曼氏迭宫绦虫四次跨膜蛋白(SmTSP)的生物信息学分析

目的:通过对曼氏迭宫绦虫的4次跨膜蛋白(SmTSP)潜在的生物学特征和参数进行分析,从而获得其具有的潜在生物学功能和应用价值.方法:利用美国国家生物技术信息中心(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(http://www.expasy.org/)提供的在线分析工具对编码蛋白的氨基酸序列的理化性质,跨膜结构和三维空间结构进行分析,同时利用Vector NTI suite和TreeView software生物信息分析软件进行编码氨基酸序列的相似性比对和进化树分析,利用CBS Prediction Servers BepiPred进行最大胞外环(LEL)的B细胞线性表位预测.结果:从文库中得到的SmTSP是全长基因,编码的蛋白是24.8 kDa,理论等点为7.88,是一个稳定的蛋白分子.编码该蛋白的氨基酸序列共有4个跨膜区,分别是TM1 aa16～38、TM2 aa58～ 80、TM3 aa87～109、TM4 aa200～222.LEL中含有CCG结构、PXSC结构、GC结构和含有9个二聚体结合位点的保守特征结构.SmTSP全长序列与多房棘球绦虫、细粒棘球绦虫的相似性均能达到72％,但是与吸虫之间的相似性仅达到31％～59％,然而与人类相似性仅有23％,与小鼠的相似性最低,仅有17％.在进化树分析中,SmTSP与绦虫的亲源性在对比序列中是最近的,吸虫类次之,但是与埃及裂体吸虫和牛裂体吸虫、其他寄生虫(美洲钩虫和秀丽隐杆线虫)的亲源性相对较远,与哺乳动物亲源性最远.LEL有3个B细胞表位,分别是13 aa～21 aa、41 aa～63 aa和70 aa～76 aa.此外与人类四次跨膜蛋白的LEL中B细胞表位数量、分布的位置和编码的氨基酸都不同.结论:SmTSP可能是一个定位于虫体表膜并且具有应用前景的疫苗候选分子.     

曼氏迭宫绦虫钙/钙调素依赖蛋白激酶Ⅰ(SmCaMK Ⅰ)基因的生物信息学分析与表达鉴定

目的 开展SmCaMK Ⅰ(曼氏迭宫绦虫钙/钙调素依赖蛋白激酶Ⅰ)的潜在生物学特征分析和功能研究.方法 利用相关网站和软件对SmCaMK Ⅰ的同源性核苷酸序列比对分析、保守位点预测、构建分子进化树、编码氨基酸的淋巴细胞表位进行分析预测.此外,SmCaMK Ⅰ进行扩增,并克隆到表达载体pET-28α(+)中进行蛋白的表达纯化,制备大鼠免疫血清进行虫体免疫组织定位分析.结果 SmCaMK Ⅰ是一个全长基因,由1 068 bp组成,编码355个氨基酸.SmCaMK Ⅰ与细粒棘球绦虫、多房棘球绦虫的CaMK Ⅰ保守功能域的氨基酸序列一致性分别为89％和88％,与人的CaMK Ⅰ氨基酸序列一致性仅仅只有44 ％.分子进化树分析中SmCaMK Ⅰ与绦虫属的亲缘关系最近,与其他物种亲缘性较远.与人类CaMK Ⅰ相比,淋巴细胞表位具有统计学差异.SmCaMK Ⅰ能够定位在成虫的睾丸和虫卵,在裂头蚴中大量表达和特异定位于体表.结论 SmCaMK Ⅰ是参与虫体生长发育繁殖的重要蛋白分子,还可能是一个潜在的疫苗靶标蛋白.     

曼氏迭宫绦虫annexinB8的生物信息学分析和基因克隆

目的：通过生物信息学预测曼氏迭宫绦虫 annexinB8（SmannexinB8）的生物学特征,及潜在功能和结构,并且进行基因克隆,为下一步SmannexinB8参与宿主免疫调节研究提供依据。方法通过NCBI的ORF finder工具对SmannexinB8的开放阅读框进行分析,利用ExPASy 网站进行蛋白的物理化学参数、信号肽、跨膜螺旋、潜在分子生物学功能的预测,通过NCBI／BLAST 对蛋白保守功能域进行检测。不同物种的annexin序列从NCBI网站获取,并利用Vector NTI suit 8.0和 TreeView 软件进行分析。利用 SWISS-MODEL 网站和 SPDBV 4.10软件分析 SmannexinB8蛋白的三维空间结构。此外,对SmannexinB8基因进行扩增,并克隆到原核表达载体 pET-28a （＋）。结果 SmannexinB8是一个全长基因,编码347个氨基酸。蛋白由4个典型的annexin重复结构域组成,序列当中没有信号肽,是一个稳定的可溶性蛋白分子。三维空间立体结构分析结果显示SmannexinB8是一个保守的蛋白。SmannexinB8与多房棘球绦虫、口膜壳绦虫、细粒棘球绦虫、华支睾吸虫以及人类的annexin 基因的同源性分别是68％,67％,65％,46％和40％。分子进化分析显示SmannexinB8与绦虫属的亲源性最近,而与其他物种,如吸虫、哺乳动物亲源性较远。结论 SmannexinB8可能具有抑制磷脂酶A2的活性,促进细胞融合、参与调节免疫反应和离子通道形成的功能,可能在参与宿主免疫调节中起到关键性的作用。     

