甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素蛋白基因进化研究

Objective To determine the evolutionary rate and divergence time of influenza A virus HA gene isolated recently worldwide pandemic and explore the origin and its transmission. Methods A total of 344 HI sequences available in the GenBank (including 248 isolated from human, 84 from swine, 11 from avian, and 1 from ferret) and 7 isolated in Shanghai were collected. The nucleotide substitution rate and time to most recent common ancestor (tMRCA) was calculated using molecular clock theory and Bayesian Skyline Plot (BSP) based on Markov chain Monte Carlo. Then genetic phylogeny was constructed referring to posterior distribution. Results It was found that H1 sequences in the US from human, swine and avian were clustered significantly with swine H1 ones from Asia phylogenetieally (Cluster US). The second cluster (Cluster Eurasian Human) nearly consisted of human H1 sequences isolated in other regions. The third cluster (Cluster Eurasian Animal) consisted of swine and avian H1 sequences from China and Italy respectively. As for all the H1 sequences, the evolutionary rate was of 2.57×10-3substitutions/site per year averagely (95% Highest Posterior Density: 1.96×10-3-3.03×10-3/site per year). The estimated dates for tMRCA of human H1 in Europe and swine H1 in the mainland of China were the earliest, with the corresponding rates of 6.46×10-3/site per year and 0.97×10-3/site per year respectively. The tMRCAs of human and swine H1 sequences from the US were similar, with the rates of 5.86×10-3/site per year and 5.02×10-3/site per year. Conclusion The present flu outbreak was possibly induced by long-term circulation of influenza A virus (H1 N1) in human population and swine herds in America. There was no evidence proving that influenza virus in China involved in the present outbreak.     

基于基因序列聚类的甲型流行性感冒病毒H3抗原变异规律研究

目的 利用聚类分析方法探讨全球甲型流行性感冒病毒(流感)H3亚型抗原的变异规律。方法下载NCBI GenBank和流感病毒数据库中全部的甲型流感病毒RNA4节段H3亚型基因序列,在Clustalx中进行序列对齐后,使用两阶段聚类法进行分析,并随后探讨各类的三间分布。结果 所有序列可被分为10类,其中7类主要为人流感病毒,人流感病毒和鸟类、其他哺乳动物的流感病毒被明确的分为不同类别,但和猪流感病毒则共存于数个类中。各类呈现出明显的时间分布和宿主分布规律,但并未发现地域分布规律。结论 由于受到人类免疫系统的选择压力,H3抗原呈现出5-7年出现一次较大变异的流行特征,且这一趋势随着近十年来流感疫苗的普遍使用而呈现加速趋势。同时,猪流感病毒和人流感病毒出现在同一类别中,两者的遗传距离较近,这为猪作为病毒重配的载体提供了新的佐证。     

李子华教授

李子华教授(1928—2019年),原上海医科大学公共卫生学院卫生微生物学教研室教授,我国著名病毒学及衣原体专家.他为我国衣原体、肝炎病毒、SARS冠状病毒、流感病毒等病原生物的科研与教学事业做出了重要贡献.     

无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.     

无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素蛋白基因进化研究

Objective To determine the evolutionary rate and divergence time of influenza A virus HA gene isolated recently worldwide pandemic and explore the origin and its transmission. Methods A total of 344 HI sequences available in the GenBank (including 248 isolated from human, 84 from swine, 11 from avian, and 1 from ferret) and 7 isolated in Shanghai were collected. The nucleotide substitution rate and time to most recent common ancestor (tMRCA) was calculated using molecular clock theory and Bayesian Skyline Plot (BSP) based on Markov chain Monte Carlo. Then genetic phylogeny was constructed referring to posterior distribution. Results It was found that H1 sequences in the US from human, swine and avian were clustered significantly with swine H1 ones from Asia phylogenetieally (Cluster US). The second cluster (Cluster Eurasian Human) nearly consisted of human H1 sequences isolated in other regions. The third cluster (Cluster Eurasian Animal) consisted of swine and avian H1 sequences from China and Italy respectively. As for all the H1 sequences, the evolutionary rate was of 2.57×10-3substitutions/site per year averagely (95% Highest Posterior Density: 1.96×10-3-3.03×10-3/site per year). The estimated dates for tMRCA of human H1 in Europe and swine H1 in the mainland of China were the earliest, with the corresponding rates of 6.46×10-3/site per year and 0.97×10-3/site per year respectively. The tMRCAs of human and swine H1 sequences from the US were similar, with the rates of 5.86×10-3/site per year and 5.02×10-3/site per year. Conclusion The present flu outbreak was possibly induced by long-term circulation of influenza A virus (H1 N1) in human population and swine herds in America. There was no evidence proving that influenza virus in China involved in the present outbreak.     

