基于特征的深度学习预测化合物-蛋白质相互作用的研究进展

药物研发过程中,化合物-蛋白质相互作用（compound-protein interaction,CPI）预测是发现苗头化合物、药物重定位等研究的关键技术手段。近年来,深度学习被广泛应用于CPI研究,加速了药物发现中CPI预测的发展。本文重点讨论基于特征的 CPI 预测模型,首先,介绍了CPI预测中常见的数据库、化合物和蛋白质的典型特征表示方法。根据建模中的关键问题,从多模态和注意力机制两个方面,对基于特征的CPI预测模型展开论述。在此基础上,选取其中12个模型,在3个经典数据集上评估了模型在分类任务和回归任务中的性能。本文总结当前该领域面临的挑战,对未来的发展方向进行展望,为CPI预测方法进一步研究提供思路。     

Expression of HLA-DR antigen in hepatocellular carcinoma and its up-regulation by interferon

Objective: To observe the expression of human leukocytic antigen DR (HLA-DR) in primary hepatocellular carcinoma (HCC) and its up-regulation by interferon (IFN). Methods: The expression of HLA-DR in 46 specimens of human HCC tissues, 4 human HCC cell lines (SMMC-7721, HCC-9204, BEL-7402 and HHCC) and a human hepatocyte cell line QZG was respectively detected by immunohistochemical ABC staining and flow cytometry. The expression of HLA-DR in the 5 cell lines was detected by ELISA before and after the cells were treated with IFN-γ or IFN-α. Results:Eighteen out of 46 HCC tissues (39.1%) expressed HLA-DR, whereas all the normal liver tissues immediately adjacent to HCC tissues were HLA-DR-negative. No obvious HLA-DR-positive staining was found in all the 5 cell lines. The expression of HLA-DR was up-regulated in all the 5 cell lines after IFN-γ or IFN-α treatment. The up-regulation of HI A-DR in QZG cells was less obvious than that in HCC cell lines. The effect of IFN-γ was more significant than that of IFN-α. Conclusion: HCC tissues can express HLA-DR to some extent, but HCC cell lines do not express detectable HLA-DR. IFN can up-regulate HLA-DR expression in HCC cells.     

道诺霉素抑制视网膜色素上皮细胞炎前因子的表达

目的　观察道诺霉素对视网膜色素上皮细胞细胞(RPE)炎前因子表达的影响 .方法　培养的人 RPE经 IL- 1β(10μg· L- 1 )刺激以及不同浓度的道诺霉素作用后 ,用EL ISA、免疫组化和原位杂交等方法 ,检测培养的人 RPE炎前因子 m RNA和蛋白质的表达 .结果　 EL ISA显示对照组培养 RPE在 IL- 1β刺激 8h后 ,上清中 IL- 6与 IL- 8分别为2 0 0 0 pg· m L- 1· 10 - 6 cells和 5 0 0 0 pg· m L- 1· 10 - 6 cells.使用 10 0 μg·L- 1 道诺霉素作用于培养的 RPE后 IL- 6与 IL-8分别为 180 pg· m L- 1 · 10 - 6 cells (P <0 .0 1)和 32 0pg· m L- 1· 10 - 6 cells(P<0 .0 1) .免疫组化和原位杂交亦显示不同浓度道诺霉素可以不同程度地抑制 RPE内炎前因子蛋白质与 m RNA的表达 .结论　道诺霉素能有效地抑制 IL -1β诱导的培养的 RPE IL - 6和 IL - 8的表达     

HIV-1感染者外周血单个核细胞缺损病毒基因的研究

目的:研究HIV-1感染者缺损HIV-1 DNA的特性.方法:用长片段PCR法(LD-PCR)研究分析HIV-1感染者外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear, PBMCs)和体外培养感染淋巴细胞中HIV-1基因特征,使用位于HIV-1 DNA链两端的LTR(U5)、LTR(R)为引物,插入有全长HIV-1基因片段的大肠杆菌质粒PNL4-3等为标准对照,并对部分标本克隆测序.结果:经扩增9.1 kb是LD-PCR的主要产物,但在10例HIV-1感染者中有9例PBMCs检测出大小不一、范围较广的缺失HIV-1基因片段,经用基因探针杂交,发现近HIV-1基因中心部位缺失频率增加,缺失结合点常存在3～4个核苷酸短片段直接重复,体外培养中HIV-1基因缺损量减少,完整和缺失基因的存在与培养中病毒分离的时间密切相关.结论:HIV-1感染者PBMCs中存在大量HIV-1基因重组和缺损片段.     