反向斑点杂交技术检测HBV基因型方法的评价

目的评价用于检测乙型肝炎病毒（HBV）基因型的反向斑点杂交（RDB）方法。方法应用RDB检测723例HBV阳性标本的HBV基因型。其中对423例HBV序列测序结果清晰可读的样本进一步使用NCBI在线数据库分析、系统进化法分析其HBV基因型,并与RDB法结果进行比较。将样本HBV序列与所用的探针序列进行比对,以评价单个碱基突变对该方法的影响。结果 RDB法检测的检出率为97.6%。RDB检测结果与NCBI在线数据库分析法的一致性为98.8%;与系统进化分析法一致性为100%。与对应探针有1个碱基差异的HBV A型1例、B型12例、C型46例和D型1例均被成功检出。结论 RDB是一种灵敏、准确、有效,且具有很高临床应用价值的HBV基因型检测方法。单碱基的突变不会影响其对HBV的分型结果。     

广西医科大学在校大学生人芽囊原虫感染情况调查

目的：了解广西医科大学在校大学生人芽囊原虫（Blastocystis hominis,B.h）的感染情况。方法：应用酸醚离心沉淀法粪检,抽查3个年级共1 433人,统计分析民族、性别、生源地、不同年级组别之间B.h感染率。结果：广西医科大学在校大学生B.h平均感染率为14.93%;汉族感染率13.48%,壮族感染率18.38%,其他民族感染率为17.24%。各年级感染率最低为13.19%,最高达16.28%。男性感染率为14.74%;女性感染率为15.06%。广西本地生源感染率为15.06%;外地生源感染率为13.94%。结论：广西医科大学在校大学生B.h感染率较高,并且存在校内感染的可能性。壮族学生B.h感染率高于汉族。     

HBV基因型在我国九省市的分布及与临床指标的关系

目的用反向斑点杂交检测HBV基因型的方法 ,了解我国HBV基因型的分布及其临床意义。方法利用反向斑点杂交对我国云南、江苏、浙江、新疆、北京、辽宁、福建、湖南、广东等9个省市的HBV阳性患者血清,和广州地区的肝癌患者术前血清进行HBV基因分型,并结合其临床指标进行相关性分析。结果 706例被分型的标本中,A型占0.1%（1/706）、B型占46.2%（326/706）、C型占49.0%（346/706）、D型占1.6%（11/706）、混合感染占3.1%（22/706）。HBV基因型与患者的年龄、性别、e抗体、e抗原差异没有统计学意义;肝癌患者的HBV基因型与肿瘤包膜、病灶数量、肝炎史、浸润、血管侵入、转移、临床分期、肿瘤家族史、饮酒史以及一些生化指标等差异也没有统计学意义。但发现了HBV基因型与病毒载量之间的关联具有统计学意义（P〈0.01）。结论我国HBV基因型以B、C型为主,两者之间的感染人数差别不明显。我国还有少量D型分布,更少量的A型。HBV基因型与HBV病毒载量之间的关联具有统计学意义（P〈0.01）,提示HBV基因型可能影响患者体内HBV的复制。     

细粒棘球绦虫14-3-3zeta蛋白的生物信息学分析

目的应用生物信息学技术对细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus)14-3-3zeta蛋白的结构和功能进行预测和分析,为进一步的实验研究提供依据。方法利用美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://expasy.org/)提供的各种有关基因和蛋白序列、结构信息分析的工具,并结合其它生物信息学分析软件,对该蛋白质的结构和功能进行预测和分析。结果该基因全长为771 bp,编码256个氨基酸,其编码的蛋白相对分子量理论预测值和等电点分别是29.4 kDa和5.04。预测该蛋白无信号肽和跨膜区,二级结构含8个α-螺旋和12个β-折叠股,氨基酸序列中有9个潜在抗原表位。结论初步认识了细粒棘球绦虫14.3-3zeta蛋白的基本特征,为深入研究该蛋白的生物学功能奠定了基础。     

曼氏裂头蚴糖原磷酸化酶的生物学特性分析及功能域克隆、表达

目的 通过生物信息学软件分析曼氏裂头蚴(Sparganum mansoni,Sm)糖原磷酸化酶(glycogen phosphorylase,GP)的生物学特性,并对SmGP功能域(fSmGP)进行基因克隆及蛋白原核表达.方法 利用生物信息学相关软件,分析Sm GP基因的生物信息学特征.通过PCR扩增得到功能域序列片段...     

定安县野生青蛙曼氏裂头蚴感染情况的初步调查

目的:了解海南省定安县野生青蛙体内曼氏裂头蚴的自然感染情况,分析当地人群感染曼氏裂头蚴的潜在风险.方法:2014年7～12月在海南省定安县当地农村的池塘、河流和农田采集野生青蛙,称完体重后,剖检曼氏裂头蚴,记录其寄生的部位和感染数量,并进行统计学分析.结果:共采集野生青蛙153只,其中感染曼氏裂头蚴的青蛙31只,自然感染率为21％(31/153),总共发现曼氏裂头蚴141条,平均感染强度为4.6条/只,7月份采集的青蛙感染率最高.曼氏裂头蚴寄生部位以青蛙后腿为主,蛙体的感染与其体重大小关系不大.结论:定安县野生青蛙感染曼氏裂头蚴的情况较为普遍,且对人群有潜在的威胁,应对曼氏裂头蚴病的防控采取相应的措施.