示底物对碳青霉烯类抗生素不活跃检测方法(CIM)结果的影响。方法分别用美罗培南、亚胺培南和厄他培南作为指示药物,对90株肠杆菌科细菌和105株非发酵菌进行CIM试验来检测碳青霉烯酶,并用PCR方法检测碳青霉烯酶基因。结果肠杆菌科细菌中碳青霉烯酶基因阳性菌株用美罗培南检出率为91.0%(71/78),亚胺培南检出率为92.3%(72/78),厄他培南检出率为85.9%(67/78),3种药物检出率差异无统计学意义(χ2=1.95,P=0.377);肠杆菌科细菌中碳青霉烯酶基因阴性菌株CIM试验用美罗培南、亚胺培南和厄他培南检测均阴性。非发酵菌碳青霉烯酶基因阳性菌株用美罗培南检出率为94.0%(63/67),亚胺培南检出率为74.6%(50/67),厄他培南检出率为70.1%(47/67),美罗培南检出率均高于厄他培南和亚胺培南的检出率,差异有统计学意义(P0.05)。32株碳青霉烯酶基因阴性鲍曼不动杆菌菌株中有2株美罗培南CIM试验阳性,而亚胺培南和厄他培南检测均阴性。结论应用美罗培南作为反应底物进行CIM试验与基因检测的一致性最高。此方法操作简单,成本低廉,结果易判断,适合在临床实验室开展。     

Xpert MTB/RIF和T-SPOT.TB对涂阴肺结核诊断价值的评估

目的评估并比较Xpert MTB/RIF和T-SPOT.TB对涂阴肺结核的诊断价值。方法收集2014年12月至2015年12月天津市海河医院门诊和住院的呼吸疾病患者208例,分为结核组125例和对照组83例,同时对其痰液样本行涂片镜检、液体快速培养和Xpert MTB/RIF检测,对其血液样本行T-SPOT.TB试验。结果 Xpert MTB/RIF诊断涂阴肺结核的敏感性、特异性、ROC曲线下面积(AUC)及优势比(odds ratio,OR)分别为56.5%(95%CI:45.8%~66.8%)、98.8%(95%CI:93.5%~100.0%)、0.777(95%CI:0.708~0.836)及106.60(χ~2=62.87,P0.01);T-SPOT.TB诊断涂阴肺结核的敏感性、特异性、AUC及OR值分别为83.7%(95%CI:74.5%~90.5%)、62.7%(95%CI:51.3%~73.0%)、0.732(95%CI:0.660~0.796)及8.61(χ~2=39.44,P0.01);两者敏感性(χ~2=18.58)和特异性(χ~2=28.03)的差异有统计学意义(P0.05),AUC的差异无统计学意义(Z=1.235,P0.05);Xpert MTB/RIF阴性的涂阴肺结核患者T-SPOT.TB阳性率为70.0%。结论 Xpert MTB/RIF和T-SPOT.TB均有助于早期、快速、准确地辅助诊断肺结核,T-SPOT.TB可以作为Xpert MTB/RIF的后续试验辅助诊断Xpert MTB/RIF阴性的涂阴肺结核。