急性脑出血昏迷患者血液、胃液中胃泌素变化的临床观察

目的通过测定３２例脑出血昏迷患者血清、胃液中胃泌素（ＧＡＳ）含量的动态变化,探讨脑出血对胃肠动力的影响及其临床意义。方法采用放免法动态法测定。结果急性脑出血后昏迷患者血清、胃液ＧＡＳ含量第１周显著高于正常对照组,第一个２４小时略高于正常水平,第二个２４小时达高峰,第５天后逐渐下降．第４周接近正常水平：急性脑出血患者ＧＣＳ评分越低,血液、胃液ＧＡＳ含量越高,患者呕吐频率、胃液潜血阳性率、死亡率越高;不同部位脑出血ＧＡＳ含量经ＬＳＤ组间比较无统计学意义。结论急性脑出血昏迷患者存在ＧＡＳ分泌异常。ＧＡＳ作为体内重要的脑－肠肽激素、中枢和外周神经系统强有力的递质,ＧＡＳ参与急性脑出血后继发性病理、生理过程,动态测定急性脑出血后昏迷患者血清、胃液ＧＡＳ含量,对临床观察与判断病情严重程度及探讨脑出血对胃肠动力的影响和选择营养护理提供参考依据。     

OK-432和IL-2联合用药对C57BL/6 小鼠Lewis肺癌的抑制作用及Bcl-2表达的影响

目的 研究A组溶血性链球菌冻干生物制剂OK-432联合白细胞介素2（IL-2）对小鼠C57BL/6Lewis 肺癌（LLC）生长的抑制作用及对Bcl-2表达的影响。方法 将40只C57BL/6荷瘤LLC小鼠分4组,分别用生理盐水、OK-432、IL-2和OK-432联合IL-2处理,观察用药后肿瘤生长的状况, 用抗鼠bcl-2单克隆抗体进行SABC免疫组化技术半定量测定Bcl-2在Lewis肺癌原发灶中的表达。结果 OK-432/IL-2抑制肿瘤作用强,抑瘤率为60%,（P<0.05）。对照组中的Bcl-2的表达明显高于联合用药组（P<0.05）。结论 OK-432与IL-2有明显的协同抗肿瘤活性,其杀瘤过程主要为对瘤细胞的直接或间接攻击,并促进体内多种反应细胞相互作用,其机制可能与抑制Bcl-2基因的表达、诱导瘤细胞的凋亡有关。     

Ets－1在颌骨软骨肉瘤和骨软骨瘤中的表达及意义

目的：分析Ｅｔｓ－１在颌骨软骨肉瘤和骨软骨瘤中的表达及意义。方法：利用免疫组化法检测Ｅｔｓ－１在２０例颌骨软骨肉瘤和８例骨软骨瘤中的表达。结果：６０％（１２／２０）的软骨肉瘤中Ｅｔｓ－１呈阳性表达,Ⅱ、Ⅲ级患者的阳性表达率明显高于Ｉ级（Ｐ＜０．０５）;复发组的阳性表达率明显高于原发组（Ｐ＜０．０５）;Ｅｔｓ－１在骨软骨瘤中的阳性表率为１２．５％（１／８）,与软骨肉瘤有显著性差异（Ｐ＜０．０５）。结     

苦参碱对人肝癌细胞HepG2的细胞形态影响和相关增殖因素的变化

观察夺参碱作用于ＨｅｐＧ２细胞后,光镜和电镜下细胞形态结构改变以及ＡＦＰ、ＰＣＮＡ和分裂指数的变化。方法倒置显微镜下观察活细胞形态;光镜下观察Ｗｒｉｇｈｔ和苏丹Ⅲ染色的细胞形态和分裂指数;扫描和透射电镜观察细胞表面和内部超微结构改变;免疫组化和图像分析,检测ＡＦＰ和ＰＣＮＡ。结果未用药细胞具有肿瘤细胞典型的形态特征,细胞的分裂指数为５３．８％,胞浆内未见秀明颗粒和空泡,苏丹Ⅲ染色为阴性。;免疫组化     

Sprachstörungen und Dyskinesien als Initialsymptome einer kortikobasalen Degeneration

The article describes the development of symptoms in a 59-year-old patient. Dyskinesia and speech disorder were the only clinical features in the beginning. Increased immunological parameters and only slight hypokinetic-rigid signs for a long time made the diagnostical and therapeutical process more difficult, as well as atypical findings in neuroimaging techniques. Corticobasal degeneration was diagnosed about 6 years after onset of clinical symptoms.     

升麻中新三萜皂苷类成分研究

目的:开发利用升麻Cimicifuga foetida资源,从中寻找新的天然活性成分。方法:利用各种色谱技术进行分离纯化,根据理化性质和各种波谱技术辅以化学方法进行结构鉴定。结果:从升麻根茎80％的乙醇浸膏的EtOAc提取部分中分得4个升麻三萜皂苷类成分,分别鉴定为:7,8-二脱氢-27-脱氧升麻亭(7,8-didehydro-27-de-oxyactein,1),24-氧-乙酰升麻醇-3-O-β-D-木糖苷(23R,24R)[24-O-acetylshengmanol-3-O-β-D-xyl(23R,24R),2],升麻醇(cimigenol,3),升麻醇-3-O-β-D-木糖苷(cimigenol-3-O-β-D-xyl,4)。结论:化合物1为新化合物,2-4为首次从该植物中分得的化合物。体外抗骨质疏松药理活性筛选(以SRB法检测)结果表明,化合物1,2和4在浓度为10-9kg·L^-1时,对大鼠成骨肉瘤细胞株(URM106)有明显的增殖作用。