基层医疗卫生机构开展公共卫生服务项目的实践与体会

在《中共中央、国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》（中发[2009]6号）和《国务院关于印发医药卫生体制改革近期重点实施方案（2009-2011年）的通知》（国发[2009]12号）中,把促进公共卫生服务均等化作为医药卫生体制改革的重点。     

上海市闵行区2004及2009年禽类接触人群甲型流感病毒抗体水平调查

目的分析上海市闵行区禽类接触人群甲型流感病毒抗体水平的变化情况,为进一步制定流感预防和控制措施提供依据。方法 2004年10月和2009年2月分别对闵行区禽类养殖、屠宰销售人群和一般人群采集血清,检测H1、H3、H5、H9四个亚型的抗体滴度。结果 2009年一般人群与禽类接触人群H5抗体、H9抗体阳性率差异有统计学意义(P﹤0.002)。2004年和2009年禽类接触人群甲型流感各亚型抗体水平有明显的统计学差异。2004及2009年H9亚型抗体水平男女均有差异,均为女性高于男性。结论与禽类密切接触使H9亚型的感染率在持续上升。此监测结果可以估计,在2004年10月～2009年2月间上海闵行地区曾有H1N1型流感较高的发病率。各亚型抗体阳性率女性比男性阳性率高。提示在今后的流感预防工作中,应加强对女性的宣传教育工作。     

一起腺病毒引起呼吸道感染暴发调查

目的 了解2004年在江苏东台市大面积轻型急性呼吸道感染症暴发流行的流行病学及病原学病因。方法 制定病例的临床诊断标准，采用统一的流行病学个案调查表对病例进行调查，描述流行特征；采用病例对照研究的方法分析流行因素；对流行区患者的咽拭子标本分离病原体。并对阳性分离株进行免疫荧光、聚合酶链反应（PCR）、电镜检测，对患者的双份血清进行中和试验。结果 2004年4～6月，东台市发生轻型急性呼吸道感染症病例871例，疫情波及到10个乡镇，5月下旬及6月中旬出现2个发病高峰，病例主要为在校中小学及幼儿园学生（占94．37％），部分散童（5．63％），成人几乎无发病，年龄最大18岁，最小7个月。病例临床特征为发热并伴有咽痛、扁桃体炎，病程5d左右，预后良好，无死亡病例。病例对照研究显示发病危险因素与发热病例的接触、家庭内共用毛巾及与鸡密切接触有关，标本经2个实验室人喉癌传代细胞（Hep-2）分离培养，51％～65％的标本出现了明显的细胞病变效应（细胞呈葡萄串状、折光变强），电镜下可见细胞核内大量呈晶格状排列的典型腺病毒颗粒，直接免疫荧光试验、PCR检测及双份血清中和试验均证实为腺病毒感染。用全基因测序的方法进行病毒检测，确定为腺病毒3型。结论 发生在江苏省东台市轻型急性呼吸道感染暴发疫情的病原体为腺病毒，传播途径主要以飞沫传播及密切接触为主。     

用光敏核酸杂交试验进一步证实牛肝脏有整合的牛嗜肝病毒DNA

应用直接酶标化学发光试剂盒检测了上海地区牧场50份牛肝脏DNA，结果50份牛肝脏DNA有14份能与人HBV－DNA探针杂交，提示牛肝脏细胞核中有BHV的整合DNA存在。近10多年来，在一些动物中相继发现与人HBV极为相似的动物嗜肝病毒：土拨鼠肝炎病毒（WHV）[1]，地松鼠肝炎病毒（GSHV）[2]，树松鼠肝炎病毒（TSHV）[3]，袋鼠肝炎病毒（KHV）[4]，爬行动物中台湾蛇肝炎病毒（SSHV）[5]等。藉对这些动物嗜肝病毒各方面的研究，来阐明乙肝病毒致病、免疫、预防、变异等多方面的机理，是当前推动研究乙肝有效的手段。1990年刘士钩[6]等…